BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184N19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 107,662,026 - 107,813,367
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTgfbr3, LOC666518, Brdt, LOC666535
Upstream geneLOC671295, 4930458A03Rik, Barhl2, EG666892, LOC100042389, Zfp644, LOC100042400, EG666922, Hfm1, Cdc7
Downstream geneAbhd7, 4921521K07Rik, LOC72342, 1700028K03Rik, Glmn, AW060207, Gfi1, LOC100042473, Evi5, 1700013N18Rik, Rpl5, 2900024C23Rik, LOC675566, Mtf2, Tmed5, Ccdc18, EG633606, LOC666614, Dr1, Pigg
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184N19.bB6Ng01-184N19.g
ACCGA010131GA010132
length1,120570
definitionB6Ng01-184N19.b B6Ng01-184N19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,812,226 - 107,813,367)(107,662,026 - 107,662,600)
sequence
gaattcattgagagaaggctctagtatagagttagcacaacccttgtatg
agggaatgagtgacacatgaggccagtggggatgctctagcaagggcaca
ggttccaaggtcctctgtcccaagtaatagcaaacatgaaaatttaaaag
ggttctgcccccaccacacaaaatagtcacaggtcagtgagatgtaaaag
ccctagcagctagttggttggttcttggatgtgaactggcattttcattg
gctgtgtaggaagacttagagccatgacctactactaaaaggataataaa
agctttaactattcagcaccacaaagacgagaaggcttgtgtgacttgaa
cacattgtaagaaattcttttcttataagactttttaaacatgaagctcc
taggctgccgacagtctagtctgcataactacacgaagcttggtttctcc
tgcctcgtgagagcttgagatgtactcctgatctgagtgtcgtgtgacac
tgccctatgtaaggcacactgaagaactggaagaaagtgtaatgaaacca
tttttatatttaagtaaaaatgcaaatttgtatttaaagggtatatgtag
aatcttattttagacttacatatatcttagctaaaatctactcgtgtaga
ctacttataagtagagaatcagtctctccaccaatttatagtagggacca
caacttcactaccacttgactttgtggcaggctagaggctggagactgcg
ttctctatgtccctatcacactccagccattcagatgaaagactacaggg
ctgatgaaaggagactggcatgatgtggactttgaggtgctgttaaatgt
cctgagcagagcttaagatattggcaatgccatcaggccaagctgggata
ttaggtgacacctaactcttgaaaaagtactagaaggtgactaaagtcaa
ggcctttgtgactcctaacaagaggacttatgaattttagtataaaattc
ccagttcccaaagaaaacatccctgtagctagattttttttaactattta
tatggttctaaatgttgaccccttctagccactgtcaaagagggggaaag
atgtaatcgacctgtatgtg
tgccttgcgctttggtcgctgtctcagctgaggtgaggttggagggaaga
caccatgacagtcatctccagccacctaacagtctgacggtacttttata
agggcttattcatttattcatattttgcccatgttggggatcaaacttgg
gggatgtgtgtgtgtgtgaatgtatgcatatatgtgtgcatgagaagaga
gaccaggggtcaaacctggatattattcctcaggagccattcatcttgtt
tggggttttgttgttattggtttggtttgctttgtttcgttttttgagac
agaatgtctctttgggaccatgggctcaccatcgggctaggctgtcaggc
cagtgagccccaggaatctacctgtgtctgtctccccagcatggggacag
ggaacaagcatgcacatcatgcctgactttccacatggattctggaaacg
gaacttgaggacttgtgcttacgcaacagcacctgatggattaaaatatc
tccccaactgggaccttgcacacacgctaggcaaaagactggcataagct
gcatcctcagctaacaacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_107812226_107813367
seq2: B6Ng01-184N19.b_50_1169 (reverse)

seq1  CACATACAGGTCCTATTTACCATCTTTTCTCCCCTTCCTTTGGACAGTGG  50
      ||||||||||| | |||   ||||||   ||||| ||  || |||||| |
seq2  CACATACAGGT-CGATT--ACATCTT---TCCCCCTC--TTTGACAGT-G  41

seq1  GCTAGAAGGGGGTCAAAACATTTAAGAACCCATATTAAAATAGGTTTTAA  100
      ||||||| ||||||  ||||||| |||| ||||||  ||||||   ||||
seq2  GCTAGAA-GGGGTC--AACATTT-AGAA-CCATAT--AAATAG---TTAA  81

seq1  AAAAAATCTAAGCCTACAGGGATTGTTTTTCTTTGGGGAACTGGGAATTT  150
      ||||||||||   ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||
seq2  AAAAAATCTA--GCTACAGGGAT--GTTTTCTTT-GGGAACTGGGAATTT  126

seq1  TATACTAAAATTCATAAGTCCTCTTGTTAGGAGTCACAAAGGCC-TGACT  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TATACTAAAATTCATAAGTCCTCTTGTTAGGAGTCACAAAGGCCTTGACT  176

seq1  TTAGTCACCTTCTAGTACTTTTTCAAGAGTTAGGTGTCACCTAATATCCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCACCTTCTAGTACTTTTTCAAGAGTTAGGTGTCACCTAATATCCC  226

seq1  AGCTTGGCCTGATGGCATTGCCAATATCTTAAGCTCTGCTCAGGACATTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGCCTGATGGCATTGCCAATATCTTAAGCTCTGCTCAGGACATTT  276

seq1  AACAGCACCTCAAAGTCCACATCATGCCAGTCTCC-TTCATCAGCCCTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AACAGCACCTCAAAGTCCACATCATGCCAGTCTCCTTTCATCAGCCCTGT  326

seq1  AGTCTTTCATCTGAATGGCTGGAGTGTGATAGGGACATAGAGAACGCAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTCATCTGAATGGCTGGAGTGTGATAGGGACATAGAGAACGCAGT  376

seq1  CTCCAGCCTCTAGCCTGCCACAAAGTCAAGTGGTAGTGAAGTTGTGGTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCCTCTAGCCTGCCACAAAGTCAAGTGGTAGTGAAGTTGTGGTCC  426

seq1  CTACTATAAATTGGTGGAGAGACTGATTCTCTACTTATAAGTAGTCTACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTATAAATTGGTGGAGAGACTGATTCTCTACTTATAAGTAGTCTACA  476

seq1  CGAGTAGATTTTAGCTAAGATATATGTAAGTCTAAAATAAGATTCTACAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTAGATTTTAGCTAAGATATATGTAAGTCTAAAATAAGATTCTACAT  526

seq1  ATACCCTTTAAATACAAATTTGCATTTTTACTTAAATATAAAAATGGTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCTTTAAATACAAATTTGCATTTTTACTTAAATATAAAAATGGTTT  576

seq1  CATTACACTTTCTTCCAGTTCTTCAGTGTGCCTTACATAGGGCAGTGTCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACACTTTCTTCCAGTTCTTCAGTGTGCCTTACATAGGGCAGTGTCA  626

seq1  CACGACACTCAGATCAGGAGTACATCTCAAGCTCTCACGAGGCAGGAGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGACACTCAGATCAGGAGTACATCTCAAGCTCTCACGAGGCAGGAGAA  676

seq1  ACCAAGCTTCGTGTAGTTATGCAGACTAGACTGTCGGCAGCCTAGGAGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGCTTCGTGTAGTTATGCAGACTAGACTGTCGGCAGCCTAGGAGCT  726

seq1  TCATGTTTAAAAAGTCTTATAAGAAAAGAATTTCTTACAATGTGTTCAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTTAAAAAGTCTTATAAGAAAAGAATTTCTTACAATGTGTTCAAG  776

seq1  TCACACAAGCCTTCTCGTCTTTGTGGTGCTGAATAGTTAAAGCTTTTATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACAAGCCTTCTCGTCTTTGTGGTGCTGAATAGTTAAAGCTTTTATT  826

seq1  ATCCTTTTAGTAGTAGGTCATGGCTCTAAGTCTTCCTACACAGCCAATGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTTAGTAGTAGGTCATGGCTCTAAGTCTTCCTACACAGCCAATGA  876

seq1  AAATGCCAGTTCACATCCAAGAACCAACCAACTAGCTGCTAGGGCTTTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCAGTTCACATCCAAGAACCAACCAACTAGCTGCTAGGGCTTTTA  926

seq1  CATCTCACTGACCTGTGACTATTTTGTGTGGTGGGGGCAGAACCCTTTTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCACTGACCTGTGACTATTTTGTGTGGTGGGGGCAGAACCCTTTTA  976

seq1  AATTTTCATGTTTGCTATTACTTGGGACAGAGGACCTTGGAACCTGTGCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCATGTTTGCTATTACTTGGGACAGAGGACCTTGGAACCTGTGCC  1026

seq1  CTTGCTAGAGCATCCCCACTGGCCTCATGTGTCACTCATTCCCTCATACA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTAGAGCATCCCCACTGGCCTCATGTGTCACTCATTCCCTCATACA  1076

seq1  AGGGTTGTGCTAACTCTATACTAGAGCCTTCTCTCAATGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTGTGCTAACTCTATACTAGAGCCTTCTCTCAATGAATTC  1120

seq1: chr5_107662026_107662600
seq2: B6Ng01-184N19.g_66_641

seq1  GAATTCTGCCTTGCGCTTTGGTCGCTGTCTCAGCTGAGGTGAGGTTGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCTTGCGCTTTGGTCGCTGTCTCAGCTGAGGTGAGGTTGGAG  50

seq1  GGAAGACACCATGACAGTCATCTCCAGCCACCTAACAGTCTGACGGTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACACCATGACAGTCATCTCCAGCCACCTAACAGTCTGACGGTACT  100

seq1  TTTATAAGGGCTTATTCATTTATTCATATTTTGCCCATGTTGGGGATCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAGGGCTTATTCATTTATTCATATTTTGCCCATGTTGGGGATCAA  150

seq1  ACTTGGGGGATGTGTGTGTGTGTGAATGTATGCATATATGTGTGCATGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGGGATGTGTGTGTGTGTGAATGTATGCATATATGTGTGCATGAG  200

seq1  AAGAGAGACCAGGGGTCAAACCTGGATATTATTCCTCAGGAGCCATTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGACCAGGGGTCAAACCTGGATATTATTCCTCAGGAGCCATTCAT  250

seq1  CTTGTTTGGGGTTTTGTTGTTATTGGTTTGGTTTGCTTTGTTTCGTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTGGGGTTTTGTTGTTATTGGTTTGGTTTGCTTTGTTTCGTTTTT  300

seq1  TGAGACAGAATGTCTCTTTGGGACCATGGGCTCACCATCGGGCTAGGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACAGAATGTCTCTTTGGGACCATGGGCTCACCATCGGGCTAGGCTG  350

seq1  TCAGGCCAGTGAGCCCCAGGAATCTACCTGTGTCTGTCTCCCCAGCATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCAGTGAGCCCCAGGAATCTACCTGTGTCTGTCTCCCCAGCATGG  400

seq1  GGACAGGGAACAAGCATGCACATCATGCCTGACTTTCCACATGGATTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGGGAACAAGCATGCACATCATGCCTGACTTTCCACATGGATTCTG  450

seq1  GAAACGGAACTTGAGGACTTGTGCTTACGCAACAGCACCTGATGGATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACGGAACTTGAGGACTTGTGCTTACGCAACAGCACCTGATGGATTAA  500

seq1  AATATCTCCCCAACTGGGACCTTGCACACACGCTAGGC-AAAGACTGGCA  549
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATATCTCCCCAACTGGGACCTTGCACACACGCTAGGCAAAAGACTGGCA  550

seq1  TAAGCTGCATCCTCAGCTAACAACAT  575
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTGCATCCTCAGCTAACAACAT  576