BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156C09
Chromosome5 (Build37)
Map Location 70,452,880 - 70,564,415
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKctd8, LOC545756, Yipf7, Guf1, Gnpda2
Downstream geneGabrg1, Gabra2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156C09.bB6Ng01-156C09.g
ACCDH950729DH950730
length1,1491,144
definitionDH950729|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156C09, 5' end.DH950730|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156C09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,563,261 - 70,564,415)(70,452,880 - 70,454,033)
sequence
gaattcaataaattacttatgagggtctctagtatattcatcacagtaac
tataaagttttgataatacataaatggttattttccaatttgtggaaaat
attggatattaattttataaatacataaatctctacatagtttctaaata
agtaaataaaacaatataatagcataatgagatgcattccttgtctgttc
aatgcttgcagtagatccaaggaaggtactaattaataagggagtctcac
atcacaagactgctaaaattgtactaaaatcctcgggaactcattcaaac
cattcagtctcatttatgtgtaactaaccatagctgatgcttcagaacaa
caaaaaaaaagtacttgaaagtacagaacacttcatacaacatctttttc
acctctactaatagaaagcagaaggtgactgtcaaaacttttcagaaatg
taaaccaagaacaaacaaataagaagcagaaggaaactgtggtataagag
ccaaatataagtataataatatttgaaaaatgttcacactttgttatttc
ttcttcgtgagtttcatgtgttttgcaaattgtatcttgggtattctgag
ctttggggttaatatccagttatcagtgagtgcatattatctgtattttt
ttgtgattggtttacctcacttaggatgatatcttccagatccatctatt
tttctaagaatttcttaaattcattgttttaagttgctgcatagtactcc
atttgtgtaaatgtaccacattttatgaatccattcctctgttgtgggac
atctgggttctttccagcttcttgctactataaataaagctgctatgaac
atagtagaacatgtgtccttattacatgttgaagcatcttctgggtatat
gatcaggaatggtattgctggatcttctggtagtactatgtccagttttc
ttagaaggggaacaaaatacccatggaagtagttacaaagccaaagttca
gagccatctcataaacaaccaccaaaccagacagtattgtggatgcacag
agctgctgacagaagcctgattatagctgtcctcacgaagggtttgccag
cgcctgactaatacaggagtggatgctgacagtctctcattggatggag
gaattcatgaaatgacatagcctgaagtcattatcaatatgcatgtttat
tcacacacttattaaacttccaatcactggatataacttttagtggtagc
aaatatcactttccattctaatgacttttttagtataaaatttcaatata
tatatatatatatatacatatatatatatgatattaaaataattttcaac
ttctgttcatcattatgtctttcatccagcagatgataaaatgtcaaata
tttttataaatcgtcttttcctctttgattacaaattttacttctttttc
ttaacgtatcagttatatggattagtgttgacatagtaatctatggtggt
catgattggtatttctgaaatgattgttcatatatattggaattaaacag
acaatgaacagaaagaatagcatgaaagtagctttgagcatgatctttca
gagggagatgttttccagagcataaagatacaggttctaggacagtctct
cctatccattgtccttttagagaacatcctctttttctctagatatgctg
tcaaatgttcccactgtgtgatgtacttgtaaatgttactccaatatttt
gttatgaataattagaagttaaagatatggcattatttagtaaaatgatc
tctgcagttatgattttcttgatgctctagagaggtgcttatcctatgct
gagtgagctttaaatagagtgataagagtcattacaatgcattagatgaa
aagatattaacaccaacaaaagcacatgaaataccccagatactggagat
taagtagcaagccaggtagcacccagagtattgtatgtttttttctctac
atcctaaccttgttgaatgcaacactgatttcagatatctgggatccaca
actgtcaaagcaaagttctatgccatgatctttgtaactcctgatagtgg
ctgataccagccagaggagaggaggtaaatgcataccttatacattatgt
ttaaaagtgattaatccttgatcttctttaaggcagatgtattgccagtg
tcaacattgtgaagaatataaaaagcaatagcatactgatgattaacctg
attgccttaatgttatgaaacatgttgacacttctatagaaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_70563261_70564415
seq2: B6Ng01-156C09.b_47_1195 (reverse)

seq1  CTCCATCCAATGGATGACTGTCAGCATCCACTTCTGTATTAGTCAGGCGC  50
      ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCCATCCAATGAGAGACTGTCAGCATCCACTCCTGTATTAGTCAGGCGC  50

seq1  TGGCAGAACCCTTTCGTGA-GACAGCTAT-ATCAGGCTTCTGTCAGCAAG  98
      ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  TGGCA-AACCC-TTCGTGAGGACAGCTATAATCAGGCTTCTGTCAGC-AG  97

seq1  CTCTTGTTGGCATCCACAATACTGTCTGGTTTTGGTGGTTGTTTATGAGA  148
      ||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTC-TGT--GCATCCACAATACTGTCTGG-TTTGGTGGTTGTTTATGAGA  143

seq1  TGGCTCTGAACTTTGGCTTTGTAACTACTTCCATGGGTATTTTGTTCCCC  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGGCTCTGAACTTTGGCTTTGTAACTACTTCCATGGGTATTTTGTT-CCC  192

seq1  CTTCTAAGAAAACTGGACATAGTACTACCAGAAGATCCAGCAATACCATT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAAGAAAACTGGACATAGTACTACCAGAAGATCCAGCAATACCATT  242

seq1  CCTGATCATATACCCAGAAGATGCTTCAACATGTAATAAGGACACATGTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATCATATACCCAGAAGATGCTTCAACATGTAATAAGGACACATGTT  292

seq1  CTACTATGTTCATAGCAGCTTTATTTATAGTAGCAAGAAGCTGGAAAGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTATGTTCATAGCAGCTTTATTTATAGTAGCAAGAAGCTGGAAAGAA  342

seq1  CCCAGATGTCCCACAACAGAGGAATGGATTCATAAAATGTGGTACATTTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATGTCCCACAACAGAGGAATGGATTCATAAAATGTGGTACATTTA  392

seq1  CACAAATGGAGTACTATGCAGCAACTTAAAACAATGAATTTAAGAAATTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATGGAGTACTATGCAGCAACTTAAAACAATGAATTTAAGAAATTC  442

seq1  TTAGAAAAATAGATGGATCTGGAAGATATCATCCTAAGTGAGGTAAACCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAAAATAGATGGATCTGGAAGATATCATCCTAAGTGAGGTAAACCA  492

seq1  ATCACAAAAAAATACAGATAATATGCACTCACTGATAACTGGATATTAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAAAAAATACAGATAATATGCACTCACTGATAACTGGATATTAAC  542

seq1  CCCAAAGCTCAGAATACCCAAGATACAATTTGCAAAACACATGAAACTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGCTCAGAATACCCAAGATACAATTTGCAAAACACATGAAACTCA  592

seq1  CGAAGAAGAAATAACAAAGTGTGAACATTTTTCAAATATTATTATACTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGAAGAAATAACAAAGTGTGAACATTTTTCAAATATTATTATACTTA  642

seq1  TATTTGGCTCTTATACCACAGTTTCCTTCTGCTTCTTATTTGTTTGTTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGCTCTTATACCACAGTTTCCTTCTGCTTCTTATTTGTTTGTTCT  692

seq1  TGGTTTACATTTCTGAAAAGTTTTGACAGTCACCTTCTGCTTTCTATTAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTACATTTCTGAAAAGTTTTGACAGTCACCTTCTGCTTTCTATTAG  742

seq1  TAGAGGTGAAAAAGATGTTGTATGAAGTGTTCTGTACTTTCAAGTACTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTGAAAAAGATGTTGTATGAAGTGTTCTGTACTTTCAAGTACTTT  792

seq1  TTTTTTGTTGTTCTGAAGCATCAGCTATGGTTAGTTACACATAAATGAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGTTGTTCTGAAGCATCAGCTATGGTTAGTTACACATAAATGAGA  842

seq1  CTGAATGGTTTGAATGAGTTCCCGAGGATTTTAGTACAATTTTAGCAGTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGGTTTGAATGAGTTCCCGAGGATTTTAGTACAATTTTAGCAGTC  892

seq1  TTGTGATGTGAGACTCCCTTATTAATTAGTACCTTCCTTGGATCTACTGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATGTGAGACTCCCTTATTAATTAGTACCTTCCTTGGATCTACTGC  942

seq1  AAGCATTGAACAGACAAGGAATGCATCTCATTATGCTATTATATTGTTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTGAACAGACAAGGAATGCATCTCATTATGCTATTATATTGTTTT  992

seq1  ATTTACTTATTTAGAAACTATGTAGAGATTTATGTATTTATAAAATTAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTTATTTAGAAACTATGTAGAGATTTATGTATTTATAAAATTAAT  1042

seq1  ATCCAATATTTTCCACAAATTGGAAAATAACCATTTATGTATTATCAAAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAATATTTTCCACAAATTGGAAAATAACCATTTATGTATTATCAAAA  1092

seq1  CTTTATAGTTACTGTGATGAATATACTAGAGACCCTCATAAGTAATTTAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATAGTTACTGTGATGAATATACTAGAGACCCTCATAAGTAATTTAT  1142

seq1  TGAATTC  1155
      |||||||
seq2  TGAATTC  1149

seq1: chr5_70452880_70454033
seq2: B6Ng01-156C09.g_65_1208

seq1  GAATTCATGAAATGACATAGCCTGAAGTCATTATCAATATGCATGTTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAAATGACATAGCCTGAAGTCATTATCAATATGCATGTTTAT  50

seq1  TCACACACTTATTAAACTTCCAATCACTGGATATAACTTTTAGTGGTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACTTATTAAACTTCCAATCACTGGATATAACTTTTAGTGGTAGC  100

seq1  AAATATCACTTTCCATTCTAATGACTTTTTTAGTATAAAATTTCA--ATA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  AAATATCACTTTCCATTCTAATGACTTTTTTAGTATAAAATTTCAATATA  150

seq1  TATATATATATATATACATATATATATATGATATTAAAATAATTTTCAAC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATACATATATATATATGATATTAAAATAATTTTCAAC  200

seq1  TTCTGTTCATCATTATGTCTTTCATCCAGCAGATGATAAAATGTCAAATA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTCATCATTATGTCTTTCATCCAGCAGATGATAAAATGTCAAATA  250

seq1  TTTTTATAAATCGTCTTTTCCTCTTTGATTACAAATTTTACTTCTTTTTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATAAATCGTCTTTTCCTCTTTGATTACAAATTTTACTTCTTTTTC  300

seq1  TTAACGTATCAGTTATATGGATTAGTGTTGACATAGTAATCTATGGTGGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACGTATCAGTTATATGGATTAGTGTTGACATAGTAATCTATGGTGGT  350

seq1  CATGATTGGTATTTCTGAAATGATTGTTCATATATATTGGAATTAAACAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTGGTATTTCTGAAATGATTGTTCATATATATTGGAATTAAACAG  400

seq1  ACAATGAACAGAAAGAATAGCATGAAAGTAGCTTTGAGCATGATCTTTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAACAGAAAGAATAGCATGAAAGTAGCTTTGAGCATGATCTTTCA  450

seq1  GAGGGAGATGTTTTCCAGAGCATAAAGATACAGGTTCTAGGACAGTCTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGATGTTTTCCAGAGCATAAAGATACAGGTTCTAGGACAGTCTCT  500

seq1  CCTATCCATTGTCCTTTTAGAGAACATCCTCTTTTTCTCTAGATATGCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCATTGTCCTTTTAGAGAACATCCTCTTTTTCTCTAGATATGCTG  550

seq1  TCAAATGTTCCCACTGTGTGATGTACTTGTAAATGTTACTCCAATATTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTTCCCACTGTGTGATGTACTTGTAAATGTTACTCCAATATTTT  600

seq1  GTTATGAATAATTAGAAGTTAAAGATATGGCATTATTTAGTAAAATGATC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGAATAATTAGAAGTTAAAGATATGGCATTATTTAGTAAAATGATC  650

seq1  TCTGCAGTTATGATTTTCTTGATGCTCTAGAGAGGTGCTTATCCTATGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGTTATGATTTTCTTGATGCTCTAGAGAGGTGCTTATCCTATGCT  700

seq1  GAGTGAGCTTTAAATAGAGTGATAAGAGTCATTACAATGCATTAGATGAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGCTTTAAATAGAGTGATAAGAGTCATTACAATGCATTAGATGAA  750

seq1  AAGATATTAACACCAACAAAAGCACATGAAATACCCCAGATACTGGAGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATTAACACCAACAAAAGCACATGAAATACCCCAGATACTGGAGAT  800

seq1  TAAGTAGCAAGCCAGGTAGCACCCAGAGTATTGTATGTTTTTTTCTCTAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGCAAGCCAGGTAGCACCCAGAGTATTGTATGTTTTTTTCTCTAC  850

seq1  ATCCTAACCTTGTTGAATGCAACACTGATTTCAGATATCTGGGATCCACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAACCTTGTTGAATGCAACACTGATTTCAGATATCTGGGATCCACA  900

seq1  ACTGTCAAAAGCAAAGTTCTATGCCATGATCTTTGTAACTCCTGATAGTG  948
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTC-AAAGCAAAGTTCTATGCCATGATCTTTGTAACTCCTGATAGTG  949

seq1  GCTGATACCAGCCAGAGGAGAGGAGGTAAATGCATACCTTATACATTAAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCTGATACCAGCCAGAGGAGAGGAGGTAAATGCATACCTTATACATT-AT  998

seq1  GTTTAAAAGGTGGATTAACCCTTGAATCTCCTTAAGGCAGGATGTATTGC  1048
      |||||||||   |||||| ||||||   || |||||||| ||||||||||
seq2  GTTTAAAAG--TGATTAATCCTTGATCTTCTTTAAGGCA-GATGTATTGC  1045

seq1  CAGGTGTCAACATTGTTGAGAATAT-AAAAGCAATTAGCATACCTGATGA  1097
      || |||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||| |||||||
seq2  CA-GTGTCAACATTGTGAAGAATATAAAAAGCAA-TAGCATA-CTGATGA  1092

seq1  TTTAAACCTGATTGCCTTAATGTTATGAACCATGTTGACACTTTCCTATA  1147
      ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||
seq2  TT--AACCTGATTGCCTTAATGTTATGAAACATGTTGACACTT--CTATA  1138

seq1  GACAACA  1154
      || ||||
seq2  GA-AACA  1144