BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-162P05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 26,688,850 - 26,812,717
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930584F24Rik
Upstream geneLOC100038949, EG272714, EG545739, Speer4a, EG664804, LOC619645, LOC100039045, 5031410I06Rik, LOC434689, LOC664837
Downstream geneDpp6, B930011P16Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-162P05.bB6Ng01-162P05.g
ACCDH955658DH955659
length1,1291,064
definitionDH955658|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162P05, 5' end.DH955659|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-162P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,688,850 - 26,690,001)(26,811,637 - 26,812,717)
sequence
gaattctgagccctgaacaaaccccctttcttttatgagctaattcctta
atgtatttagttttaagatacatgtacacattcatataccctaattgagt
cacacactcaccttacatacatagtcacacaagcactcacaatgctctta
aacacatcctcacacaaatactcttacacacatgttcttacaggctcagg
cagtcttagacacttacactcttacatagtcacatactctgacacacaaa
gatacccacacacattctcttacacacacgtttatgctcatgaattctca
catttgctctctcttcacctatccatcctttcttgctcaaattcaaacac
caggatttcctgctcaaattcaaacaccaggatttcctgctcatcatttc
ttttttttttttctcttaaaactgtcaacttggtgatgaggaaggtgtca
atcaaatggtctccagtcactcatgcttgttcctgtattttaggaggtgg
tttgttaccgtaagcaataaataaacctaacttggagaggtgtcaagcag
aaagccttgcttgtctgtcgggtccctaaggacctaggtggctcagggga
tcctaggtggattgaagtaggcatatacattcctggggtctggttgtaaa
ggttgtaaaggctttaaaaattcatttggtgtcatgagttaccggcttgt
gatgtgcttagcagcacaggggttctcatcagtgactttatgggccctgt
ctcctggcctcagggtctgttggaaggaagcttacacatgatttgtctgt
tggagggaaggttacaaatgattgaatccaatgtttgttttctgtgcact
actgattctttggaatttattaaaatctgcgtcctcatgtctcagagatg
atcaatttttaagccaccgtgcaaacctgaaaaacatcttggtgcagccc
ttgttctttggaataaacttgcaattttcttgctcagatcctatattacg
ttgtttagctatgaacacactgtttgacttgtgtgctgtttttcatgtct
cttcacttctgattcattctgttaagctgtgtcagctcatactgacttaa
gtgctgtatctgttcttgccttttgattc
gaattctgggctccaagaagagatctgggcctgggcccaaacctaaatat
gaatagacctgtgcccaaggctggaagtgatatggacctgggcccaaccc
tatccctgaagagccctggaccccaaatccggagagatgtgggcctaggt
ctatccctaagcttgaagaagctaggttccaaagctaagggacatttggg
tctatgataaacactgaagaagcctgggccaaatgccaggagagatgtgg
gcctgggccaaacattaaccctgaatatgagtggacccaaaagaagaaga
gatatttacctgggccaaagtctgactgagaataggcgtaggcccaaagc
taggagaaatgtgggtctgggccaaaccctaacacttaagaatcctcatg
acaaaggaagtgatatggtcctggggcctaatcctaaattttaagaagcc
tgggccaaagtatatgaacctaggtctatacctaaacctgaagaagcctg
gtgcctatgctaagagagagatggacctaggctacaatctaacactgaaa
agtcttaggctcaaagttagaagatatgggcctgggcctaacattaaccc
taaagaagcctgtgctcaaccttgaagattagtgggtaatggcctaacct
aaaccctaaataagactggaccccaaggaggaagaggtgtacctgggcga
aactctgatccctagtaggcctgggctctaagctaggagagatgatctag
tgctgatcctaaccctgaagaatcctcaccacaaagaagagatgtgggcc
caggcccaactctaaccctgaagaagcctgatcccacaggaacaaaagat
gtgggcctggatcacctaacagaagagacctgggtctaaacaagaagcaa
ctagagcctgtgccaaaccctaaccctaacgaagcctgggcccaaagcta
gagagatatggacagggagaaaacctaacaataatagccctgtgcccaaa
gacagagatatagcctgacccaccctaaatgtttagcatgtggcctgggc
taccttaccctgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_26688850_26690001
seq2: B6Ng01-162P05.b_44_1172

seq1  GAATTCTGAGCCCTGAACAAACCCCCTTTCTTTTATGAGCTAATTCCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGCCCTGAACAAACCCCCTTTCTTTTATGAGCTAATTCCTTA  50

seq1  ATGTATTTAGTTTTAAGATACATGTACACATTCATATACCCTAATTGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTAGTTTTAAGATACATGTACACATTCATATACCCTAATTGAGT  100

seq1  CACACACTCACCTTACATACATAGTCACACAAGCACTCACAATGCTCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTCACCTTACATACATAGTCACACAAGCACTCACAATGCTCTTA  150

seq1  AACACATCCTCACACAAATACTCTTACACACATGTTCTTACAGGCTCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATCCTCACACAAATACTCTTACACACATGTTCTTACAGGCTCAGG  200

seq1  CAGTCTTAGACACTTACACTCTTACATAGTCACATACTCTGACACACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTAGACACTTACACTCTTACATAGTCACATACTCTGACACACAAA  250

seq1  GATACCCACACACATTCTCTTACACACACGTTTATGCTCATGAATTCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCCACACACATTCTCTTACACACACGTTTATGCTCATGAATTCTCA  300

seq1  CATTTGCTCTCTCTTCACCTATCCATCCTTTCTTGCTCAAATTCAAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCTCTCTCTTCACCTATCCATCCTTTCTTGCTCAAATTCAAACAC  350

seq1  CAGGATTTCCTGCTCAAATTCAAACACCAGGATTTCCTGCTCATCATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTTCCTGCTCAAATTCAAACACCAGGATTTCCTGCTCATCATTTC  400

seq1  TTTTTTTTTTTTCTCTTAAAACTGTCAACTTGGTGATGAGGAAGGTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTCTCTTAAAACTGTCAACTTGGTGATGAGGAAGGTGTCA  450

seq1  ATCAAATGGTCTCCAGTCACTCATGCTTGTTCCTGTATTTTAGGAGGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATGGTCTCCAGTCACTCATGCTTGTTCCTGTATTTTAGGAGGTGG  500

seq1  TTTGTTACCGTAAGCAATAAATAAACCTAACTTGGAGAGGTGTCAAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTACCGTAAGCAATAAATAAACCTAACTTGGAGAGGTGTCAAGCAG  550

seq1  AAAGCCTTGCTTGTCTGTCGGGTCCCTAAGGACCTAGGTGGCTCAGGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTTGCTTGTCTGTCGGGTCCCTAAGGACCTAGGTGGCTCAGGGGA  600

seq1  TCCTAGGTGGATTGAAGTAGGCATATACATTCCTGGGGTCTGGTTGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGGTGGATTGAAGTAGGCATATACATTCCTGGGGTCTGGTTGTAAA  650

seq1  GGTTGTAAAGGCTTTAAAAATTCATTTGGTGTCATGAGTTACCGGCTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTAAAGGCTTTAAAAATTCATTTGGTGTCATGAGTTACCGGCTTGT  700

seq1  GATGTGCTTAGCAGCACAGGGGTTCTCATCAGTGACTTTATGGGCCCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCTTAGCAGCACAGGGGTTCTCATCAGTGACTTTATGGGCCCTGT  750

seq1  CTCCTGGCCTCAGGGTCTGTTGGAAGGAAGCTTACACATGATTTGTCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGCCTCAGGGTCTGTTGGAAGGAAGCTTACACATGATTTGTCTGT  800

seq1  TGGAGGGAAGGTTACAAATGATTGAATCCAATGTTTGTTTTCTGTGCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGAAGGTTACAAATGATTGAATCCAATGTTTGTTTTCTGTGCACT  850

seq1  ACTGATTCTTTGGAATTTATTAAAATCTGCGTCCTCATGTCTCAGGAGAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACTGATTCTTTGGAATTTATTAAAATCTGCGTCCTCATGTCTCA-GAGAT  899

seq1  GATCAATTTTTAAGCCACCGTGCAAACCTGAAAAACATCTTGGTGCAGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAATTTTTAAGCCACCGTGCAAACCTGAAAAACATCTTGGTGCAGCC  949

seq1  CTTGTTCTTTGGAATAAACTTGCAATTTTCTTGCTCAGATCCTATATTAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTCTTTGGAATAAACTTGCAATTTTCTTGCTCAGATCCTATATTAC  999

seq1  GTTGTTTAGCTATTGAAACACACTTGTTTTGACTGTGTGTGCTGTATTTT  1050
      |||||||||||||   ||||||||   ||||||| |||||||||  ||||
seq2  GTTGTTTAGCTAT--GAACACACT--GTTTGACT-TGTGTGCTG--TTTT  1042

seq1  CCATGTTCCTCTTTCAACTTCTGATTCATTCTGTTTAAAGCTGTGTCAGC  1100
       |||||  |||||   |||||||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  TCATGT--CTCTT--CACTTCTGATTCATTCTGTT--AAGCTGTGTCAGC  1086

seq1  TCATACTGGCCCTAAAGTGCTGTCACTCTGTTTCTTTGCCTCTTTTTGAT  1150
      ||||||||   || |||||||||   ||||||   |||||   |||||||
seq2  TCATACTG--ACTTAAGTGCTGT--ATCTGTT--CTTGCC---TTTTGAT  1127

seq1  TC  1152
      ||
seq2  TC  1129

seq1: chr5_26811637_26812717
seq2: B6Ng01-162P05.g_68_1131 (reverse)

seq1  CTCAGGGTTAGGGTTAAGCCCAGGCCCACATGGCCTAAACAATTTTAGGG  50
      |||||||| |||    |||||||| |||||||  |||||||  |||||||
seq2  CTCAGGGTAAGG---TAGCCCAGG-CCACATG--CTAAACA--TTTAGGG  42

seq1  TTGGGTCCAGGCCTATATCTCTTGTTCCTTTGGGCACAGGGCTATTTATT  100
       ||||| |||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||
seq2  -TGGGT-CAGG-CTATATCTC-TGT--CTTTGGGCACAGGGCTA-TTATT  85

seq1  GTTAGGTTTTCTCCCTGTCCATATCTCTCTTAGCTTTGGGCCCAGGCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGTTTTCTCCCTGTCCATATCTCTC-TAGCTTTGGGCCCAGGCTTC  134

seq1  GTTAGGGTTAGGGTTTGGCACAGGCTCTAGTTGCTTCTTGTTTTAGACCC  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTTAGGGTTAGGGTTTGGCACAGGCTCTAGTTGCTTCTTG-TTTAGACCC  183

seq1  AGGTCTCTTCTGTTAGGTGATCCAGGCCCACATCTTTTGTTCCTGTGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTCTTCTGTTAGGTGATCCAGGCCCACATCTTTTGTTCCTGTGGGA  233

seq1  TCAGGCTTCTTCAGGGTTAGAGTTGGGCCTGGGCCCACATCTCTTCTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTTCTTCAGGGTTAGAGTTGGGCCTGGGCCCACATCTCTTCTTTG  283

seq1  TGGTGAGGATTCTTCAGGGTTAGGATCAGCACTAGATCATCTCTCCTAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGGATTCTTCAGGGTTAGGATCAGCACTAGATCATCTCTCCTAGC  333

seq1  TTAGAGCCCAGGCCTACTAGGGATCAGAGTTTCGCCCAGGTACACCTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGCCCAGGCCTACTAGGGATCAGAGTTTCGCCCAGGTACACCTCTT  383

seq1  CCTCCTTGGGGTCCAGTCTTATTTAGGGTTTAGGTTAGGCCATTACCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTGGGGTCCAGTCTTATTTAGGGTTTAGGTTAGGCCATTACCCAC  433

seq1  TAATCTTCAAGGTTGAGCACAGGCTTCTTTAGGGTTAATGTTAGGCCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTCAAGGTTGAGCACAGGCTTCTTTAGGGTTAATGTTAGGCCCAG  483

seq1  GCCCATATCTTCTAACTTTGAGCCTAAGACTTTTCAGTGTTAGATTGTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATATCTTCTAACTTTGAGCCTAAGACTTTTCAGTGTTAGATTGTAG  533

seq1  CCTAGGTCCATCTCTCTCTTAGCATAGGCACCAGGCTTCTTCAGGTTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGTCCATCTCTCTCTTAGCATAGGCACCAGGCTTCTTCAGGTTTAG  583

seq1  GTATAGACCTAGGTTCATATACTTTGGCCCAGGCTTCTTAAAATTTAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGACCTAGGTTCATATACTTTGGCCCAGGCTTCTTAAAATTTAGGA  633

seq1  TTAGGCCCCAGGACCATATCACTTCCTTTGTCATGAGGATTCTTAAGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCCCCAGGACCATATCACTTCCTTTGTCATGAGGATTCTTAAGTGT  683

seq1  TAGGGTTTGGCCCAGACCCACATTTCTCCTAGCTTTGGGCCTACGCCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTTGGCCCAGACCCACATTTCTCCTAGCTTTGGGCCTACGCCTAT  733

seq1  TCTCAGTCAGACTTTGGCCCAGGTAAATATCTCTTCTTCTTTTGGGTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTCAGACTTTGGCCCAGGTAAATATCTCTTCTTCTTTTGGGTCCA  783

seq1  CTCATATTCAGGGTTAATGTTTGGCCCAGGCCCACATCTCTCCTGGCATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATTCAGGGTTAATGTTTGGCCCAGGCCCACATCTCTCCTGGCATT  833

seq1  TGGCCCAGGCTTCTTCAGTGTTTATCATAGACCCAAATGTCCCTTAGCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCAGGCTTCTTCAGTGTTTATCATAGACCCAAATGTCCCTTAGCTT  883

seq1  TGGAACCTAGCTTCTTCAAGCTTAGGGATAGACCTAGGCCCACATCTCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACCTAGCTTCTTCAAGCTTAGGGATAGACCTAGGCCCACATCTCTC  933

seq1  CGGATTTGGGGTCCAGGGCTCTTCAGGGATAGGGTTGGGCCCAGGTCCAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATTTGGGGTCCAGGGCTCTTCAGGGATAGGGTTGGGCCCAGGTCCAT  983

seq1  ATCACTTCCAGCCTTGGGCACAGGTCTATTCATATTTAGGTTTGGGCCCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTCCAGCCTTGGGCACAGGTCTATTCATATTTAGGTTTGGGCCCA  1033

seq1  GGCCCAGATCTCTTCTTGGAGCCCAGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGATCTCTTCTTGGAGCCCAGAATTC  1064