BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175K06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 31,460,640 - 31,593,599
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGtf3c2, Eif2b4, Snx17, Zfp513, Ppm1g, ENSMUSG00000055424, Nrbp1, Krtcap3, Ift172
Upstream geneHadha, Hadhb, Gpr113, EG384325, D5Wsu178e, Gm1060, Otof, 1700001C02Rik, 1700041E20Rik, Kcnk3, 4930471M23Rik, Cenpa, Dpysl5, Mapre3, 1110039B18Rik, 9430057O19Rik, 2310016E02Rik, Emilin1, Khk, Cgref1, Abhd1, Preb, Tcf23, Slc5a6, 0610007C21Rik, Cad, Slc30a3, Dnajc5g, Trim54, Ucn, Mpv17
Downstream geneFndc4, Gckr, Zfp512, 4930548H24Rik, Xab1, Supt7l, Slc4a1ap, Mrpl33, Rbks, LOC100040000, Bre, Fosl2, LOC672217, Plb1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175K06.bB6Ng01-175K06.g
ACCGA003393GA003394
length1,0411,186
definitionB6Ng01-175K06.b B6Ng01-175K06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,592,550 - 31,593,599)(31,460,640 - 31,461,823)
sequence
gaattccacaacccctcttatgggcccgccttaggactcactgcgcttgc
gcacgtcctgttcgctccgtcgcgaacccactacgtgaccttatgacgta
tgtcgcactcacgttgcctgtgcgtcagcggttagcgccgccgatgcttg
gcgggttgtccaggtaaccacgggagttgtctcggtcagtgagcatccga
gaccggtgtacgtcatgcagttgaagcacctgaggaccctgctgagccct
caggtgaggaatcgcatgcctcttccattcccaggccaccaggcgttcaa
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaagtaagggaacataagttcatactttttgag
cgtctactttgttcagaagaccgtgaaagctctttcagcaggcgacatgc
atcactaacgactctaagctttctttgcatgacattacatcagttgagtg
ccaggccccaagcttaggctctccgggatcacccgcattacgcgtcaagg
ctctttttggaaggagaggcgcatatatagtcaaccttcataagtctaca
caggatgaaatgagcactttagatataaaccctaaaaaaaggtagagcag
aagctgaaccctcttttggattgtgaaagtgtgtctcctcagaagcagaa
gaggctgggtgggcgctggaggaggagcccagagacataaacgaagatta
tgtttggtttgggcgtgaagaggacagagtctctgtcttagcttagctcc
aacactgacttgaccaaatggtatttctggctttaaccatcaccatacgc
aatcattctatcactagcttcttcatctggtaaagaaaaggcgcagggag
agcaactgtaagcgacttagagaatgttaaataaagttctacacagaaca
gaatcttataagccttggtagcccaggctagtaatctcagcaattgtgga
ggtagagatcagaatgcaagccattctagctacgtggagagttcaagcag
cttggctacttgagactcttagagagggggttaggggaagg
gaattccttaggacttcctgctatctaaggttttcatctttcctaatgtc
aacaatgacttgcagtcacaacttaccagatctgtatcttgaaagagcaa
gtagtgatggttgatggtttcagtgtaggttcttgctttgggaggattgg
gggtctcagaggaagtcgaggagtagtcttggtcttcggggctgtcctgg
tatggtatcaaatctgctttatatataggctaaagagaagatcaataagg
ttagcatcttaaattttaatttatttataactgcatgtattcacatatac
catggggtgcatgtggaggtcaaaaaacaacttgaggtagtcaattcttt
cttccatcctgtgggccccagggaataagctcagctcatataggcttagc
agcagttatctttacatgctaagccatctctcgaaaaagattttaaatac
tgaacacaaagcagaaaggaaactggcttactgtagcaaagtctcaagaa
cggaaagaataaacacacactgaggctggcgcaagggctacaacccgatg
gcctgaggtagagacagagacctgactctccaaagctgccccttggccac
accaagccccatatacatgaattaagtgtaatgacaataacaattcttaa
agaaacatgctcagttctaaagaagattatacctaagtcctagcttcaag
gaccatatcagagcttggagcaagcacaagtctgcattctaccaagagct
ggcaaggtaaaagattatggtgtaataaatgttcatatacttacaaatcg
tctttctgcagtttcttgacattgattggatttgatgccatatcaggtaa
aatagctgcaatgagctccccagatatatctcctgcagctactgtcccaa
gccagtctgaacctgaaagactctttcataggaaaagacatatttatttc
acctgtccactcattcattcctgtgatattgactatatagtctgatgttg
aggagagagatacaaaaacccattcttgttcctaatgatgcagttaccat
atacttgctcctccctgtgccttgaattggtgctctgtggttactgtctg
ctcctggaacttactacagtaacataattgatcattcccgcatacttgaa
gttcggatggagagctcacccagacagtgccttttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_31592550_31593599
seq2: B6Ng01-175K06.b_41_1081 (reverse)

seq1  CCTTCCCCT-ACCCCCTCTCCTAAGAGTCTCAAGTAGCCCAGGCTGGCCT  49
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||  ||
seq2  CCTTCCCCTAACCCCCTCT-CTAAGAGTCTCAAGTAG-CCAAGCTG--CT  46

seq1  TGAACTCTCCACGTAGCTAAGAATGGCCTTGCATTCCTGATCCTCCTACC  99
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||   |||||
seq2  TGAACTCTCCACGTAGCT-AGAATGG-CTTGCATT-CTGATC--TCTACC  91

seq1  TCCACAATTGCTGAGATTACTAGCCTGGGCTACCAAGGCTTATAAGATTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAATTGCTGAGATTACTAGCCTGGGCTACCAAGGCTTATAAGATTC  141

seq1  TGTTCTGTGTAGAACTTTATTTAACATTCTCCTAAGTCGCTTACAGTTGC  199
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGTGTAGAACTTTATTTAACATTCT-CTAAGTCGCTTACAGTTGC  190

seq1  TCTCCCTGCGCCTTTTCTTTACCAGATGAAGAAGCTAGTGATAGAATGAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTGCGCCTTTTCTTTACCAGATGAAGAAGCTAGTGATAGAATGAT  240

seq1  TGCGTATGGTGATGGTTAAAGCCAGAAATACCATTTGGTCAAGTCAGTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTATGGTGATGGTTAAAGCCAGAAATACCATTTGGTCAAGTCAGTGT  290

seq1  TGGAGCTAAGCTAAGACAGAGACTCTGTCCTCTTCACGCCCAAACCAAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTAAGCTAAGACAGAGACTCTGTCCTCTTCACGCCCAAACCAAAC  340

seq1  ATAATCTTCGTTTATGTCTCTGGGCTCCTCCTCCAGCGCCCACCCAGCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTTCGTTTATGTCTCTGGGCTCCTCCTCCAGCGCCCACCCAGCCT  390

seq1  CTTCTGCTTCTGAGGAGACACACTTTCACAATCCAAAAGAGGGTTCAGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCTTCTGAGGAGACACACTTTCACAATCCAAAAGAGGGTTCAGCT  440

seq1  TCTGCTCTACCTTTTTTTAGGGTTTATATCTAAAGTGCTCATTTCATCCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCTACCTTTTTTTAGGGTTTATATCTAAAGTGCTCATTTCATCCT  490

seq1  GTGTAGACTTATGAAGGTTGACTATATATGCGCCTCTCCTTCCAAAAAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGACTTATGAAGGTTGACTATATATGCGCCTCTCCTTCCAAAAAGA  540

seq1  GCCTTGACGCGTAATGCGGGTGATCCCGGAGAGCCTAAGCTTGGGGCCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGACGCGTAATGCGGGTGATCCCGGAGAGCCTAAGCTTGGGGCCTG  590

seq1  GCACTCAACTGATGTAATGTCATGCAAAGAAAGCTTAGAGTCGTTAGTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAACTGATGTAATGTCATGCAAAGAAAGCTTAGAGTCGTTAGTGA  640

seq1  TGCATGTCGCCTGCTGAAAGAGCTTTCACGGTCTTCTGAACAAAGTAGAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTCGCCTGCTGAAAGAGCTTTCACGGTCTTCTGAACAAAGTAGAC  690

seq1  GCTCAAAAAGTATGAACTTATGTTCCCTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAAAAGTATGAACTTATGTTCCCTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  740

seq1  TTTGAACGCCTGGTGGCCTGGGAATGGAAGAGGCATGCGATTCCTCACCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACGCCTGGTGGCCTGGGAATGGAAGAGGCATGCGATTCCTCACCT  790

seq1  GAGGGCTCAGCAGGGTCCTCAGGTGCTTCAACTGCATGACGTACACCGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTCAGCAGGGTCCTCAGGTGCTTCAACTGCATGACGTACACCGGT  840

seq1  CTCGGATGCTCACTGACCGAGACAACTCCCGTGGTTACCTGGACAACCCG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGATGCTCACTGACCGAGACAACTCCCGTGGTTACCTGGACAACCCG  890

seq1  CCAAGCATCGGCGGCGCTAACCGCTGACGCACAGGCAACGTGAGTGCGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCATCGGCGGCGCTAACCGCTGACGCACAGGCAACGTGAGTGCGAC  940

seq1  ATACGTCATAAGGTCACGTAGTGGGTTCGCGACGGAGCGAACAGGACGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGTCATAAGGTCACGTAGTGGGTTCGCGACGGAGCGAACAGGACGTG  990

seq1  CGCAAGCGCAGTGAGTCCTAAGGCGGGCCCATAAGAGGGGTTGTGGAATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAAGCGCAGTGAGTCCTAAGGCGGGCCCATAAGAGGGGTTGTGGAATT  1040

seq1  C  1050
      |
seq2  C  1041

seq1: chr5_31460640_31461823
seq2: B6Ng01-175K06.g_61_1246

seq1  GAATTCCTTAGGACTTCCTGCTATCTAAGGTTTTCATCTTTCCTAATGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAGGACTTCCTGCTATCTAAGGTTTTCATCTTTCCTAATGTC  50

seq1  AACAATGACTTGCAGTCACAACTTACCAGATCTGTATCTTGAAAGAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGACTTGCAGTCACAACTTACCAGATCTGTATCTTGAAAGAGCAA  100

seq1  GTAGTGATGGTTGATGGTTTCAGTGTAGGTTCTTGCTTTGGGAGGATTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGATGGTTGATGGTTTCAGTGTAGGTTCTTGCTTTGGGAGGATTGG  150

seq1  GGGTCTCAGAGGAAGTCGAGGAGTAGTCTTGGTCTTCGGGGCTGTCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTCAGAGGAAGTCGAGGAGTAGTCTTGGTCTTCGGGGCTGTCCTGG  200

seq1  TATGGTATCAAATCTGCTTTATATATAGGCTAAAGAGAAGATCAATAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTATCAAATCTGCTTTATATATAGGCTAAAGAGAAGATCAATAAGG  250

seq1  TTAGCATCTTAAATTTTAATTTATTTATAACTGCATGTATTCACATATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATCTTAAATTTTAATTTATTTATAACTGCATGTATTCACATATAC  300

seq1  CATGGGGTGCATGTGGAGGTCAAAAAACAACTTGAGGTAGTCAATTCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGTGCATGTGGAGGTCAAAAAACAACTTGAGGTAGTCAATTCTTT  350

seq1  CTTCCATCCTGTGGGCCCCAGGGAATAAGCTCAGCTCATATAGGCTTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATCCTGTGGGCCCCAGGGAATAAGCTCAGCTCATATAGGCTTAGC  400

seq1  AGCAGTTATCTTTACATGCTAAGCCATCTCTCGAAAAAGATTTTAAATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTATCTTTACATGCTAAGCCATCTCTCGAAAAAGATTTTAAATAC  450

seq1  TGAACACAAAGCAGAAAGGAAACTGGCTTACTGTAGCAAAGTCTCAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACAAAGCAGAAAGGAAACTGGCTTACTGTAGCAAAGTCTCAAGAA  500

seq1  CGGAAAGAATAAACACACACTGAGGCTGGCGCAAGGGCTACAACCCGATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAAAGAATAAACACACACTGAGGCTGGCGCAAGGGCTACAACCCGATG  550

seq1  GCCTGAGGTAGAGACAGAGACCTGACTCTCCAAAGCTGCCCCTTGGCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGGTAGAGACAGAGACCTGACTCTCCAAAGCTGCCCCTTGGCCAC  600

seq1  ACCAAGCCCCATATACATGAATTAAGTGTAATGACAATAACAATTCTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGCCCCATATACATGAATTAAGTGTAATGACAATAACAATTCTTAA  650

seq1  AGAAACATGCTCAGTTCTAAAGAAGATTATACCTAAGTCCTAGCTTCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACATGCTCAGTTCTAAAGAAGATTATACCTAAGTCCTAGCTTCAAG  700

seq1  GACCATATCAGAGCTTGGAGCAAGCACAAGTCTGCATTCTACCAAGAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATATCAGAGCTTGGAGCAAGCACAAGTCTGCATTCTACCAAGAGCT  750

seq1  GGCAAGGTAAAAGATTATGGTGTAATAAATGTTCATATACTTACAAATCG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGGTAAAAGATTATGGTGTAATAAATGTTCATATACTTACAAATCG  800

seq1  TCTTTCTGCAGGTTTCTTGACATTGATTGGATTTGATGCCATATCAGGTA  850
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGCA-GTTTCTTGACATTGATTGGATTTGATGCCATATCAGGTA  849

seq1  AAATAGCTGCAATGAGCTCCCCAGATATATCTCCTGCAGCTACTGTCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGCTGCAATGAGCTCCCCAGATATATCTCCTGCAGCTACTGTCCCA  899

seq1  AGCCAGTCTGAACCTGAAAGACTC-TTCATAGGAAAAGACATATTTATTT  949
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGTCTGAACCTGAAAGACTCTTTCATAGGAAAAGACATATTTATTT  949

seq1  CACCTGTCCACTCATTCATTCCTGTGATAATGACTATATAGTCTGATGTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTCCACTCATTCATTCCTGTGATATTGACTATATAGTCTGATGTT  999

seq1  GAGGAGAGAGATACAAAAACCCAATTCTTGTCCCTAATGATGCAGTTACC  1049
      |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGAGATACAAAAACCC-ATTCTTGTTCCTAATGATGCAGTTACC  1048

seq1  ATATACCTGCTCCTCCCTGTGCCCTGAA-TGGTGCTCTGT-GTTACTGTC  1097
      |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||
seq2  ATATACTTGCTCCTCCCTGTGCCTTGAATTGGTGCTCTGTGGTTACTGTC  1098

seq1  TGCTCCTG--ACTTACTACAGTAA-ACAATTGATCATTTCCGCATAC-TG  1143
      ||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||
seq2  TGCTCCTGGAACTTACTACAGTAACATAATTGATCATTCCCGCATACTTG  1148

seq1  AAGCTCGGGAAAGGAGAGGCTCACCCAGACAGTGCCTTTTC  1184
      ||| ||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCGG--ATGGAGA-GCTCACCCAGACAGTGCCTTTTC  1186