BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161M02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 128,139,223 - 128,234,850
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGlt1d1
Upstream geneLOC100040327, Tmem132c, Slc15a4
Downstream geneTmem132d, Fzd10, LOC100040398
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161M02.bB6Ng01-161M02.g
ACCDH954781DH954782
length1,052331
definitionDH954781|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161M02, 5' end.DH954782|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161M02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,233,782 - 128,234,850)(128,139,223 - 128,139,559)
sequence
gaattctaatgaatccatccattccccaggttgaactttggtggaatcac
acctcagtgtgtcattggaatcttaggaagatcaggagacatgagggagg
attttttttcaatctcccccaggaaaggcatttttaataacgcccacaca
gagagatagtggctgaggtacatatacatgtatacacaaatatatacaca
gacctaacaagtgagaagggacatatacatgcacacatgcatgcatacat
acatacatacatacatacacacacacacacacacattcatacatacacac
acatagtcaacaccatgaatcaaaagtatctgtggccaaacatctctcca
aatactgggtcacctcattcctagacatggcaccagcttccctgtgtctt
catggcttagagtagacttctgtcttcactttggagggcagaggatgggc
atgcctcttctcagccctacccacctcacagggttgctttggttctccag
acagggtctctccctggccctggtctcattggaagcctaagagatctgcc
tgcctctgcctgtccagtactggaatctcaaacatgtgccatgacacctg
gctttttaacttttttttttagatttttttaaacacatatggctgcttgc
atgtgtgtctatgtatacacgtgtgtacttggtgcccatgaaggccagaa
gagggcatcagatcctatagaactagcgttacagatggttgtgagtgtcc
atgtgggtgcttggaatagaacccaggtcctctgcaagatcagccagtgt
tcttaactgctgagccatctctccagcccctacaactggctttggagaga
aacaaaatcaaaacagaacattctgggggttgaaatcaagttgtaggctt
acatggcaagtacctttctgttactctctttctgtgagcatatacatttt
acatgtgtcatctgtacagaaaacaggtagcatgtactagtttgatacat
cagcatcactagagataacatagctgtgggctgctgaacagataaataga
tg
ttttaggtagattttggaggagagactttgattcatgtaccgtgaacagc
agatgatgtgttttgagcaatgtagtcttaatcttgctggaggaaaagcc
agctttggttttgaactttatgtgcagacttaactcaggctgtactttgg
gtaattgtacctaattagtccaaagcgagaccagatatcagtaatcctag
tttgaaagataagattacgggtgcttccacgtccctggggctttctttcc
tctttctcctcctcctcctccctcacctcttcctcctccctcccctcctc
cacctccccttctctccctgctcctccccgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_128233782_128234850
seq2: B6Ng01-161M02.b_45_1096 (reverse)

seq1  CATCTATTTATCTGTTCAGCAGCCCACAAGGCCTATGTTTATCCTCCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||    ||||| |||| |||  ||
seq2  CATCTATTTATCTGTTCAGCAGCCCACA---GCTATG-TTAT-CTC--TA  43

seq1  GTGGATGCTGGATGGTATCAAACCTAGTACATGCTTACCCTGTTTTTCCT  100
      || |||||| ||| |||||||| ||||||||||||   ||||||||  ||
seq2  GT-GATGCT-GAT-GTATCAAA-CTAGTACATGCT--ACCTGTTTT--CT  85

seq1  GTACAGATGAACACATGGTAAAATGTATATGCTCACAGAAAGAGAGTAAC  150
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGATG-ACACAT-GTAAAATGTATATGCTCACAGAAAGAGAGTAAC  133

seq1  AGAAAGGTACTTGCCATGTAAGCCTACAACTTGATTTCAACCCCCAGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGTACTTGCCATGTAAGCCTACAACTTGATTTCAACCCCCAGAAT  183

seq1  GTTCTGTTTTGATTTTGTTTCTCTCCAAAGCCAGTTGTAGGGGCTGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTTTTGATTTTGTTTCTCTCCAAAGCCAGTTGTAGGGGCTGGAGA  233

seq1  GATGGCTCAGCAGTTAAGAACACTGGCTGATCTTGCAGAGGACCTGGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTCAGCAGTTAAGAACACTGGCTGATCTTGCAGAGGACCTGGGTT  283

seq1  CTATTCCAAGCACCCACATGGACACTCACAACCATCTGTAACGCTAGTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCCAAGCACCCACATGGACACTCACAACCATCTGTAACGCTAGTTC  333

seq1  TATAGGATCTGATGCCCTCTTCTGGCCTTCATGGGCACCAAGTACACACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGATCTGATGCCCTCTTCTGGCCTTCATGGGCACCAAGTACACACG  383

seq1  TGTATACATAGACACACATGCAAGCAGCCATATGTGTTTAAAAAAATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACATAGACACACATGCAAGCAGCCATATGTGTTTAAAAAAATCTA  433

seq1  AAAAAAAAAGTTAAAAAGCCAGGTGTCATGGCACATGTTTGAGATTCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGTTAAAAAGCCAGGTGTCATGGCACATGTTTGAGATTCCAG  483

seq1  TACTGGACAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTTAGGCTTCCAATGAGACCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGACAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTTAGGCTTCCAATGAGACCAG  533

seq1  GGCCAGGGAGAGACCCTGTCTGGAGAACCAAAGCAACCCTGTGAGGTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGGAGAGACCCTGTCTGGAGAACCAAAGCAACCCTGTGAGGTGGG  583

seq1  TAGGGCTGAGAAGAGGCATGCCCATCCTCTGCCCTCCAAAGTGAAGACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCTGAGAAGAGGCATGCCCATCCTCTGCCCTCCAAAGTGAAGACAG  633

seq1  AAGTCTACTCTAAGCCATGAAGACACAGGGAAGCTGGTGCCATGTCTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTACTCTAAGCCATGAAGACACAGGGAAGCTGGTGCCATGTCTAGG  683

seq1  AATGAGGTGACCCAGTATTTGGAGAGATGTTTGGCCACAGATACTTTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGTGACCCAGTATTTGGAGAGATGTTTGGCCACAGATACTTTTGA  733

seq1  TTCATGGTGTTGACTATGTGTGTGTATGTATGAATGTGTGTGTGTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGTGTTGACTATGTGTGTGTATGTATGAATGTGTGTGTGTGTGTG  783

seq1  TGTATGTATGTATGTATGTATGTATGCATGCATGTGTGCATGTATATGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGTATGTATGTATGTATGCATGCATGTGTGCATGTATATGTC  833

seq1  CCTTCTCACTTGTTAGGTCTGTGTATATATTTGTGTATACATGTATATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTCACTTGTTAGGTCTGTGTATATATTTGTGTATACATGTATATGT  883

seq1  ACCTCAGCCACTATCTCTCTGTGTGGGCGTTATTAAAAATGCCTTTCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGCCACTATCTCTCTGTGTGGGCGTTATTAAAAATGCCTTTCCTG  933

seq1  GGGGAGATTGAAAAAAAATCCTCCCTCATGTCTCCTGATCTTCCTAAGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGATTGAAAAAAAATCCTCCCTCATGTCTCCTGATCTTCCTAAGAT  983

seq1  TCCAATGACACACTGAGGTGTGATTCCACCAAAGTTCAACCTGGGGAATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGACACACTGAGGTGTGATTCCACCAAAGTTCAACCTGGGGAATG  1033

seq1  GATGGATTCATTAGAATTC  1069
      |||||||||||||||||||
seq2  GATGGATTCATTAGAATTC  1052

seq1: chr5_128139223_128139559
seq2: B6Ng01-161M02.g_68_404

seq1  GAATTCTTTTAGGTAGATTTTGGAGGAGAGACTTTGATTCATGTACCGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAGGTAGATTTTGGAGGAGAGACTTTGATTCATGTACCGTG  50

seq1  AACAGCAGATGATGTGTTTTGAGCAATGTAGTCTTAATCTTGCTGGAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCAGATGATGTGTTTTGAGCAATGTAGTCTTAATCTTGCTGGAGGA  100

seq1  AAAGCCAGCTTTGGTTTTGAACTTTATGTGCAGACTTAACTCAGGCTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAGCTTTGGTTTTGAACTTTATGTGCAGACTTAACTCAGGCTGTA  150

seq1  CTTTGGGTAATTGTACCTAATTAGTCCAAAGCGAGACCAGATATCAGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGTAATTGTACCTAATTAGTCCAAAGCGAGACCAGATATCAGTAA  200

seq1  TCCTAGTTTGAAAGATAAGATTACGGGTGCTTCCACGTCCCTGGGGCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGTTTGAAAGATAAGATTACGGGTGCTTCCACGTCCCTGGGGCTTT  250

seq1  CTTTCCTCTTTCTCCTCCTCCTCCTCCCTCACCTCTTCCTCCTCCCTCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCTTTCTCCTCCTCCTCCTCCCTCACCTCTTCCTCCTCCCTCCC  300

seq1  CTCCTCCTCCTCCCCTTCTCTCCCTCCTCCTCCCCGC  337
      ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTCCTCCACCTCCCCTTCTCTCCCTGCTCCTCCCCGC  337