BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165A01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 6,807,026 - 6,913,221
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC546854, LOC100041208, EG435830
Downstream geneLOC100042651, 4921511H03Rik, LOC242823, LOC667767
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165A01.bB6Ng01-165A01.g
ACCDH957178DH957179
length1,0031,041
definitionDH957178|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165A01, 5' end.DH957179|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165A01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,807,026 - 6,807,726)(6,912,161 - 6,913,221)
sequence
gaattctataaaatcaattttattagatttagatttatgtaaaactacaa
atgaataaatgagtagctgccattctaatctttccatagatatttgtgaa
gcaaaatatcaccctttaaaaggtagatatgcagtatatatgagaatgga
agtaaattacatgttaataactgaagcttcatcagtagactctatttatt
cctgatgtggaaatttgagggttctttggaaagttggttagatttttttt
ttttgctggggcaaacacgtataggagtgttttcctaaagtgtatacaag
taaaagactaaggcagactcatgaaggaacatttcactgaagcagacaca
gaagagaggatgttgtgctaaagtaaacacgtgaaagtacacatgatgaa
gaattttttgctaacaacacacatgttacactgcgtagttgagctccact
tgtagggactccacagacacagactgattggatacactgctgaggcaagg
cacatgctgagacaaaagccatgctgaggcaaggcatgtagaggacatgt
gatgtttggagagtgtaaataggactccatggagtaatggagactaagcc
tctcttgctggcaagctagctgtgcaacacttatcttgcatcttcattga
tcttagcttccatgaaagaggcacaacttggaacttctgctgtccctcca
ggtccctcctgttgactagagctgaggctgaggcctggttgtccctacta
ggtccctcctgttgactagagctgaggctgaggcccggttgtccctacta
ggtcaggccaccactgttgctaacccgactctgcagaaccagactgctgg
tgtatctgtgagttgtttgcgtgtagatggagatgctgttgcctgctcac
ctgtgaactgaactgctgatttctagacacacagaaggagttgcttcaaa
gaacctttctaaacaggtcactcccagtattctttcctttctactacctc
tgg
gaattctcaatttttgtctagtttagtctttcaacatctccttcagctta
aaatatcagtggaggagtggtcagggagctggtgatgtctgttgttttga
ggagtgatttgcaatgtgataaagtgagcaagggataacttttatctgtg
aattactgagaagcaaatacctgagggtccaggtcagatgtagaaacacc
atcactgagcaaccaagagtgtcacttgtacccacaatgttctcagcagt
accatgtgtctatgataattttcttggcagaactgagaaggttgttttta
gctgagataccaagaagtggttaaggcactattggcacatcaaggttggg
gaagtcaaggaaaaacaagctcttctactgtttgtgaaatgtcggtcaag
cttatattgtgtttcagagcccacatcacacttttgtttatagccctctc
ccaagaattaaggatcttgaaattttactgtgtagatgaactatggtaga
acagcaatcatgactgtgtataagagtagcaagattgcagcccattgact
acagaatgaaatgtatcctgccagacagaagactcttaattggtacactt
aaggcttttgacaagcatatgaattaaaaggtgttcaggaagatcaagcc
aataatgcaaaccagcccagagtgtgctgaacaattggctttgggtctgg
tcttgctacatcatgagaacttggtttccatgacggtggagggtctacct
cctaaagatactggcattgttcatgttccactttctgtagctgcatgtgg
tcctcatgttgagatggcagctaccagaggagtaccagctagtttatcca
ttccctaagttcctgctggattagcaggcactgtttgagaggtggagttc
atctctgcagttatgacttcacaggagaggcactgtagtagctgtgattg
ctgtgctgctactcatactcacaggatgagcagtcccacttctggctgtc
agcaagcactccctccagagttagtcctctacctgaataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_6807026_6807726
seq2: B6Ng01-165A01.b_45_745

seq1  GAATTCTATAAAATCAATTTTATTAGATTTAGATTTATGTAAAACTACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAAAATCAATTTTATTAGATTTAGATTTATGTAAAACTACAA  50

seq1  ATGAATAAATGAGTAGCTGCCATTCTAATCTTTCCATAGATATTTGTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATAAATGAGTAGCTGCCATTCTAATCTTTCCATAGATATTTGTGAA  100

seq1  GCAAAATATCACCCTTTAAAAGGTAGATATGCAGTATATATGAGAATGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATATCACCCTTTAAAAGGTAGATATGCAGTATATATGAGAATGGA  150

seq1  AGTAAATTACATGTTAATAACTGAAGCTTCATCAGTAGACTCTATTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATTACATGTTAATAACTGAAGCTTCATCAGTAGACTCTATTTATT  200

seq1  CCTGATGTGGAAATTTGAGGGTTCTTTGGAAAGTTGGTTAGATTTTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGTGGAAATTTGAGGGTTCTTTGGAAAGTTGGTTAGATTTTTTTT  250

seq1  TTTTGCTGGGGCAAACACGTATAGGAGTGTTTTCCTAAAGTGTATACAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGGGGCAAACACGTATAGGAGTGTTTTCCTAAAGTGTATACAAG  300

seq1  TAAAAGACTAAGGCAGACTCATGAAGGAACATTTCACTGAAGCAGACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGACTAAGGCAGACTCATGAAGGAACATTTCACTGAAGCAGACACA  350

seq1  GAAGAGAGGATGTTGTGCTAAAGTAAACACGTGAAAGTACACATGATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAGGATGTTGTGCTAAAGTAAACACGTGAAAGTACACATGATGAA  400

seq1  GAATTTTTTGCTAACAACACACATGTTACACTGCGTAGTTGAGCTCCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTTTGCTAACAACACACATGTTACACTGCGTAGTTGAGCTCCACT  450

seq1  TGTAGGGACTCCACAGACACAGACTGATTGGATACACTGCTGAGGCAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGACTCCACAGACACAGACTGATTGGATACACTGCTGAGGCAAGG  500

seq1  CACATGCTGAGACAAAAGCCATGCTGAGGCAAGGCATGTAGAGGACATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGCTGAGACAAAAGCCATGCTGAGGCAAGGCATGTAGAGGACATGT  550

seq1  GATGTTTGGAGAGTGTAAATAGGACTCCATGGAGTAATGGAGACTAAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTGGAGAGTGTAAATAGGACTCCATGGAGTAATGGAGACTAAGCC  600

seq1  TCTCTTGCTGGCAAGCTAGCTGTGCAACACTTATCTTGCATCTTCATTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGCTGGCAAGCTAGCTGTGCAACACTTATCTTGCATCTTCATTGA  650

seq1  TCTTAGCTTCCATGAAAGAGGCACAACTTGGAACTTCTGCTGTCCCTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGCTTCCATGAAAGAGGCACAACTTGGAACTTCTGCTGTCCCTCCA  700

seq1  G  701
      |
seq2  G  701

seq1: chr5_6912161_6913221
seq2: B6Ng01-165A01.g_66_1106 (reverse)

seq1  TTTATACCAGGTAGAGGAACCATAACTCTGGGAGGTGAGGTTGCTCTGCT  50
      |||||  |||||||||||    ||||||| ||||| |||  |||| ||||
seq2  TTTAT-TCAGGTAGAGGA---CTAACTCT-GGAGG-GAG--TGCT-TGCT  41

seq1  GACAGGCAGAGGTGGGACTGCTCATCCTGGTGAGTATTGGAAGTAGCAGC  100
      ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||    |||||||||
seq2  GACAGCCAGAAGTGGGACTGCTCATCCT-GTGAGTAT---GAGTAGCAGC  87

seq1  AACAGCAATCAACAGCTACTACAGTGCCTCTTCCTGTTGGAGTCATTACC  150
       ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || |
seq2  -ACAGCAATC-ACAGCTACTACAGTGCCTC-TCCTG-TGAAGTCA-TAAC  132

seq1  TGCAGAGATGGACCTCCACCTCTTCAAACAGTGCCTGCTAATCCAGCAGG  200
      ||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGAT-GAACTCCACCTC-TCAAACAGTGCCTGCTAATCCAGCAGG  180

seq1  AACTTAGGGAATGGATAAACTAGCTGGTACTCCTCTGGTAGCTGCCATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAGGGAATGGATAAACTAGCTGGTACTCCTCTGGTAGCTGCCATCT  230

seq1  CAACCTGAGGACCACATGCAGCTACAGAAAGTGGAACATGAACAATGCCA  300
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGAGGACCACATGCAGCTACAGAAAGTGGAACATGAACAATGCCA  280

seq1  GTATCTTTAGGAGGTAGACCCTCCACCGTCATGGAAACCAAGTTCTCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTTAGGAGGTAGACCCTCCACCGTCATGGAAACCAAGTTCTCATG  330

seq1  ATGTAGCAAGACCAGACCCAAAGCCAATTGTTCAGCACACTCTGGGCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCAAGACCAGACCCAAAGCCAATTGTTCAGCACACTCTGGGCTGG  380

seq1  TTTGCATTATTGGCTTGATCTTCCTGAACACCTTTTAATTCATATGCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTATTGGCTTGATCTTCCTGAACACCTTTTAATTCATATGCTTG  430

seq1  TCAAAAGCCTTAAGTGTACCAATTAAGAGTCTTCTGTCTGGCAGGATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGCCTTAAGTGTACCAATTAAGAGTCTTCTGTCTGGCAGGATACA  480

seq1  TTTCATTCTGTAGTCAATGGGCTGCAATCTTGCTACTCTTATACACAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTCTGTAGTCAATGGGCTGCAATCTTGCTACTCTTATACACAGTC  530

seq1  ATGATTGCTGTTCTACCATAGTTCATCTACACAGTAAAATTTCAAGATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTGCTGTTCTACCATAGTTCATCTACACAGTAAAATTTCAAGATCC  580

seq1  TTAATTCTTGGGAGAGGGCTATAAACAAAAGTGTGATGTGGGCTCTGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCTTGGGAGAGGGCTATAAACAAAAGTGTGATGTGGGCTCTGAAA  630

seq1  CACAATATAAGCTTGACCGACATTTCACAAACAGTAGAAGAGCTTGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATATAAGCTTGACCGACATTTCACAAACAGTAGAAGAGCTTGTTTT  680

seq1  TCCTTGACTTCCCCAACCTTGATGTGCCAATAGTGCCTTAACCACTTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGACTTCCCCAACCTTGATGTGCCAATAGTGCCTTAACCACTTCTT  730

seq1  GGTATCTCAGCTAAAAACAACCTTCTCAGTTCTGCCAAGAAAATTATCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTCAGCTAAAAACAACCTTCTCAGTTCTGCCAAGAAAATTATCAT  780

seq1  AGACACATGGTACTGCTGAGAACATTGTGGGTACAAGTGACACTCTTGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATGGTACTGCTGAGAACATTGTGGGTACAAGTGACACTCTTGGT  830

seq1  TGCTCAGTGATGGTGTTTCTACATCTGACCTGGACCCTCAGGTATTTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGTGATGGTGTTTCTACATCTGACCTGGACCCTCAGGTATTTGCT  880

seq1  TCTCAGTAATTCACAGATAAAAGTTATCCCTTGCTCACTTTATCACATTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTAATTCACAGATAAAAGTTATCCCTTGCTCACTTTATCACATTG  930

seq1  CAAATCACTCCTCAAAACAACAGACATCACCAGCTCCCTGACCACTCCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCACTCCTCAAAACAACAGACATCACCAGCTCCCTGACCACTCCTC  980

seq1  CACTGATATTTTAAGCTGAAGGAGATGTTGAAAGACTAAACTAGACAAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATATTTTAAGCTGAAGGAGATGTTGAAAGACTAAACTAGACAAAA  1030

seq1  ATTGAGAATTC  1061
      |||||||||||
seq2  ATTGAGAATTC  1041