BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172H12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 136,825,286 - 136,983,786
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCutl1
Upstream geneFkbp6, Trim50, Nsun5, Pom121, Hip1, Ccl26l, Ccl24, Rhbdd2, Por, 2010310D06Rik, Styxl1, Mdh2, 2900083I11Rik, Hspb1, Ywhag, Srcrb4d, Zp3, Dtx2, Upk3b, 2310043J07Rik, Rasa4, Polr2j, 1200011O22Rik, Alkbh4, Tmem142b, Prkrip1, LOC269718, Sh2b2
Downstream geneMylc2pl, Emid2, LOC677021, Rabl5, Fis1, Cldn15, Znhit1, Plod3, LOC639992, Vgf, Ap1s1, Serpine1, Trim56, Muc3, LOC100040941, Ache, 2700038N03Rik, Ars2, Trip6, Slc12a9, Ephb4, Zan, EG665591, Epo, Pop7, EG666372, Perq1, Gnb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172H12.bB6Ng01-172H12.g
ACCGA001075GA001076
length1,119289
definitionB6Ng01-172H12.b B6Ng01-172H12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,825,286 - 136,826,393)(136,983,498 - 136,983,786)
sequence
gaattcactgataggaatccacaggttcagaataaatgttctagaaaaga
tgggtctcattgcagagggagggttaaggtaaggtagcataatttgctgc
tatttggacagggcatgtgattgcagcactgtaagggctcactccgtaag
agtgtgaatgtcagcctgaaaggacctggacattcagatggtgagtgaac
tcagaactctgtctgaaacacaccaggaggttatcaggggctggaaacct
aggtgattctcagctacacagcaagttagagtccagacagggaacatgag
aacctgtttcaaaacaaaacaacttctgttcctattgtcataaaatgttt
gagaaagtcactacctatggatcatacggttgctaagcaattcattttag
taagtaggtggttagagatgaggtcagcaaagcttcatggtttgttattt
ttgtttgtttgtttgtttttgataaagacaagaaaacaaattcccatatg
ccaattgtaaatatctggaaaataaaataaatgatatacaattgggatat
aattattaaatatggacagggctagagagatggctcagcagttaagagca
ctgattgctcttccagagatcctgagttcaattcccagcaaccacatggt
ggctcacaaccatctgtaacagaatcggatgccctcttctggtgtgtcta
ggacagctacagtgtactcatatacataaaataaataaaaatcttaaaac
aaaacaaaacaacccccccaaacaacaaacaaacaaacaacccttgggga
attaaaacaatgaggtatatgtttctatttacagaaaatcaaatttcaaa
atgccagaagagagaaagctaatgatgacagtctatatttggaggtgcat
taaatataaataaggataatatactgcctgagctaatttataaacttgat
aaagtagctgggcgtggtggcaacatgcctttaatcccagcgcttgggaa
gcagaggcaggcagattttctgaagttcaaagaccagcctgttctacaag
tggagtccaggacagcagggcttcacagagaaacctgtcttcgaaaacaa
accaacaacaacaaccaac
ctctggaagagcagccagtgctcttaaccgctgagccatctccccagccc
gaaatagctcatttctaacctgagcatttccattcactgctgcatacaga
cctaccttggtgctttctggattatatttaactattatttactctttaat
tacttaacaaattgtccaggctaaccttgagccctttgtggaggtggctc
ttagtcccccacttctcactctctgcgctcacatgagacctttttattcc
tgaggtgtggcttgacattgttcaggctgttgcttgctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_136825286_136826393
seq2: B6Ng01-172H12.b_32_1150

seq1  GAATTCACTGATAGGAATCCACAGGTTCAGAATAAATGTTCTAGAAAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGATAGGAATCCACAGGTTCAGAATAAATGTTCTAGAAAAGA  50

seq1  TGGGTCTCATTGCAGAGGGAGGGTTAAGGTAAGGTAGCATAATTTGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTCATTGCAGAGGGAGGGTTAAGGTAAGGTAGCATAATTTGCTGC  100

seq1  TATTTGGACAGGGCATGTGATTGCAGCACTGTAAGGGCTCACTCCGTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGACAGGGCATGTGATTGCAGCACTGTAAGGGCTCACTCCGTAAG  150

seq1  AGTGTGAATGTCAGCCTGAAAGGACCTGGACATTCAGATGGTGAGTGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAATGTCAGCCTGAAAGGACCTGGACATTCAGATGGTGAGTGAAC  200

seq1  TCAGAACTCTGTCTGAAACACACCAGGAGGTTATCAGGGGCTGGAAACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACTCTGTCTGAAACACACCAGGAGGTTATCAGGGGCTGGAAACCT  250

seq1  AGGTGATTCTCAGCTACACAGCAAGTTAGAGTCCAGACAGGGAACATGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATTCTCAGCTACACAGCAAGTTAGAGTCCAGACAGGGAACATGAG  300

seq1  AACCTGTTTCAAAACAAAACAACTTCTGTTCCTATTGTCATAAAATGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTTTCAAAACAAAACAACTTCTGTTCCTATTGTCATAAAATGTTT  350

seq1  GAGAAAGTCACTACCTATGGATCATACGGTTGCTAAGCAATTCATTTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGTCACTACCTATGGATCATACGGTTGCTAAGCAATTCATTTTAG  400

seq1  TAAGTAGGTGGTTAGAGATGAGGTCAGCAAAGCTTCATGGTTTGTTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTAGGTGGTTAGAGATGAGGTCAGCAAAGCTTCATGGTTTGTTATTT  450

seq1  TTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGATAAAGACAAGAAAACAAATTCCCATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTGTTTGTTTTTGATAAAGACAAGAAAACAAATTCCCATATG  500

seq1  CCAATTGTAAATATCTGGAAAATAAAATAAATGATATACAATTGGGATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTGTAAATATCTGGAAAATAAAATAAATGATATACAATTGGGATAT  550

seq1  AATTATTAAATATGGACAGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTAAATATGGACAGGGCTAGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCA  600

seq1  CTGATTGCTCTTCCAGAGATCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGCTCTTCCAGAGATCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGT  650

seq1  GGCTCACAACCATCTGTAACAGAATCGGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACAACCATCTGTAACAGAATCGGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTA  700

seq1  GGACAGCTACAGTGTACTCATATACATAAAATAAATAAAAATCTTAAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCTACAGTGTACTCATATACATAAAATAAATAAAAATCTTAAAAC  750

seq1  AAAACAAAACAACCCCCCCAAACAACAAACAAACAAACAACCCTTGGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAACAACCCCCCCAAACAACAAACAAACAAACAACCCTTGGGGA  800

seq1  ATTAAAACAATGAGGTATATG-TTCTATTTACAGAAAATCAAATTTCAAA  849
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACAATGAGGTATATGTTTCTATTTACAGAAAATCAAATTTCAAA  850

seq1  ATGCCAGAAGAGAGAAAGCTAATGATGACAGTCTATATTTGGAGGTGCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGAAGAGAGAAAGCTAATGATGACAGTCTATATTTGGAGGTGCAT  900

seq1  TAAATATAAATAAGGATAAATATACTGCCTGAGCTAATTTATAAAACTTG  949
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAAATATAAATAAGGAT-AATATACTGCCTGAGCTAATTTAT-AAACTTG  948

seq1  ATAAAGTAGCTGGGCGTGGTGGC-ACATGCCTTTAATCCCAGCGCTTGGG  998
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTAGCTGGGCGTGGTGGCAACATGCCTTTAATCCCAGCGCTTGGG  998

seq1  AAGCAGAGGCAGGCAGA-TTTCTG-AGTTC-AAGACCAGCCTGGTCTACA  1045
      ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| ||||| 
seq2  AAGCAGAGGCAGGCAGATTTTCTGAAGTTCAAAGACCAGCCTGTTCTAC-  1047

seq1  AAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTTCACAGAGAAACCCTGTC-TCGAA  1094
      |||||   |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||
seq2  AAGTGGAGTCCAGGACAG-CAGGGCTTCACAGAGAAA-CCTGTCTTCGAA  1095

seq1  ---AAACCAA-------AACCAAC  1108
         |||||||       |||||||
seq2  AACAAACCAACAACAACAACCAAC  1119

seq1: chr5_136983498_136983786
seq2: B6Ng01-172H12.g_71_359 (reverse)

seq1  AAGCAAGCAACAGCCTGAACAATGTCAAGCCACACCTCAGGAATAAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGCAACAGCCTGAACAATGTCAAGCCACACCTCAGGAATAAAAAG  50

seq1  GTCTCATGTGAGCGCAGAGAGTGAGAAGTGGGGGACTAAGAGCCACCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCATGTGAGCGCAGAGAGTGAGAAGTGGGGGACTAAGAGCCACCTCC  100

seq1  ACAAAGGGCTCAAGGTTAGCCTGGACAATTTGTTAAGTAATTAAAGAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGGCTCAAGGTTAGCCTGGACAATTTGTTAAGTAATTAAAGAGTA  150

seq1  AATAATAGTTAAATATAATCCAGAAAGCACCAAGGTAGGTCTGTATGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAGTTAAATATAATCCAGAAAGCACCAAGGTAGGTCTGTATGCAG  200

seq1  CAGTGAATGGAAATGCTCAGGTTAGAAATGAGCTATTTCGGGCTGGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAATGGAAATGCTCAGGTTAGAAATGAGCTATTTCGGGCTGGGGAG  250

seq1  ATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAG  289
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAG  289