BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169C09
Chromosome5 (Build37)
Map Location 53,500,120 - 53,639,627
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310045A20Rik
Upstream geneDhx15, Sod3, Gm447, LOC100041805, Lgi2, LOC545750, D5Ertd135e, Pi4k2b, Zcchc4, Anapc4, Slc34a2
Downstream gene1810013D10Rik, LOC100041198, LOC100041911, Rbpj, Cckar, Tbc1d19, Stim2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169C09.bB6Ng01-169C09.g
ACCDH960201DH960202
length1,089924
definitionDH960201|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169C09, 5' end.DH960202|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169C09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,638,523 - 53,639,627)(53,500,120 - 53,501,042)
sequence
gaattcttttttttttttttttaagaaaagaagcaaatagcattaaaatg
attattgcatgaatgaccggactattgtccctcaggggaaaatatttccc
agtttgcttagagtagcaaaaagaggggagaggagatttgatcgttattt
caaagctgtctccccatgggaaattaaacatgagttacgggacctttttc
atagtataaaactaccaagtagaaaagcactctgaggcacatgtgagtgg
gtgtaggcaaggctctcctcagagcaggagtccctggactccaacactga
ggtcgctcttctgccaccttccccacacctggtgggactctgggattgcc
accgaggtttcttcacatggtcacttcccagtctctcttgcaaggccatc
ccagtgatacactgacactcagccccctaccactcctgtctattctcagc
ggagttgaagcatcaggaaggatcgctgaaacagccaggcactcctctat
cgaagcagcaattctgactgcctgaaagccttggcttctgcttgtactct
ttctttccattttcaaaattacaccgagtgcttgctggtccagaaacagg
actggctttagcctcatttgttttctggcctatggatagtgtcaaggatg
ggtttcattgtttgtatgggacagggtctcaagtagcccagactgccctt
gaactcatgatgtagccaagtatgacctcgaactcctgattcttctgcct
ccatctccagggtgctgggaccacagcctgaattaatcgcctagggttgt
gttcggctacagcttggacctcctgcctcacattttaagcaacagcctac
cttcctttagcttcccagttgattttagtgactctggaaatccccacata
aagtgaagtcatttgtgggcatgttggagagcaaaataccaactcattaa
aaatggtggcatccccagtagctagcgctggggcaactcagacttctcat
actctcaaaggagaggtatgcagtcagaatttgtcagcaggtgacactct
ggtatttagtactcaactacttctcaagtggttgcctct
gaattccctgaaactagctacacatggttatgagcagccctggggggttt
tgggaacttaacccaggtcttctgcaagagcagctagtgctcttaaaaac
taaggcatctctccacctcccactccccccatgtcagtaattttcaaagg
gtagtggtgtttccttcccaaggacagagccactgtctggagacatttcc
acttgtcacacctgcccagtggggatgggatgatgacatctaccgagtgg
aaaccaaggatcatgttaagcctccagcaggactcatgacagccccacag
cagtgagtgaccagctctgaaggccacccatgctggaggtggcaaaacct
gcttaatgaatttaaacttagaagtgctgcaagtgacggtgggctctggc
ctttaacagcagtgtcacttgggtgaggtatcacatgctcccacctccaa
gagatggagaaaatgggaggctctgtggcacggaagcagtccacggctta
agtgagagaatgcactgagagcagtgcttggcaggtgaggtatgcgggaa
gtgttactggggaaacgtcctaagatttgttcatctcaggtacatggcac
tggggactgataaaagagctaaagcatttgtttgctggatgcctgcagcc
ccctgtttgaggctccaggataacaacaacatgagcttcaaagccaggaa
agactaagaattggccagtactgatgttttctcagctgggtaatcttgag
ccagctttcagctataagatgggggtagcagcatccagagctgtgtgatg
agtagtgaactcagtggccaaagtctgtggaggtgcagctagtttacctg
taagcggtgatcttaattaaacgcagtagtgttttagccctactgacttt
gtaaagagtgtggggggggagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_53638523_53639627
seq2: B6Ng01-169C09.b_44_1132 (reverse)

seq1  AGAGGCAACCACTCTGAAGGAAGTTAGTTTGAGTACCTAAACTACCAGAT  50
      ||||||||||||| |||  |||| ||| ||||||| ||||| ||||||| 
seq2  AGAGGCAACCACT-TGA--GAAG-TAG-TTGAGTA-CTAAA-TACCAGAG  43

seq1  GGTCACCTGCTTGACATAATTCTGACTGGCATTACCCTCTCCTTTGAGAG  100
       ||||||||| ||||| |||||||||| ||||   |||||||||||||||
seq2  TGTCACCTGC-TGACA-AATTCTGACT-GCAT--ACCTCTCCTTTGAGAG  88

seq1  TATGGAGAGTCTGAGTTTGCCCCCAGCGCTAGCTACTGGGGATGCCACCA  150
      ||||   ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAAGTCTGAGTT--GCCCCAGCGCTAGCTACTGGGGATGCCACCA  136

seq1  TTTTTTAATGAGTTGGTATTTTGCTCTCCAAACATGCCCACAAATGACTT  200
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTTAATGAGTTGGTATTTTGCTCTCC-AACATGCCCACAAATGACTT  184

seq1  CACTTTATGTGGGGATTTCCAGAGTCACTAAAATCAACTGGGAAGCTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTATGTGGGGATTTCCAGAGTCACTAAAATCAACTGGGAAGCTAAA  234

seq1  GGAAGGTAGGCTGTTGCTTAAAATGTGAGGCAGGAGGTCCAAGCTGTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTAGGCTGTTGCTTAAAATGTGAGGCAGGAGGTCCAAGCTGTAGC  284

seq1  CGAACACAACCCTAGGCGATTAATTCAGGCTGTGGTCCCAGCACCCTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACACAACCCTAGGCGATTAATTCAGGCTGTGGTCCCAGCACCCTGGA  334

seq1  GATGGAGGCAGAAGAATCAGGAGTTCGAGGTCATACTTGGCTACATCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAGGCAGAAGAATCAGGAGTTCGAGGTCATACTTGGCTACATCATG  384

seq1  AGTTCAAGGGCAGTCTGGGCTACTTGAGACCCTGTCCCATACAAACAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAGGGCAGTCTGGGCTACTTGAGACCCTGTCCCATACAAACAATG  434

seq1  AAACCCATCCTTGACACTATCCATAGGCCAGAAAACAAATGAGGCTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCATCCTTGACACTATCCATAGGCCAGAAAACAAATGAGGCTAAAG  484

seq1  CCAGTCCTGTTTCTGGACCAGCAAGCACTCGGTGTAATTTTGAAAATGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCCTGTTTCTGGACCAGCAAGCACTCGGTGTAATTTTGAAAATGGA  534

seq1  AAGAAAGAGTACAAGCAGAAGCCAAGGCTTTCAGGCAGTCAGAATTGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGAGTACAAGCAGAAGCCAAGGCTTTCAGGCAGTCAGAATTGCTG  584

seq1  CTTCGATAGAGGAGTGCCTGGCTGTTTCAGCGATCCTTCCTGATGCTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGATAGAGGAGTGCCTGGCTGTTTCAGCGATCCTTCCTGATGCTTCA  634

seq1  ACTCCGCTGAGAATAGACAGGAGTGGTAGGGGGCTGAGTGTCAGTGTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCGCTGAGAATAGACAGGAGTGGTAGGGGGCTGAGTGTCAGTGTATC  684

seq1  ACTGGGATGGCCTTGCAAGAGAGACTGGGAAGTGACCATGTGAAGAAACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGATGGCCTTGCAAGAGAGACTGGGAAGTGACCATGTGAAGAAACC  734

seq1  TCGGTGGCAATCCCAGAGTCCCACCAGGTGTGGGGAAGGTGGCAGAAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTGGCAATCCCAGAGTCCCACCAGGTGTGGGGAAGGTGGCAGAAGAG  784

seq1  CGACCTCAGTGTTGGAGTCCAGGGACTCCTGCTCTGAGGAGAGCCTTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCTCAGTGTTGGAGTCCAGGGACTCCTGCTCTGAGGAGAGCCTTGCC  834

seq1  TACACCCACTCACATGTGCCTCAGAGTGCTTTTCTACTTGGTAGTTTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCACTCACATGTGCCTCAGAGTGCTTTTCTACTTGGTAGTTTTAT  884

seq1  ACTATGAAAAAGGTCCCGTAACTCATGTTTAATTTCCCATGGGGAGACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGAAAAAGGTCCCGTAACTCATGTTTAATTTCCCATGGGGAGACAG  934

seq1  CTTTGAAATAACGATCAAATCTCCTCTCCCCTCTTTTTGCTACTCTAAGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAATAACGATCAAATCTCCTCTCCCCTCTTTTTGCTACTCTAAGC  984

seq1  AAACTGGGAAATATTTTCCCCTGAGGGACAATAGTCCGGTCATTCATGCA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGGAAATATTTTCCCCTGAGGGACAATAGTCCGGTCATTCATGCA  1034

seq1  ATAATCATTTTAATGCTATTTGCTTCTTTTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCATTTTAATGCTATTTGCTTCTTTTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAG  1084

seq1  AATTC  1105
      |||||
seq2  AATTC  1089

seq1: chr5_53500120_53501042
seq2: B6Ng01-169C09.g_70_993

seq1  GAATTCCCTGAAACTAGCTACACATGGTTATGAGCAGCCCTGGGGGGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGAAACTAGCTACACATGGTTATGAGCAGCCCTGGGGGGTTT  50

seq1  TGGGAACTTAACCCAGGTCTTCTGCAAGAGCAGCTAGTGCTCTTAAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACTTAACCCAGGTCTTCTGCAAGAGCAGCTAGTGCTCTTAAAAAC  100

seq1  TAAGGCATCTCTCCACCTCCCACTCCCCCCATGTCAGTAATTTTCAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCATCTCTCCACCTCCCACTCCCCCCATGTCAGTAATTTTCAAAGG  150

seq1  GTAGTGGTGTTTCCTTCCCAAGGACAGAGCCACTGTCTGGAGACATTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGTGTTTCCTTCCCAAGGACAGAGCCACTGTCTGGAGACATTTCC  200

seq1  ACTTGTCACACCTGCCCAGTGGGGATGGGATGATGACATCTACCGAGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCACACCTGCCCAGTGGGGATGGGATGATGACATCTACCGAGTGG  250

seq1  AAACCAAGGATCATGTTAAGCCTCCAGCAGGACTCATGACAGCCCCACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAGGATCATGTTAAGCCTCCAGCAGGACTCATGACAGCCCCACAG  300

seq1  CAGTGAGTGACCAGCTCTGAAGGCCACCCATGCTGGAGGTGGCAAAACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGTGACCAGCTCTGAAGGCCACCCATGCTGGAGGTGGCAAAACCT  350

seq1  GCTTAATGAATTTAAACTTAGAAGTGCTGCAAGTGACGGTGGGCTCTGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAATGAATTTAAACTTAGAAGTGCTGCAAGTGACGGTGGGCTCTGGC  400

seq1  CTTTAACAGCAGTGTCACTTGGGTGAGGTATCACATGCTCCCACCTCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACAGCAGTGTCACTTGGGTGAGGTATCACATGCTCCCACCTCCAA  450

seq1  GAGATGGAGAAAATGGGAGGCTCTGTGGCACGGAAGCAGTCCACGGCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGAGAAAATGGGAGGCTCTGTGGCACGGAAGCAGTCCACGGCTTA  500

seq1  AGTGAGAGAATGCACTGAGAGCAGTGCTTGGCAGGTGAGGTATGCGGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGAATGCACTGAGAGCAGTGCTTGGCAGGTGAGGTATGCGGGAA  550

seq1  GTGTTACTGGGGAAACGTCCTAAGATTTGTTCATCTCAGGTACATGGCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTACTGGGGAAACGTCCTAAGATTTGTTCATCTCAGGTACATGGCAC  600

seq1  TGGGGACTGATAAAAGAGCTAAAGCATTTGTTTGCTGGATGCCTGCAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACTGATAAAAGAGCTAAAGCATTTGTTTGCTGGATGCCTGCAGCC  650

seq1  CCCTGTTTGAGGCTCCAGGATAACAACAACATGAGCTTCAAAGCCAGGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTTGAGGCTCCAGGATAACAACAACATGAGCTTCAAAGCCAGGAA  700

seq1  AGACTAAGAATTGGCCAGTACTGATGTTTTCTCAGCTGGGTAATCTTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAAGAATTGGCCAGTACTGATGTTTTCTCAGCTGGGTAATCTTGAG  750

seq1  CCAGCTTTCAGCTATAAGATGGGGGTAGCAGCATCCAGAGCTGTGTGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTTCAGCTATAAGATGGGGGTAGCAGCATCCAGAGCTGTGTGATG  800

seq1  AGTAGTGAACTCAGTGGCCAAAGTCTGTGGAGGTGCAGCTAGTTTACCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTGAACTCAGTGGCCAAAGTCTGTGGAGGTGCAGCTAGTTTACCTG  850

seq1  TAAGCGGTGATCTTAATTAAACGCAGTAGTGTTTTAGCCCTACTGACTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCGGTGATCTTAATTAAACGCAGTAGTGTTTTAGCCCTACTGACTTT  900

seq1  GTAAAGAGTGT-GGGGGGGAGGGG  923
      ||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTAAAGAGTGTGGGGGGGGAGGGG  924