BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152N20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 79,848,640 - 79,954,402
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMthfr-ps1, EG384187
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152N20.bB6Ng01-152N20.g
ACCDH948333DH948334
length1,1181,142
definitionDH948333|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152N20, 5' end.DH948334|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152N20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,848,640 - 79,849,752)(79,953,221 - 79,954,402)
sequence
gaattcattctggaaattgtatactgtaatacgtaagatggtactctatt
actgtatccatatttgcagtgtcttatgtcaatgatacttgtgttttcag
tttaaatagaggtgtgtatacattataccttccagcttctagttatgccc
tttctatattatttaataaaaatatgcacaaactaaagaaaacaaaacta
cttctatttggagtctttaacttgaaaaaaatatatatacacacacacac
gtacatatatattatgtgtgtgtgtgtgtgttttgtaaaactttgctaca
aatgttattggttgaagactaaaatgataagcaaacagaacctaggtttt
cctgcagacatggcaagtgcccaaagctgaaaaagactgtgcttgcatgt
attcagtgtgtaagctaaagggacagaatgcttctctatcatgcaaatta
agaagaatcacagtggtgttgtgcctttcagccaaatatacagcctttct
actgcaggatgctctatatgtggaatgtttcataggaagagatatgaaga
acataaggcaaaattggtcagtttgaatttttacaaaaatctattcactc
cctgagagtacggaacattgtatgctaaaattatcttaataaggaacaat
tttaaatggaacaaactcatgatagacagttatctaatatatgctagact
tacacttatcaaattacatgattaaaacttaatcatcataactcttcaaa
taagtgctatcaccctcccacccaggtggtagatgaattatgtgacccac
cttacactcatgactgtacagatgccctggaaactccagggctggcttct
aagggtttcagcatcacctctggtgtaagacattttacaatttgccaagg
ctaaccattaactaaagcatgcatctcctaaactggttccagagtcatcc
agccctgtctttgcatatcattggaacccacgttctaagatacagtctca
taatgatctcagtgagcaagatgtgaagacaccaatttcaggtgctccac
ctatgttttgagtcacttcaagcagtgctttaactggtacaattctgaaa
gatgaatattaattcatt
gaattccacaggctggacagcattgacttcatgcacctgaactcaactaa
attgctctgttttcaactgaactctggaactgactcccaactgcctgact
cctcccctgtgctgctcttaaataccttctcttccctgtgctacggtcat
gactgttgggcatatcctatctctgactcgatctttcaaatccttttctc
attgataactttgtctctcaattagacttcactttcaaacatggccgctt
ctctctacaaactaactttagcgtaaagatgtgtactaagggcatgtctg
tattacctacagagggaataaaagtgtgtggcctgtctgcattccaacag
gatctcacagacctaggtctttggatgtgatcccttgacagagcagccat
attgctgggttaaaattcctgtagactatattttaattttagtattagaa
aatttacttcataaaaaaacacacaattgtttcatgtatgtcttcgtcat
taggataagaacagggtttgtacagggactgtaactattggtaaacttgg
ctatgaagagacaggaacatagaggtcatatatacccatatgtacttcct
tgcacttgcctaggttttcctggcatcgtaagtacaaaaaaaagtgagag
gtggcttattattcaagtagaatgatcagttaaatattgttacatagtaa
ggtatatccagacagaaatattttctagttggagtcattaaattcacata
attccagaattctaaaagctaagcctagaaaattgtgtgttctaggacag
cttgtgctatataccaaaatcctgtctcaaaaagcaaacctgaagatttc
tctgcatggacttttgttgatagtctaccactggtagactgacttttttt
tgatggctttctgcgaagtgtattagaccaccaaacatatgtcctgacgc
taagccttgtaataaccaggacttagtgtgcttattccatgattttcact
aatatgtcaacattttaattaataatttgatcaatgtttccctttattgt
agaggaatctttctacatgatgaaataaagaagaaggttgaaaagttcct
aggtgaacttcatggacttgtccatccttatgtttctgatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_79848640_79849752
seq2: B6Ng01-152N20.b_46_1163

seq1  GAATTCATTCTGGAAATTGTATACTGTAATACGTAAGATGGTACTCTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTGGAAATTGTATACTGTAATACGTAAGATGGTACTCTATT  50

seq1  ACTGTATCCATATTTGCAGTGTCTTATGTCAATGATACTTGTGTTTTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATCCATATTTGCAGTGTCTTATGTCAATGATACTTGTGTTTTCAG  100

seq1  TTTAAATAGAGGTGTGTATACATTATACCTTCCAGCTTCTAGTTATGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATAGAGGTGTGTATACATTATACCTTCCAGCTTCTAGTTATGCCC  150

seq1  TTTCTATATTATTTAATAAAAATATGCACAAACTAAAGAAAACAAAACTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATATTATTTAATAAAAATATGCACAAACTAAAGAAAACAAAACTA  200

seq1  CTTCTATTTGGAGTCTTTAACTTGAAAAAAATATATATACACACACACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATTTGGAGTCTTTAACTTGAAAAAAATATATATACACACACACAC  250

seq1  GTACATATATATTATGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGTAAAACTTTGCTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATATATATTATGTGTGTGTGTGTGTGTTTTGTAAAACTTTGCTACA  300

seq1  AATGTTATTGGTTGAAGACTAAAATGATAAGCAAACAGAACCTAGGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTATTGGTTGAAGACTAAAATGATAAGCAAACAGAACCTAGGTTTT  350

seq1  CCTGCAGACATGGCAAGTGCCCAAAGCTGAAAAAGACTGTGCTTGCATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGACATGGCAAGTGCCCAAAGCTGAAAAAGACTGTGCTTGCATGT  400

seq1  ATTCAGTGTGTAAGCTAAAGGGACAGAATGCTTCTCTATCATGCAAATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTGTGTAAGCTAAAGGGACAGAATGCTTCTCTATCATGCAAATTA  450

seq1  AGAAGAATCACAGTGGTGTTGTGCCTTTCAGCCAAATATACAGCCTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATCACAGTGGTGTTGTGCCTTTCAGCCAAATATACAGCCTTTCT  500

seq1  ACTGCAGGATGCTCTATATGTGGAATGTTTCATAGGAAGAGATATGAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGGATGCTCTATATGTGGAATGTTTCATAGGAAGAGATATGAAGA  550

seq1  ACATAAGGCAAAATTGGTCAGTTTGAATTTTTACAAAAATCTATTCACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGGCAAAATTGGTCAGTTTGAATTTTTACAAAAATCTATTCACTC  600

seq1  CCTGAGAGTACGGAACATTGTATGCTAAAATTATCTTAATAAGGAACAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGAGTACGGAACATTGTATGCTAAAATTATCTTAATAAGGAACAAT  650

seq1  TTTAAATGGAACAAACTCATGATAGACAGTTATCTAATATATGCTAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGGAACAAACTCATGATAGACAGTTATCTAATATATGCTAGACT  700

seq1  TACACTTATCAAATTACATGATTAAAACTTAATCATCATAACTCTTCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTTATCAAATTACATGATTAAAACTTAATCATCATAACTCTTCAAA  750

seq1  TAAGTGCTATCACCCTCCCACCCAGGTGGTAGATGAATTATGTGACCCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCTATCACCCTCCCACCCAGGTGGTAGATGAATTATGTGACCCAC  800

seq1  CTTACACTCATGACTGTACAGATGCCCTGGAAACTCCAGGGCTGGCTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACTCATGACTGTACAGATGCCCTGGAAACTCCAGGGCTGGCTTCT  850

seq1  AAAGGGTTTCAGCATCACCTCTGGTGTAAGACA-TTTACAATTTGCCAAG  899
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  -AAGGGTTTCAGCATCACCTCTGGTGTAAGACATTTTACAATTTGCCAAG  899

seq1  GCTAACCATTAACTAAAGCATGCATCTCCTAAACTGGTCCCAGAGTCATC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTAACCATTAACTAAAGCATGCATCTCCTAAACTGGTTCCAGAGTCATC  949

seq1  CAG-CCTGTCTTTGCATATCATTGGAACCCACG-TCTAAGATACAGTCTC  997
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTGTCTTTGCATATCATTGGAACCCACGTTCTAAGATACAGTCTC  999

seq1  ATAATGATTCTCAGGTGAGCAGGATGTGAAGACA-CAATTCCAGGTGCT-  1045
      ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| 
seq2  ATAATGA-TCTCA-GTGAGCAAGATGTGAAGACACCAATTTCAGGTGCTC  1047

seq1  CACCTATG-TATGAGTCACTTCAAAGCAGTGC-TTAACTGGTACATTTCT  1093
      |||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  CACCTATGTTTTGAGTCACTTC-AAGCAGTGCTTTAACTGGTACAATTCT  1096

seq1  G-AAGATG-ATATTTATTCATT  1113
      | |||||| ||||| |||||||
seq2  GAAAGATGAATATTAATTCATT  1118

seq1: chr5_79953221_79954402
seq2: B6Ng01-152N20.g_69_1210 (reverse)

seq1  AGATCATAGGGAACATAAAGAT-GACAAGTTCACTGAAAGTTCCAACTCT  49
      ||||||   | ||||||| ||| ||||||| || || ||||||  || ||
seq2  AGATCA---GAAACATAAGGATGGACAAGTCCA-TG-AAGTTC--AC-CT  42

seq1  AGGACTGTTTTCAAACTGTTCTTTCTTTTTATTTCATCATGTTAGAAGAT  99
      ||||   ||||||| |  ||||   | |||||||||||||||   |||||
seq2  AGGA-ACTTTTCAACC--TTCT---TCTTTATTTCATCATGTAGAAAGAT  86

seq1  TTCCCTCTTACATATAAAGGGAAAACAATTTGATCAAATTTAATTATATA  149
      |  |||| |||| |||||||| |||||  |||||||||||  |||| || 
seq2  T--CCTC-TACA-ATAAAGGG-AAACA--TTGATCAAATT--ATTA-ATT  126

seq1  AAAATGTTTGGACATATTTAGTGATATATTCATTGGAATAAGCACACTTA  199
      ||||||||  |||||| ||||||  | | ||| |||||||||||||| ||
seq2  AAAATGTT--GACATA-TTAGTG--AAAATCA-TGGAATAAGCACAC-TA  169

seq1  GGTCCTGGTTTATTTACAAGGCTTAGGCGTTCAGGACATATGTTTTGGTT  249
       |||||||||   |||||||||||| ||| |||||||||||||||  | |
seq2  AGTCCTGGTT--ATTACAAGGCTTA-GCG-TCAGGACATATGTTT--GGT  213

seq1  GGTCTAATTACAACCTTCGCAGAAAGCCATCAAAAAAAAGTCAGTCTACC  299
      ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAA-TACA--CTTCGCAGAAAGCCATCAAAAAAAAGTCAGTCTACC  260

seq1  AGTGGTAGACTATCAACAAAAGTCCATGCAGAGAAATCTTCAGGTTTGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTGGTAGACTATCAACAAAAGTCCATGCAGAGAAATCTTCAGGTTTGC-  309

seq1  TTTTTGAGACAGGATTTTGGTATATAGCACAAGCTGTCCTAGAACACACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAGACAGGATTTTGGTATATAGCACAAGCTGTCCTAGAACACACA  359

seq1  ATTTTCTAGGCTTAGCTTTTAGAATTCTGGAATTATGTGAATTTAATGAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTAGGCTTAGCTTTTAGAATTCTGGAATTATGTGAATTTAATGAC  409

seq1  TCCAACTAGAAAATATTTCTGTCTGGATATACCTTACTATGTAACAATAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTAGAAAATATTTCTGTCTGGATATACCTTACTATGTAACAATAT  459

seq1  TTAACTGATCATTCTACTTGAATAATAAGCCACCTCTCACTTTTTTTTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTGATCATTCTACTTGAATAATAAGCCACCTCTCACTTTTTTTTGT  509

seq1  ACTTACGATGCCAGGAAAACCTAGGCAAGTGCAAGGAAGTACATATGGGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACGATGCCAGGAAAACCTAGGCAAGTGCAAGGAAGTACATATGGGT  559

seq1  ATATATGACCTCTATGTTCCTGTCTCTTCATAGCCAAGTTTACCAATAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGACCTCTATGTTCCTGTCTCTTCATAGCCAAGTTTACCAATAGT  609

seq1  TACAGTCCCTGTACAAACCCTGTTCTTATCCTAATGACGAAGACATACAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTCCCTGTACAAACCCTGTTCTTATCCTAATGACGAAGACATACAT  659

seq1  GAAACAATTGTGTGTTTTTTTATGAAGTAAATTTTCTAATACTAAAATTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAATTGTGTGTTTTTTTATGAAGTAAATTTTCTAATACTAAAATTA  709

seq1  AAATATAGTCTACAGGAATTTTAACCCAGCAATATGGCTGCTCTGTCAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAGTCTACAGGAATTTTAACCCAGCAATATGGCTGCTCTGTCAAG  759

seq1  GGATCACATCCAAAGACCTAGGTCTGTGAGATCCTGTTGGAATGCAGACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCACATCCAAAGACCTAGGTCTGTGAGATCCTGTTGGAATGCAGACA  809

seq1  GGCCACACACTTTTATTCCCTCTGTAGGTAATACAGACATGCCCTTAGTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACACACTTTTATTCCCTCTGTAGGTAATACAGACATGCCCTTAGTA  859

seq1  CACATCTTTACGCTAAAGTTAGTTTGTAGAGAGAAGCGGCCATGTTTGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTTTACGCTAAAGTTAGTTTGTAGAGAGAAGCGGCCATGTTTGAA  909

seq1  AGTGAAGTCTAATTGAGAGACAAAGTTATCAATGAGAAAAGGATTTGAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGTCTAATTGAGAGACAAAGTTATCAATGAGAAAAGGATTTGAAA  959

seq1  GATCGAGTCAGAGATAGGATATGCCCAACAGTCATGACCGTAGCACAGGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGAGTCAGAGATAGGATATGCCCAACAGTCATGACCGTAGCACAGGG  1009

seq1  AAGAGAAGGTATTTAAGAGCAGCACAGGGGAGGAGTCAGGCAGTTGGGAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAGGTATTTAAGAGCAGCACAGGGGAGGAGTCAGGCAGTTGGGAG  1059

seq1  TCAGTTCCAGAGTTCAGTTGAAAACAGAGCAATTTAGTTGAGTTCAGGTG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCCAGAGTTCAGTTGAAAACAGAGCAATTTAGTTGAGTTCAGGTG  1109

seq1  CATGAAGTCAATGCTGTCCAGCCTGTGGAATTC  1182
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGTCAATGCTGTCCAGCCTGTGGAATTC  1142