BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154N12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 38,335,555 - 38,445,219
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStx18
Upstream genePpp2r2c, Wfs1, Jakmip1, EG330070, Gm1043, LOC100040936, Crmp1, Evc, Evc2, LOC100040355, LOC100040988, Stk32b, Cytl1, Msx1
Downstream geneNsg1, LOC100040397, Zfp509, Lyar, Tmem128, Otop1, Drd5, 4930487D11Rik, Slc2a9, Wdr1, 4930421P07Rik, 6820424L24Rik, Clnk
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154N12.bB6Ng01-154N12.g
ACCDH949779DH949780
length1,169984
definitionDH949779|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154N12, 5' end.DH949780|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154N12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,444,032 - 38,445,219)(38,335,555 - 38,336,539)
sequence
gaattcacctcttctctttgctgggtactcttctctttgcatgttctcaa
cgagcatggcacaatcataagctaaataaatgtctcctttcagatgccag
gaaattggtggttttcttaatcttatcctagaacacaatgctagcgtgga
aactgagccttcaggactagggatcctttgcctcaactactacatactct
tagcaacgtttttcctattctcccagcacatatatatcactgtcaacatc
atctacaagaaataagcccttgctagacaattgtttcaaaaaaagagcca
gcaaggaaaacagaaccaggaaagggaaggaggaatttaaagataccccc
aaagagcttggttcagcagtagtagttttatttctcccaaactagtcaag
tactttcaaatctatgtgatttatgggccaaattatgctcctaaggacaa
atgatgtgacaatatatcaaggagcagagcccagaggctcacccagctca
tgggaggccatagagtgcagctccctcaggagaaaatgtatacccgaggg
cctgcaggtacagcaggccagccagggacaggtaccctctcaccaccctt
cacatctccagtgctaagtcatgagccagggaggtaaagctcgtcctctt
cacaggataggcccttagctttcaggacagtcaatgacagctgccacaca
aggccacatagggtaggtactcaggtatagtggctattatcaaggcttat
tttcacagtgacagccaggaagctaagaggtcagtacatttatgggtgat
ttttcttgggcaggttaagagaatttgaactgaaactgcagctgagctac
aggaaaattactccctttacaaaaggctttaccacagacatccttttaaa
taggccccccacagcatatttattatatacatacatacatatatacatac
atacatacatacgacatacatatttcttttaccatacattttttctaatc
aaagcttttaattctcctctactgcagtaaaatctcatcttctggcactc
acttctgtctgccttatacaaagtagtatttgtcataaagaaattctgat
tgacgagcagaaacagtcccacacagtcactcaccagtagcaacagccta
gtggctatggtcctccagc
gaattccaaccagtggaggaaggactgattagaactcaggaagctgagtt
ctaggcctagggctatctctgactggggagtttgctctcaggcatctgaa
ctcacacctcatttggtcatttgctggtggaataaagtccacttgcattg
cttcctgtagaaggaggggcgcaggcagggctgcagagctccacctgtgc
tgtctgctagccaccttctctgatcacaggtcagctgctggagaaagacc
gaggcatggccctgctcccctcctggatgctcttttttgaattaaaccgg
gtgcaagattctccacaccactaaagtcagagggggcccctcagagagaa
actccaccacaggcaaaataccttcggttcccttcaagaggaaaaaaaaa
aaaaacgcttttggttcacagatgggtaattgtattcactgtttccaaat
gtcagatgccagcctgggcctgctttgcccaagatcaaacaggttgccta
gaccccctttccactgatgtggatgagcatttagccacggtagagaagag
tgattctgagtggagtggccaatcaatactctgtgcctcatagaaactaa
gtcagacaacgaagagtcacacccaagcaggggaagccctctgagccgcc
aacaacactaccaccgtgacacccaacacaaacaaacaaaaactggaaca
tctcaattctgtgataaaaagccagacttattctgcccataagctgatac
ttggtggtggtctgggaaatgagtagccaggcactaatgactctgtgtga
tccttgagtgttcagtcctgagaagagaggaggaagctcacaggaacttt
ccagagaacatcctgggaatgtgcaatcaaggctttaaatggtgtctttg
ccctgagggaacaatcagaataagtgtgtggatgaagccaagatgatctt
tgtggaaatgggtttaacagcaagaatgcagaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_38444032_38445219
seq2: B6Ng01-154N12.b_46_1214 (reverse)

seq1  GCTGGAGGAAACCATAGCAACTAGGCTGTTGCTACTTGGGTGATGAACTG  50
      ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||  |||||   ||||
seq2  GCTGGAGG--ACCATAGCCACTAGGCTGTTGCTACT--GGTGAGTGACTG  46

seq1  TGTGTGACCTTGTTTCTGCTTCTGTCATTCAGAATTTCTTTAATGAACAA  100
      |||| |||  ||||||||||   |||| ||||||||||||| ||| ||||
seq2  TGTGGGAC--TGTTTCTGCT--CGTCAATCAGAATTTCTTT-ATG-ACAA  90

seq1  ATACTACTTTTGTATTAAAAGCAGAACAGAAGTGAAGTGCCCAGAAGATG  150
      ||||||| |||||||  || |||| ||||||||| |||| ||||||||||
seq2  ATACTAC-TTTGTAT--AAGGCAG-ACAGAAGTG-AGTG-CCAGAAGATG  134

seq1  AGATTTTACTTGCAGTAGAGGAAGAATTAAAAGCTTTTGATTAGAAAAAT  200
      ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  AGATTTTAC-TGCAGTAGAGG-AGAATTAAAAGC-TTTGATTAGAAAAAA  181

seq1  GTTATGGTAAAAGAAATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATATA  250
        |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGTAAAAGAAATATGTATGT-CGTATGTATGTATGTATGTATATA  230

seq1  TGTATGTATGTATATATTAAATATGCTGTGGGGGGCCTATTT-AAAGGAT  299
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGTATGTATGTATATAATAAATATGCTGTGGGGGGCCTATTTAAAAGGAT  280

seq1  GTCTGTGGTAAAGCCTTTTGTAAAGGGAGTAATTTTCCTGTAGCTCAGCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGGTAAAGCCTTTTGTAAAGGGAGTAATTTTCCTGTAGCTCAGCT  330

seq1  GCAGTTTCAGTTCAAATTCTCTTAACCTGCCCAAGAAAAATCACCCATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTCAGTTCAAATTCTCTTAACCTGCCCAAGAAAAATCACCCATAA  380

seq1  ATGTACTGACCTCTTAGCTTCCTGGCTGTCACTGTGAAAATAAGCCTTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACTGACCTCTTAGCTTCCTGGCTGTCACTGTGAAAATAAGCCTTGA  430

seq1  TAATAGCCACTATACCTGAGTACCTACCCTATGTGGCCTTGTGTGGCAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGCCACTATACCTGAGTACCTACCCTATGTGGCCTTGTGTGGCAGC  480

seq1  TGTCATTGACTGTCCTGAAAGCTAAGGGCCTATCCTGTGAAGAGGACGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTGACTGTCCTGAAAGCTAAGGGCCTATCCTGTGAAGAGGACGAG  530

seq1  CTTTACCTCCCTGGCTCATGACTTAGCACTGGAGATGTGAAGGGTGGTGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCTCCCTGGCTCATGACTTAGCACTGGAGATGTGAAGGGTGGTGA  580

seq1  GAGGGTACCTGTCCCTGGCTGGCCTGCTGTACCTGCAGGCCCTCGGGTAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTACCTGTCCCTGGCTGGCCTGCTGTACCTGCAGGCCCTCGGGTAT  630

seq1  ACATTTTCTCCTGAGGGAGCTGCACTCTATGGCCTCCCATGAGCTGGGTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCTCCTGAGGGAGCTGCACTCTATGGCCTCCCATGAGCTGGGTG  680

seq1  AGCCTCTGGGCTCTGCTCCTTGATATATTGTCACATCATTTGTCCTTAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTGGGCTCTGCTCCTTGATATATTGTCACATCATTTGTCCTTAGG  730

seq1  AGCATAATTTGGCCCATAAATCACATAGATTTGAAAGTACTTGACTAGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAATTTGGCCCATAAATCACATAGATTTGAAAGTACTTGACTAGTT  780

seq1  TGGGAGAAATAAAACTACTACTGCTGAACCAAGCTCTTTGGGGGTATCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAAATAAAACTACTACTGCTGAACCAAGCTCTTTGGGGGTATCTT  830

seq1  TAAATTCCTCCTTCCCTTTCCTGGTTCTGTTTTCCTTGCTGGCTCTTTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCCTCCTTCCCTTTCCTGGTTCTGTTTTCCTTGCTGGCTCTTTTT  880

seq1  TTGAAACAATTGTCTAGCAAGGGCTTATTTCTTGTAGATGATGTTGACAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAACAATTGTCTAGCAAGGGCTTATTTCTTGTAGATGATGTTGACAG  930

seq1  TGATATATATGTGCTGGGAGAATAGGAAAAACGTTGCTAAGAGTATGTAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATATATGTGCTGGGAGAATAGGAAAAACGTTGCTAAGAGTATGTAG  980

seq1  TAGTTGAGGCAAAGGATCCCTAGTCCTGAAGGCTCAGTTTCCACGCTAGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGAGGCAAAGGATCCCTAGTCCTGAAGGCTCAGTTTCCACGCTAGC  1030

seq1  ATTGTGTTCTAGGATAAGATTAAGAAAACCACCAATTTCCTGGCATCTGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTTCTAGGATAAGATTAAGAAAACCACCAATTTCCTGGCATCTGA  1080

seq1  AAGGAGACATTTATTTAGCTTATGATTGTGCCATGCTCGTTGAGAACATG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGACATTTATTTAGCTTATGATTGTGCCATGCTCGTTGAGAACATG  1130

seq1  CAAAGAGAAGAGTACCCAGCAAAGAGAAGAGGTGAATTC  1188
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGAAGAGTACCCAGCAAAGAGAAGAGGTGAATTC  1169

seq1: chr5_38335555_38336539
seq2: B6Ng01-154N12.g_67_1050

seq1  GAATTCCAACCAGTGGAGGAAGGACTGATTAGAACTCAGGAAGCTGAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACCAGTGGAGGAAGGACTGATTAGAACTCAGGAAGCTGAGTT  50

seq1  CTAGGCCTAGGGCTATCTCTGACTGGGGAGTTTGCTCTCAGGCATCTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCTAGGGCTATCTCTGACTGGGGAGTTTGCTCTCAGGCATCTGAA  100

seq1  CTCACACCTCATTTGGTCATTTGCTGGTGGAATAAAGTCCACTTGCATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACCTCATTTGGTCATTTGCTGGTGGAATAAAGTCCACTTGCATTG  150

seq1  CTTCCTGTAGAAGGAGGGGCGCAGGCAGGGCTGCAGAGCTCCACCTGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTAGAAGGAGGGGCGCAGGCAGGGCTGCAGAGCTCCACCTGTGC  200

seq1  TGTCTGCTAGCCACCTTCTCTGATCACAGGTCAGCTGCTGGAGAAAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGCTAGCCACCTTCTCTGATCACAGGTCAGCTGCTGGAGAAAGACC  250

seq1  GAGGCATGGCCCTGCTCCCCTCCTGGATGCTCTTTTTTGAATTAAACCGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATGGCCCTGCTCCCCTCCTGGATGCTCTTTTTTGAATTAAACCGG  300

seq1  GTGCAAGATTCTCCACACCACTAAAGTCAGAGGGGGCCCCTCAGAGAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAGATTCTCCACACCACTAAAGTCAGAGGGGGCCCCTCAGAGAGAA  350

seq1  ACTCCACCACAGGCAAAATACCTTCGGTTCCCTTCAAGAGGAAAAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACCACAGGCAAAATACCTTCGGTTCCCTTCAAGAGGAAAAAAAAA  400

seq1  AAAAACGCTTTTGGTTCACAGATGGGTAATTGTATTCACTGTTTCCAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACGCTTTTGGTTCACAGATGGGTAATTGTATTCACTGTTTCCAAAT  450

seq1  GTCAGATGCCAGCCTGGGCCTGCTTTGCCCAAGATCAAACAGGTTGCCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATGCCAGCCTGGGCCTGCTTTGCCCAAGATCAAACAGGTTGCCTA  500

seq1  GACCCCCTTTCCACTGATGTGGATGAGCATTTAGCCACGGTAGAGAAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCCTTTCCACTGATGTGGATGAGCATTTAGCCACGGTAGAGAAGAG  550

seq1  TGATTCTGAGTGGAGTGGCCAATCAATACTCTGTGCCTCATAGAAACTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTGAGTGGAGTGGCCAATCAATACTCTGTGCCTCATAGAAACTAA  600

seq1  GTCAGACAACGAAGAGTCACACCCAAGCAGGGGAAGCCCTCTGAGCCGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGACAACGAAGAGTCACACCCAAGCAGGGGAAGCCCTCTGAGCCGCC  650

seq1  AACAACACTACCACCGTGACACCCAACACAAACAAACAAAAACTGGAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACACTACCACCGTGACACCCAACACAAACAAACAAAAACTGGAACA  700

seq1  TCTCAATTCTGTGATAAAAAGCCAGACTTATTCTGCCCATAAGCTGATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTCTGTGATAAAAAGCCAGACTTATTCTGCCCATAAGCTGATAC  750

seq1  TTGGTGGTGGTCTGGGAAATGAGTAGCCAGGCACTAATGACTCTGTGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGTGGTCTGGGAAATGAGTAGCCAGGCACTAATGACTCTGTGTGA  800

seq1  TCCTTGAGTGTTCAGTCCTGAGAAGAGAGGAGGAAGCTCACAGGAACTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGAGTGTTCAGTCCTGAGAAGAGAGGAGGAAGCTCACAGGAACTTT  850

seq1  CCAGAGAACATCCTGGGAATGTGCAATCAA-GCCTTAAATGGTGTCTTTG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAACATCCTGGGAATGTGCAATCAAGGCTTTAAATGGTGTCTTTG  900

seq1  CCCTGAGGGAACAATCAG-ATAAGTGTGTGGATGAAGCCAAAGATGATCT  948
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  CCCTGAGGGAACAATCAGAATAAGTGTGTGGATGAAGCC-AAGATGATC-  948

seq1  TTTGTGGAAATGGGTTTAACAGCAAAGAATGCAGACA  985
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTGTGGAAATGGGTTTAACAGC-AAGAATGCAGACA  984