BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169I13
Chromosome5 (Build37)
Map Location 28,274,454 - 28,300,186
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDpp6, B930011P16Rik, Speer4b, Paxip1, Htr5a, EG433862
Downstream geneLOC231069, Insig1, En2, Cnpy1, Prr8, Shh, LOC100039258
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169I13.bB6Ng01-169I13.g
ACCDH960487DH960488
length1,0811,125
definitionDH960487|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169I13, 5' end.DH960488|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169I13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,299,102 - 28,300,186)(28,274,454 - 28,275,614)
sequence
gaattcctccatttggcccttttcaattccttccttagataagacattca
tactccagatctcaggatatgggtttcccttggtgtcccctgtcttatca
gagggtagatttggaaggaccaagggaagaactgaagattttattataat
agtgtctgtgtaggactttgaagactgcaaaatttccaaaccaaggtttt
ccatatcaaaagctcttaaatctttaggcaccccagaaccctgaaggtgc
cctaattgggttgctttatcaatgctagaaagaaatggggctgaagggct
gtgtatgaaacgagataaggagttctctgcctgtaacagtactgatgtga
tcatctctgagtctttactctgatttgaatcctccattttcactacttta
tgagattctggtgtgaggcctagagatttttcagcctgaagcctttgttc
atgagttaacaacgtaggttccttaaggggagatgtttgctgaaatatta
attctgcagaagtcacttgaatatctgcctttggagttaaccctgcaagt
tttaccagtccttgaagatgtggtcttgggtgtaaattcaaacactcctt
tattttaatgctcgatctcatggtgagtcctgatgccacttcttcagatt
ttacaatcataaccagtggtttgggatttaatacagtctttataatttga
aatcctggttgtcgttttatttctaaaacctgatgtgttggcactagggt
taatttattggattgcacattttgtagccaaaggcttggagcaaattctg
aacttatcacattatgtattctgggagtaaaatcattgtattttgacttt
tgagggtaactctctggaatcttcacagactttataacttgaagtggtgg
tccaggaatctcttccacattttcagaaactttggggagggtaactgatt
gaggaactggaagggtgtctttgcagattctgtcacttgatcttgtggct
ttggattaatgcctacaaagtttaccgtttgatccatgattctatggagt
ggatgcctgcacttccaagctcgattttgag
gaattcccaagtagttccgagaggagatatgaagtctgtgccgttgattc
caggttcaagaattcaagaattgaaaaacaaggcgttggcccatagtaca
catgttcaagatgtaaatgtcatggactggacacttgaactaaagaagca
agaggaaagtactgagacttttgtaccaaggatgctgtttcaagagaagt
ctatggaggtgtttcaagggcctcagctgcaaagtataaaacccagggaa
ctgacttcacagccacaaatacaagataggaaacctgtgatcgccctatg
tttgaaaaagcaaagtctaaaacacgtaactgtcgccaaaacacaagggt
ccaaggagtaaaattgtagatttcacctcaatacaacaagggtgtcaagg
tacagcaacccataaacttaactcttaagtctagataggatgatcagata
actgtaaagtcagtagtgtggacaggtgggatttttgaccataaaaaaca
gattttatctgaaattacattgcccatggagtcagatcatgaaccaaaac
cagcaaatatgaaaccaagagatgataacaatgctaaggtataattcgaa
ggtacaacttcatttgaattgtctactgagctggttgttcaaagtgtaaa
agctggagagttccgaaatgatctacaggtgccaagtacaaagccttggc
agtttactccaggacttccagatgcactaagagaaagccttgaagtcaac
gttggagccacagctccaaggtgtggaaactgtggcattaagtatagaac
cccgactgggaagcaccaagactttcaatggataccaatatctgagtttc
aaagtgagaaaggtatagggtcaaactcaaggtcacagtctcaagaagcc
agacctacagaactgaagccacctgtgctatggagagtgtgagtcatctg
actgactgacagtcaaaattcaagggaaatctgtggcattcatcttgagc
cacagttacaggagtaaaactctcatagcaatagagttgcagactcaaat
tgttactgatttcgagccacagcctcaggcatccacctagggataacgac
cagctcaaaggtagatctgtcagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_28299102_28300186
seq2: B6Ng01-169I13.b_46_1126 (reverse)

seq1  CTCAAAATCTGAGCCTGGAAAGTGCAAGCAT-CACTCCAATAGAATCACT  49
      ||||||||| |||| ||| ||||||| |||| |||||| ||||||||| |
seq2  CTCAAAATC-GAGCTTGG-AAGTGCAGGCATCCACTCC-ATAGAATCA-T  46

seq1  GGATCAAACGGTAAACTTTGTAGGCATTAATCCAAAGCCACCAGATCAAG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GGATCAAACGGTAAACTTTGTAGGCATTAATCCAAAGCCACAAGATCAAG  96

seq1  TGACAGAATCTGCAAAGACACCCCTTCCAGTTCCTCAATCAGTTACCCTC  149
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGAATCTGCAAAGACA-CCCTTCCAGTTCCTCAATCAGTTACCCTC  145

seq1  CCCAAAGTTTCTGAAAATGTGGAAGAGATTCCTGGACCACCACTTCAAGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGTTTCTGAAAATGTGGAAGAGATTCCTGGACCACCACTTCAAGT  195

seq1  TATAAAGTCTGTGAAGATTCCAGAGAGTTACCCTCAAAAGTCAAAATACA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTCTGTGAAGATTCCAGAGAGTTACCCTCAAAAGTCAAAATACA  245

seq1  ATGATTTTACTCCCAGAATACATAATGTGATAAGTTCAGAATTTGCTCCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTACTCCCAGAATACATAATGTGATAAGTTCAGAATTTGCTCCA  295

seq1  AGCCTTTGGCTACAAAATGTGCAATCCAATAAATTAACCCTAGTGCCAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTGGCTACAAAATGTGCAATCCAATAAATTAACCCTAGTGCCAAC  345

seq1  ACATCAGGTTTTAGAAATAAAACGACAACCAGGATTTCAAATTATAAAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCAGGTTTTAGAAATAAAACGACAACCAGGATTTCAAATTATAAAGA  395

seq1  CTGTATTAAATCCCAAACCACTGGTTATGATTGTAAAATCTGAAGAAGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTAAATCCCAAACCACTGGTTATGATTGTAAAATCTGAAGAAGTG  445

seq1  GCATCAGGACTCACCATGAGATCGAGCATTAAAATAAAGGAGTGTTTGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGGACTCACCATGAGATCGAGCATTAAAATAAAGGAGTGTTTGAA  495

seq1  TTTACACCCAAGACCACATCTTCAAGGACTGGTAAAACTTGCAGGGTTAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACCCAAGACCACATCTTCAAGGACTGGTAAAACTTGCAGGGTTAA  545

seq1  CTCCAAAGGCAGATATTCAAGTGACTTCTGCAGAATTAATATTTCAGCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAGGCAGATATTCAAGTGACTTCTGCAGAATTAATATTTCAGCAA  595

seq1  ACATCTCCCCTTAAGGAACCTACGTTGTTAACTCATGAACAAAGGCTTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTCCCCTTAAGGAACCTACGTTGTTAACTCATGAACAAAGGCTTCA  645

seq1  GGCTGAAAAATCTCTAGGCCTCACACCAGAATCTCATAAAGTAGTGAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAAAAATCTCTAGGCCTCACACCAGAATCTCATAAAGTAGTGAAAA  695

seq1  TGGAGGATTCAAATCAGAGTAAAGACTCAGAGATGATCACATCAGTACTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGATTCAAATCAGAGTAAAGACTCAGAGATGATCACATCAGTACTG  745

seq1  TTACAGGCAGAGAACTCCTTATCTCGTTTCATACACAGCCCTTCAGCCCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGCAGAGAACTCCTTATCTCGTTTCATACACAGCCCTTCAGCCCC  795

seq1  ATTTCTTTCTAGCATTGATAAAGCAACCCAATTAGGGCACCTTCAGGGTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTCTAGCATTGATAAAGCAACCCAATTAGGGCACCTTCAGGGTT  845

seq1  CTGGGGTGCCTAAAGATTTAAGAGCTTTTGATATGGAAAACCTTGGTTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTGCCTAAAGATTTAAGAGCTTTTGATATGGAAAACCTTGGTTTG  895

seq1  GAAATTTTGCAGTCTTCAAAGTCCTACACAGACACTATTATAATAAAATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTTGCAGTCTTCAAAGTCCTACACAGACACTATTATAATAAAATC  945

seq1  TTCAGTTCTTCCCTTGGTCCTTCCAAATCTACCCTCTGATAAGACAGGGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTCTTCCCTTGGTCCTTCCAAATCTACCCTCTGATAAGACAGGGG  995

seq1  ACACCAAGGGAAACCCATATCCTGAGATCTGGAGTATGAATGTCTTATCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAAGGGAAACCCATATCCTGAGATCTGGAGTATGAATGTCTTATCT  1045

seq1  AAGGAAGGAATTGAAAAGGGCCAAATGGAGGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGGAATTGAAAAGGGCCAAATGGAGGAATTC  1081

seq1: chr5_28274454_28275614
seq2: B6Ng01-169I13.g_67_1191

seq1  GAATTCCCAAGTAGTTCCGAGAGGAGATATGAAGTCTGTGCCGTTGATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGTAGTTCCGAGAGGAGATATGAAGTCTGTGCCGTTGATTC  50

seq1  CAGGTTCAAGAATTCAAGAATTGAAAAACAAGGCGTTGGCCCATAGTACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCAAGAATTCAAGAATTGAAAAACAAGGCGTTGGCCCATAGTACA  100

seq1  CATGTTCAAGATGTAAATGTCATGGACTGGACACTTGAACTAAAGAAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCAAGATGTAAATGTCATGGACTGGACACTTGAACTAAAGAAGCA  150

seq1  AGAGGAAAGTACTGAGACTTTTGTACCAAGGATGCTGTTTCAAGAGAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAAGTACTGAGACTTTTGTACCAAGGATGCTGTTTCAAGAGAAGT  200

seq1  CTATGGAGGTGTTTCAAGGGCCTCAGCTGCAAAGTATAAAACCCAGGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGAGGTGTTTCAAGGGCCTCAGCTGCAAAGTATAAAACCCAGGGAA  250

seq1  CTGACTTCACAGCCACAAATACAAGATAGGAAACCTGTGATCGCCCTATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTTCACAGCCACAAATACAAGATAGGAAACCTGTGATCGCCCTATG  300

seq1  TTTGAAAAAGCAAAGTCTAAAACACGTAACTGTCGCCAAAACACAAGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAAGCAAAGTCTAAAACACGTAACTGTCGCCAAAACACAAGGGT  350

seq1  CCAAGGAGTAAAATTGTAGATTTCACCTCAATACAACAAGGGTGTCAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAGTAAAATTGTAGATTTCACCTCAATACAACAAGGGTGTCAAGG  400

seq1  TACAGCAACCCATAAACTTAACTCTTAAGTCTAGATAGGATGATCAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCAACCCATAAACTTAACTCTTAAGTCTAGATAGGATGATCAGATA  450

seq1  ACTGTAAAGTCAGTAGTGTGGACAGGTGGGATTTTTGACCATAAAAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAAAGTCAGTAGTGTGGACAGGTGGGATTTTTGACCATAAAAAACA  500

seq1  GATTTTATCTGAAATTACATTGCCCATGGAGTCAGATCATGAACCAAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTATCTGAAATTACATTGCCCATGGAGTCAGATCATGAACCAAAAC  550

seq1  CAGCAAATATGAAACCAAGAGATGATAACAATGCTAAGGTATAATTCGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAATATGAAACCAAGAGATGATAACAATGCTAAGGTATAATTCGAA  600

seq1  GGTACAACTTCATTTGAATTGTCTACTGAGCTGGTTGTTCAAAGTGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAACTTCATTTGAATTGTCTACTGAGCTGGTTGTTCAAAGTGTAAA  650

seq1  AGCTGGAGAGTTCCGAAATGATCTACAGGTGCCAAGTACAAAGCCTTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGAGAGTTCCGAAATGATCTACAGGTGCCAAGTACAAAGCCTTGGC  700

seq1  AGTTTACTCCAGGACTTCCAGATGCACTAAGAGAAAGCCTTGAAGTCAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTACTCCAGGACTTCCAGATGCACTAAGAGAAAGCCTTGAAGTCAAC  750

seq1  GTTGGAGCCACAGCTCCAAGGTGTGGAAACTGTGGCATTAAGTATAGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGCCACAGCTCCAAGGTGTGGAAACTGTGGCATTAAGTATAGAAC  800

seq1  CCCGACTGGGAAGCACCAAGACTTTCAATGGATACCAATATCTGAGTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGACTGGGAAGCACCAAGACTTTCAATGGATACCAATATCTGAGTTTC  850

seq1  AAAGTGAGAAAGGTATAGGGTCAAACTCAAGGTCACAGTCTCAAGAAGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGAGAAAGGTATAGGGTCAAACTCAAGGTCACAGTCTCAAGAAGCC  900

seq1  AGACCTACAGAACTGAAGCCACCTGTGCTATGGAGAGGTGTGAGGTCATC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  AGACCTACAGAACTGAAGCCACCTGTGCTATGGAGA-GTGTGA-GTCATC  948

seq1  TGAACTGACTGACAAGTCAAAAATTCAAGGGGAAAAATCTGTGGCATTTC  1000
      || |||||||||| |||| ||||||||||||   |||||||||||| |||
seq2  TG-ACTGACTGAC-AGTC-AAAATTCAAGGG---AAATCTGTGGCA-TTC  991

seq1  ATCTTGAGCCACAGTTACAGGGAGTAAAAACCTCTCCATTAGCAATAGAG  1050
      ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||   |||||||||||
seq2  ATCTTGAGCCACAGTTACA-GGAGTAAAA--CTCTC--ATAGCAATAGAG  1036

seq1  TTGCAGGAACCCAAAATGTTTAACTTGATTTCAGAGCCACAGCCTCAAGG  1100
      ||||||  || |||| ||||  || ||||||| ||||||||||||| |||
seq2  TTGCAG--ACTCAAATTGTT--AC-TGATTTC-GAGCCACAGCCTC-AGG  1079

seq1  CATCACAACTAAGGAGATAAAAAAAGAAACACAGGCTCAAAAGTGTAAGA  1150
      |||| || ||| ||          | ||  ||  ||||||| ||   |||
seq2  CATC-CACCTAGGG----------ATAACGACCAGCTCAAAGGT---AGA  1115

seq1  TCTGTCCAGTG  1161
      ||||| |||||
seq2  TCTGT-CAGTG  1125