BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173C15
Chromosome5 (Build37)
Map Location 117,430,483 - 117,595,609
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665073, Suds3, Taok3
Upstream geneCit, Prkab1, LOC545798, Ccdc60, 4930562A09Rik, Hspb8, 1500001A10Rik, LOC433943, Gm1684
Downstream genePebp1, LOC100042313, LOC100039359, BC023744, LOC667175, Wsb2, Rfc5, Ksr2, Nos1, Fbxo21, Tesc, Fbxw8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173C15.bB6Ng01-173C15.g
ACCGA001585GA001586
length1,1901,078
definitionB6Ng01-173C15.b B6Ng01-173C15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,594,442 - 117,595,609)(117,430,483 - 117,431,551)
sequence
gaattctgcagacaattataggagggctctcgatggcagaaagaggatag
ctggggacctcaggaccagagagacacaatgatgagtgtcctaggattct
gtatcgtgattgttatgtgccactctgggtataagaaagacctgcatccc
tgaaccaccaaccagcaacagagaacaaagtctgctctctgggtcaaagc
tgagagaggcagaaagacaatggcaggtgaccctcgttcccatggagaag
ggccacaatggagcccgggccagatgacccacagcaggtgtctgtgcacc
aacacttggagtgctgggtcactaatgactcctgtcctccaaactagttg
caaagaaccaccttatactggtgatctctggccatctatactcagctaga
cagaggccagatatctcctaggggctcagagggccactttgtccctcctg
cagccaatccggtgctcacaggagaaggtagtcaggcaggtgcatgctgt
tctcagaagcattataagagttggagatgagatgctctttgtgttgagaa
tccgcatcctccaccctctacctggtgatggtgggatgctgagaggacca
gaggaccgtggaggggctggctgaaaggggaaagatgcctgctgccaagc
caaaggcacggagctaagttcctggagctcacaggtggagggtaagaact
gatcccccagagctgtcctctaacctctgtaacactttcttccagcaccc
cataaataaatattcagatgttaaaaaggcattatcattacaatattggt
tattgtgtacaggcacgagcccatgtgcgtgtgacagactaaggtacgaa
gggtgtcaccgcatgaaaccacctgtttgcaattagtttggttttggaaa
aatcaaaacaaacgcatgttcttggccccagttcaatcctttactgcgca
gatgacgccccgcgtgcatctttcttcctgcactccactgcactgcgctg
cgtcctggtgtcccatccaacccctcccctgacttatcacacccaccaga
atgcaagctccctggtcatttggcagccggcattgatgtgggtaaagggc
caatggtaacccagccgtatcctctgtgctcgcgaataacgaacctgact
tgttcgaattcctatgggtaaagtcacaggaggtgacctg
gaattcccagtgagggtttgcctttgatcttaggcattacttgtgacctc
ctcctcatcttctctaaaaaggagactcttcgagccattgctcatctcta
tgctggctaggttctatgccaactcggcacaagctaaagtcatccgagag
gagggaatctcaattgagaagaagtctccataaattcaggctgcaggcaa
gcctgtaggatattttcttaattagtgattgattggggagggcccagccc
cttatcgagtgagtattgccattcctcgaccagtggttgagagttcaata
agaaagcaggctgagcaagccatggggagcaaaccagtaagcagcaccct
ttcatggcctctgctcctgcctccaggctcctgccctgcttggattcctg
tcctgacttcctttgatgatgaattgtgatgtggaagtgtaagctgaata
aatcctttcctccccaacttgcttgatcatggtgttttatcacagtggta
gtaactttaagacaacattcaaaggaattgatagagataagtactgggct
gtaaataaagtgtaagtgactaaattcagtaatgccgtagataggcaata
tggaaggatggcaatttattcaccccatgtgagcaatggatgagtgagcc
atgatttttcgaagttttgtctcctttggtgatgaacagtgatgtggaag
tgtaagccaaataaatcctttcctccacaacttacttttgatcatggtat
tttgtcatagtaatactaagcccaagacagcccccaggtaggactggatc
taaagccagagacaggaggcggtggccttctgagttcctctcattgctga
caatctcaaggctctcaaatcaggtgtctgtatgcaatgttcaagggacc
tattatggaagctactgtcagtagcctgcacttgataaggatcttagaaa
gttcctttccccatttgccccctcacttggcaccagaatttactaggctg
aagtggaaattctgggtttctttggaagactcagttggtgttatgtggat
gtttttctgggaaactgcttctaggaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_117594442_117595609
seq2: B6Ng01-173C15.b_43_1232 (reverse)

seq1  CAGGTCACCT-CTGTG-CTTTCCCAATAG--AATCTGACAAGTCAGGTCT  46
      |||||||||| ||||| |||| || ||||  | ||  |||||||||||  
seq2  CAGGTCACCTCCTGTGACTTTACCCATAGGAATTCGAACAAGTCAGGTTC  50

seq1  GTCA-TCGC-AGCACAG-GGAT-CCGCTGGGTCA-CATTTGCCCTTTACC  91
      || | |||| ||||||| |||| | ||||||| | |||| ||||||||||
seq2  GTTATTCGCGAGCACAGAGGATACGGCTGGGTTACCATTGGCCCTTTACC  100

seq1  CACATTCATGCC-GCTGCCAAATGACCA-GGAGCTTGCA-TCTGTGGGTT  138
      |||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||  || |
seq2  CACATCAATGCCGGCTGCCAAATGACCAGGGAGCTTGCATTCTGGTGGGT  150

seq1  GTGATAAGTCAGGGGAGGGTTTGGATGGGACACCAGGACGCAGCGCAGTG  188
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAAGTCAGGGGAGGGGTTGGATGGGACACCAGGACGCAGCGCAGTG  200

seq1  CAGT-GAGTGCAGGAAG-AAGATGCACGCGGGGCGTCA-CTGCGCAGT-A  234
      |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  CAGTGGAGTGCAGGAAGAAAGATGCACGCGGGGCGTCATCTGCGCAGTAA  250

seq1  AGGA-TGAACTGGGGCCAAG-ACATGCGTTTGTTTTGATTTTTCC-AAAC  281
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGGATTGAACTGGGGCCAAGAACATGCGTTTGTTTTGATTTTTCCAAAAC  300

seq1  CAAACTAATTGC-AACA-GTGGTTTCATGCGGTGACACCC-TCGTACCTT  328
      |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAAACTAATTGCAAACAGGTGGTTTCATGCGGTGACACCCTTCGTACCTT  350

seq1  AGTCTGTCACACGCACATGGGCTCGTGCCTGTACACAATAACCAATATTG  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTCACACGCACATGGGCTCGTGCCTGTACACAATAACCAATATTG  400

seq1  TAATGATAATGCCTTTTTAACATCTGAATATTTATTTATGGGGTGCTGGA  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATAATGCCTTTTTAACATCTGAATATTTATTTATGGGGTGCTGGA  450

seq1  AGAAAGTGTTACAGAGGTTAGAGGACAGCTCTGGGGGATCAGTTCTTACC  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTGTTACAGAGGTTAGAGGACAGCTCTGGGGGATCAGTTCTTACC  500

seq1  CTCCACCTGTGAGCTCCAGGAACTTAGCTCCGTGCCTTTGGCTTGGCAGC  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCTGTGAGCTCCAGGAACTTAGCTCCGTGCCTTTGGCTTGGCAGC  550

seq1  AGGCATCTTTCCCCTTTCAGCCAGCCCCTCCACGGTCCTCTGGTCCTCTC  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATCTTTCCCCTTTCAGCCAGCCCCTCCACGGTCCTCTGGTCCTCTC  600

seq1  AGCATCCCACCATCACCAGGTAGAGGGTGGAGGATGCGGATTCTCAACAC  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCCACCATCACCAGGTAGAGGGTGGAGGATGCGGATTCTCAACAC  650

seq1  AAAGAGCATCTCATCTCCAACTCTTATAATGCTTCTGAGAACAGCATGCA  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCATCTCATCTCCAACTCTTATAATGCTTCTGAGAACAGCATGCA  700

seq1  CCTGCCTGACTACCTTCTCCTGTGAGCACCGGATTGGCTGCAGGAGGGAC  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTGACTACCTTCTCCTGTGAGCACCGGATTGGCTGCAGGAGGGAC  750

seq1  AAAGTGGCCCTCTGAGCCCCTAGGAGATATCTGGCCTCTGTCTAGCTGAG  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGCCCTCTGAGCCCCTAGGAGATATCTGGCCTCTGTCTAGCTGAG  800

seq1  TATAGATGGCCAGAGATCACCAGTATAAGGTGGTTCTTTGCAACTAGTTT  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATGGCCAGAGATCACCAGTATAAGGTGGTTCTTTGCAACTAGTTT  850

seq1  GGAGGACAGGAGTCATTAGTGACCCAGCACTCCAAGTGTTGGTGCACAGA  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGACAGGAGTCATTAGTGACCCAGCACTCCAAGTGTTGGTGCACAGA  900

seq1  CACCTGCTGTGGGTCATCTGGCCCGGGCTCCATTGTGGCCCTTCTCCATG  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGCTGTGGGTCATCTGGCCCGGGCTCCATTGTGGCCCTTCTCCATG  950

seq1  GGAACGAGGGTCACCTGCCATTGTCTTTCTGCCTCTCTCAGCTTTGACCC  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACGAGGGTCACCTGCCATTGTCTTTCTGCCTCTCTCAGCTTTGACCC  1000

seq1  AGAGAGCAGACTTTGTTCTCTGTTGCTGGTTGGTGGTTCAGGGATGCAGG  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCAGACTTTGTTCTCTGTTGCTGGTTGGTGGTTCAGGGATGCAGG  1050

seq1  TCTTTCTTATACCCAGAGTGGCACATAACAATCACGATACAGAATCCTAG  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTATACCCAGAGTGGCACATAACAATCACGATACAGAATCCTAG  1100

seq1  GACACTCATCATTGTGTCTCTCTGGTCCTGAGGTCCCCAGCTATCCTCTT  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTCATCATTGTGTCTCTCTGGTCCTGAGGTCCCCAGCTATCCTCTT  1150

seq1  TCTGCCATCGAGAGCCCTCCTATAATTGTCTGCAGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCATCGAGAGCCCTCCTATAATTGTCTGCAGAATTC  1190

seq1: chr5_117430483_117431551
seq2: B6Ng01-173C15.g_67_1144

seq1  GAATTCCCAGTGAGGGTTTGCCTTTGATCTTAGGCATTACTTGTGACCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGTGAGGGTTTGCCTTTGATCTTAGGCATTACTTGTGACCTC  50

seq1  CTCCTCATCTTCTCTAAAAAGGAGACTCTTCGAGCCATTGCTCATCTCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCATCTTCTCTAAAAAGGAGACTCTTCGAGCCATTGCTCATCTCTA  100

seq1  TGCTGGCTAGGTTCTATGCCAACTCGGCACAAGCTAAAGTCATCCGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCTAGGTTCTATGCCAACTCGGCACAAGCTAAAGTCATCCGAGAG  150

seq1  GAGGGAATCTCAATTGAGAAGAAGTCTCCATAAATTCAGGCTGCAGGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGAATCTCAATTGAGAAGAAGTCTCCATAAATTCAGGCTGCAGGCAA  200

seq1  GCCTGTAGGATATTTTCTTAATTAGTGATTGATTGGGGAGGGCCCAGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTAGGATATTTTCTTAATTAGTGATTGATTGGGGAGGGCCCAGCCC  250

seq1  CTTATCGAGTGAGTATTGCCATTCCTCGACCAGTGGTTGAGAGTTCAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCGAGTGAGTATTGCCATTCCTCGACCAGTGGTTGAGAGTTCAATA  300

seq1  AGAAAGCAGGCTGAGCAAGCCATGGGGAGCAAACCAGTAAGCAGCACCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCAGGCTGAGCAAGCCATGGGGAGCAAACCAGTAAGCAGCACCCT  350

seq1  TTCATGGCCTCTGCTCCTGCCTCCAGGCTCCTGCCCTGCTTGGATTCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGCCTCTGCTCCTGCCTCCAGGCTCCTGCCCTGCTTGGATTCCTG  400

seq1  TCCTGACTTCCTTTGATGATGAATTGTGATGTGGAAGTGTAAGCTGAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACTTCCTTTGATGATGAATTGTGATGTGGAAGTGTAAGCTGAATA  450

seq1  AATCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTGATCATGGTGTTTTATCACAGTGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTGATCATGGTGTTTTATCACAGTGGTA  500

seq1  GTAACTTTAAGACAACATTCAAAGGAATTGATAGAGATAAGTACTGGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTTAAGACAACATTCAAAGGAATTGATAGAGATAAGTACTGGGCT  550

seq1  GTAAATAAAGTGTAAGTGACTAAATTCAGTAATGCCGTAGATAGGCAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAAAGTGTAAGTGACTAAATTCAGTAATGCCGTAGATAGGCAATA  600

seq1  TGGAAGGATGGCAA-TTATTCACCCCATGTGAGCAATGGATGAGTGAGCC  649
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGATGGCAATTTATTCACCCCATGTGAGCAATGGATGAGTGAGCC  650

seq1  ATGATTTTTCGAAGTTTTGTCTCCTTTGGTGATGAACAGTGATGTGGAAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTTCGAAGTTTTGTCTCCTTTGGTGATGAACAGTGATGTGGAAG  700

seq1  TGTAAGCCAAATAAATCCTTTCCTCCACAACTTACTTTTGATCATGGTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGCCAAATAAATCCTTTCCTCCACAACTTACTTTTGATCATGGTAT  750

seq1  TTTGTCATAGTAATACTAAGCCCAAGACAGCCCCCAGGTAGGACTGGATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCATAGTAATACTAAGCCCAAGACAGCCCCCAGGTAGGACTGGATC  800

seq1  TAAAGCCAGAGACAGGAGGCGGTGGCCTTCTGAGTTCCTCTCATTGCTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCAGAGACAGGAGGCGGTGGCCTTCTGAGTTCCTCTCATTGCTGA  850

seq1  CAATCTCAAGGCTCTCAAATCAAGGTGTCTGTATGCAATG-TCAAGGGAC  898
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAATCTCAAGGCTCTCAAATC-AGGTGTCTGTATGCAATGTTCAAGGGAC  899

seq1  CAAATATGGAAGCTACTGTCAGTAGCCTGCACTTGATAAGGATC-TAGAA  947
      | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTATTATGGAAGCTACTGTCAGTAGCCTGCACTTGATAAGGATCTTAGAA  949

seq1  AGTTCCTTTCCCCATTTGCCCCCTCACTTGGCA-CAG-ATTTACTAGGCT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  AGTTCCTTTCCCCATTTGCCCCCTCACTTGGCACCAGAATTTACTAGGCT  999

seq1  GAAGTGGAAATTTCTGGTTTCTTTGG-AGACTCAGTT-GTGTTATGT-GA  1042
      ||||||||||||   ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||
seq2  GAAGTGGAAATTCTGGGTTTCTTTGGAAGACTCAGTTGGTGTTATGTGGA  1049

seq1  TGTTTTTCT-GGAAACTG-TCTTAGGAGA  1069
      ||||||||| |||||||| |  |||||||
seq2  TGTTTTTCTGGGAAACTGCTTCTAGGAGA  1078