BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166M06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 41,998,434 - 42,142,867
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRab28
Upstream geneLOC208522
Downstream geneBapx1, A230054D04Rik, LOC384308, LOC100040588, EG636612
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166M06.bB6Ng01-166M06.g
ACCDH958450DH958451
length1,1301,066
definitionDH958450|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166M06, 5' end.DH958451|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166M06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,998,434 - 41,999,570)(42,141,772 - 42,142,867)
sequence
gaattcaattgaggctctccactcaggctatttctaggtagtgtcaaatt
gacagttaaagctaactaggacacatagtaagcccatccattaccaacat
gaaatagtagcctgttttcaaatttccattaatgcatagagcaagctatc
cacctgggcatttatttcccagtgtgtagataactccactggtatttctc
ccttctgctctcttatttacacttcctgtattgttcctgtggtgctttga
ataggtttgccccccccccacagactcatatggttgaacttttctccata
ggaagtggcactattagggggtgtggccttgttaaaggaagtgtgtcata
gggtttgaggactcctattctcaagatatgtccagtgacacactttcctc
ctgactcccttcagatcaggatatagaactctcagatacttctccaccac
catgtctgcctgcctaggtgccatgcttcccaccatgatgataatggact
gaacctgtgaactgtaagccaccctggattaaatgttttccgttataaga
gctgccttggtcatggtgtctcttcacagcaaaggaaactctaaataaga
cagttccaaatgcaaaaccttgattgcccagacttctatgtaaccaagga
tggccttgcaggaccagctccagtcaagaaccacacaatggttcacatcc
atggatgtcatggatatgtccccttccttgtcaaagagaatttgcagagg
aaaactagtagtggtttagagaaggggagattagattatatttcttcagt
gtggttacctcagtatggtagcctcagtattatcacaaggatcctttgaa
gaaagagaccataacaatgcagggatacaataatgccacatgcaaggggc
cagcttctgcagcctatgaagttgcaagagtttccaggccaagatacagg
taacctctgcctggtgaggacaagtggtgccgtctgctcaatgcatctcc
actaaagagcacaaccctgcacattagtccagggagaatgagtttgggct
tagctctctagaactgtgggtaataaaacatgtactgtttgcagccatgt
ttatagcctctgttgtttctgaaggctcgt
gaattctttaatttctggctctgtcactcatggaacaagtgagacacata
gttttccttgaaaatgaaaggagttatcatcctgtagagtcggtgcctgg
catagaagaagctctctaaagactattaggacttcaagcttagactctag
gggattcttgtccccttccccccctttcttctcacctgctaaaaagagag
actctttctctcggaactcactgctcagatggaatagtaaattgcccttt
gcatccagggcacagaggctgcagcttgaaaaggatgcattttaagcttg
ccccacttgctgcacaccacttcttggcagtggtgtggatactgagaagt
agcatcctggttcctagtgggctggcagctggcacaggaggagggagaca
gcataagtggacttggtgctctggttctctctttcctgatggaggtgggg
tcaggtaggcagaacaggtattctcagtttcatctctgagattcaaagat
tctgttcaccttcctcatgtcctgggggggcggagcttctcactgacagc
caatcaaccacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacaccctgtcttctgccatcttgttcccagtgcagagaaggacaagctg
aggagagttttacaggttcctagcccatacctggctttgcttagtcgtca
taagaattctgtgaagtgggtggggattatccttttacagatggagagca
aagttccggcagagtcaagtgacttgggcaaggtcacacagtttggaagt
ggtggcaaagaactggccagagggccttgggacatcaaagtctctaacta
gtggatttgaccaaatacatctaagctccactcctacttctaggtgggga
cttggcagttgtgagagaaggtgactcctaaaggggtgggaagagtatat
cttgggcagtttctataagaaacaccaactggtgactgctcttccaaggc
tgctacccagctctgagcagctgtatttgtagttgattccaccggtcagg
ctattctcctacaact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_41998434_41999570
seq2: B6Ng01-166M06.b_47_1176

seq1  GAATTCAATTGAGGCTCTCCACTCAGGCTATTTCTAGGTAGTGTCAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTGAGGCTCTCCACTCAGGCTATTTCTAGGTAGTGTCAAATT  50

seq1  GACAGTTAAAGCTAACTAGGACACATAGTAAGCCCATCCATTACCAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTAAAGCTAACTAGGACACATAGTAAGCCCATCCATTACCAACAT  100

seq1  GAAATAGTAGCCTGTTTTCAAATTTCCATTAATGCATAGAGCAAGCTATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGTAGCCTGTTTTCAAATTTCCATTAATGCATAGAGCAAGCTATC  150

seq1  CACCTGGGCATTTATTTCCCAGTGTGTAGATAACTCCACTGGTATTTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGGCATTTATTTCCCAGTGTGTAGATAACTCCACTGGTATTTCTC  200

seq1  CCTTCTGCTCTCTTATTTACACTTCCTGTATTGTTCCTGTGGTGCTTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGCTCTCTTATTTACACTTCCTGTATTGTTCCTGTGGTGCTTTGA  250

seq1  ATAGGTTTGCCCCCCCCCCACAGACTCATATGGTTGAACTTTTCTCCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTTTGCCCCCCCCCCACAGACTCATATGGTTGAACTTTTCTCCATA  300

seq1  GGAAGTGGCACTATTAGGGGGTGTGGCCTTGTTAAAGGAAGTGTGTCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGGCACTATTAGGGGGTGTGGCCTTGTTAAAGGAAGTGTGTCATA  350

seq1  GGGTTTGAGGACTCCTATTCTCAAGATATGTCCAGTGACACACTTTCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTGAGGACTCCTATTCTCAAGATATGTCCAGTGACACACTTTCCTC  400

seq1  CTGACTCCCTTCAGATCAGGATATAGAACTCTCAGATACTTCTCCACCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCCCTTCAGATCAGGATATAGAACTCTCAGATACTTCTCCACCAC  450

seq1  CATGTCTGCCTGCCTAGGTGCCATGCTTCCCACCATGATGATAATGGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTGCCTGCCTAGGTGCCATGCTTCCCACCATGATGATAATGGACT  500

seq1  GAACCTGTGAACTGTAAGCCACCCTGGATTAAATGTTTTCCGTTATAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGTGAACTGTAAGCCACCCTGGATTAAATGTTTTCCGTTATAAGA  550

seq1  GCTGCCTTGGTCATGGTGTCTCTTCACAGCAAAGGAAACTCTAAATAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTTGGTCATGGTGTCTCTTCACAGCAAAGGAAACTCTAAATAAGA  600

seq1  CAGTTCCAAATGCAAAACCTTGATTGCCCAGACTTCTATGTAACCAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCAAATGCAAAACCTTGATTGCCCAGACTTCTATGTAACCAAGGA  650

seq1  TGGCCTTGCAGGACCAGCTCCAGTCAAGAACCACACAATGGTTCACATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTGCAGGACCAGCTCCAGTCAAGAACCACACAATGGTTCACATCC  700

seq1  ATGGATGTCATGGATATGTCCCCTTCCTTGTCAAAGAGAATTTGCAGAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGTCATGGATATGTCCCCTTCCTTGTCAAAGAGAATTTGCAGAGG  750

seq1  AAAACTAGTAGTGGTTTAGAGAAGGGGAGATTAGATTATATTTCTTCAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAGTAGTGGTTTAGAGAAGGGGAGATTAGATTATATTTCTTCAGT  800

seq1  GTGGTTACCTCAGTATGGTAGCCTCAGTATTATCACAAGGATCCTTTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTACCTCAGTATGGTAGCCTCAGTATTATCACAAGGATCCTTTGAA  850

seq1  GAAAGAGACCATAACAATGCAGGGATACAATAATGCCACATGCAAGGGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGACCATAACAATGCAGGGATACAATAATGCCACATGCAAGGGGC  900

seq1  CAGCTTCTGCAGCCTATGAAGTTGCAAGAGTTTCCAGGCCAAGAATACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGCTTCTGCAGCCTATGAAGTTGCAAGAGTTTCCAGGCCAAG-ATACAG  949

seq1  GTAACCTCTGCCTGGTGAGGACAAGTGGTTGCCGTCTGCCTCAATGCATC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  GTAACCTCTGCCTGGTGAGGACAAGTGG-TGCCGTCTG-CTCAATGCATC  997

seq1  TCCACTAAAGAGCACAACCCTGCAACATTAGTCCAGGGAGAATGAGTTTG  1050
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTAAAGAGCACAACCCTGC-ACATTAGTCCAGGGAGAATGAGTTTG  1046

seq1  GGCTGTAGCTCTCTAGAACTGTGGGTTAATAAACATGTACTGTTTGCAGC  1100
      |||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||
seq2  GGCT-TAGCTCTCTAGAACTGTGGGTAATAAAACATGTACTGTTTGCAGC  1095

seq1  CACTGTTTATAGCCTCTGTTGTTTCTTGAAGGCTCGT  1137
      || |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CA-TGTTTATAGCCTCTGTTGTTTC-TGAAGGCTCGT  1130

seq1: chr5_42141772_42142867
seq2: B6Ng01-166M06.g_68_1133 (reverse)

seq1  AGTTGTAGGGAGAAATTAGCCTTGACGGGTGGAATCAAACTACAAATATA  50
      ||||||| ||||||  ||||| |||| ||||||||| ||||||||  |||
seq2  AGTTGTA-GGAGAA--TAGCC-TGACCGGTGGAATC-AACTACAA--ATA  43

seq1  CAGGCCTTGCCTTCAGGAGGCTGGGTAGCAGCCCTGGGAAGGAGGCAGTC  100
      |||    |||  ||||   |||||||||||| ||| |||||   ||||||
seq2  CAG---CTGC--TCAG--AGCTGGGTAGCAG-CCTTGGAAG--AGCAGTC  83

seq1  A-CAGTTGGGTGTTTTCTTAATAGGAAACTGCCCAAAGAATTAATACCTC  149
      | ||||| |||| |||||| ||| |||||||||| ||||  || |     
seq2  ACCAGTT-GGTG-TTTCTT-ATA-GAAACTGCCC-AAGATATACT-----  123

seq1  CTTCCCACCCCCTTTAGGAGTCACCCTTCCTCTCACAACTGCCAAGTCCC  199
      ||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCA-CCCCTTTAGGAGTCACC--TTCTCTCACAACTGCCAAGTCCC  170

seq1  CACCCTAGAAGTAGGAGTGGAGCTTAGATGTATTTGGTCAAATCCACTAG  249
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-CCTAGAAGTAGGAGTGGAGCTTAGATGTATTTGGTCAAATCCACTAG  219

seq1  TTAGAGACTTTGATGTCCCAAGGCCCTCTGGCCAGTTCTTTGCCACCACT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGACTTTGATGTCCCAAGGCCCTCTGGCCAGTTCTTTGCCACCACT  269

seq1  TCCAAACTGTGTGACCTTGCCCAAGTCACTTGACTCTGCCGGAACTTTGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACTGTGTGACCTTGCCCAAGTCACTTGACTCTGCCGGAACTTTGC  319

seq1  TCTCCATCTGTAAAAGGATAATCCCCACCCACTTCACAGAATTCTTATGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATCTGTAAAAGGATAATCCCCACCCACTTCACAGAATTCTTATGA  369

seq1  CGACTAAGCAAAGCCAGGTATGGGCTAGGAACCTGTAAAACTCTCCTCAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTAAGCAAAGCCAGGTATGGGCTAGGAACCTGTAAAACTCTCCTCAG  419

seq1  CTTGTCCTTCTCTGCACTGGGAACAAGATGGCAGAAGACAGGGTGTGTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCCTTCTCTGCACTGGGAACAAGATGGCAGAAGACAGGGTGTGTGT  469

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTTGATTGGCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTTGATTGGCT  519

seq1  GTCAGTGAGAAGCTCCGCCCCCCCAGGACATGAGGAAGGTGAACAGAATC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGAGAAGCTCCGCCCCCCCAGGACATGAGGAAGGTGAACAGAATC  569

seq1  TTTGAATCTCAGAGATGAAACTGAGAATACCTGTTCTGCCTACCTGACCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATCTCAGAGATGAAACTGAGAATACCTGTTCTGCCTACCTGACCC  619

seq1  CACCTCCATCAGGAAAGAGAGAACCAGAGCACCAAGTCCACTTATGCTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCATCAGGAAAGAGAGAACCAGAGCACCAAGTCCACTTATGCTGT  669

seq1  CTCCCTCCTCCTGTGCCAGCTGCCAGCCCACTAGGAACCAGGATGCTACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCCTCCTGTGCCAGCTGCCAGCCCACTAGGAACCAGGATGCTACT  719

seq1  TCTCAGTATCCACACCACTGCCAAGAAGTGGTGTGCAGCAAGTGGGGCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTATCCACACCACTGCCAAGAAGTGGTGTGCAGCAAGTGGGGCAA  769

seq1  GCTTAAAATGCATCCTTTTCAAGCTGCAGCCTCTGTGCCCTGGATGCAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAATGCATCCTTTTCAAGCTGCAGCCTCTGTGCCCTGGATGCAAA  819

seq1  GGGCAATTTACTATTCCATCTGAGCAGTGAGTTCCGAGAGAAAGAGTCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAATTTACTATTCCATCTGAGCAGTGAGTTCCGAGAGAAAGAGTCTC  869

seq1  TCTTTTTAGCAGGTGAGAAGAAAGGGGGGGAAGGGGACAAGAATCCCCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTAGCAGGTGAGAAGAAAGGGGGGGAAGGGGACAAGAATCCCCTA  919

seq1  GAGTCTAAGCTTGAAGTCCTAATAGTCTTTAGAGAGCTTCTTCTATGCCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTAAGCTTGAAGTCCTAATAGTCTTTAGAGAGCTTCTTCTATGCCA  969

seq1  GGCACCGACTCTACAGGATGATAACTCCTTTCATTTTCAAGGAAAACTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCGACTCTACAGGATGATAACTCCTTTCATTTTCAAGGAAAACTAT  1019

seq1  GTGTCTCACTTGTTCCATGAGTGACAGAGCCAGAAATTAAAGAATTC  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCACTTGTTCCATGAGTGACAGAGCCAGAAATTAAAGAATTC  1066