BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155O18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 132,066,349 - 132,201,849
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAuts2
Upstream geneCaln1, Wbscr17
Downstream gene4930563F08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155O18.bB6Ng01-155O18.g
ACCDH950564DH950565
length1,1241,049
definitionDH950564|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155O18, 5' end.DH950565|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155O18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(132,200,724 - 132,201,849)(132,066,349 - 132,067,415)
sequence
gaattcagtcattaacatcagagacaaaccacataatggaagctcttaag
agaagaaccagaaccccctaggcagccgtgggcttcttacgcttttctaa
gaatgcaggagatgtcttagcctaagcctatagctaggctctgtgatacc
taaaggctgggaagggggtagagtgcagggtacgcagctaccaataccca
cattgatctaagctcactttccagatgagagcttctggaagcctgttagc
tagtgtctgtagagtcagtctggacagagtctatcctgtctgagagggaa
aggactgtcgcagtgggtgtggcctgtgcagcacaggattgaaacgttac
attcttatagtcataacatcacaagacagagcgcatccttaggacacctt
ttcccaatcagtctgctgctgtcatgccagatcaaggatcgtatgaacta
gtccagaagagggaccctatcttcctgctaagtttgtaagcacctctgaa
caatgcggaataccagaatgctaagatgagttgatttccaggcttgggag
ccatacctgcaatcccaaaagacacagttgaaggtctcccagtacacaga
gagttcaaagtcagcctgggctgcacaagaccttttacattaacgtttcc
tgggagatgcaaaccaagcctattcattacagatgggcattaatggcaga
ccaaaaagtataatgtcaccaaagtcattagtaagcccaatgagcttttt
tggtcttgcttaaaggggatggctagaggtttacttgtaagcatatgggt
aaccctaaaaccatcatcttgcagccaagtgccgcatggatgaggacttc
tggaaagtgcacaatagagtcccaattttaatgtcccacttaaccatatt
ctctagccgttcccaagatcacatgcgactgtgagaagctggaggaacaa
aatctggagggtctactgttcatcatttccaccgtccatagctggtatta
atagactcatactattaccgtcgatctgggtgccatgtactgcctgttct
agtgcatggctactggggtacaagtcataatagccttacttctggagaag
gaaaagaaacctcagacaactcca
gaattccagtgctatattctgtgtgctgggacaagctacaaaactacaca
aattgtgacttgctattggcacagacgggctactcctgaggctgcaatga
ccgacacctgaagcttgagtcgtcaaccctgcatgcattagaaacactgg
agggatcagaacagtagatttccctgtctactaccaattctcagaaataa
gacaacctttttggttttttttttttagtggtatactattagtactttct
atatttttgtctgcagtactggggattagaccaagggcctcaagaatgct
aggcaagagttctaccactgagccctgtccccagacctcacttgactttt
tgttttgagacagcatcttggttagtttccccaagttcaggctggcattg
aacttactttgtagcccagcaaatccttgaacctaataagtcccccgcct
cagctctgcaacaccaaatcctgctacacagattagcattttgaaaatcc
tttcagaccatgagagttgatcagtgacaatttagccctacctacaaata
gattactgggttagacctctgcttcagatggtttggtccatgctggatag
ccacagaaataaatggcatttgcagccacacacacccatgctctagcaca
tctcatattattcctgtagctgagcagccatagtgagggctgcaccaact
tagcacactgtgtgtgtgtgccttctgggtggctcattcagtaacactga
ctgacacagggcactcatcagagataaacagaaattagactggtcctgca
tcctcaggaacctcacgtcctaggtcacatcgcagtagaaggggacaaaa
aaactttcttaagttaggaaaactaaccaaggtgcatgaggtgattgtaa
gtgtggtaagtattccattactcagaaatgttgatgtgtgggtgaaacag
acccaacagctagcactcagtcagtgaaattgtgaaagtaactgtcgatg
ttattccctgttactgtatatgtgttagtgaccgggtatgcaccacata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_132200724_132201849
seq2: B6Ng01-155O18.b_46_1169 (reverse)

seq1  TGGAGTTGTCTGGTGGTTTCTTTTCC-TCTCCAG-AGT-AGGCTATTATG  47
      ||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| 
seq2  TGGAGTTGTCT-GAGGTTTCTTTTCCTTCTCCAGAAGTAAGGCTATTAT-  48

seq1  GACTTGTA-CCCAGTAGCCATGGCAACTAGAACAGGCCAGTACATGGCAC  96
      |||||||| |||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||
seq2  GACTTGTACCCCAGTAGCCATG--CACTAGAACAGG-CAGTACATGGCAC  95

seq1  CCAGATCGACGGTAATAGTAATGAGTCTATTAATACCAGCTATGGACGGT  146
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCGACGGTAATAGT-ATGAGTCTATTAATACCAGCTATGGACGGT  144

seq1  GGAAATGATGAACAGTAGACCCTCCAGATTTTGTTCCTCCAGCTTCTCAC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGATGAACAGTAGACCCTCCAGATTTTGTTCCTCCAGCTTCTCAC  194

seq1  AGTCGCATGTGATCTTGGGAACGGCTAGAGAATATGGTTAAGTGGGACAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGCATGTGATCTTGGGAACGGCTAGAGAATATGGTTAAGTGGGACAT  244

seq1  TAAAATTGGGACTCTATTGTGCACTTTCCAGAAGTCCTCATCCATGCGGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGGGACTCTATTGTGCACTTTCCAGAAGTCCTCATCCATGCGGC  294

seq1  ACTTGGCTGCAAGATGATGGTTTTAGGGTTACCCATATGCTTACAAGTAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGCTGCAAGATGATGGTTTTAGGGTTACCCATATGCTTACAAGTAA  344

seq1  ACCTCTAGCCATCCCCTTTAAGCAAGACCAAAAAAGCTCATTGGGCTTAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTAGCCATCCCCTTTAAGCAAGACCAAAAAAGCTCATTGGGCTTAC  394

seq1  TAATGACTTTGGTGACATTATACTTTTTGGTCTGCCATTAATGCCCATCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACTTTGGTGACATTATACTTTTTGGTCTGCCATTAATGCCCATCT  444

seq1  GTAATGAATAGGCTTGGTTTGCATCTCCCAGGAAACGTTAATGTAAAAGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAATAGGCTTGGTTTGCATCTCCCAGGAAACGTTAATGTAAAAGG  494

seq1  TCTTGTGCAGCCCAGGCTGACTTTGAACTCTCTGTGTACTGGGAGACCTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGCAGCCCAGGCTGACTTTGAACTCTCTGTGTACTGGGAGACCTT  544

seq1  CAACTGTGTCTTTTGGGATTGCAGGTATGGCTCCCAAGCCTGGAAATCAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTGTCTTTTGGGATTGCAGGTATGGCTCCCAAGCCTGGAAATCAA  594

seq1  CTCATCTTAGCATTCTGGTATTCCGCATTGTTCAGAGGTGCTTACAAACT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTTAGCATTCTGGTATTCCGCATTGTTCAGAGGTGCTTACAAACT  644

seq1  TAGCAGGAAGATAGGGTCCCTCTTCTGGACTAGTTCATACGATCCTTGAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGGAAGATAGGGTCCCTCTTCTGGACTAGTTCATACGATCCTTGAT  694

seq1  CTGGCATGACAGCAGCAGACTGATTGGGAAAAGGTGTCCTAAGGATGCGC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATGACAGCAGCAGACTGATTGGGAAAAGGTGTCCTAAGGATGCGC  744

seq1  TCTGTCTTGTGATGTTATGACTATAAGAATGTAACGTTTCAATCCTGTGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTTGTGATGTTATGACTATAAGAATGTAACGTTTCAATCCTGTGC  794

seq1  TGCACAGGCCACACCCACTGCGACAGTCCTTTCCCTCTCAGACAGGATAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGGCCACACCCACTGCGACAGTCCTTTCCCTCTCAGACAGGATAG  844

seq1  ACTCTGTCCAGACTGACTCTACAGACACTAGCTAACAGGCTTCCAGAAGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTCCAGACTGACTCTACAGACACTAGCTAACAGGCTTCCAGAAGC  894

seq1  TCTCATCTGGAAAGTGAGCTTAGATCAATGTGGGTATTGGTAGCTGCGTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCTGGAAAGTGAGCTTAGATCAATGTGGGTATTGGTAGCTGCGTA  944

seq1  CCCTGCACTCTACCCCCTTCCCAGCCTTTAGGTATCACAGAGCCTAGCTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCACTCTACCCCCTTCCCAGCCTTTAGGTATCACAGAGCCTAGCTA  994

seq1  TAGGCTTAGGCTAAGACATCTCCTGCATTCTTAGAAAAGCGTAAGAAGCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTAGGCTAAGACATCTCCTGCATTCTTAGAAAAGCGTAAGAAGCC  1044

seq1  CACGGCTGCCTAGGGGGTTCTGGTTCTTCTCTTAAGAGCTTCCATTATGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGCTGCCTAGGGGGTTCTGGTTCTTCTCTTAAGAGCTTCCATTATGT  1094

seq1  GGTTTGTCTCTGATGTTAATGACTGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTCTCTGATGTTAATGACTGAATTC  1124

seq1: chr5_132066349_132067415
seq2: B6Ng01-155O18.g_68_1116

seq1  GAATTCCAGTGCTATATTCTGTGTGCTGGGACAAGCTACAAAACTACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGCTATATTCTGTGTGCTGGGACAAGCTACAAAACTACACA  50

seq1  AATTGTGACTTGCTATTGGCACAGACGGGCTACTCCTGAGGCTGCAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGACTTGCTATTGGCACAGACGGGCTACTCCTGAGGCTGCAATGA  100

seq1  CCGACACCTGAAGCTTGAGTCGTCAACCCTGCATGCATTAGAAACACTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGACACCTGAAGCTTGAGTCGTCAACCCTGCATGCATTAGAAACACTGG  150

seq1  AGGGATCAGAACAGTAGATTTCCCTGTCTACTACCAATTCTCAGAAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCAGAACAGTAGATTTCCCTGTCTACTACCAATTCTCAGAAATAA  200

seq1  GACAACCTTTTTGGTTTTTTTTTTTTAGTGGTATACTATTAGTACTTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACCTTTTTGGTTTTTTTTTTTTAGTGGTATACTATTAGTACTTTCT  250

seq1  ATATTTTTGTCTGCAGTACTGGGGATTAGACCAAGGGCCTCAAGAATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTGTCTGCAGTACTGGGGATTAGACCAAGGGCCTCAAGAATGCT  300

seq1  AGGCAAGAGTTCTACCACTGAGCCCTGTCCCCAGACCTCACTTGACTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAGAGTTCTACCACTGAGCCCTGTCCCCAGACCTCACTTGACTTTT  350

seq1  TGTTTTGAGACAGCATCTTGGTTAGTTTCCCCAAGTTCAGGCTGGCATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGAGACAGCATCTTGGTTAGTTTCCCCAAGTTCAGGCTGGCATTG  400

seq1  AACTTACTTTGTAGCCCAGCAAATCCTTGAACCTAATAAGTCCCCCGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTACTTTGTAGCCCAGCAAATCCTTGAACCTAATAAGTCCCCCGCCT  450

seq1  CAGCTCTGCAACACCAAATCCTGCTACACAGATTAGCATTTTGAAAATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGCAACACCAAATCCTGCTACACAGATTAGCATTTTGAAAATCC  500

seq1  TTTCAGACCATGAGAGTTGATCAGTGACAATTTAGCCCTACCTACAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGACCATGAGAGTTGATCAGTGACAATTTAGCCCTACCTACAAATA  550

seq1  GATTACTGGGTTAGACCTCTGCTTCAGATGGTTTGGTCCATGCTGGATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACTGGGTTAGACCTCTGCTTCAGATGGTTTGGTCCATGCTGGATAG  600

seq1  CCACAGAAATAAATGGCATTTGCAGCCACACACACCCATGCTCTAGCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAAATAAATGGCATTTGCAGCCACACACACCCATGCTCTAGCACA  650

seq1  TCTCATATTATTCCTGTAGCTGAGCAGCCATAGTGAGGGCTGCACCAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATATTATTCCTGTAGCTGAGCAGCCATAGTGAGGGCTGCACCAACT  700

seq1  TAGCACACTGTGTGTGTGTGCCTTCTGGGTGGCTCATTCAGTAACACTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACACTGTGTGTGTGTGCCTTCTGGGTGGCTCATTCAGTAACACTGA  750

seq1  CTGACACAGGGCACTCATCAGAGATAAACAGAAATTAGACTGGTCCTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACACAGGGCACTCATCAGAGATAAACAGAAATTAGACTGGTCCTGCA  800

seq1  TCCTCAGGAACCTCACGTCCTAGGTCACATCGCAGTAGAAGGGGAC-AAA  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCCTCAGGAACCTCACGTCCTAGGTCACATCGCAGTAGAAGGGGACAAAA  850

seq1  AAACTTTCTTAAGTTAGGAAAACTAACCAAGGTGCATGAGGGTGATTGTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAACTTTCTTAAGTTAGGAAAACTAACCAAGGTGCATGA-GGTGATTGTA  899

seq1  AGTGTGGTAAGTATTCCATTACTCCAGAAATGTTGAATGTGTGGGTGAAA  949
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGTGTGGTAAGTATTCCATTACT-CAGAAATGTTG-ATGTGTGGGTGAAA  947

seq1  CAGAACCCCAACAGCTAGCACTCAGTCAGGTGATAATTGTGAAAGTAAAC  999
      ||||  |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||
seq2  CAGA--CCCAACAGCTAGCACTCAGTCA-GTGA-AATTGTGAAAGT-AAC  992

seq1  TGGTCCGATGTTATTCCCTTGTTTACTGTAATATGTGTTTAGTGAACACG  1049
      ||   ||||||||||||||   ||||||| ||||||| ||||||   || 
seq2  TG--TCGATGTTATTCCCT--GTTACTGT-ATATGTG-TTAGTG---ACC  1033

seq1  GTGTTAATGCACCACATA  1067
      | ||  ||||||||||||
seq2  GGGT--ATGCACCACATA  1049