BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158E17
Chromosome5 (Build37)
Map Location 15,977,569 - 16,081,791
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668121, Hgf
Upstream geneSpeer8-ps1, Speer4c, Speer4d, 4930572O03Rik, Speer7-ps1, 4930519H02Rik, LOC100041781, Cacna2d1
Downstream geneEG668131, LOC626390, LOC668142, LOC100041749, LOC100041832, Speer4f, EG630927, Sema3c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158E17.bB6Ng01-158E17.g
ACCDH952285DH952286
length1,1061,020
definitionDH952285|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158E17, 5' end.DH952286|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158E17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,977,569 - 15,978,700)(16,080,760 - 16,081,791)
sequence
gaattcatgatcttcttgccctaactgcttatatgtccttgtgtgatcat
tcttgtatttaagtcttatacattttaaggtgggaatggtggttcatact
tgtaatatcaacattcaggagaccgatgcaaaagaaccacaggtttagga
tgcttggagagtcaccatgagcgcctagccagcctgggctgcagtaagaa
tcagaatgatggtttggtttgcataattcatattttgaatgtctttgtta
tgtgtttttaatcttttcaaaaaagtataacagtttctgagacatagatc
cattcactataaaatggacagggctattacaaatcaacttacataaaaca
agctggccaaacaccatcatccctttgattaacctaaaggagttggttag
tgcagctagtattttgcagattattgatgtcacatactggccaacaggaa
gtctgttgaaaagataactctgttctttgttgtcaaatgaaacattatca
tattagatagggtcatcttgtgccttgctactggaaaatctcaaacaatt
ttgaaataggaaaaactgtatgaaattcaacttgtgacacatttcctctg
agctatgtaacttaactgattcagtgtcaatggcttcattccttgccatt
gaaagcattggcactgggtggacagcctaaatggtaaagcttgaagttaa
atgtataacacaaaaagggaacaccaaactttctatgaggtggaaaaacc
acatccagaaaaacagtttgtctgcttgcaagtcctttggtgatttgatt
tttgacgcatatattcttcttcctggctttaggttaaaatcatgcaagcc
tctctccatgaaattcctatttactgccagcaagtcattgatacaattct
tgaaaacccagttagtcatattctgtaattgcaagtcttatagactagtt
agtggagaactgaggagtgatatgtgaacatattttgtacacttagatgt
attttgaagtagacaagaagttatcagatagtgcttttatttttgaaaaa
aaaaccttttatatagctatactctgagacatcttctaggtatggatcca
ctacaa
gaattcttgcctactaaatattgggaatgttttgatatgtgactcgagaa
tgatgttttcttttgaaatgtttacttttataatgtcacaggacattaac
tattcactgtccggaatatatgatttctacattggattggttcatctact
ttcttctcatataggatagtttctgaagtaagacaagggaccagttcagt
tcctttcatgtgatatgaagattgcccaggatacaatcaggaagcgtctg
cactgtaaacgagggtgttgtgagagctgaaggaggatgttcaggctaac
catgctgtttccacactgaagggctccatataggctatgcctcaccacag
tgtagttttctatatgaatggaataaatttatttagtgatccccatttat
ttaaggggaagtgaggtttgatgttttcaatgaaaatggtgcagcattca
ttattgttgtttgctcctttgtatttagttaaaaaaaaaagtagattacc
taagtttagtttcacataatacataagcctcccaaatgtccaaattccat
tgtaatgtactactcataactggtttctgcagtttgtaataatatgtctg
ctaataaaattgaatataattattttctgggaagcatttctgtgggaatt
attataaaatattttcagacttagatttttaatagcattaggaaaaaatt
actacatagatgaaattaatgaccatataacatgactactttccagagtg
aatgtggtagatcaatgtgcttccatatttaatgtgcattaaaatcacct
ttaaaggtcaaatccttgttaagcaggtttgggctaggttattagtgata
aggtctcagaagatactgatgctgttgactcggggcagcaccttgtgatc
tattcgaacttctagtatatgaagtaatagtttttaggaaagtagatttt
ctaggcataatctagttaaaatgatatagtacacaggatacagaacattg
aaggaaataatgttatgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_15977569_15978700
seq2: B6Ng01-158E17.b_46_1151

seq1  GAATTCATGATCTTCTTGCCCTAACTGCTTATATGTCCTTGTGTGATCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGATCTTCTTGCCCTAACTGCTTATATGTCCTTGTGTGATCAT  50

seq1  TCTTGTATTTAAGTCTTATACATTTTAAGGTGGGAATGGTGGTTCATACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTATTTAAGTCTTATACATTTTAAGGTGGGAATGGTGGTTCATACT  100

seq1  TGTAATATCAACATTCAGGAGACCGATGCAAAAGAACCACAGGTTTAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATATCAACATTCAGGAGACCGATGCAAAAGAACCACAGGTTTAGGA  150

seq1  TGCTTGGAGAGTCACCATGAGCGCCTAGCCAGCCTGGGCTGCAGTAAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGAGAGTCACCATGAGCGCCTAGCCAGCCTGGGCTGCAGTAAGAA  200

seq1  TCAGAATGATGGTTTGGTTTGCATAATTCATATTTTGAATGTCTTTGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATGATGGTTTGGTTTGCATAATTCATATTTTGAATGTCTTTGTTA  250

seq1  TGTGTTTTTAATCTTTTCAAAAAAGTATAACAGTTTCTGAGACATAGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTTTAATCTTTTCAAAAAAGTATAACAGTTTCTGAGACATAGATC  300

seq1  CATTCACTATAAAATGGACAGGGCTATTACAAATCAACTTACATAAAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACTATAAAATGGACAGGGCTATTACAAATCAACTTACATAAAACA  350

seq1  AGCTGGCCAAACACCATCATCCCTTTGATTAACCTAAAGGAGTTGGTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCCAAACACCATCATCCCTTTGATTAACCTAAAGGAGTTGGTTAG  400

seq1  TGCAGCTAGTATTTTGCAGATTATTGATGTCACATACTGGCCAACAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTAGTATTTTGCAGATTATTGATGTCACATACTGGCCAACAGGAA  450

seq1  GTCTGTTGAAAAGATAACTCTGTTCTTTGTTGTCAAATGAAACATTATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTGAAAAGATAACTCTGTTCTTTGTTGTCAAATGAAACATTATCA  500

seq1  TATTAGATAGGGTCATCTTGTGCCTTGCTACTGGAAAATCTCAAACAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGATAGGGTCATCTTGTGCCTTGCTACTGGAAAATCTCAAACAATT  550

seq1  TTGAAATAGGAAAAACTGTATGAAATTCAACTTGTGACACATTTCCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATAGGAAAAACTGTATGAAATTCAACTTGTGACACATTTCCTCTG  600

seq1  AGCTATGTAACTTAACTGATTCAGTGTCAATGGCTTCATTCCTTGCCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATGTAACTTAACTGATTCAGTGTCAATGGCTTCATTCCTTGCCATT  650

seq1  GAAAGCATTGGCACTGGGTGGACAGCCTAAATGGTAAAGCTTGAAGTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCATTGGCACTGGGTGGACAGCCTAAATGGTAAAGCTTGAAGTTAA  700

seq1  ATGTATAACACAAAAAGGGAACACCAAACTTTCTATGAGGTGGAAAAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAACACAAAAAGGGAACACCAAACTTTCTATGAGGTGGAAAAACC  750

seq1  ACATCCAGAAAAACAGTTTGTCTGCTTGCAAGTCCTTTGGTGATTTGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCAGAAAAACAGTTTGTCTGCTTGCAAGTCCTTTGGTGATTTGATT  800

seq1  TTTGACGCATATATTCTTCTTCCTGGCTTTAGGTTAAAATCATGCAAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACGCATATATTCTTCTTCCTGGCTTTAGGTTAAAATCATGCAAGCC  850

seq1  TCTCTCCATGAAATTCCTATTTACTGCCAGCAAGTCATTGATACAATTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCATGAAATTCCTATTTACTGCCAGCAAGTCATTGATACAATTCT  900

seq1  TGAAAAACCCAGTTAGTCATATTCTGTAATTGCAAGTCTTATAGACTAGG  950
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TG-AAAACCCAGTTAGTCATATTCTGTAATTGCAAGTCTTATAGACTA-G  948

seq1  TTAGTGGAGAACTGAGGAGTGATATGTGGAAACATATTTTGTACAACTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||
seq2  TTAGTGGAGAACTGAGGAGTGATATGTG--AACATATTTTGTAC-ACTTA  995

seq1  GATGTATTTTGAAAGTAGACAAAGAAAGTTATCAGATAGTGGCTTTTATT  1050
      ||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||
seq2  GATGTATTTTG-AAGTAGACAA--GAAGTTATCAGATAGT-GCTTTTATT  1041

seq1  TTTTGAAAAAAAAAAAACCTTTTTAATAATTAAGCTTAATACTCTGAGAA  1100
      |||     |||||||||||||||     ||  ||||  |||||||||| |
seq2  TTT----GAAAAAAAAACCTTTT-----ATATAGCT--ATACTCTGAG-A  1079

seq1  CAATTCTTCTAGTGTATGGGATCACACTACAA  1132
      ||  |||||||| |||| ||||| ||||||||
seq2  CA--TCTTCTAG-GTAT-GGATC-CACTACAA  1106

seq1: chr5_16080760_16081791
seq2: B6Ng01-158E17.g_68_1087 (reverse)

seq1  AAACATAACATTATTTTCTTTCAAATTGTTCCTGTATCCTGTGTACTATA  50
      ||||||||||||| |||| |||||  |||| |||||||||||||||||||
seq2  AAACATAACATTA-TTTCCTTCAA--TGTT-CTGTATCCTGTGTACTATA  46

seq1  TCAATTTTTACCTAGATTTTAATGCCTAAGAAAATCTACTTTCCTAAAAA  100
      |||  ||||| |||||||   |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCA--TTTTAACTAGATT---ATGCCT-AGAAAATCTACTTTCCTAAAAA  90

seq1  CTATTACTTCATATACTTAGAAGTTTCGAATAGATCACAAGGTGCTGCCC  150
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTACTTCATATAC-TAGAAG-TTCGAATAGATCACAAGGTGCTGCCC  138

seq1  CGAGTCAACAGCATCAGTATCTTCTGAGACCTTATCACTAATAACCTAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTCAACAGCATCAGTATCTTCTGAGACCTTATCACTAATAACCTAGC  188

seq1  CCAAACCTGCTTAACAAGGATTTGACCTTTAAAGGTGATTTTAATGCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCTGCTTAACAAGGATTTGACCTTTAAAGGTGATTTTAATGCACA  238

seq1  TTAAATATGGAAGCACATTGATCTACCACATTCACTCTGGAAAGTAGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATATGGAAGCACATTGATCTACCACATTCACTCTGGAAAGTAGTCA  288

seq1  TGTTATATGGTCATTAATTTCATCTATGTAGTAATTTTTTCCTAATGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATATGGTCATTAATTTCATCTATGTAGTAATTTTTTCCTAATGCTA  338

seq1  TTAAAAATCTAAGTCTGAAAATATTTTATAATAATTCCCACAGAAATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATCTAAGTCTGAAAATATTTTATAATAATTCCCACAGAAATGCT  388

seq1  TCCCAGAAAATAATTATATTCAATTTTATTAGCAGACATATTATTACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGAAAATAATTATATTCAATTTTATTAGCAGACATATTATTACAAA  438

seq1  CTGCAGAAACCAGTTATGAGTAGTACATTACAATGGAATTTGGACATTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAAACCAGTTATGAGTAGTACATTACAATGGAATTTGGACATTTG  488

seq1  GGAGGCTTATGTATTATGTGAAACTAAACTTAGGTAATCTACTTTTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTTATGTATTATGTGAAACTAAACTTAGGTAATCTACTTTTTTTT  538

seq1  TTAACTAAATACAAAGGAGCAAACAACAATAATGAATGCTGCACCATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTAAATACAAAGGAGCAAACAACAATAATGAATGCTGCACCATTTT  588

seq1  CATTGAAAACATCAAACCTCACTTCCCCTTAAATAAATGGGGATCACTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAAAACATCAAACCTCACTTCCCCTTAAATAAATGGGGATCACTAA  638

seq1  ATAAATTTATTCCATTCATATAGAAAACTACACTGTGGTGAGGCATAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTATTCCATTCATATAGAAAACTACACTGTGGTGAGGCATAGCC  688

seq1  TATATGGAGCCCTTCAGTGTGGAAACAGCATGGTTAGCCTGAACATCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGGAGCCCTTCAGTGTGGAAACAGCATGGTTAGCCTGAACATCCTC  738

seq1  CTTCAGCTCTCACAACACCCTCGTTTACAGTGCAGACGCTTCCTGATTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCTCTCACAACACCCTCGTTTACAGTGCAGACGCTTCCTGATTGT  788

seq1  ATCCTGGGCAATCTTCATATCACATGAAAGGAACTGAACTGGTCCCTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGGCAATCTTCATATCACATGAAAGGAACTGAACTGGTCCCTTGT  838

seq1  CTTACTTCAGAAACTATCCTATATGAGAAGAAAGTAGATGAACCAATCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTCAGAAACTATCCTATATGAGAAGAAAGTAGATGAACCAATCCA  888

seq1  ATGTAGAAATCATATATTCCGGACAGTGAATAGTTAATGTCCTGTGACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGAAATCATATATTCCGGACAGTGAATAGTTAATGTCCTGTGACAT  938

seq1  TATAAAAGTAAACATTTCAAAAGAAAACATCATTCTCGAGTCACATATCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAAGTAAACATTTCAAAAGAAAACATCATTCTCGAGTCACATATCA  988

seq1  AAACATTCCCAATATTTAGTAGGCAAGAATTC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTCCCAATATTTAGTAGGCAAGAATTC  1020