BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156K01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 42,841,194 - 42,969,384
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG636612
Upstream geneRab28, Bapx1, A230054D04Rik, LOC384308, LOC100040588
Downstream geneLOC433883, EG665934, Cpeb2, C1qtnf7, 4833430A08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156K01.bB6Ng01-156K01.g
ACCDH951081DH951082
length1,1041,146
definitionDH951081|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156K01, 5' end.DH951082|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156K01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,841,194 - 42,842,316)(42,968,218 - 42,969,384)
sequence
gaattcatgatattgctatgatatgctttgatgctatttgattataatct
aaacacactttaagtttaaatttattcaattattttagttaggctgtttt
gtagttgctgtttgttttgtgattgagaatcaatactgcttatggacact
atttgcaaaaaaatatttctcgctctggaaaacaagcaattctgccaaga
gtattactcagaaagaagtattaatgattcaagaataccaaagccattag
ctactgccaaccagactgctttaaataaggtgtattggaaaaggtcgcag
ctgaacgggaaaccaagagacattagttctattctgggcttggcgtccat
gtgaccttcagcacttcactcaatttttcttgttcttccgtttgctcagg
tttcaaaaaattggaatgataacaccaggttgctcagtgctgtcattaga
ggagcacgatacttggactcctgagtcccaactaatggagcagatttcct
tgcagcaatagttcctgtgttctgtgttctgtagtcacttttaaccacgt
ttcttcgttgctttaatgcttcaagaattaattcttaaacattgcattgt
tccatttgattggctgttgccgttatagataatgggttaaatatatcctt
ggcttttaaatcagtccatttcaactgaatacatgaaacattgatagact
atgtagtgagaatcttggtctctttaaacacaaaatgttataagaatatg
tttttgctttaatcccggctgtgggttaccaggctgcttcagatggtcca
cagggacagattatgatttgcctcatgcccaggtcagggcatgatttttt
tccagctgtagatagtttctgcaagtgcatgatgctgtggaattctggca
ctcttgagaggctataaagttgttagcaccctgattgggggagggatggc
tgccactgctgccctgctgtgctggttgctgtgccaatgagatatccgag
atatcctgatgacagatcaacttgcatgaggagcttgatgtccttatcag
cggaagtgctaagagaatcacactccttcccactttaaccttctttcttc
tacc
gaattctgtgtgagtgtattcatttgcataggaacactgcatacataaaa
atataggcatgtatttatgtaggagagttcttttattttttcgtgttttg
gtattccttactctgcttcatttctccttgttgaatcacagaagctgtta
ctaagcgagtgagatgctggatggagaatgcaaagacaatgaagtgaatg
gattgatattgatagagacagatgatgcctacttagccttttggacatag
gaagaggaggttagcaaaagaaaatatcatgaagagttttaaggactttt
agagattgcaaacataaatccaggaagcagtaatttggcgtaaattttaa
ttatttcctaatattgggcaggtatgtctctcaatcagctttactgcaca
gagagaaattattaaatatattaaatagcagcctatatttgtgaagttgc
atatggtactacacacacatgcacatacatttaattaatacagaagtgta
caagcctataagtgtagaggttacagactgagtttcacagtaatatctat
gaacagtgagaaattacttatctttgttaagcatagcactattcttaatt
gcatttgttaggtgaaatattattttcaggcctttggaaacaactctgta
agcagaaataatactagatgaatggaagagtctcacaactaatttaacta
aagggggccgttatacactcaaagaataaatatttacaatcaatccatgt
gagattatggtcaaaagaggcctaaaatattttccttcaaagtttacttt
ctcatttgactagtatgatcatgaacaggtgactttctctctgcacctta
gtttcctcatcacaaaatgaaaattatggcattaaactgtcacaggacca
gcagcatgtttaataaagtaaaatgccccaagcatttgatattgcctatt
ttagtgcagaataaatgttagtagccatatgtcagtgactggtgctctgc
tgtcaacccagagaagactcctgtcactcattcatacctcataaagttct
tagcacactatcatcatgtagaatacatgatatgcatgtcttgaattttc
catagatacatgaatagctaactctagggttaactgtatgcctcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_42841194_42842316
seq2: B6Ng01-156K01.b_41_1144

seq1  GAATTCATGATATTGCTATGATATGCTTTGATGCTATTTGATTATAATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGATATTGCTATGATATGCTTTGATGCTATTTGATTATAATCT  50

seq1  AAACACACTTTAAGTTTAAATTTATTCAATTATTTTAGTTAGGCTGTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACACTTTAAGTTTAAATTTATTCAATTATTTTAGTTAGGCTGTTTT  100

seq1  GTAGTTGCTGTTTGTTTTGTGATTGAGAATCAATACTGCTTATGGACACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTGCTGTTTGTTTTGTGATTGAGAATCAATACTGCTTATGGACACT  150

seq1  ATTTGCAAAAAAATATTTCTCGCTCTGGAAAACAAGCAATTCTGCCAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCAAAAAAATATTTCTCGCTCTGGAAAACAAGCAATTCTGCCAAGA  200

seq1  GTATTACTCAGAAAGAAGTATTAATGATTCAAGAATACCAAAGCCATTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTACTCAGAAAGAAGTATTAATGATTCAAGAATACCAAAGCCATTAG  250

seq1  CTACTGCCAACCAGACTGCTTTAAATAAGGTGTATTGGAAAAGGTCGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGCCAACCAGACTGCTTTAAATAAGGTGTATTGGAAAAGGTCGCAG  300

seq1  CTGAACGGGAAACCAAGAGACATTAGTTCTATTCTGGGCTTGGCGTCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACGGGAAACCAAGAGACATTAGTTCTATTCTGGGCTTGGCGTCCAT  350

seq1  GTGACCTTCAGCACTTCACTCAATTTTTCTTGTTCTTCCGTTTGCTCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTTCAGCACTTCACTCAATTTTTCTTGTTCTTCCGTTTGCTCAGG  400

seq1  TTTCAAAAAATTGGAATGATAACACCAGGTTGCTCAGTGCTGTCATTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAAAATTGGAATGATAACACCAGGTTGCTCAGTGCTGTCATTAGA  450

seq1  GGAGCACGATACTTGGACTCCTGAGTCCCAACTAATGGAGCAGATTTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCACGATACTTGGACTCCTGAGTCCCAACTAATGGAGCAGATTTCCT  500

seq1  TGCAGCAATAGTTCCTGTGTTCTGTGTTCTGTAGTCACTTTTAACCACGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCAATAGTTCCTGTGTTCTGTGTTCTGTAGTCACTTTTAACCACGT  550

seq1  TTCTTCGTTGCTTTAATGCTTCAAGAATTAATTCTTAAACATTGCATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCGTTGCTTTAATGCTTCAAGAATTAATTCTTAAACATTGCATTGT  600

seq1  TCCATTTGATTGGCTGTTGCCGTTATAGATAATGGGTTAAATATATCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTGATTGGCTGTTGCCGTTATAGATAATGGGTTAAATATATCCTT  650

seq1  GGCTTTTAAATCAGTCCATTTCAACTGAATACATGAAACATTGATAGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTAAATCAGTCCATTTCAACTGAATACATGAAACATTGATAGACT  700

seq1  ATGTAGTGAGAATCTTGGTCTCTTTAAACACAAAATGTTATAAGAATATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTGAGAATCTTGGTCTCTTTAAACACAAAATGTTATAAGAATATG  750

seq1  TTTTTGCTTTAATCCCGGCTGTGGGTTACCAGGCTGCTTCAGATGGTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCTTTAATCCCGGCTGTGGGTTACCAGGCTGCTTCAGATGGTCCA  800

seq1  CAGGGACAGATTATGATTTGCCTCATGCCCAGGTCAGGGCATGATTTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGACAGATTATGATTTGCCTCATGCCCAGGTCAGGGCATGATTTTTT  850

seq1  TCCAGCTGTAGATAGTTTCTGCAAGTGCATGATGCTGTGGAATTCTGGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCCAGCTGTAGATAGTTTCTGCAAGTGCATGATGCTGTGGAATTCTGGC-  899

seq1  ACTCTTGAGAGGCTATAAAGTTGTTAGCACCCTGATTGGGGGAGGGATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGAGAGGCTATAAAGTTGTTAGCACCCTGATTGGGGGAGGGATGG  949

seq1  CTGCCACTGCTGCCCCTGCTGTTGCTGGTTGCTGGTGCCAATTGGAGATA  1000
      |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||
seq2  CTGCCACTGCTG-CCCTGCTG-TGCTGGTTGCT-GTGCCAAT--GAGATA  994

seq1  TCCGAGATATCCTGATGACAAAGATCAAACTTGCCATGAGGAGCTTGATG  1050
      |||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  TCCGAGATATCCTGATGAC--AGATC-AACTTG-CATGAGGAGCTTGATG  1040

seq1  TCCCTAATCAGCCGGAAGTGGTCTAAGGAGATCAACACTCCCTCCCCACT  1100
      | ||| ||||| ||||||||  |||| ||||   ||||| ||| ||||| 
seq2  T-CCTTATCAG-CGGAAGTG--CTAA-GAGAATCACACT-CCTTCCCAC-  1083

seq1  TTTAACCTTCTTTCTTTCCTACC  1123
      ||||||||||||||||  |||||
seq2  TTTAACCTTCTTTCTT--CTACC  1104

seq1: chr5_42968218_42969384
seq2: B6Ng01-156K01.g_67_1212 (reverse)

seq1  TTGAAGCATACAGTTAACACCTAGAGTTAGCCTATCTAATGTATACTAAT  50
      |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||| |||  
seq2  TTGAGGCATACAGTTAAC-CCTAGAGTTAG-CTAT-TCATGTAT-CTA--  44

seq1  GAGAAAAATACAAAGGACATTGCATATCATGTATTCCTTACATGATGGAT  100
        | ||||| |||  |||| ||||||||||||||||  |||||||| |||
seq2  -TGGAAAATTCAA--GACA-TGCATATCATGTATTC--TACATGAT-GAT  87

seq1  AGTGTGCTAAGAACTTTATGA-GTATGGAATGAAGGTGACAGGAGTCTTC  149
      ||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||
seq2  AGTGTGCTAAGAACTTTATGAGGTAT-GAATGA--GTGACAGGAGTCTTC  134

seq1  TCTGGGGTTGACAGCAGAACCACCAGTCACTGACATATGGCTACTAACAT  199
      ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCT-GGGTTGACAGCAG-AGCACCAGTCACTGACATATGGCTACTAACAT  182

seq1  TTATTCTGCACTTAAAATAGGCAATATTCAAAATGCTTGGGGCATTTTAC  249
      ||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTGCAC-TAAAATAGGCAATAT--CAAATGCTTGGGGCATTTTAC  229

seq1  TTTATTAAACATTGCTGCTGGTCCTGTGACAGTTTAATGCCATAATTTTC  299
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAAACA-TGCTGCTGGTCCTGTGACAGTTTAATGCCATAATTTTC  278

seq1  ATTTTGTGATGAGGAAACTAAGGTGCAGAGAGAAAGTCACCTGTTCATGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTGATGAGGAAACTAAGGTGCAGAGAGAAAGTCACCTGTTCATGA  328

seq1  TCATACTAGTCAAATGAGAAAGTAAACTTTGAAGGAAAATATTTTAGGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACTAGTCAAATGAGAAAGTAAACTTTGAAGGAAAATATTTTAGGCC  378

seq1  TCTTTTGACCATAATCTCACATGGATTGATTGTAAATATTTATTCTTTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGACCATAATCTCACATGGATTGATTGTAAATATTTATTCTTTGA  428

seq1  GTGTATAACGGCCCCCTTTAGTTAAATTAGTTGTGAGACTCTTCCATTCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATAACGGCCCCCTTTAGTTAAATTAGTTGTGAGACTCTTCCATTCA  478

seq1  TCTAGTATTATTTCTGCTTACAGAGTTGTTTCCAAAGGCCTGAAAATAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTATTATTTCTGCTTACAGAGTTGTTTCCAAAGGCCTGAAAATAAT  528

seq1  ATTTCACCTAACAAATGCAATTAAGAATAGTGCTATGCTTAACAAAGATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACCTAACAAATGCAATTAAGAATAGTGCTATGCTTAACAAAGATA  578

seq1  AGTAATTTCTCACTGTTCATAGATATTACTGTGAAACTCAGTCTGTAACC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTTCTCACTGTTCATAGATATTACTGTGAAACTCAGTCTGTAACC  628

seq1  TCTACACTTATAGGCTTGTACACTTCTGTATTAATTAAATGTATGTGCAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACACTTATAGGCTTGTACACTTCTGTATTAATTAAATGTATGTGCAT  678

seq1  GTGTGTGTAGTACCATATGCAACTTCACAAATATAGGCTGCTATTTAATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTAGTACCATATGCAACTTCACAAATATAGGCTGCTATTTAATA  728

seq1  TATTTAATAATTTCTCTCTGTGCAGTAAAGCTGATTGAGAGACATACCTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAATAATTTCTCTCTGTGCAGTAAAGCTGATTGAGAGACATACCTG  778

seq1  CCCAATATTAGGAAATAATTAAAATTTACGCCAAATTACTGCTTCCTGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATATTAGGAAATAATTAAAATTTACGCCAAATTACTGCTTCCTGGA  828

seq1  TTTATGTTTGCAATCTCTAAAAGTCCTTAAAACTCTTCATGATATTTTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTTTGCAATCTCTAAAAGTCCTTAAAACTCTTCATGATATTTTCT  878

seq1  TTTGCTAACCTCCTCTTCCTATGTCCAAAAGGCTAAGTAGGCATCATCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTAACCTCCTCTTCCTATGTCCAAAAGGCTAAGTAGGCATCATCTG  928

seq1  TCTCTATCAATATCAATCCATTCACTTCATTGTCTTTGCATTCTCCATCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATCAATATCAATCCATTCACTTCATTGTCTTTGCATTCTCCATCC  978

seq1  AGCATCTCACTCGCTTAGTAACAGCTTCTGTGATTCAACAAGGAGAAATG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTCACTCGCTTAGTAACAGCTTCTGTGATTCAACAAGGAGAAATG  1028

seq1  AAGCAGAGTAAGGAATACCAAAACACGAAAAAATAAAAGAACTCTCCTAC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGTAAGGAATACCAAAACACGAAAAAATAAAAGAACTCTCCTAC  1078

seq1  ATAAATACATGCCTATATTTTTATGTATGCAGTGTTCCTATGCAAATGAA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATACATGCCTATATTTTTATGTATGCAGTGTTCCTATGCAAATGAA  1128

seq1  TACACTCACACAGAATTC  1167
      ||||||||||||||||||
seq2  TACACTCACACAGAATTC  1146