BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157J22
Chromosome5 (Build37)
Map Location 57,117,673 - 57,338,146
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041335
Upstream genenone
Downstream geneLOC100041349, LOC666455, LOC625721, EG666465, Pcdh7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157J22.bB6Ng01-157J22.g
ACCDH951802DH951803
length1,1111,083
definitionDH951802|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157J22, 5' end.DH951803|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157J22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,337,021 - 57,338,146)(57,117,673 - 57,118,763)
sequence
gaattcttttgcaatgttaaaagaaactgtgtgtgttgctatctcctaag
gatcaaagggctgggatcacatgatactgattctttgataatctaaagga
aaccaggagtaaaagactggattaatatgtagaataaaagactggatgtg
tgagccattcggatttctttttaggattaaaagagaactgtttggagaaa
tgaccaacctagagacacacagagacacaaagacaaacagacagagacac
actcacaagcaagcaggacagagagatttcttggagtagtgagcaagcag
aatatagacaaggaaatctccagagagaatgcagaacataaagagaagca
gatagaaaagctatatttagcagaacacagatcatcattagcttgcatcc
acgattggatgagtccttccttttgctgcttccacacagcgctcttctca
gaactcctctccatgccaagacagaatagaaaaaagacagacacaccacc
aagtgaacaaaagttcgagtcaggtaggttggtcacactctgaagaatgc
ctgcatctacagcagctaagcatctatagcatgggggtgaggagttatcc
agtttcaggcattgttctctgtttacaaattagtcagattctcttggctt
ccctacattatttgaaaaatattttaatttactattttacaaactaattg
gatgccagtgatttgtttagagctgtttagatatcaaattcataatgccc
tatatagagatgtacaaaggaaagccaaagaatgggatgtagattccata
gtggcatccagacaagcctgcatcacccatcaaaatgttgacaatgaact
actactacgaagtataatagcattgtcttgacttaatctgccacatacat
ccttttggcatatacccaactttatagaagttttataatgtaactaaaat
ccttaaacatagcagataacacacacacacagattatatatataatgttg
atacacttgtgtctgtctagtggtgtgtagggtggaaagacactaagtca
cgacacttcttataaaaggttacattataagggctgttctacttcgaggt
tagtttatttt
gaattcctgcatatctacagaaggaaaatatcttactttaagatgctatt
cattagaaattgtgttccaataaagctcaatttatatccagttaattatt
tttaggcatatctagttcatcttcttgggcaacaggaatccacgtagtgg
caattctttttgattagtctatgagtagcacctatattattgctttctct
ctttttatactttttcttcaaggaactccatttttatattacaactacag
ctggcaaactaagtctgaactggggcataattttgttaaatatcatactt
actattggtcaaaaaatcacattatgttgatgtgattttcattcatgact
aattattacaacatagttataagttgagagaattatgctattaaatgata
ttggtatttatggtaaaaaattaacatacaattttccatttatactacaa
ttcattttttaaaaaagtcctaatgctggataattattttttcattaagt
agaagaattaaaatataattctttctatatcatactatctgctacttcaa
agtacaaaattgaagtaaatttataactgaaataataaatcagaaagtag
tctatacacaaacacaattttcttcattttgtaaactcaaggatgtaatt
tatctgctaagtaccaagattgatgctttcttactgttatccttttctgt
gttaataaatcgggactcagcaagcacctccaaatgttcgctcctgaccc
tacaattagctttccactgactctctttcctgattatcagcacaaaccct
tactttgagcaatcccataattagctagacaataaggtttcatgtgctaa
aatatcctgactggttgaacatttgctaaccactcatctgtcacttcccc
tggacggatctcatgcccttgtttagtaagaggactgtcagtcctgcttc
tcattaagttgacattaatgtggcctccaaaatttcagtgtagcaattaa
agtttgagctctacttaaatggcacgagctaaatctacatgctggaactt
gtactgatcttcttaaataaaagttaaaggaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_57337021_57338146
seq2: B6Ng01-157J22.b_49_1159 (reverse)

seq1  AAAATAAACTAAACCTCTGAAGTTATGAACAAGCCCTAATTAAATGTTAC  50
      |||||||||| |||||| |||||   |||| |||||| ||  ||||| ||
seq2  AAAATAAACT-AACCTC-GAAGT--AGAAC-AGCCCTTAT--AATGTAAC  43

seq1  CTTTTATAAGAGTTGTCGTGGACTTAGTGTCTTTTCACACTACAACACCA  100
      |||||||||||  |||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||| 
seq2  CTTTTATAAGAAGTGTCGT-GACTTAGTGTCTTTCCACCCTAC-ACACC-  90

seq1  ACTAAGACAAGACACAAGTGTATCAAACATTATATATATAATCTGTGTGT  150
      ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACT-AGAC-AGACACAAGTGTATC-AACATTATATATATAATCTGTGTGT  137

seq1  GTGTGTTTATCTGCTATGTTTAAGGATTTTTAGTTACATTATAAAACTTC  200
      ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTG-TTATCTGCTATGTTTAAGGA-TTTTAGTTACATTATAAAACTTC  185

seq1  TATAAAGTTGGGTATATGCCAAAAGGATGTATGTGGCAGATTAAGTCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTTGGGTATATGCCAAAAGGATGTATGTGGCAGATTAAGTCAAG  235

seq1  ACAATGCTATTATACTTCGTAGTAGTAGTTCATTGTCAACATTTTGATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCTATTATACTTCGTAGTAGTAGTTCATTGTCAACATTTTGATGG  285

seq1  GTGATGCAGGCTTGTCTGGATGCCACTATGGAATCTACATCCCATTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGCAGGCTTGTCTGGATGCCACTATGGAATCTACATCCCATTCTTT  335

seq1  GGCTTTCCTTTGTACATCTCTATATAGGGCATTATGAATTTGATATCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCCTTTGTACATCTCTATATAGGGCATTATGAATTTGATATCTAA  385

seq1  ACAGCTCTAAACAAATCACTGGCATCCAATTAGTTTGTAAAATAGTAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTCTAAACAAATCACTGGCATCCAATTAGTTTGTAAAATAGTAAAT  435

seq1  TAAAATATTTTTCAAATAATGTAGGGAAGCCAAGAGAATCTGACTAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATTTTTCAAATAATGTAGGGAAGCCAAGAGAATCTGACTAATTT  485

seq1  GTAAACAGAGAACAATGCCTGAAACTGGATAACTCCTCACCCCCATGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACAGAGAACAATGCCTGAAACTGGATAACTCCTCACCCCCATGCTA  535

seq1  TAGATGCTTAGCTGCTGTAGATGCAGGCATTCTTCAGAGTGTGACCAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCTTAGCTGCTGTAGATGCAGGCATTCTTCAGAGTGTGACCAACC  585

seq1  TACCTGACTCGAACTTTTGTTCACTTGGTGGTGTGTCTGTCTTTTTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGACTCGAACTTTTGTTCACTTGGTGGTGTGTCTGTCTTTTTTCTA  635

seq1  TTCTGTCTTGGCATGGAGAGGAGTTCTGAGAAGAGCGCTGTGTGGAAGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCTTGGCATGGAGAGGAGTTCTGAGAAGAGCGCTGTGTGGAAGCA  685

seq1  GCAAAAGGAAGGACTCATCCAATCGTGGATGCAAGCTAATGATGATCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAGGAAGGACTCATCCAATCGTGGATGCAAGCTAATGATGATCTGT  735

seq1  GTTCTGCTAAATATAGCTTTTCTATCTGCTTCTCTTTATGTTCTGCATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCTAAATATAGCTTTTCTATCTGCTTCTCTTTATGTTCTGCATTC  785

seq1  TCTCTGGAGATTTCCTTGTCTATATTCTGCTTGCTCACTACTCCAAGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGAGATTTCCTTGTCTATATTCTGCTTGCTCACTACTCCAAGAAA  835

seq1  TCTCTCTGTCCTGCTTGCTTGTGAGTGTGTCTCTGTCTGTTTGTCTTTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGTCCTGCTTGCTTGTGAGTGTGTCTCTGTCTGTTTGTCTTTGT  885

seq1  GTCTCTGTGTGTCTCTAGGTTGGTCATTTCTCCAAACAGTTCTCTTTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTGTGTCTCTAGGTTGGTCATTTCTCCAAACAGTTCTCTTTTAA  935

seq1  TCCTAAAAAGAAATCCGAATGGCTCACACATCCAGTCTTTTATTCTACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAAAAGAAATCCGAATGGCTCACACATCCAGTCTTTTATTCTACAT  985

seq1  ATTAATCCAGTCTTTTACTCCTGGTTTCCTTTAGATTATCAAAGAATCAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCCAGTCTTTTACTCCTGGTTTCCTTTAGATTATCAAAGAATCAG  1035

seq1  TATCATGTGATCCCAGCCCTTTGATCCTTAGGAGATAGCAACACACACAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATGTGATCCCAGCCCTTTGATCCTTAGGAGATAGCAACACACACAG  1085

seq1  TTTCTTTTAACATTGCAAAAGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTAACATTGCAAAAGAATTC  1111

seq1: chr5_57117673_57118763
seq2: B6Ng01-157J22.g_68_1150

seq1  GAATTCCTGCATATCTACAGAAGGAAAATATCTTACTTTAAGATGCTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCATATCTACAGAAGGAAAATATCTTACTTTAAGATGCTATT  50

seq1  CATTAGAAATTGTGTTCCAATAAAGCTCAATTTATATCCAGTTAATTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAAATTGTGTTCCAATAAAGCTCAATTTATATCCAGTTAATTATT  100

seq1  TTTAGGCATATCTAGTTCATCTTCTTGGGCAACAGGAATCCACGTAGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGCATATCTAGTTCATCTTCTTGGGCAACAGGAATCCACGTAGTGG  150

seq1  CAATTCTTTTTGATTAGTCTATGAGTAGCACCTATATTATTGCTTTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTTTTTGATTAGTCTATGAGTAGCACCTATATTATTGCTTTCTCT  200

seq1  CTTTTTATACTTTTTCTTCAAGGAACTCCATTTTTATATTACAACTACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATACTTTTTCTTCAAGGAACTCCATTTTTATATTACAACTACAG  250

seq1  CTGGCAAACTAAGTCTGAACTGGGGCATAATTTTGTTAAATATCATACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCAAACTAAGTCTGAACTGGGGCATAATTTTGTTAAATATCATACTT  300

seq1  ACTATTGGTCAAAAAATCACATTATGTTGATGTGATTTTCATTCATGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTGGTCAAAAAATCACATTATGTTGATGTGATTTTCATTCATGACT  350

seq1  AATTATTACAACATAGTTATAAGTTGAGAGAATTATGCTATTAAATGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTACAACATAGTTATAAGTTGAGAGAATTATGCTATTAAATGATA  400

seq1  TTGGTATTTATGGTAAAAAATTAACATACAATTTTCCATTTATACTACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATTTATGGTAAAAAATTAACATACAATTTTCCATTTATACTACAA  450

seq1  TTCATTTTTTAAAAAAGTCCTAATGCTGGATAATTATTTTTTCATTAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTTTTAAAAAAGTCCTAATGCTGGATAATTATTTTTTCATTAAGT  500

seq1  AGAAGAATTAAAATATAATTCTTTCTATATCATACTATCTGCTACTTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATTAAAATATAATTCTTTCTATATCATACTATCTGCTACTTCAA  550

seq1  AGTACAAAATTGAAGTAAATTTATAACTGAAATAATAAATCAGAAAGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAAATTGAAGTAAATTTATAACTGAAATAATAAATCAGAAAGTAG  600

seq1  TCTATACACAAACACAATTTTCTTCATTTTGTAAACTCAAGGATGTAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATACACAAACACAATTTTCTTCATTTTGTAAACTCAAGGATGTAATT  650

seq1  TATCTGCTAAGTACCAAGATTGATGCTTTCTTACTGTTATCCTTTTCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGCTAAGTACCAAGATTGATGCTTTCTTACTGTTATCCTTTTCTGT  700

seq1  GTTAATAAATCGGGACTCAGCAAGCACCTCCAAATGTTCGCTCCTGACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATAAATCGGGACTCAGCAAGCACCTCCAAATGTTCGCTCCTGACCC  750

seq1  TACAATTAGCTTTCCACTGACTCTCTTTCCTGATTATCAGCACAAACCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTAGCTTTCCACTGACTCTCTTTCCTGATTATCAGCACAAACCCT  800

seq1  TACTTTGAGCAATCCCATAATTAGCTAGACAATAAGGTTTCATGTGCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGAGCAATCCCATAATTAGCTAGACAATAAGGTTTCATGTGCTAA  850

seq1  AATATCCTGACTGGTTGAACATTTGCTAACCACTCATCTGTCACTTCCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCTGACTGGTTGAACATTTGCTAACCACTCATCTGTCACTTCCCC  900

seq1  TGGACGGATCTCATGCCCTTGTTTAGTTAAGAGGACTGTCAGTCCTGCTT  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACGGATCTCATGCCCTTGTTTAG-TAAGAGGACTGTCAGTCCTGCTT  949

seq1  CTCATTAAGTTGACATTAATGTGGCCTCCAAAATTTCAGTGTAGCAATTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAAGTTGACATTAATGTGGCCTCCAAAATTTCAGTGTAGCAATTA  999

seq1  AAAGTTTTGAGCTCTACTTAAATGGCACCGAGCTAAATCCTACATGCTGG  1050
      ||   |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  AA--GTTTGAGCTCTACTTAAATGGCA-CGAGCTAAAT-CTACATGCTGG  1045

seq1  AACTTGTACTGATCTTTCTTAAAATAAAAATTTAAAAGAAA  1091
      |||||||||||||| ||||||||   |||| ||||| ||||
seq2  AACTTGTACTGATC-TTCTTAAA--TAAAAGTTAAAGGAAA  1083