BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170I18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 105,758,110 - 105,923,522
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG634650, Lrrc8b
Upstream geneMepe, Spp1, Pkd2, BC005561, LOC100042165, LOC100041172, D930016D06Rik, 2310012P17Rik, LOC640963, LOC100041199, LOC666726, C230055K05Rik, LOC100041216, Abcg3, LOC626471, EG545790, 5830443L24Rik, BC057170, Gbp4, LOC675363, LOC626578, Mpa2l
Downstream geneLrrc8c, Lrrc8d, LOC100042335, D830014E11Rik, LOC100042349, Zfp326, LOC626723, LOC546882, LOC671295, 4930458A03Rik, Barhl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170I18.bB6Ng01-170I18.g
ACCDH961233DH961234
length8041,107
definitionDH961233|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170I18, 5' end.DH961234|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170I18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,758,110 - 105,758,912)(105,922,408 - 105,923,522)
sequence
gaattcatttttgtaaaagtcaaatatacactcatagaaagtaaaagtga
ggaggaaaggagggactatggacacacatgggatacataagtctagaaag
ctaatgagaaacattaatatagaacttcatgaaactgtgtatgtatgtgt
tgtgtatgtatgtcttgtgtatgtatgcatgtctgcttgtgtgtgggtgc
atgtggaaagagtcattctccaccttattggtgaagggtctctcaggtga
agtggaaatctctaatacagccaatctggctacccatcatgctccggagc
tctcctgtgtcctcggtctgtgcactggattgaaggtagactatcatatc
cacccagcattgaagtaattctggagatctcacctccagtcatcccttgg
gtgacagagctttaagcatggattcaccgcctggctcatatatttgggat
tttttcctgaatcaattttagttgtcaacagaaagttagcaacgtgaggt
gacagatgtatcatctcctctactgagtagccattgccatagtacctaca
tgtgttctatagtatccagttacaaagctcaagttcaacaaggaagtgtt
ttctgaaaattgtatacagtgctggtaacctttttcatcaaaaaattatg
atgatctgcaggagtttgaggctagtatgatctacatagggtattccaag
gtagcagagtctacagtgtgagattttgtcttccaaaaaaaaaacaaaag
caaaaacaaaagtacaaaacaagaggaaagaaagagagggagggagggag
gtat
gaattcaatacgctcagcgaaactcatcccttcttctcctcctcctcagg
ctccaaggagctaagtcgacagcagagggtggtgtagcagaactgtgtga
ggaattcattttgcaagtctgagatgcctgccagccagcattttcctaca
ataagtcagtttgcagggactaaatctgcaacttcgtccccaataaaaca
gaaactgggagcttccttagcaactggaagcaagaccacagtgttaacaa
ctcttcaatagacaggggccctaggctacacagcccagtggaactcacca
ttcctctgagagcaggaatatgcaaagctttaggttaagcctccaaaata
aaagctatgtatgcttcagcatatgcagttttaaaacagtcatttggatg
acatacttataccaaaatgtgtttaaaatttgtgtgtatactggcatgta
cttgcataccaagtattttccagaacattcatgtataaccttcatattag
aaagggcattacagtgctcaaacccccaaaacttcttagaggtgtgacct
tggcagtgttagagtatataaaaggtattgatttggtggaaaatttggtc
tctagcttaaaacccagctgtgctattgactttctgtataatctaacata
cagtccaatatggcactcactttgctgggatgaatttttcacctgttaaa
tggaattcctgcctacttacactttaagcatcagcggcgttcatgatgct
cctgggagatgccctggatattctcagtgatggtagccactgcagatgcc
tttgagagctgggttgcttatgagtgaagtggggacaggtcctaagtcag
caatgccccaggcacaggaaggtgtgtttgtaactgaaaggggtgcagct
tgttggggacacgctgggcctggtgaggcaggaaatgtggctgctgatct
gggctctccagacacaggctttggctagtgcaggctgtcagttgtactca
gcgtgtgccggtggttgtggtgctggtgtctgtggtgtgaacctgcttct
tccacggcggaggatggtggtatccgctcaacctctaaccttctcttggg
aaatctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_105758110_105758912
seq2: B6Ng01-170I18.b_44_846

seq1  GAATTCATTTTTGTAAAAGTCAAATATACACTCATAGAAAGTAAAAGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTTGTAAAAGTCAAATATACACTCATAGAAAGTAAAAGTGA  50

seq1  GGAGGAAAGGAGGGACTATGGACACACATGGGATACATAAGTCTAGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAAGGAGGGACTATGGACACACATGGGATACATAAGTCTAGAAAG  100

seq1  CTAATGAGAAACATTAATATAGAACTTCATGAAACTGTGTATGTATGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGAGAAACATTAATATAGAACTTCATGAAACTGTGTATGTATGTGT  150

seq1  TGTGTATGTATGTCTTGTGTATGTATGCATGTCTGCTTGTGTGTGGGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATGTATGTCTTGTGTATGTATGCATGTCTGCTTGTGTGTGGGTGC  200

seq1  ATGTGGAAAGAGTCATTCTCCACCTTATTGGTGAAGGGTCTCTCAGGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAAAGAGTCATTCTCCACCTTATTGGTGAAGGGTCTCTCAGGTGA  250

seq1  AGTGGAAATCTCTAATACAGCCAATCTGGCTACCCATCATGCTCCGGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAATCTCTAATACAGCCAATCTGGCTACCCATCATGCTCCGGAGC  300

seq1  TCTCCTGTGTCCTCGGTCTGTGCACTGGATTGAAGGTAGACTATCATATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGTGTCCTCGGTCTGTGCACTGGATTGAAGGTAGACTATCATATC  350

seq1  CACCCAGCATTGAAGTAATTCTGGAGATCTCACCTCCAGTCATCCCTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGCATTGAAGTAATTCTGGAGATCTCACCTCCAGTCATCCCTTGG  400

seq1  GTGACAGAGCTTTAAGCATGGATTCACCGCCTGGCTCATATATTTGGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAGAGCTTTAAGCATGGATTCACCGCCTGGCTCATATATTTGGGAT  450

seq1  TTTTTCCTGAATCAATTTTAGTTGTCAACAGAAAGTTAGCAACGTGAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTGAATCAATTTTAGTTGTCAACAGAAAGTTAGCAACGTGAGGT  500

seq1  GACAGATGTATCATCTCCTCTACTGAGTAGCCATTGCCATAGTACCTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGATGTATCATCTCCTCTACTGAGTAGCCATTGCCATAGTACCTACA  550

seq1  TGTGTTCTATAGTATCCAGTTACAAAGCTCAAGTTCAACAAGGAAGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTATAGTATCCAGTTACAAAGCTCAAGTTCAACAAGGAAGTGTT  600

seq1  TTCTGAAAATTGTATACAGTGCTGGTAACCTTTTTCATCAAAAAATTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAAATTGTATACAGTGCTGGTAACCTTTTTCATCAAAAAATTATG  650

seq1  ATGATCTGCAGGAGTTTGAGGCTAGTATGATCTACATAGGGTATTCCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTGCAGGAGTTTGAGGCTAGTATGATCTACATAGGGTATTCCAAG  700

seq1  GTAGCAGAGTCTACAGTGTGAGATTTTGTCTTCCAAAAAAAAAACAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAGAGTCTACAGTGTGAGATTTTGTCTTCCAAAAAAAAAACAAAAG  750

seq1  CAAAAACAAAAGTACAAAACAAGAGGAAAGAAAGAGAGGGAGGGAGGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAACAAAAGTACAAAACAAGAGGAAAGAAAGAGAGGGAGGGAGGGAG  800

seq1  GTA  803
      |||
seq2  GTA  803

seq1: chr5_105922408_105923522
seq2: B6Ng01-170I18.g_68_1174 (reverse)

seq1  GAGA-TTCCCAAGAGAAGGTCAGAGGTTTGAGC-GAGATCACAATCCTCC  48
      |||| ||||||||||||||| ||||| |||||| || | ||| |||||||
seq2  GAGATTTCCCAAGAGAAGGTTAGAGG-TTGAGCGGATACCACCATCCTCC  49

seq1  TGCCGATGGAAGAAGCAGTGTTGCACA-CACAGACACACAGACACACAGA  97
       |||| |||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||   ||||  
seq2  -GCCG-TGGAAGAAGCAG-GTT-CACACCACAGACAC-CAGCACCACAAC  94

seq1  CACACGCACACGCTGAGTACAACTGACAAGCATGCACTTAGCCAAAGCCT  147
      |||  |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| 
seq2  CACCGGCACACGCTGAGTACAACTGAC-AGCCTGCAC-TAGCCAAAGCC-  141

seq1  TGTGTCTGGAAGAGCCCAGATCAGCAGCCACATTTCCTGCCTCACCAGGC  197
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTGG-AGAGCCCAGATCAGCAGCCACATTTCCTGCCTCACCAGGC  190

seq1  CCAGCGTGTTCCCCAACAAGCTGCACCCCTTTCAGTTACAAACACACCTT  247
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCGTG-TCCCCAACAAGCTGCACCCCTTTCAGTTACAAACACACCTT  239

seq1  CCTGTGCCTGGGGCATTGCTGACTTAGGACCTGTCCCCACTTCACTCATA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCCTGGGGCATTGCTGACTTAGGACCTGTCCCCACTTCACTCATA  289

seq1  AGCAACCCAGCTCTCAAAGGCATCTGCAGTGGCTACCATCACTGAGAATA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCCAGCTCTCAAAGGCATCTGCAGTGGCTACCATCACTGAGAATA  339

seq1  TCCAGGGCATCTCCCAGGAGCATCATGAACGCCGCTGATGCTTAAAGTGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGCATCTCCCAGGAGCATCATGAACGCCGCTGATGCTTAAAGTGT  389

seq1  AAGTAGGCAGGAATTCCATTTAACAGGTGAAAAATTCATCCCAGCAAAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGGCAGGAATTCCATTTAACAGGTGAAAAATTCATCCCAGCAAAGT  439

seq1  GAGTGCCATATTGGACTGTATGTTAGATTATACAGAAAGTCAATAGCACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCCATATTGGACTGTATGTTAGATTATACAGAAAGTCAATAGCACA  489

seq1  GCTGGGTTTTAAGCTAGAGACCAAATTTTCCACCAAATCAATACCTTTTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTTTTAAGCTAGAGACCAAATTTTCCACCAAATCAATACCTTTTA  539

seq1  TATACTCTAACACTGCCAAGGTCACACCTCTAAGAAGTTTTGGGGGTTTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTCTAACACTGCCAAGGTCACACCTCTAAGAAGTTTTGGGGGTTTG  589

seq1  AGCACTGTAATGCCCTTTCTAATATGAAGGTTATACATGAATGTTCTGGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGTAATGCCCTTTCTAATATGAAGGTTATACATGAATGTTCTGGA  639

seq1  AAATACTTGGTATGCAAGTACATGCCAGTATACACACAAATTTTAAACAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTGGTATGCAAGTACATGCCAGTATACACACAAATTTTAAACAC  689

seq1  ATTTTGGTATAAGTATGTCATCCAAATGACTGTTTTAAAACTGCATATGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGTATAAGTATGTCATCCAAATGACTGTTTTAAAACTGCATATGC  739

seq1  TGAAGCATACATAGCTTTTATTTTGGAGGCTTAACCTAAAGCTTTGCATA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCATACATAGCTTTTATTTTGGAGGCTTAACCTAAAGCTTTGCATA  789

seq1  TTCCTGCTCTCAGAGGAATGGTGAGTTCCACTGGGCTGTGTAGCCTAGGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCTCTCAGAGGAATGGTGAGTTCCACTGGGCTGTGTAGCCTAGGG  839

seq1  CCCCTGTCTATTGAAGAGTTGTTAACACTGTGGTCTTGCTTCCAGTTGCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGTCTATTGAAGAGTTGTTAACACTGTGGTCTTGCTTCCAGTTGCT  889

seq1  AAGGAAGCTCCCAGTTTCTGTTTTATTGGGGACGAAGTTGCAGATTTAGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGCTCCCAGTTTCTGTTTTATTGGGGACGAAGTTGCAGATTTAGT  939

seq1  CCCTGCAAACTGACTTATTGTAGGAAAATGCTGGCTGGCAGGCATCTCAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCAAACTGACTTATTGTAGGAAAATGCTGGCTGGCAGGCATCTCAG  989

seq1  ACTTGCAAAATGAATTCCTCACACAGTTCTGCTACACCACCCTCTGCTGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCAAAATGAATTCCTCACACAGTTCTGCTACACCACCCTCTGCTGT  1039

seq1  CGACTTAGCTCCTTGGAGCCTGAGGAGGAGGAGAAGAAGGGATGAGTTTC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTTAGCTCCTTGGAGCCTGAGGAGGAGGAGAAGAAGGGATGAGTTTC  1089

seq1  GCTGAGCGTATTGAATTC  1115
      ||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCGTATTGAATTC  1107