BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-167E18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 139,936,716 - 140,043,379
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfand2a, Uncx4.1, LOC100041200
Upstream geneLOC433955, EG666533, 1700123K08Rik, Zfp68, LOC665882, A430033K04Rik, BC004044, EG384244, Pdgfa, Prkar1b, Heatr2, Unc84a, 1110007L15Rik, Centa1, Cox19, Cyp2w1, 3110082I17Rik, D830046C22Rik, Gpr146, C130050O18Rik, Gpr30
Downstream geneLOC100041209, LOC100041217, Micall2, Ints1, Mafk, BC019731, 1810042K04Rik, A930017N06Rik, LOC100041270, Mad1l1, Ftsj2, Nudt1, Snx8, Eif3s9, LOC100041291, EG231836, Chst12, Grifin
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-167E18.bB6Ng01-167E18.g
ACCDH958833DH958834
length1,1501,163
definitionDH958833|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167E18, 5' end.DH958834|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-167E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,936,716 - 139,937,877)(140,042,217 - 140,043,379)
sequence
gaattccagcaggtaaagttagaatatccgaggggtgccgggcttggagg
tgcacgcctttcgtcccagccctagggaagctaggaagaaggattaggag
ttcaaggctatcctccgctgtgtagggagttcaaagtcggaccctgttgt
agcctataatcccagcaccaaagagatagagggaggaggatcagaaactc
ggggtcttctcgagattcataaaggccagtgagatgcctccgacggtaaa
agtgtttattgtaaagcttggtaacgttagtttgatgtccaggatccata
aatcggaaggaaaatcaattcccacaagctgtcttctgacctctaaacac
acacacactaaataagtaaatatgtacatttcataatatatgtatgtgta
cacacacacacacaaagtagtgaagaagtaatgtaaagggtctggcatag
ctgtcactggccttgtaacagggccatagaccttagtaggccaccagacc
ttagcacactgactccacattggaagtaccatgaggctgtaaaacttagc
agcacatagacagcaccacctgcccaaactaaaacaagggcctagtccat
cagagtccatatagtgctgggaaagtctcaacacacactaaccttgcttt
ccagcctctctagttccacttctggtttactcttctttttaactgtgtgt
caactcggaacatggttttagtgcttaaaaaatcacctggaaaaaggctc
agtgctacactaggattccatcacccagtgtagttgctggacagctaata
aagattttctattggcttaaaccatgtctagcagtcttctcttcagagta
ccccacaacagcctttaattccagcattgggtcagaggcaagtggatctc
tacaagtgtgaggccagcctggtctacatagtgtgttccaggttagccaa
ggcttagtgagaccctgcttcaaatgacaaattacagatggagtgggtgt
gatttattgctgatgctgctagccactaagaggagacagtaaatcctggt
gatgcagaatagagagaagggatatcagcatgagaaaagaagacttccct
cactgactttgtgaagcctctaacaggcttgagatcagaaccctagctca

gaattctcctgttttgtccctcttctctgccctccacccatgtatgccta
cctttgtgtgtcctttaataactgcagtgcacagtgggtcacagtacatt
cccgagactccaggacagtgtcaagagctgattgaccccctgtccctatc
tagctccttgttctttatagctctagggaaccacacaaaaagaaatacca
caccaggcctgcaggaggcagtgatgtgtggagaggggtcatggggccct
gctcctcctctgtcccagcttttacctctagcagagcaggcctgtgaggc
ttcctccagggccaaggaaaaaagaaggttggtagttggtggatcccagg
gctagagagaagaggaggtcacgcagagccgaagggaaagtctgggggtg
gtgttccacttccagtgaggtgagagcacccatatatcagatgaggaagc
tgactacccaaacaggttcatgagaaaactgattgggactgaggttgttg
tctgctcctctgtgctgtcactaggtccctgtgggatacgtcatgtcaca
cccaggaaacaggaactccacctccatccagcatgggatacaactctgtg
gtctctgccagatatcttcccctcccatcccagatggtgaaagtggcctg
tcacatgaccagccttgttaatcccatcagacgacaactccagagtgtca
cataatccagccacattgaccccaggccttccccactactcaattccctg
ctgctggaacctgggattctagggatctcacaccgacttggaaaaatttg
ttaaaagattctttggcaaaacccaaggagggctaacactgttcgccagg
ccttgagcaatgtaggcaactgagtggtgtccagtagttagtcaaggcag
aggtaagagacagttctcaggctggagagatggctcagcagttaggagca
ctgactgctcttcagagtcatgagttccattcccaacaacaacatggtgg
ctcacaccatctaaatgggatttgatgccctgttctgtgtgtttgaagac
agcaacaggtgttcctcatatacattcaattaatagttaaaaaattacct
tcagaagttgttcatgttgtccttggcttcggtcctcttccctctcaccc
tggccctctctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_139936716_139937877
seq2: B6Ng01-167E18.b_50_1199

seq1  GAATTCCAGCAGGTAAAGTTAGAATATCCGAGGGGTGCCGGGCTTGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCAGGTAAAGTTAGAATATCCGAGGGGTGCCGGGCTTGGAGG  50

seq1  TGCACGCCTTTCGTCCCAGCCCTAGGGAAGCTAGGAAGAAGGATTAGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGCCTTTCGTCCCAGCCCTAGGGAAGCTAGGAAGAAGGATTAGGAG  100

seq1  TTCAAGGCTATCCTCCGCTGTGTAGGGAGTTCAAAGTCGGACCCTGTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGCTATCCTCCGCTGTGTAGGGAGTTCAAAGTCGGACCCTGTTGT  150

seq1  AGCCTATAATCCCAGCACCAAAGAGATAGAGGGAGGAGGATCAGAAACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTATAATCCCAGCACCAAAGAGATAGAGGGAGGAGGATCAGAAACTC  200

seq1  GGGGTCTTCTCGAGATTCATAAAGGCCAGTGAGATGCCTCCGACGGTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTTCTCGAGATTCATAAAGGCCAGTGAGATGCCTCCGACGGTAAA  250

seq1  AGTGTTTATTGTAAAGCTTGGTAACGTTAGTTTGATGTCCAGGATCCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTATTGTAAAGCTTGGTAACGTTAGTTTGATGTCCAGGATCCATA  300

seq1  AATCGGAAGGAAAATCAATTCCCACAAGCTGTCTTCTGACCTCTAAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGGAAGGAAAATCAATTCCCACAAGCTGTCTTCTGACCTCTAAACAC  350

seq1  ACACACACTAAATAAGTAAATATGTACATTTCATAATATATGTATGTGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTAAATAAGTAAATATGTACATTTCATAATATATGTATGTGTA  400

seq1  CACACACACACACAAAGTAGTGAAGAAGTAATGTAAAGGGTCTGGCATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACAAAGTAGTGAAGAAGTAATGTAAAGGGTCTGGCATAG  450

seq1  CTGTCACTGGCCTTGTAACAGGGCCATAGACCTTAGTAGGCCACCAGACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCACTGGCCTTGTAACAGGGCCATAGACCTTAGTAGGCCACCAGACC  500

seq1  TTAGCACACTGACTCCACATTGGAAGTACCATGAGGCTGTAAAACTTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCACACTGACTCCACATTGGAAGTACCATGAGGCTGTAAAACTTAGC  550

seq1  AGCACATAGACAGCACCACCTGCCCAAACTAAAACAAGGGCCTAGTCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATAGACAGCACCACCTGCCCAAACTAAAACAAGGGCCTAGTCCAT  600

seq1  CAGAGTCCATATAGTGCTGGGAAAGTCTCAACACACACTAACCTTGCTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCCATATAGTGCTGGGAAAGTCTCAACACACACTAACCTTGCTTT  650

seq1  CCAGCCTCTCTAGTTCCACTTCTGGTTTACTCTTCTTTTTAACTGTGTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTCTCTAGTTCCACTTCTGGTTTACTCTTCTTTTTAACTGTGTGT  700

seq1  CAACTCGGAACATGGTTTTAGTGCTTAAAAAATCACCTGGAAAAAGGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCGGAACATGGTTTTAGTGCTTAAAAAATCACCTGGAAAAAGGCTC  750

seq1  AGTGCTACACTAGGATTCCATCACCCAGTGTAGTTGCTGGACAGCTAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTACACTAGGATTCCATCACCCAGTGTAGTTGCTGGACAGCTAATA  800

seq1  AAGATTTTCTATTGGCTTAAACCATGTCTAGCAGTCTTCTCTTCAGAGTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTTCTATTGGCTTAAACCATGTCTAGCAGTCTTCTCTTCAGAGTA  850

seq1  CCCCACAACAGCCTTTAATTCCAGCATTGGGTCAGAGGCAAGTGGATCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAACAGCCTTTAATTCCAGCATTGGGTCAGAGGCAAGTGGATCTC  900

seq1  TACAAGTGTGAGGCCAGCCTGGTCTACATAGTGTGTTCCAGGTTAGCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTGTGAGGCCAGCCTGGTCTACATAGTGTGTTCCAGGTTAGCCAA  950

seq1  GGCTTAGTGAGACCCTGCTTCAAAATGACAAAATTACAGATGGAGTGGGT  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAGTGAGACCCTGCTTC-AAATGAC-AAATTACAGATGGAGTGGGT  998

seq1  GTGATTTATTGCTGATGCTGCTAGCCAACTAAGAGGAGACAGTAAATTCC  1050
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  GTGATTTATTGCTGATGCTGCTAGCC-ACTAAGAGGAGACAGTAAA-TCC  1046

seq1  TTGTGATGCAGAATAGAGAGAGGGGAATTATCAAGCAATGAGAAAAGACA  1100
      | ||||||||||||||||||| ||||  |||| ||| ||||||||||| |
seq2  TGGTGATGCAGAATAGAGAGAAGGGA--TATC-AGC-ATGAGAAAAGA-A  1091

seq1  GAC-TCCCTCACCTGAGTTTTGTTGAAGCCTCTAACAGGC-TGAGAATCA  1148
      ||| ||||||| |||| |||   ||||||||||||||||| |||| ||| 
seq2  GACTTCCCTCA-CTGACTTT--GTGAAGCCTCTAACAGGCTTGAG-ATC-  1136

seq1  AGAACTCTAGCTCA  1162
      ||||| ||||||||
seq2  AGAACCCTAGCTCA  1150

seq1: chr5_140042217_140043379
seq2: B6Ng01-167E18.g_68_1230 (reverse)

seq1  AGAGAGAGG--CAGGG-GAGAGGGGAGAGAGAACGGAGC--ACGAACACA  45
      |||||||||  ||||| ||||||| |||| || || |||  | ||  |||
seq2  AGAGAGAGGGCCAGGGTGAGAGGGAAGAG-GACCGAAGCCAAGGACAACA  49

seq1  TGAACTATCTCTTGAAGGTAATTTTTTTAACTTATTTATTTGATGTATAT  95
      ||||| | ||  ||||||||| ||||||||| |||| |||  ||||||||
seq2  TGAAC-AACTTCTGAAGGTAA-TTTTTTAAC-TATTAATTGAATGTATAT  96

seq1  GA-GTACA-CTGTTGCTGTCTTCAGACACACCAGAACAGGGCATCAAATC  143
      || | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACACCTGTTGCTGTCTTCAAACACA-CAGAACAGGGCATCAAATC  145

seq1  CCATTTTAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGTTGGGAATTGAACTCA  193
      ||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  CCA-TTTAGATGG-TGTGAGCCACCATGTTGTTGTTGGGAATGGAACTCA  193

seq1  TGACTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCCTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAG  243
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCT-GAAGAGCAGTCAGTGCTCCTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAG  242

seq1  CCTGAGAACTGTCTCTTACCTCTGCCTTGACTAACTACTGGACACCACTC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGAACTGTCTCTTACCTCTGCCTTGACTAACTACTGGACACCACTC  292

seq1  AGTTGCCTACATTGCTCAAGGCCTGGCGAACAGTGTTAGCCCTCCTTGGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCTACATTGCTCAAGGCCTGGCGAACAGTGTTAGCCCTCCTTGGG  342

seq1  TTTTGCCAAAGAATCTTTTAACAAATTTTTCCAAGTCGGTGTGAGATCCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCCAAAGAATCTTTTAACAAATTTTTCCAAGTCGGTGTGAGATCCC  392

seq1  TAGAATCCCAGGTTCCAGCAGCA-GGAATTGAGTAGTGGGGAAGGCCTGG  442
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCCCAGGTTCCAGCAGCAGGGAATTGAGTAGTGGGGAAGGCCTGG  442

seq1  GGTCAATGTGGCTGGATTATGTGACACTCTGGAGTTGTCGTCTGATGGGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAATGTGGCTGGATTATGTGACACTCTGGAGTTGTCGTCTGATGGGA  492

seq1  TTAACAAGGCTGGTCATGTGACAGGCCACTTTCACCATCTGGGATGGGAG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAGGCTGGTCATGTGACAGGCCACTTTCACCATCTGGGATGGGAG  542

seq1  GGGAAGATATCTGGCAGAGACCACAGAGTTGTATCCCATGCTGGATGGAG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGATATCTGGCAGAGACCACAGAGTTGTATCCCATGCTGGATGGAG  592

seq1  GTGGAGTTCCTGTTTCCTGGGTGTGACATGACGTATCCCACAGGGACCTA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTTCCTGTTTCCTGGGTGTGACATGACGTATCCCACAGGGACCTA  642

seq1  GTGACAGCACAGAGGAGCAGACAACAACCTCAGTCCCAATCAGTTTTCTC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGCACAGAGGAGCAGACAACAACCTCAGTCCCAATCAGTTTTCTC  692

seq1  ATGAACCTGTTTGGGTAGTCAGCTTCCTCATCTGATATATGGGTGCTCTC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACCTGTTTGGGTAGTCAGCTTCCTCATCTGATATATGGGTGCTCTC  742

seq1  ACCTCACTGGAAGTGGAACACCACCCCCAGACTTTCCCTTCGGCTCTGCG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACTGGAAGTGGAACACCACCCCCAGACTTTCCCTTCGGCTCTGCG  792

seq1  TGACCTCCTCTTCTCTCTAGCCCTGGGATCCACCAACTACCAACCTTCTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCCTCTTCTCTCTAGCCCTGGGATCCACCAACTACCAACCTTCTT  842

seq1  TTTTCCTTGGCCCTGGAGGAAGCCTCACAGGCCTGCTCTGCTAGAGGTAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTGGCCCTGGAGGAAGCCTCACAGGCCTGCTCTGCTAGAGGTAA  892

seq1  AAGCTGGGACAGAGGAGGAGCAGGGCCCCATGACCCCTCTCCACACATCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGGACAGAGGAGGAGCAGGGCCCCATGACCCCTCTCCACACATCA  942

seq1  CTGCCTCCTGCAGGCCTGGTGTGGTATTTCTTTTTGTGTGGTTCCCTAGA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCTGCAGGCCTGGTGTGGTATTTCTTTTTGTGTGGTTCCCTAGA  992

seq1  GCTATAAAGAACAAGGAGCTAGATAGGGACAGGGGGTCAATCAGCTCTTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAAAGAACAAGGAGCTAGATAGGGACAGGGGGTCAATCAGCTCTTG  1042

seq1  ACACTGTCCTGGAGTCTCGGGAATGTACTGTGACCCACTGTGCACTGCAG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTCCTGGAGTCTCGGGAATGTACTGTGACCCACTGTGCACTGCAG  1092

seq1  TTATTAAAGGACACACAAAGGTAGGCATACATGGGTGGAGGGCAGAGAAG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAAGGACACACAAAGGTAGGCATACATGGGTGGAGGGCAGAGAAG  1142

seq1  AGGGACAAAACAGGAGAATTC  1163
      |||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAAAACAGGAGAATTC  1163