BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166J18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 58,556,003 - 58,557,161
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041349, LOC666455, LOC625721, EG666465, Pcdh7
Downstream geneLOC100041385, LOC100041396, LOC666499, EG625870
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166J18.bB6Ng01-166J18.g
ACCDH958339DH958340
length7051,148
definitionDH958339|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166J18, 5' end.DH958340|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166J18, 3' end.
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
gaattcataaaatgctcaggtaaacagatggatctggaggataccatcct
gagtgaggtaacccaatcacaaaatatatgcacacataatatgcactcac
tgattagcaaatattagaccagaaacttagaatacccaagagacaatttg
caaaacacatgaaagtcaagaagaaagaagaccaaagtgaggatacttca
ttccttcttagaaagggaacaaaatacccattaaaggagttacagagaca
gagtctggagatgaggcagaaggaagaaccatccagagactgccccaccc
agggatccatcccatatacaaccaccaaacccagagactattgcatatgc
cagcaagattttgctgacagtaccctgacaaagctcccccttgtgaggat
atgcaagtgcctggcaaatacagaagtggatgatcacagtcatctattgg
atggaacacagggcccctaatgaaggagctagagaaagtaaccaaagagc
taaaggggtctgcaaccctataggaggaacaacaatatgaactaaaccag
taccccccagagctgtgtctctagttgcatatgtatcagagggtggccta
gccagccatcaataggaggagaggaccttggtcttgtgaagatcatatgc
cctagtacaggggaatgccagggccaggaagtgggagtggttgggttggg
gagca

gaattctcagcaccagcctgcctgaatactgtcatgcttcctgtcatgat
gataatagactgaacctcagaatctgaaagccagacccaataacatcctt
tataagagttgccatggttgtagtgtctctgacaaatgaacaaaccaaac
tcttcttccaaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaaca
acaacaacaacaagctaagggatcttatgatactttgaatgagagatgtg
gcacatggtctattgctttgaaatatttggcccccagctagtggttgtgc
ttgagaatttatgcttggaggtgaagatttgcagtgcctcagagtcaggc
cttgatagcttggagcatcatttcacttctgcctctctttctgctgtagt
tacagatgcagtctctcagcttatttctgtcatcacatctgctacttgct
gtcctgtttcctgactccacaatggacagtttaaaaaaaaaaagatgtag
ctactagtgtctccctgtttcattggtagattagtcaggattcgcctccc
gagggtttagatttaataaggcttacaagattaggattttagttgttgtg
ctcagtgattgagtttctgaacaaagtttgtgttatgttttccttcacac
ggctgctcctctgggttcaagagagaaaagtatggcaacaaagcacgggt
ttgcctcaagagctatgggggatttgaagcatggggctgtctgggtagtg
acctgccagtgggaacttagtgagttgggtgaagagattttggatctcag
agctagagagtctccatgagataagaactggcttaggacaccacagagac
tgagagtagctgggttatgcgaaggaacttgctgtttcttttttaatatt
cccgaaacattttgggtattctgacaaaagaaatgactggtactggaaaa
tgaggtttactgtgaagaacatgatcatattgtattttgagaaaacatga
aagactggaagattaaactaaacaagatgtttagaagctatgaacatggc
ttaattgctcatttcagtgagagttcactattgaaaacatccctcaaacc
tgaggctctcacagatgaaatggtacggaatggtcatttacacatgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_58556003_58557161
seq2: B6Ng01-166J18.g_65_1212

seq1  GAATTCTCAGCACCAGCCTGCCTGAATACTGTCATGCTTCCTGTCATGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCACCAGCCTGCCTGAATACTGTCATGCTTCCTGTCATGAT  50

seq1  GATAATAGACTGAACCTCAGAATCTGAAAGCCAGACCCAATAACATCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATAGACTGAACCTCAGAATCTGAAAGCCAGACCCAATAACATCCTT  100

seq1  TATAAGAGTTGCCATGGTTGTAGTGTCTCTGACAAATGAACAAACCAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAGTTGCCATGGTTGTAGTGTCTCTGACAAATGAACAAACCAAAC  150

seq1  TCTTCTTCCAAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCCAAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACAACA  200

seq1  ACAACAACAACAAGCTAAGGGATCTTATGATACTTTGAATGAGAGATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAACAACAAGCTAAGGGATCTTATGATACTTTGAATGAGAGATGTG  250

seq1  GCACATGGTCTATTGCTTTGAAATATTTGGCCCCCAGCTAGTGGTTGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGGTCTATTGCTTTGAAATATTTGGCCCCCAGCTAGTGGTTGTGC  300

seq1  TTGAGAATTTATGCTTGGAGGTGAAGATTTGCAGTGCCTCAGAGTCAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAATTTATGCTTGGAGGTGAAGATTTGCAGTGCCTCAGAGTCAGGC  350

seq1  CTTGATAGCTTGGAGCATCATTTCACTTCTGCCTCTCTTTCTGCTGTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATAGCTTGGAGCATCATTTCACTTCTGCCTCTCTTTCTGCTGTAGT  400

seq1  TACAGATGCAGTCTCTCAGCTTATTTCTGTCATCACATCTGCTACTTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATGCAGTCTCTCAGCTTATTTCTGTCATCACATCTGCTACTTGCT  450

seq1  GTCCTGTTTCCTGACTCCACAATGGACAGTTTAAAAAAAAAAAGATGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTTTCCTGACTCCACAATGGACAGTTTAAAAAAAAAAAGATGTAG  500

seq1  CTACTAGTGTCTCCCTGTTTCATTGGTAGATTAGTCAGGATTCGCCTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGTGTCTCCCTGTTTCATTGGTAGATTAGTCAGGATTCGCCTCCC  550

seq1  GAGGGTTTAGATTTAATAAGGCTTACAAGATTAGGATTTTAGTTGTTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTTAGATTTAATAAGGCTTACAAGATTAGGATTTTAGTTGTTGTG  600

seq1  CTCAGTGATTGAGTTTCTGAACAAAGTTTGTGTTATGTTTTCCTTCACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGATTGAGTTTCTGAACAAAGTTTGTGTTATGTTTTCCTTCACAC  650

seq1  GGCTGCTCCTCTGGGTTCAAGAGAGAAAAGTATGGCAACAAAGCACGGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTCCTCTGGGTTCAAGAGAGAAAAGTATGGCAACAAAGCACGGGT  700

seq1  TTGCCTCAAGAGCTATGGGGGATTTGAAGCATGGGGCTGTCTGGGTAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCAAGAGCTATGGGGGATTTGAAGCATGGGGCTGTCTGGGTAGTG  750

seq1  ACCTGCCAGTGGGAACTTAGTGAGTTGGGTGAAGAGATTTTGGATCTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCAGTGGGAACTTAGTGAGTTGGGTGAAGAGATTTTGGATCTCAG  800

seq1  AGCTAGAGAGTCTCCATGAGATAAGAACTGGCTTAGGACACCACAGAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGAGAGTCTCCATGAGATAAGAACTGGCTTAGGACACCACAGAGAC  850

seq1  TGAGAGTAGCTGGGTTATGCGAAGGAACTTGCTGTTTCTTTTTTAATATT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGAGAGTAGCTGGGTTATGCGAAGGAACTTGCTGTTTCTTTTTTAATA-T  899

seq1  TCCCGAAACATTTT-GGTATTCTGACAAAAGAAATGACTGGTACTGGAAA  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGAAACATTTTGGGTATTCTGACAAAAGAAATGACTGGTACTGGAAA  949

seq1  ATGAGGTTTTACTGTGAAGAACATGATCATATTGTTATTTTGAG-AAACA  998
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  ATGAGG-TTTACTGTGAAGAACATGATCATATTG-TATTTTGAGAAAACA  997

seq1  TGAAAGACTGGAAGATTAAACTAAACAAGATGTTTAGAAGCTATGAACAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGACTGGAAGATTAAACTAAACAAGATGTTTAGAAGCTATGAACAT  1047

seq1  GGCTTAATTGCTCATTTCAGTGAGAGTTTCAACTA-TGAAAACCTACCTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||| | ||||
seq2  GGCTTAATTGCTCATTTCAGTGAGAGTT--CACTATTGAAAACATCCCTC  1095

seq1  AAACCCAGAGGCCCCTCAACAGATGAATGGATACAGAAAATGTGGTACAT  1147
      ||| || |||| | ||| |||||||||  | ||| |||    |||| |||
seq2  AAA-CCTGAGG-CTCTC-ACAGATGAAATGGTACGGAA----TGGT-CAT  1137

seq1  TTACACAATGGA  1159
      |||||| |||||
seq2  TTACAC-ATGGA  1148


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |