BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-160K11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 119,658,343 - 119,817,577
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTmem118, 2410131K14Rik, LOC665162, Thrap2, LOC100039488, EG665194
Downstream geneLOC100039529, LOC100039542, Tbx3, EG433945, Tbx5, Rbm19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-160K11.bB6Ng01-160K11.g
ACCDH953971DH953972
length1,1061,093
definitionDH953971|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160K11, 5' end.DH953972|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-160K11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,816,469 - 119,817,577)(119,658,343 - 119,659,446)
sequence
gaattcttccatcaaagcattgctacacacacacacacacacacacacac
acacgcacatttattcgtgagttcctttatccctccatgcatccaatcat
ctttccatccgtcccttcactcatctacttacctaccttccaatcatcca
ttcatgcatccacccaaatacccactcatccatctatctcctccctctct
ttcaccttccctccctccatccaactctccaaacctctatctccatttca
ccatcccttcatccattcatgaatccatccatccatccgtccacccatct
atccatccatccatccatcacccatctgtccacctgtctacccatctaac
aattcacctatccacccacccacccatccttccatccacccatccacata
tccagccaaccagccatcacccatccatccatccatccatccatccatcc
atccatccactcatcatttcttccttacgcacatccatccacacatccct
tccattatccccctgttctgcctgatttcaccctgttaacaattttaaaa
agaaatcagaacagtttccctgaagtggatatggacacttttctgtctat
tatctttcttttcctccttcctttccttccttccttccttctttcccttc
ctgcccatcctttcccattctatcacactctctccctcttccctcaaggg
ggttatgggaatgaaaataagatggacccagagagctggtgaagggaata
aatagcttggtgacagcttggtttcagagacagatgaaaatcgtagcctt
aaggaaagttcagggaagcccaagcagagagctgatggacagtctgactt
gtcgagggtgaaatcgattaaagtacatcaaatccagagttcatgccttc
ttagactgaccaaatctatgctggaaactgagaaagacgaagagaagaaa
aatgtctttgacctcttgaagaccggctgtcttctgtcaggggagcccag
gctggagttgagatgcatcgtgatgaatgatagagccggccagccacctc
aaaaaaagaccagggggggaaaaggttaccaagagacccaaatgtgaggg
aattca
gaattcccagatgtcacgccagtagcaagcctgagagccaggccgtacac
gaaagcagcggtggtagatccaccgagctttttaaagacacaggtcactc
ccagccagcacctgctcccgcattggtgctgtggactatgtgctggatcc
gacctccctgtggcatgcagaccttgaaaggatgccaaacagcaccctga
cctctacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
caccgcggcgtcagtgacacctccagattcgtgactgcttcatatcccct
ggacatgtttccataaacttttgagtcatacatgacttctctttccttca
tacccatgcaccctgtgctctggtgccctttgaccttcaccctctactca
gacagatgaccagtctcctctctctcctcatctgagccacgccccttccc
cgtcccccattgcttcttcaggccccgccaggctttcagctcctgttcct
ttctcctgtgatggactcttagctgaatgatcaaaagctgtgtgagcgca
aagctctgccatggctccctagctcccttacagcgaaagcacagcctgta
atccttgcgggggaatcccggctgccccctcactgcccaccaggctttct
tgggccgagtcaacaggaaggaaagcgattcatcccagtctcaagtgcag
ttctaagagtctccttaccaccacgcgcctcttccccgacctcaggatga
gactatgatgatctaagcaagctccagatcaccccaaacctgtatgaact
gatgctcagcagcgtgtgtgagcagtattgcttcatacagggggatgttt
gttacacagccaaacgtagctggatctaactgatacacctcactgatttc
ggtcagttttggcttctgacacagggtctcactctgagcccagctagcct
tgagcagagctgttctgctttagtctctccagtggctgcactccgtgcct
ttgtactttctgatactgaagacattgtgtccaagcctccacatgtaagt
caagtgatgcaaagagctttctcagccatgaacgagcacccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_119816469_119817577
seq2: B6Ng01-160K11.b_43_1148 (reverse)

seq1  TGAATT-CCTCACATTTTGGGTCTCTTTGGTAACCTTTTCACCCCCCTGT  49
      |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| 
seq2  TGAATTCCCTCACA-TTTGGGTCTC-TTGGTAACCTTTTC-CCCCCCTGG  47

seq1  TCTTTTTTTGAGGTGGCTGGCCGGCTCTTATCATTCATCACGAATGCATC  99
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
seq2  TCTTTTTTTGAGGTGGCTGGCCGGCTC-TATCATTCATCACG-ATGCATC  95

seq1  TC-ACTCCAGCCTGGGCTCCCCTGACAGAAAGAACAGCCGGTCTTCAAGA  148
      || |||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  TCAACTCCAGCCTGGGCTCCCCTGACAGAA--GACAGCCGGTCTTCAAGA  143

seq1  GGTCAAAGACATTTTTC-TCTCTTCGTCTTTCTCAGTTTCCAGCATAGAT  197
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAAAGACATTTTTCTTCTCTTCGTCTTTCTCAGTTTCCAGCATAGAT  193

seq1  TT-GTCAGTCTAAGAAGGCATGAACTCTGGATTTGATGTACTTTAATCGA  246
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCAGTCTAAGAAGGCATGAACTCTGGATTTGATGTACTTTAATCGA  243

seq1  TTTCACCCTCGACAAGTCAGACTGTCCATCAGCTCTCTGCTTGGGCTTCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCCTCGACAAGTCAGACTGTCCATCAGCTCTCTGCTTGGGCTTCC  293

seq1  CTGAACTTTCCTTAAGGCTACGATTTTCATCTGTCTCTGAAACCAAGCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTTTCCTTAAGGCTACGATTTTCATCTGTCTCTGAAACCAAGCTG  343

seq1  TCACCAAGCTATTTATTCCCTTCACCAGCTCTCTGGGTCCATCTTATTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAAGCTATTTATTCCCTTCACCAGCTCTCTGGGTCCATCTTATTTT  393

seq1  CATTCCCATAACCCCCTTGAGGGAAGAGGGAGAGAGTGTGATAGAATGGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCATAACCCCCTTGAGGGAAGAGGGAGAGAGTGTGATAGAATGGG  443

seq1  AAAGGATGGGCAGGAAGGGAAAGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAGGAAGGAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATGGGCAGGAAGGGAAAGAAGGAAGGAAGGAAGGAAAGGAAGGAG  493

seq1  GAAAAGAAAGATAATAGACAGAAAAGTGTCCATATCCACTTCAGGGAAAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAAGATAATAGACAGAAAAGTGTCCATATCCACTTCAGGGAAAC  543

seq1  TGTTCTGATTTCTTTTTAAAATTGTTAACAGGGTGAAATCAGGCAGAACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGATTTCTTTTTAAAATTGTTAACAGGGTGAAATCAGGCAGAACA  593

seq1  GGGGGATAATGGAAGGGATGTGTGGATGGATGTGCGTAAGGAAGAAATGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGATAATGGAAGGGATGTGTGGATGGATGTGCGTAAGGAAGAAATGA  643

seq1  TGAGTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGGTGATGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGGTGATGG  693

seq1  CTGGTTGGCTGGATATGTGGATGGGTGGATGGAAGGATGGGTGGGTGGGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGGCTGGATATGTGGATGGGTGGATGGAAGGATGGGTGGGTGGGT  743

seq1  GGATAGGTGAATTGTTAGATGGGTAGACAGGTGGACAGATGGGTGATGGA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGGTGAATTGTTAGATGGGTAGACAGGTGGACAGATGGGTGATGGA  793

seq1  TGGATGGATGGATAGATGGGTGGACGGATGGATGGATGGATTCATGAATG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGATGGATAGATGGGTGGACGGATGGATGGATGGATTCATGAATG  843

seq1  GATGAAGGGATGGTGAAATGGAGATAGAGGTTTGGAGAGTTGGATGGAGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGGGATGGTGAAATGGAGATAGAGGTTTGGAGAGTTGGATGGAGG  893

seq1  GAGGGAAGGTGAAAGAGAGGGAGGAGATAGATGGATGAGTGGGTATTTGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAAGGTGAAAGAGAGGGAGGAGATAGATGGATGAGTGGGTATTTGG  943

seq1  GTGGATGCATGAATGGATGATTGGAAGGTAGGTAAGTAGATGAGTGAAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATGCATGAATGGATGATTGGAAGGTAGGTAAGTAGATGAGTGAAGG  993

seq1  GACGGATGGAAAGATGATTGGATGCATGGAGGGATAAAGGAACTCACGAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGATGGAAAGATGATTGGATGCATGGAGGGATAAAGGAACTCACGAA  1043

seq1  TAAATGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCAATGCTTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGCAATGCTTT  1093

seq1  GATGGAAGAATTC  1109
      |||||||||||||
seq2  GATGGAAGAATTC  1106

seq1: chr5_119658343_119659446
seq2: B6Ng01-160K11.g_65_1157

seq1  GAATTCCCAGATGTCACGCCAGTAGCAAGCCTGAGAGCCAGGCCGTACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGATGTCACGCCAGTAGCAAGCCTGAGAGCCAGGCCGTACAC  50

seq1  GAAAGCAGCGGTGGTAGATCCACCGAGCTTTTTAAAGACACAGGTCACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCAGCGGTGGTAGATCCACCGAGCTTTTTAAAGACACAGGTCACTC  100

seq1  CCAGCCAGCACCTGCTCCCGCATTGGTGCTGTGGACTATGTGCTGGATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCAGCACCTGCTCCCGCATTGGTGCTGTGGACTATGTGCTGGATCC  150

seq1  GACCTCCCTGTGGCATGCAGACCTTGAAAGGATGCCAAACAGCACCCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCCCTGTGGCATGCAGACCTTGAAAGGATGCCAAACAGCACCCTGA  200

seq1  CCTCTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACA  250

seq1  CACCGCGGCGTCAGTGACACCTCCAGATTCGTGACTGCTTCATATCCCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCGGCGTCAGTGACACCTCCAGATTCGTGACTGCTTCATATCCCCT  300

seq1  GGACATGTTTCCATAAACTTTTGAGTCATACATGACTTCTCTTTCCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGTTTCCATAAACTTTTGAGTCATACATGACTTCTCTTTCCTTCA  350

seq1  TACCCATGCACCCTGTGCTCTGGTGCCCTTTGACCTTCACCCTCTACTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCATGCACCCTGTGCTCTGGTGCCCTTTGACCTTCACCCTCTACTCA  400

seq1  GACAGATGACCAGTCTCCTCTCTCTCCTCATCTGAGCCACGCCCCTTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATGACCAGTCTCCTCTCTCTCCTCATCTGAGCCACGCCCCTTCCC  450

seq1  CGTCCCCCATTGCTTCTTCAGGCCCCGCCAGGCTTTCAGCTCCTGTTCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCCCCATTGCTTCTTCAGGCCCCGCCAGGCTTTCAGCTCCTGTTCCT  500

seq1  TTCTCCTGTGATGGACTCTTAGCTGAATGATCAAAAGCTGTGTGAGCGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGTGATGGACTCTTAGCTGAATGATCAAAAGCTGTGTGAGCGCA  550

seq1  AAGCTCTGCCATGGCTCCCTAGCTCCCTTACAGCGAAAGCACAGCCTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCTGCCATGGCTCCCTAGCTCCCTTACAGCGAAAGCACAGCCTGTA  600

seq1  ATCCTTGCGGGGGAATCCCGGCTGCCCCCTCACTGCCCACCAGGCTTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTGCGGGGGAATCCCGGCTGCCCCCTCACTGCCCACCAGGCTTTCT  650

seq1  TGGGCCGAGTCAACAGGAAGGAAAGCGATTCATCCCAGTCTCAAGTGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCGAGTCAACAGGAAGGAAAGCGATTCATCCCAGTCTCAAGTGCAG  700

seq1  TTCTAAGAGTCTCCTTACCACCACGCGCCTCTTCCCCGACCTCAGGATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGAGTCTCCTTACCACCACGCGCCTCTTCCCCGACCTCAGGATGA  750

seq1  GACTATGATGATCTAAGCAAGCTCCAGATCACCCCAAACCTGTATGAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGATGATCTAAGCAAGCTCCAGATCACCCCAAACCTGTATGAACT  800

seq1  GATGCTCAGCAGCGTGTGTGAGCAGTATTGCTTCATACA-GGGGATGTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATGCTCAGCAGCGTGTGTGAGCAGTATTGCTTCATACAGGGGGATGTTT  850

seq1  GTTACACAGCCAAACGTAGCTGGATCTAACTGATACACCTCACTGATTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACACAGCCAAACGTAGCTGGATCTAACTGATACACCTCACTGATTTC  900

seq1  GGTCAGTTTTTGGCTTCTGACACAGGGTCTCACTCTGTAGCCCAGGCTAG  949
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  GGTCAG-TTTTGGCTTCTGACACAGGGTCTCACTCTG-AGCCCA-GCTAG  947

seq1  CCTTGAGCAGGAGCTGTTCTTGCTTTAGTCTCTTCCAGGTGGGCTGCACT  999
      ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||   |||||||||
seq2  CCTTGAGCA-GAGCTGTTC-TGCTTTAGTCTC-TCCAG--TGGCTGCACT  992

seq1  CCGTGCCTTTGGTACTTTCTGATACTGGAGACAATTGTGTCCAAGGCCTC  1049
      |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||
seq2  CCGTGCCTTT-GTACTTTCTGATACTGAAGAC-ATTGTGTCCAA-GCCTC  1039

seq1  CAGCATGTAAGGTCAGTGATGCAGAGAGCTTTCTCAGCCATGACCGAGCA  1099
      || ||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CA-CATGTAAGTCAAGTGATGCAAAGAGCTTTCTCAGCCATGAACGAGCA  1088

seq1  CCCAT  1104
      |||||
seq2  CCCAT  1093