BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190K20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 113,718,732 - 113,883,634
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRutbc2, Aym1
Upstream geneTpst2, Tfip11, 2810002G02Rik, Hps4, EG625424, Asphd2, Sez6l, EG625464, Myo18b, Adrbk2, Crybb2, LOC100042920, Crybb3, 2900026A02Rik, Gm854
Downstream geneC530024P05Rik, Cmklr1, LOC381707, D5Ertd40e, Sart3, LOC100041786, Iscu, Tmem119, Selplg, Coro1c, Ssh1, Dao1, Svop, Usp30, Alkbh2, Ung, Acacb, Foxn4, Myo1h, Kctd10, Ube3b, Mmab
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190K20.bB6Ng01-190K20.g
ACCGA014374GA014375
length4841,132
definitionB6Ng01-190K20.b B6Ng01-190K20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,883,145 - 113,883,634)(113,718,732 - 113,719,878)
sequence
agcatctgtgtgggcatcagacactaacctataaaatatacacgtgagca
gagcctgaatctaagtctccctgaggcttggggtgggtgaagggctaagc
ttatcaccaaagacctggctaatggctaatgtaccttgcccagaaggaaa
gctcagcttttgcagatccaccccgttctgacacctcctccatgcaggcc
ccctgggaggggtttttagaatccagaatcacctccactaacatttgcaa
cagcccagaagtgaggcctgtaatcattacgccccaccagtgaatggggg
gctgcactcatcttaaatgatgtggttaaccaacttggttctagatccca
cgtacacacgaccctcctggcccagccactctgctgttgtgggaaagaaa
caaacctgacttgaaggtattttctgagggcttcctctagccttttccac
accaccctgcgtggtattggtggtatgggggggg
gaattcagtgggtggcatggggacagtcaatgatgggatccaggaagccc
cgggttcaagtccccatgtgggatccagcaggtttgtgggtgagctttgg
gaaacagaggctcaggagaatccacctgccagggagggagagatggaatg
gacagagatggaatcccggcttggggtgcactatgctgaataactccagg
gagacagacaaggtctctcagggaaaggacagctggccttggaaacagta
cttacctcaggggctggaatgctctctgacttccctgggcttgcatccta
ctctgcccagaggcattgtgggattccaacaaagcctgtctctctgggcc
tcagtttccccaccttgagactgaggtcacacaaggtgatccaaaggcct
gtcccagaaatccatcccaggacctctaacaggggcccagagtagccaca
tcctggatccccacgcagagggtcgccattctgcgtttttttcggcacac
cgcacagctagctgcctgacaggggtgcccccgaaccctgctgcctccgc
ttcttcctgcagcttgctcccaggaggctcagacaggacagagcaccacc
tgcactcagtcactcagcactaagtgctccaaggtaacaggtcagccgca
gcccaccctccctcgtcagcaccagccctctgaacagctcccggctctgc
cgccccctatcgcagcccagaagtgttctctcaacatgaaccctgccaca
aggcccacgagatcaccctgttttacaggtgcgactgtgatttgaaccca
gggcctcacacatgctaggcaagcactcctcaagtgagccacgccttcag
ccagatcttttatgagcagcacagtggaatgaaacaggatgtcaagagct
gggttggggacccacaaatgtgcagaaatgaagcagttcatcggtcatag
gaactacaggagacgacagaaagcatctgagtgtgaccaactcatatgct
gagacctactacatgtggagatagagctgagtggagatatagtgaaagca
tgtgtcagaagaaggagaaccctcacaacacagcttacttacacccttgg
gaattagcgaatagaggaatagcccagaagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_113883145_113883634
seq2: B6Ng01-190K20.b_42_531 (reverse)

seq1  CCCCCCCCATACCACCAATACCACGCAGGGTGGTGTGGAAAAGGCTAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCATACCACCAATACCACGCAGGGTGGTGTGGAAAAGGCTAGAG  50

seq1  GAAGCCCTCAGAAAATACCTTCAAGTCAGGTTTGTTTCTTTCCCACAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCCTCAGAAAATACCTTCAAGTCAGGTTTGTTTCTTTCCCACAACA  100

seq1  GCAGAGTGGCTGGGCCAGGAGGGTCGTGTGTACGTGGGATCTAGAACCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTGGCTGGGCCAGGAGGGTCGTGTGTACGTGGGATCTAGAACCAA  150

seq1  GTTGGTTAACCACATCATTTAAGATGAGTGCAGCCCCCCATTCACTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTAACCACATCATTTAAGATGAGTGCAGCCCCCCATTCACTGGTG  200

seq1  GGGCGTAATGATTACAGGCCTCACTTCTGGGCTGTTGCAAATGTTAGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGTAATGATTACAGGCCTCACTTCTGGGCTGTTGCAAATGTTAGTGG  250

seq1  AGGTGATTCTGGATTCTAAAAACCCCTCCCAGGGGGCCTGCATGGAGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATTCTGGATTCTAAAAACCCCTCCCAGGGGGCCTGCATGGAGGAG  300

seq1  GTGTCAGAACGGGGTGGATCTGCAAAAGCTGAGCTTTCCTTCTGGGCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGAACGGGGTGGATCTGCAAAAGCTGAGCTTTCCTTCTGGGCAAG  350

seq1  GTACATTAGCCATTAGCCAGGTCTTTGGTGATAAGCTTAGCCCTTCACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATTAGCCATTAGCCAGGTCTTTGGTGATAAGCTTAGCCCTTCACCC  400

seq1  ACCCCAAGCCTCAGGGAGACTTAGATTCAGGCTCTGCTCACGTGTATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAAGCCTCAGGGAGACTTAGATTCAGGCTCTGCTCACGTGTATATT  450

seq1  TTATAGGTTAGTGTCTGATGCCCACACAGATGCTGAATTC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGTTAGTGTCTGATGCCCACACAGATGCTGAATTC  490

seq1: chr5_113718732_113719878
seq2: B6Ng01-190K20.g_64_1195

seq1  GAATTCAGTGGGTGGCATGGGGACAGTCAATGATGGGATCCAGGAAGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGGGTGGCATGGGGACAGTCAATGATGGGATCCAGGAAGCCC  50

seq1  CGGGTTCAAGTCCCCATGTGGGATCCAGCAGGTTTGTGGGTGAGCTTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTTCAAGTCCCCATGTGGGATCCAGCAGGTTTGTGGGTGAGCTTTGG  100

seq1  GAAACAGAGGCTCAGGAGAATCCACCTGCCAGGGAGGGAGAGATGGAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAGAGGCTCAGGAGAATCCACCTGCCAGGGAGGGAGAGATGGAATG  150

seq1  GACAGAGATGGAATCCCGGCTTGGGGTGCACTATGCTGAATAACTCCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGATGGAATCCCGGCTTGGGGTGCACTATGCTGAATAACTCCAGG  200

seq1  GAGACAGACAAGGTCTCTCAGGGAAAGGACAGCTGGCCTTGGAAACAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGACAAGGTCTCTCAGGGAAAGGACAGCTGGCCTTGGAAACAGTA  250

seq1  CTTACCTCAGGGGCTGGAATGCTCTCTGACTTCCCTGGGCTTGCATCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTCAGGGGCTGGAATGCTCTCTGACTTCCCTGGGCTTGCATCCTA  300

seq1  CTCTGCCCAGAGGCATTGTGGGATTCCAACAAAGCCTGTCTCTCTGGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCCAGAGGCATTGTGGGATTCCAACAAAGCCTGTCTCTCTGGGCC  350

seq1  TCAGTTTCCCCACCTTGAGACTGAGGTCACACAAGGTGATCCAAAGGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTCCCCACCTTGAGACTGAGGTCACACAAGGTGATCCAAAGGCCT  400

seq1  GTCCCAGAAATCCATCCCAGGACCTCTAACAGGGGCCCAGAGTAGCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGAAATCCATCCCAGGACCTCTAACAGGGGCCCAGAGTAGCCACA  450

seq1  TCCTGGATCCCCACGCAGAGGGTCGCCATTCTGCGTTTTTTTCGGCACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGATCCCCACGCAGAGGGTCGCCATTCTGCGTTTTTTTCGGCACAC  500

seq1  CGCACAGCTAGCTGCCTGACAGGGGTGCCCCCGAACCCTGCTGCCTCCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACAGCTAGCTGCCTGACAGGGGTGCCCCCGAACCCTGCTGCCTCCGC  550

seq1  TTCTTCCTGCAGCTTGCTCCCAGGAGGCTCAGACAGGACAGAGCACCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTGCAGCTTGCTCCCAGGAGGCTCAGACAGGACAGAGCACCACC  600

seq1  TGCACTCAGTCACTCAGCACTAAGTGCTCCAAGGTAACAGGTCAGCCGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCAGTCACTCAGCACTAAGTGCTCCAAGGTAACAGGTCAGCCGCA  650

seq1  GCCCACCCTCCCTCGTCAGCACCAGCCCTCTGAACAGCTCCCGGCTCTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACCCTCCCTCGTCAGCACCAGCCCTCTGAACAGCTCCCGGCTCTGC  700

seq1  CGCCCCCTATCGCAGCCCAGAAGTGTTCTCTCAACATGAACCCTGCCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCCCCTATCGCAGCCCAGAAGTGTTCTCTCAACATGAACCCTGCCACA  750

seq1  AGGCCCACGAGATCACCCTGTTTTACAGGTGCGACTGTGATTTGAACCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCACGAGATCACCCTGTTTTACAGGTGCGACTGTGATTTGAACCCA  800

seq1  GGGCCTCACACATGCTAGGCAAGCACTCCTCAAGTGAGCCACGCCTTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTCACACATGCTAGGCAAGCACTCCTCAAGTGAGCCACGCCTTCAG  850

seq1  CCAGATCTTTTATGAGCAGCACAGTGGAATGAAACAGGATGTCAGGAGCT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCAGATCTTTTATGAGCAGCACAGTGGAATGAAACAGGATGTCAAGAGCT  900

seq1  GGGTTGGGGACCCACAAATGTGCAGAAATGAAGCAGTTCATCGGTCATAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGGGACCCACAAATGTGCAGAAATGAAGCAGTTCATCGGTCATAG  950

seq1  GAACTACAGGAGACGACAGAAAGCATCTTGAGGTGTGACCAAACTCAATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||
seq2  GAACTACAGGAGACGACAGAAAGCATC-TGA-GTGTGACC-AACTC-ATA  996

seq1  TGCTGAGACCTACTACATGTGGGAGGATAGAGCTGAGTGGAGATTATAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCTGAGACCTACTACATGTGG--AGATAGAGCTGAGTGGAGA-TATAGT  1043

seq1  GGAAAAGCATGGTGTCAGAAGAAGGGAGACCCTCACACAACAGCTTACCT  1100
      |  ||||||| ||||||||||||||   |||||||||  |||||||||  
seq2  G--AAAGCAT-GTGTCAGAAGAAGGAGAACCCTCACAACACAGCTTAC--  1088

seq1  TTACACCC-TGGGAATTAGCGAATAGGAAGAAATAAGCCCAGGAAGGA  1147
      |||||||| |||||||||||||||||  || ||| |||||| ||||||
seq2  TTACACCCTTGGGAATTAGCGAATAG--AGGAAT-AGCCCA-GAAGGA  1132