BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161K11
Chromosome5 (Build37)
Map Location 38,897,952 - 39,043,130
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr1, 4930421P07Rik
Upstream geneStk32b, Cytl1, Msx1, Stx18, Nsg1, LOC100040397, Zfp509, Lyar, Tmem128, Otop1, Drd5, 4930487D11Rik, Slc2a9
Downstream gene6820424L24Rik, Clnk, LOC384174, Hs3st1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161K11.bB6Ng01-161K11.g
ACCDH954711DH954712
length1,131183
definitionDH954711|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161K11, 5' end.DH954712|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161K11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,041,991 - 39,043,130)(38,897,952 - 38,898,134)
sequence
gaattcagaggtacccaggtagtctataattattctcagagcattgagaa
taagtgttaactagaggcattctttatgttaatccctctgacacctcatt
aggcatttccaactcattaaaccatgttgtttctctttcccttttctcta
ctatccagatctagatttatgctgcaactctgtacccacacaaggagtca
cgacttagtcgttgaacgatttgatgactccaaattgattagttggcaga
aggccaaatggggctgtcctctgcaagggagacaaagaccactgcaaagt
tgtgatgtcaaagtgtggagacggacgggctcatccacttcagcagtgtt
tgtgaattgtttcttctttgggaactgacagagcaaaaaaagcccaactc
tcacctcaaaagggataaagctagtttatcctgaagctgaatatgagtga
ccatggcccaggaaccccactgattaggctgcctcccaattctgtgttcc
agtaatggtaacagcttgaagtctttatagaggcagaacaaggaaagtca
taaatcaaggccctttcatatatattagtggaaatattcggtagacagct
gaagcaaagcaggggagaccttagctataggccttagagctatctaaaga
cactcttaaagacgtttggttcataggacctaaggttttgttcagttaat
acaatccaaaaggttttatctgttactcatcggttaggggagggatagct
attagggagctaaacgtagcacaaactaaattgcaattgggctgtggact
tgcaactttccaattgctccaccaccactaaaattcttatcagttaatca
gccttgctgaaagggttcagtggaagatgtggcttctgcccaggatcgcc
atgctatcatttgttattggatacttgagagctcttagggcagatgtgat
tgtgaacctattgtaaattacacagacagaattggaaaggggggtgctga
atcatcggtacagggatggtgctcactgtaggctccaggaagagaacctc
cctctgctagtaccttatgttgagtggatgacaacagtttcacaagtgaa
ggaaaggctggaaccagggtgagaaggccct
tctctatagccttaattcctcttagggcagtaaggtgatataggcacagg
ctcctgggattcaaatgtgaatattttgggggatatcagggatgctaatt
ttgcctgtcaccagttgttgactggtgacaacactatactaaatgtatat
ggggtttgtgtatgtgtgtgtatgagtgtgtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_39041991_39043130
seq2: B6Ng01-161K11.b_45_1175 (reverse)

seq1  AGGGCTTTCTCACCCGGGTTCCCAGCCTTT-CTCTACTGGTGAAAACTGT  49
      ||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||  ||| ||| |||||||
seq2  AGGGCCTTCTCACCCTGGTT-CCAGCCTTTCCTTCACTTGTG-AAACTGT  48

seq1  TGTTCATCCACTCAACCATAGGTAACTAGCAGAGGGAGGGTTCTCTTCCT  99
      || |||||||||||| |||| |  ||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  TG-TCATCCACTCAA-CATAAGGTACTAGCAGAGGGA-GGTTCTCTTCC-  94

seq1  TGGAGGCCTACAGTGAGCACCTTCCCTGTACCCGAATGAATGTCAGCA-C  148
      |||| |||||||||||||||| ||||||||||   ||||   |||||| |
seq2  TGGA-GCCTACAGTGAGCACCATCCCTGTACC--GATGA--TTCAGCACC  139

seq1  CCCCTTTCCAATTCTGTCTGTGTAATTTTACATAGGTTCACAATCAACAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| ||||
seq2  CCCCTTTCCAATTCTGTCTGTGTAATTTACAATAGGTTCACAATC-ACAT  188

seq1  CTGCCCCTAAGAGCTCTCAAGTATCC-ATAACAAATGATAGCATGGCGAT  247
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTG-CCCTAAGAGCTCTCAAGTATCCAATAACAAATGATAGCATGGCGAT  237

seq1  CCTGGGCAGAAGCCACATCTTCCACTGAA-CCTTTCAGCAAGGCTGATTA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGCAGAAGCCACATCTTCCACTGAACCCTTTCAGCAAGGCTGATTA  287

seq1  ACTGATAAGAATTTTAGTGGTGGTGGAGCAATTGGAAAGTTGCAAGTCCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATAAGAATTTTAGTGGTGGTGGAGCAATTGGAAAGTTGCAAGTCCA  337

seq1  CAGCCCAATTGCAATTTAGTTTGTGCTACGTTTAGCTCCCTAATAGCTAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAATTGCAATTTAGTTTGTGCTACGTTTAGCTCCCTAATAGCTAT  387

seq1  CCCTCCCCTAACCGATGAGTAACAGATAAAACCTTTTGGATTGTATTAAC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCTAACCGATGAGTAACAGATAAAACCTTTTGGATTGTATTAAC  437

seq1  TGAACAAAACCTTAGGTCCTATGAACCAAACGTCTTTAAGAGTGTCTTTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAAAACCTTAGGTCCTATGAACCAAACGTCTTTAAGAGTGTCTTTA  487

seq1  GATAGCTCTAAGGCCTATAGCTAAGGTCTCCCCTGCTTTGCTTCAGCTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTCTAAGGCCTATAGCTAAGGTCTCCCCTGCTTTGCTTCAGCTGT  537

seq1  CTACCGAATATTTCCACTAATATATATGAAAGGGCCTTGATTTATGACTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCGAATATTTCCACTAATATATATGAAAGGGCCTTGATTTATGACTT  587

seq1  TCCTTGTTCTGCCTCTATAAAGACTTCAAGCTGTTACCATTACTGGAACA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTTCTGCCTCTATAAAGACTTCAAGCTGTTACCATTACTGGAACA  637

seq1  CAGAATTGGGAGGCAGCCTAATCAGTGGGGTTCCTGGGCCATGGTCACTC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTGGGAGGCAGCCTAATCAGTGGGGTTCCTGGGCCATGGTCACTC  687

seq1  ATATTCAGCTTCAGGATAAACTAGCTTTATCCCTTTTGAGGTGAGAGTTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCAGCTTCAGGATAAACTAGCTTTATCCCTTTTGAGGTGAGAGTTG  737

seq1  GGCTTTTTTTGCTCTGTCAGTTCCCAAAGAAGAAACAATTCACAAACACT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTTTTGCTCTGTCAGTTCCCAAAGAAGAAACAATTCACAAACACT  787

seq1  GCTGAAGTGGATGAGCCCGTCCGTCTCCACACTTTGACATCACAACTTTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGTGGATGAGCCCGTCCGTCTCCACACTTTGACATCACAACTTTG  837

seq1  CAGTGGTCTTTGTCTCCCTTGCAGAGGACAGCCCCATTTGGCCTTCTGCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGTCTTTGTCTCCCTTGCAGAGGACAGCCCCATTTGGCCTTCTGCC  887

seq1  AACTAATCAATTTGGAGTCATCAAATCGTTCAACGACTAAGTCGTGACTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATCAATTTGGAGTCATCAAATCGTTCAACGACTAAGTCGTGACTC  937

seq1  CTTGTGTGGGTACAGAGTTGCAGCATAAATCTAGATCTGGATAGTAGAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTGGGTACAGAGTTGCAGCATAAATCTAGATCTGGATAGTAGAGA  987

seq1  AAAGGGAAAGAGAAACAACATGGTTTAATGAGTTGGAAATGCCTAATGAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAAAGAGAAACAACATGGTTTAATGAGTTGGAAATGCCTAATGAG  1037

seq1  GTGTCAGAGGGATTAACATAAAGAATGCCTCTAGTTAACACTTATTCTCA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGAGGGATTAACATAAAGAATGCCTCTAGTTAACACTTATTCTCA  1087

seq1  ATGCTCTGAGAATAATTATAGACTACCTGGGTACCTCTGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTGAGAATAATTATAGACTACCTGGGTACCTCTGAATTC  1131

seq1: chr5_38897952_38898134
seq2: B6Ng01-161K11.g_74_256

seq1  TCTCTATAGCCTTAATTCCTCTTAGGGCAGTAAGGTGATATAGGCACAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATAGCCTTAATTCCTCTTAGGGCAGTAAGGTGATATAGGCACAGG  50

seq1  CTCCTGGGATTCAAATGTGAATATTTTGGGGGATATCAGGGATGCTAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGGATTCAAATGTGAATATTTTGGGGGATATCAGGGATGCTAATT  100

seq1  TTGCCTGTCACCAGTTGTTGACTGGTGACAACACTATACTAAATGTATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGTCACCAGTTGTTGACTGGTGACAACACTATACTAAATGTATAT  150

seq1  GGGGTTTGTGTATGTGTGTGTATGAGTGTGTGC  183
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTTTGTGTATGTGTGTGTATGAGTGTGTGC  183