BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162H04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 48,639,312 - 48,753,318
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlit2
Upstream geneLOC100040865, LOC100040876
Downstream gene4933428G09Rik, Kcnip4, LOC100041668
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162H04.bB6Ng01-162H04.g
ACCDH955284DH955285
length1,1021,116
definitionDH955284|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162H04, 5' end.DH955285|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162H04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,752,205 - 48,753,318)(48,639,312 - 48,640,444)
sequence
gaattcaaacatctgcatgtgagatgctgctggtccctgccctgacttgg
taagtaaagttgttggcaactaatagctgggcagagagacagcagcagga
ctttagatttctgggcatggaattatacgtagaaggaggttttaagagtc
accgtgccaggaaaggaatagggtgaaagctgcagaaaacaccaaaccag
ctatgtgagaatcagggaagtgtggccccaggggccactcccacaactgg
atctggggtagccgagatgaaatatgaactttagtaagaaataatttagg
aatatcggcagggagatttggtaatgcccaaccattgagctgttacggcc
tattaaaaataaggttccatgtgtgtgtctttcattcttaaatccaaaac
atttgggtgggtgtagaggaggcatgcacacctgccggagagtttaaagc
agattaacaattactgctacacaaatatgcaaagctgttacctgactttc
ccataggtaccattgcagaaacatgcacacatacacaaatataaaaataa
aattgaatttagataataggaatccgtgtaaaagataacaagttcttcag
tggtaattcaataaaatctataaatatatcttcttgttcaagcaaacact
acagaaggcacagaattttttgtcattctattttaacacatactacatat
tcaaagcaaatacatgaacatacaattaacgagttttgggttaactaatt
tctatgagaaggaaaataaaaagcattgttcacttaaccaggcaactggc
tccgaaggctgcttgagctgaaggcagtttatgttgttcctgaaacaaat
tgaatgagaatatcctagaactgtgttgtgttggcttagcttttgtctgc
acaaattcctgtgcttaaggggtaagagaacacactttaatcctgcagtt
tgagaggtctgacctgatctgataaagctacaataaagatcactatagac
tatctttctgggactctgaaagttattcagatgtgagattatgttggcat
gatgacacatgagcccttctcctctacctcaatatagctggtggaatggc
ct
gaattcaaagaaagaggataaagaggataaaggtttggaaaatttagaaa
gacaatgaaaaaataatgtcctctagagagtcatattttatctggatttg
ctttatcgaagctctggtattagtatggtttgtatatatccatttatcag
atggatacctccaattcatatttatgccactagaccagaggatacaggag
gagagtcctctcccatgtaatctttgagcctcagcatctacctcaccaaa
ggtctttgcaaactcatgccctgttcatgagctacagtatgaaaataaaa
actgctactgtcaggggtgtggctgctgccagaatgctacataaaggagg
aagtggatttagggtaatagatccgagaaggctgcacagcataagtcctg
cttgacctgagggtccagttcattatgtgactcttcccacgacagtggat
ggtgatccagttcaaaggtcctctgtcctgtcagggctcagccatgcgtc
cctggtacacatttctcttccactctgtagatcattaacagttcttctta
ctcacctcttctctctctttcagttcagaagggccctgggaaatgtgaat
agagagcaaagaaatcaaaattaccatttggctcgtgctttgatttgaac
tgtttgggactgacatatatacaaaggaaacactgcattgtgatgcttga
taaaatgtggacattgatttgcacaagataaagtgttatgattttgcaat
aatattttagagggctccctagattatgattcaattgtatacctcagttg
ctaatcagaaggtaatttagctttgaaaactgcctcacatatagctacct
cttgtgtgcaagcatgacaagtttatgaaactatttaataataatatcat
attattaatattagactacatactactatcttaaataaagtaaggtactt
tatagaaatgggtaagtacaggtctactagattgaaatgatgagatactc
tagctacttccctatgactctcatatatactgctgtaatatcaaattgta
aattggcagacggtggaggtgcaatgagcaccagagaatgactcattgct
ttatagtgtcttttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_48752205_48753318
seq2: B6Ng01-162H04.b_47_1148 (reverse)

seq1  AGGCCA-TCCACCAGCTTATATTGAGTAAGAGGAGAGGGGCCTCATGGTG  49
      |||||| ||||||||| |||||||||  |||||||| ||| ||||| |||
seq2  AGGCCATTCCACCAGC-TATATTGAGGTAGAGGAGAAGGG-CTCAT-GTG  47

seq1  TCAATCATGCCAAACATAATCTTCACAATCTGAATAAACCTTTCAGAGTT  99
      || |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||  ||||||||| |
seq2  TC-ATCATGCC-AACATAATC-TCAC-ATCTGAATAA--CTTTCAGAG-T  90

seq1  CCCAGAAAGATAGTCTTATAGTGATCTTTATTGTAGCTTTATCAGATTCA  149
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCCAGAAAGATAGTC-TATAGTGATCTTTATTGTAGCTTTATCAGA-TCA  138

seq1  GGTCAGACCTCTCAAACTGCAGGATTAAAGTGTGTTCTCTTACCCCTTAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGACCTCTCAAACTGCAGGATTAAAGTGTGTTCTCTTACCCCTTAA  188

seq1  GCACAGGAATTTGTTGCAGACAAAAGCTAAGCCAACACAACACAGTTCTA  249
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGAATTTG-TGCAGACAAAAGCTAAGCCAACACAACACAGTTCTA  237

seq1  GGATATTCTCATTCAATTTGTTTCAGGAACAACATAAACTGCCTTCAGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTCTCATTCAATTTGTTTCAGGAACAACATAAACTGCCTTCAGCT  287

seq1  CAAGCAGCCTTCGGAGCCAGTTGCCTGGTTAAGTGAACAATGCTTTTTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGCCTTCGGAGCCAGTTGCCTGGTTAAGTGAACAATGCTTTTTAT  337

seq1  TTTCCTTCTCATAGAAATTAGTTAACCCAAAACTCGTTAATTGTATGTTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCTCATAGAAATTAGTTAACCCAAAACTCGTTAATTGTATGTTC  387

seq1  ATGTATTTGCTTTGAATATGTAGTATGTGTTAAAATAGAATGACAAAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTGCTTTGAATATGTAGTATGTGTTAAAATAGAATGACAAAAAA  437

seq1  TTCTGTGCCTTCTGTAGTGTTTGCTTGAACAAGAAGATATATTTATAGAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGCCTTCTGTAGTGTTTGCTTGAACAAGAAGATATATTTATAGAT  487

seq1  TTTATTGAATTACCACTGAAGAACTTGTTATCTTTTACACGGATTCCTAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGAATTACCACTGAAGAACTTGTTATCTTTTACACGGATTCCTAT  537

seq1  TATCTAAATTCAATTTTATTTTTATATTTGTGTATGTGTGCATGTTTCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAAATTCAATTTTATTTTTATATTTGTGTATGTGTGCATGTTTCTG  587

seq1  CAATGGTACCTATGGGAAAGTCAGGTAACAGCTTTGCATATTTGTGTAGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTACCTATGGGAAAGTCAGGTAACAGCTTTGCATATTTGTGTAGC  637

seq1  AGTAATTGTTAATCTGCTTTAAACTCTCCGGCAGGTGTGCATGCCTCCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTGTTAATCTGCTTTAAACTCTCCGGCAGGTGTGCATGCCTCCTC  687

seq1  TACACCCACCCAAATGTTTTGGATTTAAGAATGAAAGACACACACATGGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCACCCAAATGTTTTGGATTTAAGAATGAAAGACACACACATGGA  737

seq1  ACCTTATTTTTAATAGGCCGTAACAGCTCAATGGTTGGGCATTACCAAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATTTTTAATAGGCCGTAACAGCTCAATGGTTGGGCATTACCAAAT  787

seq1  CTCCCTGCCGATATTCCTAAATTATTTCTTACTAAAGTTCATATTTCATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGCCGATATTCCTAAATTATTTCTTACTAAAGTTCATATTTCATC  837

seq1  TCGGCTACCCCAGATCCAGTTGTGGGAGTGGCCCCTGGGGCCACACTTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGCTACCCCAGATCCAGTTGTGGGAGTGGCCCCTGGGGCCACACTTCC  887

seq1  CTGATTCTCACATAGCTGGTTTGGTGTTTTCTGCAGCTTTCACCCTATTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTCTCACATAGCTGGTTTGGTGTTTTCTGCAGCTTTCACCCTATTC  937

seq1  CTTTCCTGGCACGGTGACTCTTAAAACCTCCTTCTACGTATAATTCCATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTGGCACGGTGACTCTTAAAACCTCCTTCTACGTATAATTCCATG  987

seq1  CCCAGAAATCTAAAGTCCTGCTGCTGTCTCTCTGCCCAGCTATTAGTTGC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAATCTAAAGTCCTGCTGCTGTCTCTCTGCCCAGCTATTAGTTGC  1037

seq1  CAACAACTTTACTTACCAAGTCAGGGCAGGGACCAGCAGCATCTCACATG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACTTTACTTACCAAGTCAGGGCAGGGACCAGCAGCATCTCACATG  1087

seq1  CAGATGTTTGAATTC  1114
      |||||||||||||||
seq2  CAGATGTTTGAATTC  1102

seq1: chr5_48639312_48640444
seq2: B6Ng01-162H04.g_67_1182

seq1  GAATTCAAAGAAAGAGGATAAAGAGGATAAAGGTTTGGAAAATTTAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGAAAGAGGATAAAGAGGATAAAGGTTTGGAAAATTTAGAAA  50

seq1  GACAATGAAAAAATAATGTCCTCTAGAGAGTCATATTTTATCTGGATTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATGAAAAAATAATGTCCTCTAGAGAGTCATATTTTATCTGGATTTG  100

seq1  CTTTATCGAAGCTCTGGTATTAGTATGGTTTGTATATATCCATTTATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCGAAGCTCTGGTATTAGTATGGTTTGTATATATCCATTTATCAG  150

seq1  ATGGATACCTCCAATTCATATTTATGCCACTAGACCAGAGGATACAGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATACCTCCAATTCATATTTATGCCACTAGACCAGAGGATACAGGAG  200

seq1  GAGAGTCCTCTCCCATGTAATCTTTGAGCCTCAGCATCTACCTCACCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCCTCTCCCATGTAATCTTTGAGCCTCAGCATCTACCTCACCAAA  250

seq1  GGTCTTTGCAAACTCATGCCCTGTTCATGAGCTACAGTATGAAAATAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTGCAAACTCATGCCCTGTTCATGAGCTACAGTATGAAAATAAAA  300

seq1  ACTGCTACTGTCAGGGGTGTGGCTGCTGCCAGAATGCTACATAAAGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTACTGTCAGGGGTGTGGCTGCTGCCAGAATGCTACATAAAGGAGG  350

seq1  AAGTGGATTTAGGGTAATAGATCCGAGAAGGCTGCACAGCATAAGTCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATTTAGGGTAATAGATCCGAGAAGGCTGCACAGCATAAGTCCTG  400

seq1  CTTGACCTGAGGGTCCAGTTCATTATGTGACTCTTCCCACGACAGTGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCTGAGGGTCCAGTTCATTATGTGACTCTTCCCACGACAGTGGAT  450

seq1  GGTGATCCAGTTCAAAGGTCCTCTGTCCTGTCAGGGCTCAGCCATGCGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATCCAGTTCAAAGGTCCTCTGTCCTGTCAGGGCTCAGCCATGCGTC  500

seq1  CCTGGTACACATTTCTCTTCCACTCTGTAGATCATTAACAGTTCTTCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTACACATTTCTCTTCCACTCTGTAGATCATTAACAGTTCTTCTTA  550

seq1  CTCACCTCTTCTCTCTCTTTCAGTTCAGAAGGGCCCTGGGAAATGTGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTCTTCTCTCTCTTTCAGTTCAGAAGGGCCCTGGGAAATGTGAAT  600

seq1  AGAGAGCAAAGAAATCAAAATTACCATTTGGCTCGTGCTTTGATTTGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCAAAGAAATCAAAATTACCATTTGGCTCGTGCTTTGATTTGAAC  650

seq1  TGTTTGGGACTGACATATATACAAAGGAAACACTGCATTGTGATGCTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGGACTGACATATATACAAAGGAAACACTGCATTGTGATGCTTGA  700

seq1  TAAAATGTGGACATTGATTTGCACAAGATAAAGTGTTATGATTTTGCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGTGGACATTGATTTGCACAAGATAAAGTGTTATGATTTTGCAAT  750

seq1  AATATTTTAGAGGGCTCCCTAGATTATGATTCAATTGTATACCTCAGTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTAGAGGGCTCCCTAGATTATGATTCAATTGTATACCTCAGTTG  800

seq1  CTAATCAGAAGGTAATTTAGCTTTGAAAACTGCCTCACATATAGCTACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCAGAAGGTAATTTAGCTTTGAAAACTGCCTCACATATAGCTACCT  850

seq1  CTTGTGTGCAAGCATGACAAGTTTATGAAACTATTTAATAATAATATCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTGCAAGCATGACAAGTTTATGAAACTATTTAATAATAATATCAT  900

seq1  ATTATTAATATTAGACTAACATACTACTATCTTAAATAAAGTAAGGTACT  950
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTAATATTAGACT-ACATACTACTATCTTAAATAAAGTAAGGTACT  949

seq1  TTATAGAAATGGGTAAGTACAGGTCTACTAGATTGAAATGATGAGATAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTATAGAAATGGGTAAGTACAGGTCTACTAGATTGAAATGATGAGAT-AC  998

seq1  TCTAGCTACTTCCCTATGACTCTTCCATTATTATTACTGCTTGTAAATAT  1050
      |||||||||||||||||||||||  || |||   |||||| ||| |||||
seq2  TCTAGCTACTTCCCTATGACTCT--CA-TAT--ATACTGC-TGT-AATAT  1041

seq1  CAAATTGTAAAATGGCAGACCGTTGAAGGTGCAAATGAGCACCAGAGAAT  1100
      ||||||||||| ||||||| || || |||||| |||||||||||||||||
seq2  CAAATTGTAAATTGGCAGA-CGGTGGAGGTGC-AATGAGCACCAGAGAAT  1089

seq1  GGACTTCATTTGCCTTTATAGTGGTCCTTTTCT  1133
       ||| |||||   ||||||||||   |||||||
seq2  -GAC-TCATT--GCTTTATAGTG--TCTTTTCT  1116