BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-192C02
Chromosome5 (Build37)
Map Location 151,704,045 - 151,856,627
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040180, Kl, LOC667510, Stard13
Upstream geneLOC100040089, Rxfp2, LOC667470, Fry, LOC100042068, Gm5, XM_359419, Brca2, B230342M21Rik, BC037393, Aprin
Downstream geneLOC630708, LOC625175, LOC100042166, EG435877, EG632649, EG632671, Rfc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-192C02.bB6Ng01-192C02.g
ACCGA015444GA015445
length1,1221,145
definitionB6Ng01-192C02.b B6Ng01-192C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(151,704,045 - 151,705,159)(151,855,483 - 151,856,627)
sequence
gaattccaggacagccaaggctacacagagaaaccctgtctcaaaaacaa
acaaacaaacaaacaaacaacccaaccaaacaaacaaaaaccacaaaaac
ccaaaaatcaaacaaaccaaccaaccaaaattaaaaatcttatttaagat
aacaataaatttttaaaaaattgaaaccaaaaaggttggtcacatcagga
agaacatcctagtcaaagtgtccttggctctcaggacatgctcttctgtc
taatgcagaggctctgcattgatcctcaccaccacccccacccccacccc
atgtaatctccctgtctaatgtcagggatgctgcacaatccattacatat
ctctgtcaccatgtgcttttaaagctgctcatgtcacccaggctgcctgc
ttgggacagcggattagtagaagattaagcacacacatgcgagaggggac
agatatcctttggaggtctcagtcacctctactgctgtactgagtaagct
tcctgcagatattgaccttcatgttctgagtgattcggggcatcccagac
tgcaggcatggtttttcacaatctgtacttttggagtgaattaacaaatc
ctgttttaattttcttccctgttaaacactagcaagtgacatttttctac
tttggtttctctgtatctgtcgctcctggggaaacttgtacctaatgtac
cattctgtggctaaaaagattgcctctaatcatctggaagatgtcagcag
caagggacaaggtgaagacttgactagctcattagataaaccctaaaacg
ggttggctacatttaatccccaggggcctctcattgtgtttctgttgtgt
tgcaatacactacttatgaatatggaggttgtgttatccagtttctgtcc
ttttaaagggttcaataaagacttatttgcattaggaatgattaaaaaaa
atgtactaattgatttaaacctattggaaagtaaaaatttaaggaggata
ataaagaaacctggcacatctttaaaccaacacttggttggcagaggcag
tcagaatttccattaagttcaaggtagattgagttcagctgagacggagc
ttccacagtaagacccttacaa
gaattctccccatgttcctgtagttttttttttttttcttttctcttttt
tttttcccaagttaaggttgctttcatctatagcaacaagcaagagacac
cagggcatggcaaccatacacatgtatttctctgggtatctatgagaaag
agaaatgaccactggccactgattactggtctggctactcagaaacattc
caccttgctcttaaagaagtgagctaatctgtatgccactggggagcgag
gagagtggagagcagaaactcaaagtctgggtgtcgagaacatggtgcct
tgatattgaggcccaggatcccaggaaacctcagctgtggtttggatagg
gcaagtcctgggtgagagggcgctagaggtgctgaacctaacctacgcgt
tcattgttcaactcactcatccctctttgggtccttattgctctgttagg
aagcagtcaaactgctaaaagtgagaggttgggatggggtgtaggaaaag
ggtctgggatctcaataagatagccacatactccatagtaggcaaggtga
caaggaaagaaagttacttctgctggagcatttacagctacactgaaatg
ggcacagtgttcccatgcctcactgtcagtaagagatcagcctcacattc
ttacgccaccggctggtttaaaccagtacagctgatgagcagagcacaaa
tccaacctcgagcacatacttgtgtttcctcaagtgctgaccctggagga
actggaatttctaccaagcgtcttcttcttcatactttttaaaaaataga
agcttcctcttccttcacaggacattttcttttaaattttccccacatac
ggtactatctataaaaggccacccaggaagggagtcatgttcctccccaa
cctgatcatggtaaagttcccggcagaatgtgagaaacacacattgcagg
tgccccattatttccaaagaaaaggaaatcaaatgagacgctcagaatta
cagcccttatacgatttttgttttagagcccattccccaaagggataact
tcagtctctaacacattattttgatcaatctccaagtgggtaaaggaaac
ctatatcaacttcccatgaagtacaagttaaagaccaggaagttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_151704045_151705159
seq2: B6Ng01-192C02.b_32_1153

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAAGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAAGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAACAA  50

seq1  ACAAACAAACAAACAAACAACCCAACCAAACAAACAAAAACCACAAAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACAAACAAACAACCCAACCAAACAAACAAAAACCACAAAAAC  100

seq1  CCAAAAATCAAACAAACCAACCAACCAAAATTAAAAATCTTATTTAAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAATCAAACAAACCAACCAACCAAAATTAAAAATCTTATTTAAGAT  150

seq1  AACAATAAATTTTTAAAAAATTGAAACCAAAAAGGTTGGTCACATCAGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAAATTTTTAAAAAATTGAAACCAAAAAGGTTGGTCACATCAGGA  200

seq1  AGAACATCCTAGTCAAAGTGTCCTTGGCTCTCAGGACATGCTCTTCTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATCCTAGTCAAAGTGTCCTTGGCTCTCAGGACATGCTCTTCTGTC  250

seq1  TAATGCAGAGGCTCTGCATTGATCCTCACCACCACCCCCACCCCCACCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAGAGGCTCTGCATTGATCCTCACCACCACCCCCACCCCCACCCC  300

seq1  ATGTAATCTCCCTGTCTAATGTCAGGGATGCTGCACAATCCATTACATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATCTCCCTGTCTAATGTCAGGGATGCTGCACAATCCATTACATAT  350

seq1  CTCTGTCACCATGTGCTTTTAAAGCTGCTCATGTCACCCAGGCTGCCTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCACCATGTGCTTTTAAAGCTGCTCATGTCACCCAGGCTGCCTGC  400

seq1  TTGGGACAGCGGATTAGTAGAAGATTAAGCACACACATGCGAGAGGGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGACAGCGGATTAGTAGAAGATTAAGCACACACATGCGAGAGGGGAC  450

seq1  AGATATCCTTTGGAGGTCTCAGTCACCTCTACTGCTGTACTGAGTAAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATCCTTTGGAGGTCTCAGTCACCTCTACTGCTGTACTGAGTAAGCT  500

seq1  TCCTGCAGATATTGACCTTCATGTTCTGAGTGATTCGGGGCATCCCAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCAGATATTGACCTTCATGTTCTGAGTGATTCGGGGCATCCCAGAC  550

seq1  TGCAGGCATGGTTTTTCACAATCTGTACTTTTGGAGTGAATTAACAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGCATGGTTTTTCACAATCTGTACTTTTGGAGTGAATTAACAAATC  600

seq1  CTGTTTTAATTTTCTTCCCTGTTAAACACTAGCAAGTGACATTTTTCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTAATTTTCTTCCCTGTTAAACACTAGCAAGTGACATTTTTCTAC  650

seq1  TTTGGTTTCTCTGTATCTGTCGCTCCTGGGGAAACTTGTACCTAATGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTTTCTCTGTATCTGTCGCTCCTGGGGAAACTTGTACCTAATGTAC  700

seq1  CATTCTGTGGCTAAAAAGATTGCCTCTAATCATCTGGAAGATGTCAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGTGGCTAAAAAGATTGCCTCTAATCATCTGGAAGATGTCAGCAG  750

seq1  CAAGGGACAAGGTGAAGACTTGACTAGCTCATTAGATAAACCCTAAAACG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGACAAGGTGAAGACTTGACTAGCTCATTAGATAAACCCTAAAACG  800

seq1  GGTTGGCTACATTTAATCCCCAGGGGCCTCTCATTGTGTTTCTGTTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGCTACATTTAATCCCCAGGGGCCTCTCATTGTGTTTCTGTTGTGT  850

seq1  TGCAATACACTACTTATGAATATGGAGGTTGTGTTATCCAGTTTCTGTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATACACTACTTATGAATATGGAGGTTGTGTTATCCAGTTTCTGTCC  900

seq1  -TTTAAAGGGTTCAATAAAGAC-TATTTGCATTAGG-ATGATT-AAAAAA  946
       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  TTTTAAAGGGTTCAATAAAGACTTATTTGCATTAGGAATGATTAAAAAAA  950

seq1  ATGTACTAATTGATTTAAA-CTATTGG-AAGTAAAAATTT-AGGAAGATA  993
      ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||
seq2  ATGTACTAATTGATTTAAACCTATTGGAAAGTAAAAATTTAAGGAGGATA  1000

seq1  ATAAAGAAACCTGGCACATCTTTAAACCCAACACTTGGTTGGCAGAGGCA  1043
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAAACCTGGCACATCTTTAAA-CCAACACTTGGTTGGCAGAGGCA  1049

seq1  GTCAG-ATTTCTA-TAAGTTCAAAGGTAGATTGAGTTCCAGGCCAGACAG  1091
      ||||| ||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||   |||| |
seq2  GTCAGAATTTCCATTAAGTTC-AAGGTAGATTGAGTT-CAGCTGAGACGG  1097

seq1  AGCTT-CACAGTAAGACCCCTACAA  1115
      ||||| ||||||||||||| |||||
seq2  AGCTTCCACAGTAAGACCCTTACAA  1122

seq1: chr5_151855483_151856627
seq2: B6Ng01-192C02.g_61_1205 (reverse)

seq1  AAACTTCCCTGTCTTTTAACATTTGAACTTTCATGGGAGAATTTTGATAT  50
      ||||||||  ||| ||||||  ||| || ||||||||   |  |||||||
seq2  AAACTTCCTGGTC-TTTAAC--TTGTAC-TTCATGGG---AAGTTGATAT  43

seq1  AGGTTTCCCTCTACCCCACTATGGGAGATTTAATCAAAATAATGTGTTTA  100
      |||||| ||| || |||||  | ||||| || |||||||||||||| |||
seq2  AGGTTT-CCTTTA-CCCAC--TTGGAGA-TTGATCAAAATAATGTG-TTA  87

seq1  GAGACTGGAAGTATCCCTTTGGGGAATGGCTCCTAAAAC-AAAATCGTAT  149
      ||||||| |  ||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||
seq2  GAGACTGAAGTTATCCCTTTGGGGAATGGGCTCTAAAACAAAAATCGTAT  137

seq1  AA-GCCTGT-ATTCTGAGCGTCTCATTTGATTTCC-TTTCTTTGGAA--T  194
      || | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   
seq2  AAGGGCTGTAATTCTGAGCGTCTCATTTGATTTCCTTTTCTTTGGAAATA  187

seq1  ATGTGGCACCTGCAATGTGTGTTTCTCACATTCTGCC-GGAACTTTA-CA  242
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  ATGGGGCACCTGCAATGTGTGTTTCTCACATTCTGCCGGGAACTTTACCA  237

seq1  TGATCA-GTTGGGGAGGAACATGACTCCC-TCCTGGGTGGCCTTTTATAG  290
      |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAGGTTGGGGAGGAACATGACTCCCTTCCTGGGTGGCCTTTTATAG  287

seq1  ATAGTACCGTATGT-GGGAAAATTTAAAAG-AAATGTCCTGTGAGGGAAG  338
      |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  ATAGTACCGTATGTGGGGAAAATTTAAAAGAAAATGTCCTGTGAAGGAAG  337

seq1  A-GAAGCTTCTATTTTTTAAAAAGTATGAAGAAGAAGACGCTTGGTAGAA  387
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTTCTATTTTTTAAAAAGTATGAAGAAGAAGACGCTTGGTAGAA  387

seq1  ATTCCAGTTCCTCCAGGGTCAGCACTTGAGGAAACACAAGTATGTGCTCG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGTTCCTCCAGGGTCAGCACTTGAGGAAACACAAGTATGTGCTCG  437

seq1  AGGTTGGATTTGTGCTCTGCTCATCAGCTGTACTGGTTTAAACCAGCCGG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGATTTGTGCTCTGCTCATCAGCTGTACTGGTTTAAACCAGCCGG  487

seq1  TGGCGTAAGAATGTGAGGCTGATCTCTTACTGACAGTGAGGCATGGGAAC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGTAAGAATGTGAGGCTGATCTCTTACTGACAGTGAGGCATGGGAAC  537

seq1  ACTGTGCCCATTTCAGTGTAGCTGTAAATGCTCCAGCAGAAGTAACTTTC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGCCCATTTCAGTGTAGCTGTAAATGCTCCAGCAGAAGTAACTTTC  587

seq1  TTTCCTTGTCACCTTGCCTACTATGGAGTATGTGGCTATCTTATTGAGAT  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTGTCACCTTGCCTACTATGGAGTATGTGGCTATCTTATTGAGAT  637

seq1  CCCAGACCCTTTTCCTACACCCCATCCCAACCTCTCACTTTTAGCAGTTT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACCCTTTTCCTACACCCCATCCCAACCTCTCACTTTTAGCAGTTT  687

seq1  GACTGCTTCCTAACAGAGCAATAAGGACCCAAAGAGGGATGAGTGAGTTG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTTCCTAACAGAGCAATAAGGACCCAAAGAGGGATGAGTGAGTTG  737

seq1  AACAATGAACGCGTAGGTTAGGTTCAGCACCTCTAGCGCCCTCTCACCCA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGAACGCGTAGGTTAGGTTCAGCACCTCTAGCGCCCTCTCACCCA  787

seq1  GGACTTGCCCTATCCAAACCACAGCTGAGGTTTCCTGGGATCCTGGGCCT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGCCCTATCCAAACCACAGCTGAGGTTTCCTGGGATCCTGGGCCT  837

seq1  CAATATCAAGGCACCATGTTCTCGACACCCAGACTTTGAGTTTCTGCTCT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATCAAGGCACCATGTTCTCGACACCCAGACTTTGAGTTTCTGCTCT  887

seq1  CCACTCTCCTCGCTCCCCAGTGGCATACAGATTAGCTCACTTCTTTAAGA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTCCTCGCTCCCCAGTGGCATACAGATTAGCTCACTTCTTTAAGA  937

seq1  GCAAGGTGGAATGTTTCTGAGTAGCCAGACCAGTAATCAGTGGCCAGTGG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGTGGAATGTTTCTGAGTAGCCAGACCAGTAATCAGTGGCCAGTGG  987

seq1  TCATTTCTCTTTCTCATAGATACCCAGAGAAATACATGTGTATGGTTGCC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCTCTTTCTCATAGATACCCAGAGAAATACATGTGTATGGTTGCC  1037

seq1  ATGCCCTGGTGTCTCTTGCTTGTTGCTATAGATGAAAGCAACCTTAACTT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTGGTGTCTCTTGCTTGTTGCTATAGATGAAAGCAACCTTAACTT  1087

seq1  GGGAAAAAAAAAAGAGAAAAGAAAAAAAAAAAAAACTACAGGAACATGGG  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAAAAAAGAGAAAAGAAAAAAAAAAAAAACTACAGGAACATGGG  1137

seq1  GAGAATTC  1145
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1145