BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189F04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 139,337,985 - 139,446,761
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCyp3a13, LOC666429, Gje1, Azgp1, EG243302, LOC100041050, Smok3a, Smok3b, Smok3c, Zkscan1, Zscan21, Zfp113, Cops6, Mcm7, Ap4m1, Taf6, 2610019P18Rik, BC038925, Gm454, BC055004, 0910001L09Rik, BC037034, Gal3st4, Gpc2, Stag3, Got2-ps1, 2610020C11Rik, LOC433955, EG666533, 1700123K08Rik, Zfp68, LOC665882, A430033K04Rik, BC004044, EG384244
Downstream genePdgfa, Prkar1b, Heatr2, Unc84a, 1110007L15Rik, Centa1, Cox19, Cyp2w1, 3110082I17Rik, D830046C22Rik, Gpr146, C130050O18Rik, Gpr30, Zfand2a, Uncx4.1, LOC100041200, LOC100041209, LOC100041217, Micall2, Ints1, Mafk, BC019731, 1810042K04Rik, A930017N06Rik, LOC100041270
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189F04.bB6Ng01-189F04.g
ACCGA013378GA013379
length697313
definitionB6Ng01-189F04.b B6Ng01-189F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,337,985 - 139,338,681)(139,446,449 - 139,446,761)
sequence
gaattcttgtcattaaacttaaggctgacttattatgctagagaaggtga
ttcagttgccagagtgcttatctaacgtgcgcaaagccttgttcaagctg
tgttcagcctcctgttctacaaaaaccgatggttttgcctgtaagcccaa
tgcttggaggatgggtcaggaggatcaggaatttgaggtcatctttgcct
gcgtagtgagttggagatcagtcatgtctacatgagagactgtctcaaac
aacaaagacaataccaaaatgaaggcttgaatctaaaaccaggactttaa
ctaatgtcatcaggagagaccctgtttcctaagaggtcacattctcatgg
acaggaattggggatgcttatcaatagagcattagctaattctatctagg
cagagggcttggaaagacaccagaatcccatgctgagctttagggacaca
aagcagggtgaaccaccacagagtccagagagtaacgagataaagactcc
tgactgtactcccagggtcagcttgcagtgagggtccctgtcttagtcag
ccttagctgtcatcttgacatggtctggaatcactcgagaagaatgccag
ttgagtaactatcttaataagctggcctgtgcacacgactgtgggttaat
gtgatgtagtagtgtaatgttaatgtgtcttagttggtgtaggaggg
acctttacttatctcattgtggccttgggcaaccctttgtaaccctgctg
tgacctgggctggctcctgctggtttgggtcctatgaagacgcgctgagc
aggctcatgggtcctcaccgtgacagagcatagggaggtaggggaggtcc
atgctttagtccctgtgcacatttccctaggacagacttgggctagtcag
ccttcagagagggttctggaaatttcttcacacagcacctcttagtgtcc
tgggtctctgtttatgtattagcactagagcttttgcaaggagggtgcgg
ggtgggggtgggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_139337985_139338681
seq2: B6Ng01-189F04.b_47_743

seq1  GAATTCTTGTCATTAAACTTAAGGCTGACTTATTATGCTAGAGAAGGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTCATTAAACTTAAGGCTGACTTATTATGCTAGAGAAGGTGA  50

seq1  TTCAGTTGCCAGAGTGCTTATCTAACGTGCGCAAAGCCTTGTTCAAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTGCCAGAGTGCTTATCTAACGTGCGCAAAGCCTTGTTCAAGCTG  100

seq1  TGTTCAGCCTCCTGTTCTACAAAAACCGATGGTTTTGCCTGTAAGCCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCAGCCTCCTGTTCTACAAAAACCGATGGTTTTGCCTGTAAGCCCAA  150

seq1  TGCTTGGAGGATGGGTCAGGAGGATCAGGAATTTGAGGTCATCTTTGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGAGGATGGGTCAGGAGGATCAGGAATTTGAGGTCATCTTTGCCT  200

seq1  GCGTAGTGAGTTGGAGATCAGTCATGTCTACATGAGAGACTGTCTCAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAGTGAGTTGGAGATCAGTCATGTCTACATGAGAGACTGTCTCAAAC  250

seq1  AACAAAGACAATACCAAAATGAAGGCTTGAATCTAAAACCAGGACTTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGACAATACCAAAATGAAGGCTTGAATCTAAAACCAGGACTTTAA  300

seq1  CTAATGTCATCAGGAGAGACCCTGTTTCCTAAGAGGTCACATTCTCATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTCATCAGGAGAGACCCTGTTTCCTAAGAGGTCACATTCTCATGG  350

seq1  ACAGGAATTGGGGATGCTTATCAATAGAGCATTAGCTAATTCTATCTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAATTGGGGATGCTTATCAATAGAGCATTAGCTAATTCTATCTAGG  400

seq1  CAGAGGGCTTGGAAAGACACCAGAATCCCATGCTGAGCTTTAGGGACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGCTTGGAAAGACACCAGAATCCCATGCTGAGCTTTAGGGACACA  450

seq1  AAGCAGGGTGAACCACCACAGAGTCCAGAGAGTAACGAGATAAAGACTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGGTGAACCACCACAGAGTCCAGAGAGTAACGAGATAAAGACTCC  500

seq1  TGACTGTACTCCCAGGGTCAGCTTGCAGTGAGGGTCCCTGTCTTAGTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTACTCCCAGGGTCAGCTTGCAGTGAGGGTCCCTGTCTTAGTCAG  550

seq1  CCTTAGCTGTCATCTTGACATGGTCTGGAATCACTCGAGAAGAATGCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCTGTCATCTTGACATGGTCTGGAATCACTCGAGAAGAATGCCAG  600

seq1  TTGAGTAACTATCTTAATAAGCTGGCCTGTGCACACGACTGTGGGTTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTAACTATCTTAATAAGCTGGCCTGTGCACACGACTGTGGGTTAAT  650

seq1  GTGATGTAGTAGTGTAATGTTAATGTGTCTTAGTTGGTGTAGGAGGG  697
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGTAGTAGTGTAATGTTAATGTGTCTTAGTTGGTGTAGGAGGG  697

seq1: chr5_139446449_139446761
seq2: B6Ng01-189F04.g_70_382 (reverse)

seq1  CCCCACCCCCACCCCGCACCCTCCTTGCAAAAGCTCTAGTGCTAATACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCCACCCCGCACCCTCCTTGCAAAAGCTCTAGTGCTAATACAT  50

seq1  AAACAGAGACCCAGGACACTAAGAGGTGCTGTGTGAAGAAATTTCCAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGACCCAGGACACTAAGAGGTGCTGTGTGAAGAAATTTCCAGAA  100

seq1  CCCTCTCTGAAGGCTGACTAGCCCAAGTCTGTCCTAGGGAAATGTGCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCTGAAGGCTGACTAGCCCAAGTCTGTCCTAGGGAAATGTGCACA  150

seq1  GGGACTAAAGCATGGACCTCCCCTACCTCCCTATGCTCTGTCACGGTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTAAAGCATGGACCTCCCCTACCTCCCTATGCTCTGTCACGGTGAG  200

seq1  GACCCATGAGCCTGCTCAGCGCGTCTTCATAGGACCCAAACCAGCAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCATGAGCCTGCTCAGCGCGTCTTCATAGGACCCAAACCAGCAGGAG  250

seq1  CCAGCCCAGGTCACAGCAGGGTTACAAAGGGTTGCCCAAGGCCACAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCAGGTCACAGCAGGGTTACAAAGGGTTGCCCAAGGCCACAATGA  300

seq1  GATAAGTAAAGGT  313
      |||||||||||||
seq2  GATAAGTAAAGGT  313