BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164O19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 103,343,322 - 103,462,279
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMapk10
Upstream geneWdfy3, EG666515, EG666527, LOC625780, Arhgap24
Downstream geneLOC666563, 4930429D17Rik, LOC100041039, 1700021F02Rik, LOC100041049, Ptpn13, Slc10a6, 1700016H13Rik, Aff1, Klhl8, Hsd17b13, EG666629, Hsd17b11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164O19.bB6Ng01-164O19.g
ACCDH957123DH957124
length1,0811,073
definitionDH957123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164O19, 5' end.DH957124|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164O19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,343,322 - 103,344,412)(103,461,213 - 103,462,279)
sequence
gaattcctactaaaattgtctcacttgggaaacaacggggtcaaagatct
atttggtgaaagattttaactaaaataagggacaaatgaattatcacaca
ggtgcagtattaattcagaaagcaaaacaagtccaaggaagcagaagcat
tcaaacagtgtctactccaacagcaggtattttatggggggaaatgctat
aagaaatgtaaaataactaggaggggttcaaacgtctacactaagacact
tttatacacctgcatacatttgcaatgttatttgattataaaataatcat
ataaacaattggaaatacacttaaaaagagagccagtgtacactgatgcc
caagttaatggcaagaacaattgtcttttcttgtattcttgaatctttta
ctagtaactctccctagctgtgaccatcttccatgtattcctttgtacct
tgatagtttcatatacagaaactctgagatactattcataccctttaaac
tcctttaaaaatgctaatacctcctaatcttagatgttgccggtttcctc
taaatggtgactacttttatcaaagtggtgtataatgtaaagttacctgg
cttcagtatattccagcattcatcaaggacaaccctcatagaaattgtgc
aggggtaggccagctcttcatactgctagcacacacccctggaccccaca
gtggagttgtttatacccactaccagaatttccaattacaccgacatctt
tcatgttccttctgaagtgctgatctctaataacccatagccattgaggt
gctctttggggaaccagcttcatgccagggacaaaaacaacacatagtac
tctgataaatgctaacatcggttacagatctaacaggctgaaaccacttt
ttcatgctctctgcctgtgtccaggactatggagttttatgcctttcaaa
taagagcccacagttatatttaggtttattattctagagttggaaaatgt
ttatgtcttccacaactgttttgttgagctctactcatgtattaggtaag
taaatttgattgtacaatccggtgaatgaag
gaattctgcttttcgactgtaaatgtggggatacaggcaccctgccacca
agccccagcccctgggtttacttgaaatggaatctcctctctactcttcc
agttgtctggcacttgttccttatttttacagtttctcctccttcagctt
ccttattattgatttaataccaggggtcaaaagcaatgctaaaatatctt
caaaagaatcaaccacaactatggctttcaaactttactgctgaccgtag
aacaaagaatatcaccaccgagagctattacatgaggctaatgggaaatc
ttttggaatatattggaatctcctatttctgaaggataaagatgattatt
catcaaagcaaaaattgctaagatcagtgtgcttcactgattgagctggg
ggcaacctgtctcttcatggagctgggagctctcagtctcctcatggtgg
gaaatcatgaagcaatctgtgaggagctttcagaacagcattcaggaggc
aatgagcaaatcatgtcagcgttttccagtctttaggagagcattgacgt
agtgttttgagctagttacacgattacccaataagcataagattgtcatg
actttaagtagatttgaggaaggtaggcaaatatatatatatatacacat
atatatgtgtgtgtgttaaaaatatattttatgtatatatacatatatat
atgtgtgtgtatgcatatatgcatatgtacatatacacacaaacaataga
aagttgaaaaacaagaaaatcctcagaatctagatacaaaatgacttcac
tgacactccacaggtcagtctggtaagcacttgtctgagatactcttcct
tgtctttgaacttgagcttttattgaccgttcttatttatatatacaagt
cacaaacattggtacaggcaggcatggcagcacatgcctacctttaagag
gcagaaaggcaggtggatctcctgtaagttcaaggcagcctagtcttaca
gatcgagttctgggacaaaccagaagctaataattgagaactttgctttc
actaacaaacaaaccaaacaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_103343322_103344412
seq2: B6Ng01-164O19.b_48_1128

seq1  GAATTCCTACTAAAATTGTCTCACTTGGGAAACAACGGGGTCAAAGATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACTAAAATTGTCTCACTTGGGAAACAACGGGGTCAAAGATCT  50

seq1  ATTTGGTGAAAGATTTTAACTAAAATAAGGGACAAATGAATTATCACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTGAAAGATTTTAACTAAAATAAGGGACAAATGAATTATCACACA  100

seq1  GGTGCAGTATTAATTCAGAAAGCAAAACAAGTCCAAGGAAGCAGAAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCAGTATTAATTCAGAAAGCAAAACAAGTCCAAGGAAGCAGAAGCAT  150

seq1  TCAAACAGTGTCTACTCCAACAGCAGGTATTTTATGGGGGGAAATGCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACAGTGTCTACTCCAACAGCAGGTATTTTATGGGGGGAAATGCTAT  200

seq1  AAGAAATGTAAAATAACTAGGAGGGGTTCAAACGTCTACACTAAGACACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATGTAAAATAACTAGGAGGGGTTCAAACGTCTACACTAAGACACT  250

seq1  TTTATACACCTGCATACATTTGCAATGTTATTTGATTATAAAATAATCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACACCTGCATACATTTGCAATGTTATTTGATTATAAAATAATCAT  300

seq1  ATAAACAATTGGAAATACACTTAAAAAGAGAGCCAGTGTACACTGATGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAATTGGAAATACACTTAAAAAGAGAGCCAGTGTACACTGATGCC  350

seq1  CAAGTTAATGGCAAGAACAATTGTCTTTTCTTGTATTCTTGAATCTTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTAATGGCAAGAACAATTGTCTTTTCTTGTATTCTTGAATCTTTTA  400

seq1  CTAGTAACTCTCCCTAGCTGTGACCATCTTCCATGTATTCCTTTGTACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAACTCTCCCTAGCTGTGACCATCTTCCATGTATTCCTTTGTACCT  450

seq1  TGATAGTTTCATATACAGAAACTCTGAGATACTATTCATACCCTTTAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTTTCATATACAGAAACTCTGAGATACTATTCATACCCTTTAAAC  500

seq1  TCCTTTAAAAATGCTAATACCTCCTAATCTTAGATGTTGCCGGTTTCCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAAAAATGCTAATACCTCCTAATCTTAGATGTTGCCGGTTTCCTC  550

seq1  TAAATGGTGACTACTTTTATCAAAGTGGTGTATAATGTAAAGTTACCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGTGACTACTTTTATCAAAGTGGTGTATAATGTAAAGTTACCTGG  600

seq1  CTTCAGTATATTCCAGCATTCATCAAGGACAACCCTCATAGAAATTGTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTATATTCCAGCATTCATCAAGGACAACCCTCATAGAAATTGTGC  650

seq1  AGGGGTAGGCCAGCTCTTCATACTGCTAGCACACACCCCTGGACCCCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTAGGCCAGCTCTTCATACTGCTAGCACACACCCCTGGACCCCACA  700

seq1  GTGGAGTTGTTTATACCCACTACCAGAATTTCCAATTACACCGACATCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTTGTTTATACCCACTACCAGAATTTCCAATTACACCGACATCTT  750

seq1  TCATGTTCCTTCTGAAGTGCTGATCTCTAATAACCCATAGCCATTGAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCCTTCTGAAGTGCTGATCTCTAATAACCCATAGCCATTGAGGT  800

seq1  GCTCTTTGGGGAACCAGCTTCATGCCAGGGACAAAAACAACACATAGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTTGGGGAACCAGCTTCATGCCAGGGACAAAAACAACACATAGTAC  850

seq1  TCTGATAAATGCTAACATCGGTTACAGATCTAACAGGCTGAAACCACTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATAAATGCTAACATCGGTTACAGATCTAACAGGCTGAAACCACTTT  900

seq1  TTCATGCTCTCTGCCTGTGTCCAGGACTATGGAGTTTTATGCCTTTCAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCTCTCTGCCTGTGTCCAGGACTATGGAGTTTTATGCCTTTCAAA  950

seq1  TAAGAGCCCACAGTTTATATTTAGGTTTTATTATTCTAGAGTTGGAAAAT  1000
      ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCCCACAG-TTATATTTAGG-TTTATTATTCTAGAGTTGGAAAAT  998

seq1  GTTTATGTCTTCCCACAACTGTTTTTGTTGAGCTCTAACTCATGTATTAG  1050
      ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTTTATGTCTT-CCACAACTG-TTTTGTTGAGCTCT-ACTCATGTATTAG  1045

seq1  GTAAGTTATAAATTTGATTTGTACAATTCGGTGTAATGAAG  1091
      |||||   ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||
seq2  GTAAG---TAAATTTGA-TTGTACAATCCGGTG-AATGAAG  1081

seq1: chr5_103461213_103462279
seq2: B6Ng01-164O19.g_69_1141 (reverse)

seq1  TTTTGTTTTGT---TTTGTTTGTTGAAGC-AAGGTCTC-ATTATGTAGC-  44
      |||||||| ||   |||||| ||  |||| ||| |||| ||||| |||| 
seq2  TTTTGTTTGGTTTGTTTGTTAGTGAAAGCAAAGTTCTCAATTAT-TAGCT  49

seq1  TCTGG-TTGTCCCAGAACTCGATCTGT-AGACTAGGCTGGCCTTGAACTT  92
      ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  TCTGGTTTGTCCCAGAACTCGATCTGTAAGACTAGGCT-GCCTTGAACTT  98

seq1  ACA-GAGATCCACCTGCCTTTCTGCCTCTTAAAGGTAGGCATGTGCTGCC  141
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGATCCACCTGCCTTTCTGCCTCTTAAAGGTAGGCATGTGCTGCC  148

seq1  ATGCCTGCCTGTACCAATGTTTGTGACTTGTATATTATAAATAAGAACGG  191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATGCCTGCCTGTACCAATGTTTGTGACTTGTATA-TATAAATAAGAACGG  197

seq1  TCAATAAAAGCTCAAGTTCAAAGACAAGGAAGAGTATCTCAGACAAGTGC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAAAGCTCAAGTTCAAAGACAAGGAAGAGTATCTCAGACAAGTGC  247

seq1  TTACCAGACTGACCTGTGGAGTGTCAGTGAAGTCATTTTGTATCTAGATT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGACTGACCTGTGGAGTGTCAGTGAAGTCATTTTGTATCTAGATT  297

seq1  CTGAGGATTTTCTTGTTTTTCAACTTTCTATTGTTTGTGTGTATATGTAC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGATTTTCTTGTTTTTCAACTTTCTATTGTTTGTGTGTATATGTAC  347

seq1  ATATGCATATATGCATACACACACATATATATATGTATATATACATAAAA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCATATATGCATACACACACATATATATATGTATATATACATAAAA  397

seq1  TATATTTTTAACACACACACATATATATGTGTATATATATATATATTTGC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTTAACACACACACATATATATGTGTATATATATATATATTTGC  447

seq1  CTACCTTCCTCAAATCTACTTAAAGTCATGACAATCTTATGCTTATTGGG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTCCTCAAATCTACTTAAAGTCATGACAATCTTATGCTTATTGGG  497

seq1  TAATCGTGTAACTAGCTCAAAACACTACGTCAATGCTCTCCTAAAGACTG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCGTGTAACTAGCTCAAAACACTACGTCAATGCTCTCCTAAAGACTG  547

seq1  GAAAACGCTGACATGATTTGCTCATTGCCTCCTGAATGCTGTTCTGAAAG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACGCTGACATGATTTGCTCATTGCCTCCTGAATGCTGTTCTGAAAG  597

seq1  CTCCTCACAGATTGCTTCATGATTTCCCACCATGAGGAGACTGAGAGCTC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACAGATTGCTTCATGATTTCCCACCATGAGGAGACTGAGAGCTC  647

seq1  CCAGCTCCATGAAGAGACAGGTTGCCCCCAGCTCAATCAGTGAAGCACAC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCCATGAAGAGACAGGTTGCCCCCAGCTCAATCAGTGAAGCACAC  697

seq1  TGATCTTAGCAATTTTTGCTTTGATGAATAATCATCTTTATCCTTCAGAA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTAGCAATTTTTGCTTTGATGAATAATCATCTTTATCCTTCAGAA  747

seq1  ATAGGAGATTCCAATATATTCCAAAAGATTTCCCATTAGCCTCATGTAAT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAGATTCCAATATATTCCAAAAGATTTCCCATTAGCCTCATGTAAT  797

seq1  AGCTCTCGGTGGTGATATTCTTTGTTCTACGGTCAGCAGTAAAGTTTGAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCGGTGGTGATATTCTTTGTTCTACGGTCAGCAGTAAAGTTTGAA  847

seq1  AGCCATAGTTGTGGTTGATTCTTTTGAAGATATTTTAGCATTGCTTTTGA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATAGTTGTGGTTGATTCTTTTGAAGATATTTTAGCATTGCTTTTGA  897

seq1  CCCCTGGTATTAAATCAATAATAAGGAAGCTGAAGGAGGAGAAACTGTAA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGTATTAAATCAATAATAAGGAAGCTGAAGGAGGAGAAACTGTAA  947

seq1  AAATAAGGAACAAGTGCCAGACAACTGGAAGAGTAGAGAGGAGATTCCAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGGAACAAGTGCCAGACAACTGGAAGAGTAGAGAGGAGATTCCAT  997

seq1  TTCAAGTAAACCCAGGGGCTGGGGCTTGGTGGCAGGGTGCCTGTATCCCC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTAAACCCAGGGGCTGGGGCTTGGTGGCAGGGTGCCTGTATCCCC  1047

seq1  ACATTTACAGTCGAAAAGCAGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTACAGTCGAAAAGCAGAATTC  1073