BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187P06
Chromosome5 (Build37)
Map Location 77,532,741 - 77,666,133
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHod, Spink2
Upstream geneSrd5a2l, Tmem165, Apc-ps1, Clock, Ube2n-ps1, EG665055, Pdcl2, Pafah1b1-ps3, Nmu, LOC665065, EG639545, Exoc1, Cep135, LOC100039117, A730089K16Rik, LOC665107, LOC100039299, C530008M17Rik, A230062G08Rik, Ppat, LOC664998, Paics, Srp72, Arl9, 1700023E05Rik
Downstream geneRest, 2610024G14Rik, Polr2b, Igfbp7, Pea15b, LOC669227, LOC100039398
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187P06.bB6Ng01-187P06.g
ACCGA012389GA012390
length880854
definitionB6Ng01-187P06.b B6Ng01-187P06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,665,251 - 77,666,133)(77,532,741 - 77,533,416)
sequence
gaattcacactatgtacagcgacctcacactcacagagagaccatcctgc
gtttgcctccctagtgtagggattaaagtatgagcccctcacctggccaa
caaaagtagagaaaagcggacctctctctctctctcttttcaagacaggg
tttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcacgctgtagaccaggct
ggcctcgaactcagaaatccacctgcctctgctgggattaaaggcgtccg
ccaccactgcccggctctctttcttttataagctttttatatagtttttg
agggcagattatagcaacagctactaggcacataatgattggtggttctg
gtgaccttaacattaattggctgggcaggaagggagactcagggaccatc
cctaaggccgggtgggaagttccaagtcggggctctctcaacagacagtt
gtgagctgccatgtgggtgctgggaatggaacccgggttctctctgaaag
aacattcagtgctctttaaccactgagccatctagccagtcccctgttta
gtttttaaagacagagtaaggtagcacacacctttaatcccagctcttgg
gaggcagaggcaggtggatctctgttaagtttgcagccagcctggtttat
agaatgagttcccagactggccaaggctacatagggagacctggtcttaa
aacacaagcaagcagcaagcaagtagcaaacatatacatagtctccggtt
gaattatttctgcccttcccccacactgtagcctctaatctttcttctca
tgttccctaccttcaaacccatccccctccgccccgtttccattcctttg
tgagtcaccaactggatacatcaacttgtt
gaattcttattggatttatttttcacttccttcatcctgacacggataca
taactgttaaggctgtattgcatcaccagtggaataaaggggcagaggag
gaggaatagacgccggctgcctgggacaggattaatcatgctgttaatag
tgagtgataatcaaaaggccaggcaggtattaccaagtccagtttggcct
tgatagggataggatgatatggttcctgcctctggaacagggccagcagg
catgggcctccatgagtgtccatgactgctgtgggtataagaggtgtcta
tataataatgcgtatattttatgttcctccttcaaggaatgtcctccctg
ttaacattaatgactccatgatgaccaaagacagcacgagtcagggagac
gaaggtgtggctaatgtctcagtaacatggtaaacgctgggaccttcagg
atagcctttaaggttgtggaaaagaactctaaaaacatgagttcaaaaat
atatatttctcaactatgcaaaatataaagatgtaatatgaattatcagg
ggcttcacagatttaaaggaacagaggcacctatactataagcaagcttg
acagaaagatacaaagacaggcagattcctgagttcaaggtcagcctgtg
acagggctaatttaggtccaggtgtggtagaaatgataatttcaggacat
ggccccactcagatagcttattgtttgtgcttaacagggtcaggcagatc
tctgaattcttttgcaatattaaaagaaaatgtgtgttcttgctgtctcc
taagaattaaagggctggggttgtgggatgctgattcaaagtctaatcaa
aagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_77665251_77666133
seq2: B6Ng01-187P06.b_45_924 (reverse)

seq1  AACAAGTTACTGTATCCAGCTAGCTGACTCCCAAAGGAATGGAAACGGGG  50
      ||||||||  ||||||||| | | |||||| |||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTTGATGTATCCAG-TTGGTGACTCACAAAGGAATGGAAACGGGG  49

seq1  TGGTGGGGGGATGGGGTTTGAAGGGAGGGAACATGAGAAGAAAGATTTAG  100
       ||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  CGG-AGGGGGAT-GGGTTTGAAGGTAGGGAACATGAGAAGAAAGA-TTAG  96

seq1  AGGCTACAGTGTGGGGGAAGGGCAGAAATAATTCAACCGGAGACTATGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACAGTGTGGGGGAAGGGCAGAAATAATTCAACCGGAGACTATGTA  146

seq1  TCTGTTTGCTACTTGCTTGCTGCTTGCTTGTGTTTTAAGACCAGGTCTCC  200
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTGCTACTTGCTTGCTGCTTGCTTGTGTTTTAAGACCAGGTCTCC  196

seq1  CTATGTAGCCTTGGCCAGTCT-GGAACTCATTCTATAAACCAGGCTGGCT  249
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAGCCTTGGCCAGTCTGGGAACTCATTCTATAAACCAGGCTGGCT  246

seq1  GCAAACTTAACAGAGATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGAGCTGGGATTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTTAACAGAGATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGAGCTGGGATTA  296

seq1  AAGGTGTGTGCTACCTTACTCTGTCTTTAAAAACTAAACAGGGGACTGGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTGTGCTACCTTACTCTGTCTTTAAAAACTAAACAGGGGACTGGC  346

seq1  TAGATGGCTCAGTGGTTAAAGAGCACTGAATGTTCTTTCAGAGAGAACCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGCTCAGTGGTTAAAGAGCACTGAATGTTCTTTCAGAGAGAACCC  396

seq1  GGGTTCCATTCCCAGCACCCACATGGCAGCTCACAACTGTCTGTTGAGAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCATTCCCAGCACCCACATGGCAGCTCACAACTGTCTGTTGAGAG  446

seq1  AGCCCCGACTTGGAACTTCCCACCCGGCCTTAGGGATGGTCCCTGAGTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCGACTTGGAACTTCCCACCCGGCCTTAGGGATGGTCCCTGAGTCT  496

seq1  CCCTTCCTGCCCAGCCAATTAATGTTAAGGTCACCAGAACCACCAATCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCTGCCCAGCCAATTAATGTTAAGGTCACCAGAACCACCAATCAT  546

seq1  TATGTGCCTAGTAGCTGTTGCTATAATCTGCCCTCAAAAACTATATAAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCCTAGTAGCTGTTGCTATAATCTGCCCTCAAAAACTATATAAAA  596

seq1  AGCTTATAAAAGAAAGAGAGCCGGGCAGTGGTGGCGGACGCCTTTAATCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTATAAAAGAAAGAGAGCCGGGCAGTGGTGGCGGACGCCTTTAATCC  646

seq1  CAGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGCG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGCG  696

seq1  TGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTTGAAAAGA  746

seq1  GAGAGAGAGAGAGGTCCGCTTTTCTCTACTTTTGTTGGCCAGGTGAGGGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGGTCCGCTTTTCTCTACTTTTGTTGGCCAGGTGAGGGG  796

seq1  CTCATACTTTAATCCCTACACTAGGGAGGCAAACGCAGGATGGTCTCTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATACTTTAATCCCTACACTAGGGAGGCAAACGCAGGATGGTCTCTCT  846

seq1  GTGAGTGTGAGGTCGCTGTACATAGTGTGAATTC  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGTGAGGTCGCTGTACATAGTGTGAATTC  880

seq1: chr5_77532741_77533416
seq2: B6Ng01-187P06.g_66_741

seq1  GAATTCTTATTGGATTTATTTTTCACTTCCTTCATCCTGACACGGATACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATTGGATTTATTTTTCACTTCCTTCATCCTGACACGGATACA  50

seq1  TAACTGTTAAGGCTGTATTGCATCACCAGTGGAATAAAGGGGCAGAGGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTTAAGGCTGTATTGCATCACCAGTGGAATAAAGGGGCAGAGGAG  100

seq1  GAGGAATAGACGCCGGCTGCCTGGGACAGGATTAATCATGCTGTTAATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATAGACGCCGGCTGCCTGGGACAGGATTAATCATGCTGTTAATAG  150

seq1  TGAGTGATAATCAAAAGGCCAGGCAGGTATTACCAAGTCCAGTTTGGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGATAATCAAAAGGCCAGGCAGGTATTACCAAGTCCAGTTTGGCCT  200

seq1  TGATAGGGATAGGATGATATGGTTCCTGCCTCTGGAACAGGGCCAGCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGGATAGGATGATATGGTTCCTGCCTCTGGAACAGGGCCAGCAGG  250

seq1  CATGGGCCTCCATGAGTGTCCATGACTGCTGTGGGTATAAGAGGTGTCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCCTCCATGAGTGTCCATGACTGCTGTGGGTATAAGAGGTGTCTA  300

seq1  TATAATAATGCGTATATTTTATGTTCCTCCTTCAAGGAATGTCCTCCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAATGCGTATATTTTATGTTCCTCCTTCAAGGAATGTCCTCCCTG  350

seq1  TTAACATTAATGACTCCATGATGACCAAAGACAGCACGAGTCAGGGAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATTAATGACTCCATGATGACCAAAGACAGCACGAGTCAGGGAGAC  400

seq1  GAAGGTGTGGCTAATGTCTCAGTAACATGGTAAACGCTGGGACCTTCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGTGGCTAATGTCTCAGTAACATGGTAAACGCTGGGACCTTCAGG  450

seq1  ATAGCCTTTAAGGTTGTGGAAAAGAACTCTAAAAACATGAGTTCAAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTTTAAGGTTGTGGAAAAGAACTCTAAAAACATGAGTTCAAAAAT  500

seq1  ATATATTTCTCAACTATGCAAAATATAAAGATGTAATATGAATTATCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTCTCAACTATGCAAAATATAAAGATGTAATATGAATTATCAGG  550

seq1  GGCTTCACAGATTTAAAGGAACAGAGGCACCTATACTATAAGCAAGCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCACAGATTTAAAGGAACAGAGGCACCTATACTATAAGCAAGCTTG  600

seq1  ACAGAAAGATACAAAGACAGGCAGATTCCTGAGTTCAAGGTCAGCCTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAGATACAAAGACAGGCAGATTCCTGAGTTCAAGGTCAGCCTGTG  650

seq1  ACAGGGCTAATTTAGGTCCAGGTGTG  676
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCTAATTTAGGTCCAGGTGTG  676