BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166O24
Chromosome5 (Build37)
Map Location 149,385,199 - 149,569,521
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2210417A02Rik
Upstream geneFlt1, LOC100039825, Pomp, Slc46a3, C130038G02Rik, LOC100041819, Slc7a1, LOC100041842, Ubl3
Downstream geneLOC100041869, Katnal1, 8430423G03Rik, 1810059H22Rik, LOC667386, LOC100039964, Hmgb1, EG667410, LOC100040006, Uspl1, 2310047D07Rik, Alox5ap, 6330406I15Rik, 4930588N13Rik, LOC100040037, LOC100040062, 4930434E21Rik, Hsp110, EG433968, B3galtl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166O24.bB6Ng01-166O24.g
ACCDH958572DH958573
length1,0461,142
definitionDH958572|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166O24, 5' end.DH958573|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166O24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,568,469 - 149,569,521)(149,385,199 - 149,386,347)
sequence
gaattctctatccattggttagggtaggttagtgtagtttggctccaact
gacactcacttgacagcgactgttgctgaaatcccttccctgggggagac
atctcagcaacaagctggtgtctgatggcatccaggagccagtgtgttta
ctgggtttcccttggtgagaggttactttcaggagtgtgggtgtagtccc
tccaaccaaagcctgcactggaagatctttacccagcagggatgctggtc
ttccctgtaactcctcctccccttccctcccccaccccatttcccctcca
gcctatatattctagcccctccccaggtcaggtgtaatcagggcagaatt
gcttacagctggtgggatggagcagccaaagatgaaactgaaggtccagt
taccctccccagccctccctctatgagggggtgtcgacatactcagctga
gtttggcatcccggcacatcctggaggtggcggttgtttggcttggagga
tggagctatacagttcagtgcacacactctagggaaggtactgctggcta
ggcctagagctcggctttcctcactggtgcaatggagttagtaattatta
aatgacgcgcccctcctgccttgcatccggcacactgccaacatccaaga
gcctcctcagacgctttgtcatgctttagaccctgcccccaaaagatgat
tatttttggttttaataatctcggccagattgccttcctgaaatttaaag
cggctctcatttaaatttagaagaatatcccgaactttaagttacaagac
tgatttgcattttgagagtctgaagcaacgcactgtgcttagctctgggc
ttcaaagctcctgtttagggaacactgggagactggggggcacttgcccg
gcacctagcagaataactgtggccagagagatcagccatgaaagattccc
agttgtgcaatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttattccatacatgct
tgaatgagaaactttaggagactctggtttccagaacagcaagtca
gaattcctcagtgccaacacagcatggacatgaatttgtcttttaaaagt
tagtcaaagtaacaagtgcagaggctggagagatggctcagcagctagga
gcacaggatgctcttgcagtggacctcgatttgactcccagtatgcacat
ggtggctcatagccatctgtagcccagttctacaggatctgatgccctct
tctgactctaagggcaacagttacatacatggtgtgtgtgtgtacaggca
aacacttatacacacaaataaatataaaaacagtttaaatgtcagagtaa
agcttaacatattttagttgaaaaggcagatatgtggaatgaagggtatt
tcccagtagaagcacatatcaccaatatcaatgcaactattctgccagtt
tttaaatgagcaagttatgtattttaaaaatatagatgttgtgacatggc
tttccaatgaaacagtatttagccatagactgatgtttacaaagtgtttc
agtgctctcaaacagcgagcagcaaaaaggccagatggtaaattataatt
tacaagttaatttgaactccaatatttaaaataaattttaaaataacata
acggttgtggtcacagtggggttaggcctcagttagaatttgtttttctg
gctttgtaccctttcacctttattgaatgcagaagtaggacttttgcatt
tgtgatcattttaaaggcttgcttatttttattttgtgtgtatgagtgtt
cgcttacatgtatgtatatgcatcccgtgtatgcaccatgggatgcatgc
cccacccaccacgtgccatctttacatttacattctagtgatgggaggat
tttgtaacgtagtcacagttccaaatactcttgctctgggattgctggga
agcaccattcttttctgctacagacacccagaagcctcttgtgccctgtg
attgatctcctaaaatgccctcttgctcaagctttcaggcagtcaggccc
cactgaggctttagaaaccccaaagttagttcaaagaactgggttgagct
aagcagtcaaggatcgaggtttcatttttaaatgcacatctacaacatca
ggctacctcagttagacagaagatggggcagctgttttgtcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_149568469_149569521
seq2: B6Ng01-166O24.b_45_1090 (reverse)

seq1  TGACTTGCTGTGTCTTGGGAAACGAGAGGTTCTCCTTAAGGTTTTCTACA  50
      ||||||||||| |||  |||||| ||||  |||||| |||  ||||| ||
seq2  TGACTTGCTGT-TCT--GGAAACCAGAG--TCTCCTAAAG--TTTCT-CA  42

seq1  TTCAAGCATGTATGAAATAACACACACACACACACACACACACATTGCAC  100
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCATGTATGGAATAACACACACACACACACACACACACATTGCAC  92

seq1  AACTGGGAATCTTTCATGGCTGATCTCTCTGGCCACAGTTATTCCTGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACTGGGAATCTTTCATGGCTGATCTCTCTGGCCACAGTTATT-CTGCTA  141

seq1  GGTGCCGGGCAAGTGCCCCCCAGTCT-CCAGTGTTCCCTAAACAGGAGCT  199
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCGGGCAAGTGCCCCCCAGTCTCCCAGTGTTCCCTAAACAGGAGCT  191

seq1  TTG-AGGCCAGAGCTAAGCACAGTGCGTTGCTTCAGACTCTCAAAATGCA  248
      ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCCCAGAGCTAAGCACAGTGCGTTGCTTCAGACTCTCAAAATGCA  241

seq1  AATCAGTCTTGTAACTTAAAGTTCGGGATATTCTTCTAAATTTAAATGAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTCTTGTAACTTAAAGTTCGGGATATTCTTCTAAATTTAAATGAG  291

seq1  AGCCGCTTTAAATTTCAGGAAGGCAATCTGGCCGAGATTATTAAAACCAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCGCTTTAAATTTCAGGAAGGCAATCTGGCCGAGATTATTAAAACCAA  341

seq1  AAATAATCATCTTTTGGGGGCAGGGTCTAAAGCATGACAAAGCGTCTGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATCATCTTTTGGGGGCAGGGTCTAAAGCATGACAAAGCGTCTGAG  391

seq1  GAGGCTCTTGGATGTTGGCAGTGTGCCGGATGCAAGGCAGGAGGGGCGCG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCTTGGATGTTGGCAGTGTGCCGGATGCAAGGCAGGAGGGGCGCG  441

seq1  TCATTTAATAATTACTAACTCCATTGCACCAGTGAGGAAAGCCGAGCTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAATAATTACTAACTCCATTGCACCAGTGAGGAAAGCCGAGCTCT  491

seq1  AGGCCTAGCCAGCAGTACCTTCCCTAGAGTGTGTGCACTGAACTGTATAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTAGCCAGCAGTACCTTCCCTAGAGTGTGTGCACTGAACTGTATAG  541

seq1  CTCCATCCTCCAAGCCAAACAACCGCCACCTCCAGGATGTGCCGGGATGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCCTCCAAGCCAAACAACCGCCACCTCCAGGATGTGCCGGGATGC  591

seq1  CAAACTCAGCTGAGTATGTCGACACCCCCTCATAGAGGGAGGGCTGGGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCAGCTGAGTATGTCGACACCCCCTCATAGAGGGAGGGCTGGGGA  641

seq1  GGGTAACTGGACCTTCAGTTTCATCTTTGGCTGCTCCATCCCACCAGCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAACTGGACCTTCAGTTTCATCTTTGGCTGCTCCATCCCACCAGCTG  691

seq1  TAAGCAATTCTGCCCTGATTACACCTGACCTGGGGAGGGGCTAGAATATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAATTCTGCCCTGATTACACCTGACCTGGGGAGGGGCTAGAATATA  741

seq1  TAGGCTGGAGGGGAAATGGGGTGGGGGAGGGAAGGGGAGGAGGAGTTACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTGGAGGGGAAATGGGGTGGGGGAGGGAAGGGGAGGAGGAGTTACA  791

seq1  GGGAAGACCAGCATCCCTGCTGGGTAAAGATCTTCCAGTGCAGGCTTTGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGACCAGCATCCCTGCTGGGTAAAGATCTTCCAGTGCAGGCTTTGG  841

seq1  TTGGAGGGACTACACCCACACTCCTGAAAGTAACCTCTCACCAAGGGAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGGACTACACCCACACTCCTGAAAGTAACCTCTCACCAAGGGAAA  891

seq1  CCCAGTAAACACACTGGCTCCTGGATGCCATCAGACACCAGCTTGTTGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTAAACACACTGGCTCCTGGATGCCATCAGACACCAGCTTGTTGCT  941

seq1  GAGATGTCTCCCCCAGGGAAGGGATTTCAGCAACAGTCGCTGTCAAGTGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTCTCCCCCAGGGAAGGGATTTCAGCAACAGTCGCTGTCAAGTGA  991

seq1  GTGTCAGTTGGAGCCAAACTACACTAACCTACCCTAACCAATGGATAGAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGTTGGAGCCAAACTACACTAACCTACCCTAACCAATGGATAGAG  1041

seq1  AATTC  1053
      |||||
seq2  AATTC  1046

seq1: chr5_149385199_149386347
seq2: B6Ng01-166O24.g_71_1212

seq1  GAATTCCTCAGTGCCAACACAGCATGGACATGAATTTGTCTTTTAAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAGTGCCAACACAGCATGGACATGAATTTGTCTTTTAAAAGT  50

seq1  TAGTCAAAGTAACAAGTGCAGAGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGCTAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAAAGTAACAAGTGCAGAGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGCTAGGA  100

seq1  GCACAGGATGCTCTTGCAGTGGACCTCGATTTGACTCCCAGTATGCACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGATGCTCTTGCAGTGGACCTCGATTTGACTCCCAGTATGCACAT  150

seq1  GGTGGCTCATAGCCATCTGTAGCCCAGTTCTACAGGATCTGATGCCCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCTCATAGCCATCTGTAGCCCAGTTCTACAGGATCTGATGCCCTCT  200

seq1  TCTGACTCTAAGGGCAACAGTTACATACATGGTGTGTGTGTGTACAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTCTAAGGGCAACAGTTACATACATGGTGTGTGTGTGTACAGGCA  250

seq1  AACACTTATACACACAAATAAATATAAAAACAGTTTAAATGTCAGAGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTATACACACAAATAAATATAAAAACAGTTTAAATGTCAGAGTAA  300

seq1  AGCTTAACATATTTTAGTTGAAAAGGCAGATATGTGGAATGAAGGGTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAACATATTTTAGTTGAAAAGGCAGATATGTGGAATGAAGGGTATT  350

seq1  TCCCAGTAGAAGCACATATCACCAATATCAATGCAACTATTCTGCCAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGTAGAAGCACATATCACCAATATCAATGCAACTATTCTGCCAGTT  400

seq1  TTTAAATGAGCAAGTTATGTATTTTAAAAATATAGATGTTGTGACATGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATGAGCAAGTTATGTATTTTAAAAATATAGATGTTGTGACATGGC  450

seq1  TTTCCAATGAAACAGTATTTAGCCATAGACTGATGTTTACAAAGTGTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAATGAAACAGTATTTAGCCATAGACTGATGTTTACAAAGTGTTTC  500

seq1  AGTGCTCTCAAACAGCGAGCAGCAAAAAGGCCAGATGGTAAATTATAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTCTCAAACAGCGAGCAGCAAAAAGGCCAGATGGTAAATTATAATT  550

seq1  TACAAGTTAATTTGAACTCCAATATTTAAAATAAATTTTAAAATAACATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTTAATTTGAACTCCAATATTTAAAATAAATTTTAAAATAACATA  600

seq1  ACGGTTGTGGTCACAGTGGGGTTAGGCCTCAGTTAGAATTTGTTTTTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTTGTGGTCACAGTGGGGTTAGGCCTCAGTTAGAATTTGTTTTTCTG  650

seq1  GCTTTGTACCCTTTCACCTTTATTGAATGCAGAAGTAGGACTTTTGCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTACCCTTTCACCTTTATTGAATGCAGAAGTAGGACTTTTGCATT  700

seq1  TGTGATCATTTTAAAGGCTTGCTTATTTTTATTTTGTGTGTATGAGTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCATTTTAAAGGCTTGCTTATTTTTATTTTGTGTGTATGAGTGTT  750

seq1  CGCTTACATGTATGTATATGCATCCCGTGTATGCACCATGGGATGCATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTACATGTATGTATATGCATCCCGTGTATGCACCATGGGATGCATGC  800

seq1  CCCACCCACCACGTGCCATCTTTACA-TTACATTCTAGTGAT-GGAGGAT  848
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  CCCACCCACCACGTGCCATCTTTACATTTACATTCTAGTGATGGGAGGAT  850

seq1  TTTGTAACGTAGTCACAGTTCCAAATACTCTTGCTCT-GGATTGCT-GGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  TTTGTAACGTAGTCACAGTTCCAAATACTCTTGCTCTGGGATTGCTGGGA  900

seq1  AGCACCATTCTTTTCTGCTACAGACACCCAGAAGCCTCTTGTGCCCTGTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCATTCTTTTCTGCTACAGACACCCAGAAGCCTCTTGTGCCCTGTG  950

seq1  ATTGATCTCCTAAAATGCCCTCTTGCTCAAGC-TTCAAGCAGTCAAG-CC  994
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||
seq2  ATTGATCTCCTAAAATGCCCTCTTGCTCAAGCTTTCAGGCAGTCAGGCCC  1000

seq1  CACTGAGGCTTTAGAAAACCCCAAAAGGTAAGTTCAAAGAACTGGGTTGA  1044
      |||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGGCTTTAG-AAACCCCAAA--GTTAGTTCAAAGAACTGGGTTGA  1047

seq1  GCTAAGCAGTC-AGGATCGAGGTTTCCATTTTTAAATGCACCATCTACAA  1093
      ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTAAGCAGTCAAGGATCGAGGTTT-CATTTTTAAATGCA-CATCTACAA  1095

seq1  CATCAGGCTAAACCCCTCAGTTTAGACAG-AGATGGGGGCAGGCTTGTTT  1142
      ||||||||||    |||||| |||||||| |||| |||||||     | |
seq2  CATCAGGCTA----CCTCAG-TTAGACAGAAGAT-GGGGCAG----CTGT  1135

seq1  TTTGTCG  1149
      |||||||
seq2  TTTGTCG  1142