BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184N08
Chromosome5 (Build37)
Map Location 49,332,882 - 49,451,405
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041668
Upstream geneLOC100040876, Slit2, 4933428G09Rik, Kcnip4
Downstream geneLOC100041659, EG433885, LOC666223, Gpr125
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184N08.bB6Ng01-184N08.g
ACCGA010109GA010110
length1,1681,136
definitionB6Ng01-184N08.b B6Ng01-184N08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,332,882 - 49,334,053)(49,450,277 - 49,451,405)
sequence
gaattcaaatgcagtgttagggaaccttctgaggatcacagtactttggg
gacatatccccttcctgaaaggattttatctctttttttattcagaagaa
agtttctattttgatgagcctgctctttattatccttgcaacagcttgac
tctgagaaccaaaaggctacgactttgcaaatctttgttacagcacattc
atctggggacctttcctaggcgtagccattgtccaactttcttgcttatg
agaactacctatagaacacaattgtaaggccatcaggaagttctccaggg
tgagagggagagttcagcattcccactgaaaagtcatcaggatgcttctg
ttataggattctcctgcctgaacaaccaagatttataggtaggaaagaag
gagtacccagagcctctggtgtgtgtaggcacagtttgaagagttacact
gtgttcactgctttttgaagtcattgaattctcagaacagcatgctaata
tagatggtatgagttcaattttctttatggttgtactgatcaaaatcaat
ccacaagtgaacaggactcaggtatatggcctatcaattccatgattttt
tccttttttctattttacttggtgacataacattgaatccatgaatacac
tcttggattatttaattatatcctagagatgaaactgtagatactaaaag
agttttgaaagcagtggtgagacaagttgtaaattttgaacataaaaggc
ttatccactactctgttagagaaaacaagaaatataaaaaacccttctaa
accagagataggtaaataaaatacaaaaagcagaaaagatggagcagact
ttgccctactctaattagcactgttactaatggggctaacagcatcaata
acagtcactgaaagaaagatactctgactaccaaggaaaggtgaatggtg
gttgattataacaccctggtcctgaagacagctggccccatcacctagtt
gcttctgtaattgttgaactatcctccttattacattcagtaaagttcca
caatttagaaatatatggagctaacaactacctatagaaaaaaagaaaat
tctctaaggtgtttaggtgaactaggtatccactcatagctgaataaatc
cattacgctcgtactcac

gaattcagtgagttgaacagatggggaaagaaggtaacaacagaagtaat
caggataggtttccaggactgtgatcttggcaagtaaaagcacctgagaa
catacttgggagttcaagaactttgactgttataggaaaatgataacgac
ctgatcacactgctgccaggaggtcaataccttcacggtactaactacca
accagaggtttagggaatgtggagcattatgctgcatccattctgtaccc
aagagaatgtaagtcattaaaaggtctgaacagtatcataggctgagttc
attctgaaactcaacaactgggtaagaacttgagtgcaaggccaagtcat
acagtgagaagacaagacttgtcatagatttcaaatttcagtttttgaag
gtgtctgatatgtcctgggcatatcatttcatatttatgtcttactataa
tctatagggaaagatgttgcatgcctggtttccagagtagaagactgggg
aggctcatgagagttaggaaagtagcacaaagatacatacatgcacagca
actttcaaaattgggtattgcagtcatatttgtatcaagagccatttcta
ccagtgttatttcaggaccatagtgtatggcaccctgtacactagatatc
gccctatatattatgaactcagttgagtccataaattcatatataatccc
ttatatacaagactaagaatattggagtggggatgctggagaagaaaagc
tccatattaagttttgttctccatggaagatattcacactgctgccaagg
tatttctctgagctatcattggtgggattagagacatattttttaaaaaa
aaatacagttacactagtaaagatctacttttgaaatattcatgctggtg
ccctataagcaattcagttcaaggctctttgaatgaataaattaatggaa
tataatttttgtcctgaaatagaagaaagcagagatgttgctttttctat
agtatacctccaatgtgcttatcaatcaagccaagggagaaatctggcca
tcttgccctatgtcataaatctcccactacactgcaaatgtatctctgaa
aagccctttaagcaaagtattggcttatttcatact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_49332882_49334053
seq2: B6Ng01-184N08.b_44_1211

seq1  GAATTCAAATGCAGTGTTAGGGAACCTTCTGAGGATCACAGTACTTTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATGCAGTGTTAGGGAACCTTCTGAGGATCACAGTACTTTGGG  50

seq1  GACATATCCCCTTCCTGAAAGGATTTTATCTCTTTTTTTATTCAGAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATATCCCCTTCCTGAAAGGATTTTATCTCTTTTTTTATTCAGAAGAA  100

seq1  AGTTTCTATTTTGATGAGCCTGCTCTTTATTATCCTTGCAACAGCTTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTATTTTGATGAGCCTGCTCTTTATTATCCTTGCAACAGCTTGAC  150

seq1  TCTGAGAACCAAAAGGCTACGACTTTGCAAATCTTTGTTACAGCACATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGAACCAAAAGGCTACGACTTTGCAAATCTTTGTTACAGCACATTC  200

seq1  ATCTGGGGACCTTTCCTAGGCGTAGCCATTGTCCAACTTTCTTGCTTATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGGACCTTTCCTAGGCGTAGCCATTGTCCAACTTTCTTGCTTATG  250

seq1  AGAACTACCTATAGAACACAATTGTAAGGCCATCAGGAAGTTCTCCAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTACCTATAGAACACAATTGTAAGGCCATCAGGAAGTTCTCCAGGG  300

seq1  TGAGAGGGAGAGTTCAGCATTCCCACTGAAAAGTCATCAGGATGCTTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGGAGAGTTCAGCATTCCCACTGAAAAGTCATCAGGATGCTTCTG  350

seq1  TTATAGGATTCTCCTGCCTGAACAACCAAGATTTATAGGTAGGAAAGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGATTCTCCTGCCTGAACAACCAAGATTTATAGGTAGGAAAGAAG  400

seq1  GAGTACCCAGAGCCTCTGGTGTGTGTAGGCACAGTTTGAAGAGTTACACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACCCAGAGCCTCTGGTGTGTGTAGGCACAGTTTGAAGAGTTACACT  450

seq1  GTGTTCACTGCTTTTTGAAGTCATTGAATTCTCAGAACAGCATGCTAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCACTGCTTTTTGAAGTCATTGAATTCTCAGAACAGCATGCTAATA  500

seq1  TAGATGGTATGAGTTCAATTTTCTTTATGGTTGTACTGATCAAAATCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGTATGAGTTCAATTTTCTTTATGGTTGTACTGATCAAAATCAAT  550

seq1  CCACAAGTGAACAGGACTCAGGTATATGGCCTATCAATTCCATGATTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGTGAACAGGACTCAGGTATATGGCCTATCAATTCCATGATTTTT  600

seq1  TCCTTTTTTCTATTTTACTTGGTGACATAACATTGAATCCATGAATACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTTTCTATTTTACTTGGTGACATAACATTGAATCCATGAATACAC  650

seq1  TCTTGGATTATTTAATTATATCCTAGAGATGAAACTGTAGATACTAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGATTATTTAATTATATCCTAGAGATGAAACTGTAGATACTAAAAG  700

seq1  AGTTTTGAAAGCAGTGGTGAGACAAGTTGTAAATTTTGAACATAAAAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGAAAGCAGTGGTGAGACAAGTTGTAAATTTTGAACATAAAAGGC  750

seq1  TTATCCACTACTCTGTTAGAGAAAACAAGAAATATAAAAAACCCTTCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCACTACTCTGTTAGAGAAAACAAGAAATATAAAAAACCCTTCTAA  800

seq1  ACCAGAGATAGGTAAATAAAATACAAAAAGCAGAAAAGATGGAGCAGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGATAGGTAAATAAAATACAAAAAGCAGAAAAGATGGAGCAGACT  850

seq1  TTGCCCTACTCTAATTAGCACTGTTACTAAT-GGGCTAACAGCATCAATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTACTCTAATTAGCACTGTTACTAATGGGGCTAACAGCATCAATA  900

seq1  ACAGTCACTGAAAGAAAGATACTCTGACTACCAAGGAAA-GTGAATGGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACAGTCACTGAAAGAAAGATACTCTGACTACCAAGGAAAGGTGAATGGTG  950

seq1  GTTGATTATAACACCCTGGTCCTGAAGACAGCTGGCCCCATCACCTAGTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATTATAACACCCTGGTCCTGAAGACAGCTGGCCCCATCACCTAGTT  1000

seq1  GCTTCTGT-ATTGTTGAACTATTCTCCTTATTACATTCAGTAAAATTCCA  1047
      |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCTTCTGTAATTGTTGAACTATCCTCCTTATTACATTCAGTAAAGTTCCA  1050

seq1  CAAATTAGAAATATAATTGAGCTAACAACTACCCATTAGAAAAAAGAAAA  1097
      ||| |||||||||| || ||||||||||||||| ||   |||||||||||
seq2  CAATTTAGAAATAT-ATGGAGCTAACAACTACCTATAGAAAAAAAGAAAA  1099

seq1  TTCTCCTAAGGGTGTTTAAGTG-ACTAGTTATCCACTCATTAGTTTGAAT  1146
      |||| |||| |||||||| ||| ||||| |||||||||| |||  |||||
seq2  TTCT-CTAA-GGTGTTTAGGTGAACTAGGTATCCACTCA-TAG-CTGAAT  1145

seq1  TAAAATCCATTACGCTCATAACTCAC  1172
        ||||||||||||||| | ||||||
seq2  --AAATCCATTACGCTCGT-ACTCAC  1168


seq1: chr5_49450277_49451405
seq2: B6Ng01-184N08.g_67_1202 (reverse)

seq1  AGTATGAAATAGCCAAATACCTTTGCTT-AAGGGC-TCTCAGAAGATACA  48
      |||||||||||  | |||| |||||||| |||||| | |||| |||||||
seq2  AGTATGAAATAAGCCAATA-CTTTGCTTAAAGGGCTTTTCAG-AGATACA  48

seq1  TTTTGGCAGTGTAGTTGGGAGATTAATGACATAGGGGCAGATGGCCAGAT  98
      |||  ||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||||||| 
seq2  TTT--GCAGTGTAG-TGGGAGATTTATGACATAGGGCAAGATGGCCAGA-  94

seq1  TTTCTCCCTTGCTTTGA-TGATAAGCACATTTGA-GTATAC-ATAGAAAA  145
      |||||||||||  |||| ||||||||||||| || |||||| ||||||||
seq2  TTTCTCCCTTGGCTTGATTGATAAGCACATTGGAGGTATACTATAGAAAA  144

seq1  AGC-ACATCTCTGCTTTCTTCTATTTCAGGACAAAAA-TATA-TCCAATT  192
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | 
seq2  AGCAACATCTCTGCTTTCTTCTATTTCAGGACAAAAATTATATTCCATTA  194

seq1  ATTTATTCATTC-AAGAG-CTTGAACTGAA-TGCTTATAGGGCACCAGCA  239
      |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTCATTCAAAGAGCCTTGAACTGAATTGCTTATAGGGCACCAGCA  244

seq1  TGAATATTTC-AAAGTAGATC-TTACTAGTGTAACTGTATTTTTTTTT-A  286
      |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGAATATTTCAAAAGTAGATCTTTACTAGTGTAACTGTATTTTTTTTTAA  294

seq1  AAAATATGGTCTCTAATCCCACCAATGATAGCTCAGAGAAATACCTTGGC  336
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAT-GTCTCTAATCCCACCAATGATAGCTCAGAGAAATACCTTGGC  343

seq1  AGCAGTGTGAATATCTTCCATGGAGAACAAAACTTAATATGGAGCTTTTC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGTGAATATCTTCCATGGAGAACAAAACTTAATATGGAGCTTTTC  393

seq1  TTCTCCAGCATCCCCACTCCAATATTCTTAGTCTTGTATATAAGGGATTA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGCATCCCCACTCCAATATTCTTAGTCTTGTATATAAGGGATTA  443

seq1  TATATGAATTTATGGACTCAACTGAGTTCATAATATATAGGGCGATATCT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAATTTATGGACTCAACTGAGTTCATAATATATAGGGCGATATCT  493

seq1  AGTGTACAGGGTGCCATACACTATGGTCCTGAAATAACACTGGTAGAAAT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTACAGGGTGCCATACACTATGGTCCTGAAATAACACTGGTAGAAAT  543

seq1  GGCTCTTGATACAAATATGACTGCAATACCCAATTTTGAAAGTTGCTGTG  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTTGATACAAATATGACTGCAATACCCAATTTTGAAAGTTGCTGTG  593

seq1  CATGTATGTATCTTTGTGCTACTTTCCTAACTCTCATGAGCCTCCCCAGT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATGTATCTTTGTGCTACTTTCCTAACTCTCATGAGCCTCCCCAGT  643

seq1  CTTCTACTCTGGAAACCAGGCATGCAACATCTTTCCCTATAGATTATAGT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTACTCTGGAAACCAGGCATGCAACATCTTTCCCTATAGATTATAGT  693

seq1  AAGACATAAATATGAAATGATATGCCCAGGACATATCAGACACCTTCAAA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATAAATATGAAATGATATGCCCAGGACATATCAGACACCTTCAAA  743

seq1  AACTGAAATTTGAAATCTATGACAAGTCTTGTCTTCTCACTGTATGACTT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAATTTGAAATCTATGACAAGTCTTGTCTTCTCACTGTATGACTT  793

seq1  GGCCTTGCACTCAAGTTCTTACCCAGTTGTTGAGTTTCAGAATGAACTCA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGCACTCAAGTTCTTACCCAGTTGTTGAGTTTCAGAATGAACTCA  843

seq1  GCCTATGATACTGTTCAGACCTTTTAATGACTTACATTCTCTTGGGTACA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATGATACTGTTCAGACCTTTTAATGACTTACATTCTCTTGGGTACA  893

seq1  GAATGGATGCAGCATAATGCTCCACATTCCCTAAACCTCTGGTTGGTAGT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGATGCAGCATAATGCTCCACATTCCCTAAACCTCTGGTTGGTAGT  943

seq1  TAGTACCGTGAAGGTATTGACCTCCTGGCAGCAGTGTGATCAGGTCGTTA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACCGTGAAGGTATTGACCTCCTGGCAGCAGTGTGATCAGGTCGTTA  993

seq1  TCATTTTCCTATAACAGTCAAAGTTCTTGAACTCCCAAGTATGTTCTCAG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCCTATAACAGTCAAAGTTCTTGAACTCCCAAGTATGTTCTCAG  1043

seq1  GTGCTTTTACTTGCCAAGATCACAGTCCTGGAAACCTATCCTGATTACTT  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTTACTTGCCAAGATCACAGTCCTGGAAACCTATCCTGATTACTT  1093

seq1  CTGTTGTTACCTTCTTTCCCCATCTGTTCAACTCACTGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTTACCTTCTTTCCCCATCTGTTCAACTCACTGAATTC  1136


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |