BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-194M07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 80,314,950 - 80,432,293
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039506, LOC100039384
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-194M07.bB6Ng01-194M07.g
ACCGA017372GA017373
length1,0361,160
definitionB6Ng01-194M07.b B6Ng01-194M07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,314,950 - 80,315,871)(80,431,127 - 80,432,293)
sequence
gaattcaaatttttattgttaatgatacatttcctgtatcattgaatgca
ttttgaaactcactcgaaatactgcaagatttaccttgtgaaagttaagt
cagaataaaaatataaggtacattgagcaagtagcgacttgttcaaaaca
aaggtcctggaataataagagatatcaaatgaggctatcttgaggcaata
atatcaactttcatgaaataaaaacactactttaaacaaacaacccttgt
aatcaatgcatttatagtaatatttaacactgaacagagcctgaaaattc
ccctacccccccctctctctctctctcacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacatttgcattcaatactc
ctctaagccaagactttgtcctatatttaattagttattttctttattta
tatttcaaatgtctcctttcctggtttcccttccaaaaacctcctatccc
atcttccctccctgtattcaccaacccacccactccttttttgtgtcttc
agattcaactacactggggtattgagccttctcaggaccaagcgcctctc
ctctcactgatgtccaataaggccatcctctgctacatatgaagctggag
tgatgggtccttccatgtgtattctttggttggtagtttagtccctagaa
gctctgaaatattgtttgttcatattgttccttctattgggttgcaagct
ccttcagctcctttggtcctttctctagatcctccattggggaacttgtg
ctcagtccaattgacgactgagagcatccacctctggatttgtcgagcac
tagaagagcctctcagagacagctatatcaggcttctgtcagcaagcatt
tcttggcatccacaatagtgtctgggttttggtgaatatatataggatgc
atccccaggtggggcagtctctggatggtctttcattcagtctcagctcc
acattttgtctctgtatctcttccatgggtattttg

gaattcctgaggcaattcatagatacacccacatatttttatctgtgcat
ctttctagtccagctgaaaactttgataacccattgtgtagtctacatat
ctctatatttctatatctctatatctacatatttacttgtgtatttccct
cagattgcaaatctgttccagaatccctaacaaaacatagtgaaatgttt
ctgtaattttatattcttgtatttaatggcagtagtagaccaatttatag
atatgtaatcattcattcatatttatatatttggtttgtgtcagttttct
ttgatgagcattacagttggaaaaaactcccacttcaatcaaccacaaca
ttggcaatgtactggaagtgtatactttggaagccaagaatatgtttaaa
aagagtatttgtggtgaatatcacagaaactaatattatcaattcagtta
acatatggcacactttatattcatccaaaatgtcctttaatctagcaaat
tattactcttttgccacagcacaatcaggatcctaccatgtgtggcaaag
aatgtttcccaagacctctgcagttctaagactcccttggacttaaaatt
tgacttcgctatctcatagatgtgttttcatattctcattttaaaacaca
caaatcaaagaatcttgagtgtccctttattttccttaataatactggca
cattggttttgattagtcctttctaaaattgtagaatgtcacagggccca
taatttgttgcctgactgcttactggaaaatatttatgttggttacatat
aaccagcatatagcaagtttagttgactctgttggtcttcttgtggtgtc
cttgatccctactacttgctcacgtctatccccctactacttgcacgcat
ctatcccccagtcttccataggactttgcaggctctacctaaagtttggc
tgtgggactctgcatctgtgtccatcagctgctggatgagcctctcagag
acagttatgcaaagttcctgtatgcaagcatagcagagtattcatagtag
tcacaggttgttctcacatagggtggagtatccagttgggcagacctatc
tgctgttcctcagtctctacttcattttgttccctggccaactgtaaggc
aagccaaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_80314950_80315871
seq2: B6Ng01-194M07.b_45_965

seq1  GAATTCAAATTTTTATTGTTAATGATACATTTCCTGTATCATTGAATGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATTTTTATTGTTAATGATACATTTCCTGTATCATTGAATGCA  50

seq1  TTTTGAAACTCACTCGAAATACTGCAAGATTTACCTTGTGAAAGTTAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAACTCACTCGAAATACTGCAAGATTTACCTTGTGAAAGTTAAGT  100

seq1  CAGAATAAAAATATAAGGTACATTGAGCAAGTAGCGACTTGTTCAAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAAAAATATAAGGTACATTGAGCAAGTAGCGACTTGTTCAAAACA  150

seq1  AAGGTCCTGGAATAATAAGAGATATCAAATGAGGCTATCTTGAGGCAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCTGGAATAATAAGAGATATCAAATGAGGCTATCTTGAGGCAATA  200

seq1  ATATCAACTTTCATGAAATAAAAACACTACTTTAAACAAACAACCCTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAACTTTCATGAAATAAAAACACTACTTTAAACAAACAACCCTTGT  250

seq1  AATCAATGCATTTATAGTAATATTTAACACTGAACAGAGCCTGAAAATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATGCATTTATAGTAATATTTAACACTGAACAGAGCCTGAAAATTC  300

seq1  CCCTACCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCCCCCCCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACACACACA  350

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACATTTGCATTCAATACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACATTTGCATTCAATACTC  400

seq1  CTCTAAGCCAAGACTTTGTCCTATATTTAATTAGTTATTTTCTTTATTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGCCAAGACTTTGTCCTATATTTAATTAGTTATTTTCTTTATTTA  450

seq1  TATTTCAAATGTCTCCTTTCCTGGTTTCCCTTCCAAAAACCTCCTATCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCAAATGTCTCCTTTCCTGGTTTCCCTTCCAAAAACCTCCTATCCC  500

seq1  ATCTTCCCTCCCTGTATTCACCAACCCACCCACTCCTTTTTTGTGTCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCCTCCCTGTATTCACCAACCCACCCACTCCTTTTTTGTGTCTTC  550

seq1  AGATTCAACTACACTGGGGTATTGAGCCTTCTCAGGACCAAGCGCCTCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCAACTACACTGGGGTATTGAGCCTTCTCAGGACCAAGCGCCTCTC  600

seq1  CTCTCACTGATGTCCAATAAGGCCATCCTCTGCTACATATGAAGCTGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCACTGATGTCCAATAAGGCCATCCTCTGCTACATATGAAGCTGGAG  650

seq1  TGATGGGTCCTTCCATGTGTATTCTTTGGTTGGTAGTTTAGTCCCTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGTCCTTCCATGTGTATTCTTTGGTTGGTAGTTTAGTCCCTAGAA  700

seq1  GCTCTGAAATATTGTTTGTTCATATTGTTCCTTCTATTGGGTTGCAAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGAAATATTGTTTGTTCATATTGTTCCTTCTATTGGGTTGCAAGCT  750

seq1  CCTTCAGCTCCTTTGGTCCTTTCTCTAGATCCTCCATTGGGGAACTTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGCTCCTTTGGTCCTTTCTCTAGATCCTCCATTGGGGAACTTGTG  800

seq1  CTCAGTCCAATTGACGACTGAGAGCATCCACCTCTGGATTTGTCGAGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTCCAATTGACGACTGAGAGCATCCACCTCTGGATTTGTCGAGCAC  850

seq1  TAGAAGAGCCTCTCAGGAGACAGCTATATCAGGCTTCTGTCAGCAAGCAT  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGAGCCTCTCA-GAGACAGCTATATCAGGCTTCTGTCAGCAAGCAT  899

seq1  TTCTTGGCATCCACAATAGTGT  922
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGCATCCACAATAGTGT  921


seq1: chr5_80431127_80432293
seq2: B6Ng01-194M07.g_64_1223 (reverse)

seq1  AATTTGGCTTGCC-TACAGTTTGTGCAGGGACAAAAATGAAGTAGAGACT  49
      ||||||||||||| ||||| |||  ||||||  |||||||||||||||||
seq2  AATTTGGCTTGCCTTACAG-TTGGCCAGGGAACAAAATGAAGTAGAGACT  49

seq1  GAGGAAACAGCAGATTAGTGTCTGCCCCAAATTGATACT-CACCCTATGT  98
      |||| ||||||||| ||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||||
seq2  GAGG-AACAGCAGA-TAG-GTCTG-CCCAACTGGATACTCCACCCTATGT  95

seq1  GAAGAACCAACCTGTGACTACTAATGATACTCTGCTATGCTTGCATACAG  148
      | |||| ||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  G-AGAA-CAACCTGTGACTACTATGAATACTCTGCTATGCTTGCATACAG  143

seq1  GAACTTTGCATAACTGTCTCCTGAGAGGCTTCATCCAGCAGCTGATGGAC  198
      ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTTGCATAACTGTCT-CTGAGAGGC-TCATCCAGCAGCTGATGGAC  191

seq1  ACAGATGCAGAGTCCCACAGCCAAACTTTAGGTAGAGCCTGCAAAGTCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGCAGAGTCCCACAGCCAAACTTTAGGTAGAGCCTGCAAAGTCCT  241

seq1  ATGGAAGACTGGGGGATAGATGCGTGCAAGTAGTAGGGGGATAGACGTGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGACTGGGGGATAGATGCGTGCAAGTAGTAGGGGGATAGACGTGA  291

seq1  GCAAGTAGTAGGGATCAAGGACACCACAAGAAGACCAACAGAGTCAACTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTAGTAGGGATCAAGGACACCACAAGAAGACCAACAGAGTCAACTA  341

seq1  AACTTGCTATATGCTGGTTATATGTAACCAACATAAATATTTTCCAGTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGCTATATGCTGGTTATATGTAACCAACATAAATATTTTCCAGTAA  391

seq1  GCAGTCAGGCAACAAATTATGGGCCCTGTGACATTCTACAATTTTAGAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAGGCAACAAATTATGGGCCCTGTGACATTCTACAATTTTAGAAA  441

seq1  GGACTAATCAAAACCAATGTGCCAGTATTATTAAGGAAAATAAAGGGACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTAATCAAAACCAATGTGCCAGTATTATTAAGGAAAATAAAGGGACA  491

seq1  CTCAAGATTCTTTGATTTGTGTGTTTTAAAATGAGAATATGAAAACACAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGATTCTTTGATTTGTGTGTTTTAAAATGAGAATATGAAAACACAT  541

seq1  CTATGAGATAGCGAAGTCAAATTTTAAGTCCAAGGGAGTCTTAGAACTGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGATAGCGAAGTCAAATTTTAAGTCCAAGGGAGTCTTAGAACTGC  591

seq1  AGAGGTCTTGGGAAACATTCTTTGCCACACATGGTAGGATCCTGATTGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTCTTGGGAAACATTCTTTGCCACACATGGTAGGATCCTGATTGTG  641

seq1  CTGTGGCAAAAGAGTAATAATTTGCTAGATTAAAGGACATTTTGGATGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCAAAAGAGTAATAATTTGCTAGATTAAAGGACATTTTGGATGAA  691

seq1  TATAAAGTGTGCCATATGTTAACTGAATTGATAATATTAGTTTCTGTGAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTGTGCCATATGTTAACTGAATTGATAATATTAGTTTCTGTGAT  741

seq1  ATTCACCACAAATACTCTTTTTAAACATATTCTTGGCTTCCAAAGTATAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACCACAAATACTCTTTTTAAACATATTCTTGGCTTCCAAAGTATAC  791

seq1  ACTTCCAGTACATTGCCAATGTTGTGGTTGATTGAAGTGGGAGTTTTTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAGTACATTGCCAATGTTGTGGTTGATTGAAGTGGGAGTTTTTTC  841

seq1  CAACTGTAATGCTCATCAAAGAAAACTGACACAAACCAAATATATAAATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGTAATGCTCATCAAAGAAAACTGACACAAACCAAATATATAAATA  891

seq1  TGAATGAATGATTACATATCTATAAATTGGTCTACTACTGCCATTAAATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGAATGATTACATATCTATAAATTGGTCTACTACTGCCATTAAATA  941

seq1  CAAGAATATAAAATTACAGAAACATTTCACTATGTTTTGTTAGGGATTCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATATAAAATTACAGAAACATTTCACTATGTTTTGTTAGGGATTCT  991

seq1  GGAACAGATTTGCAATCTGAGGGAAATACACAAGTAAATATGTAGATATA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAGATTTGCAATCTGAGGGAAATACACAAGTAAATATGTAGATATA  1041

seq1  GAGATATAGAAATATAGAGATATGTAGACTACACAATGGGTTATCAAAGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATAGAAATATAGAGATATGTAGACTACACAATGGGTTATCAAAGT  1091

seq1  TTTCAGCTGGACTAGAAAGATGCACAGATAAAAATATGTGGGTGTATCTA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGCTGGACTAGAAAGATGCACAGATAAAAATATGTGGGTGTATCTA  1141

seq1  TGAATTGCCTCAGGAATTC  1167
      |||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGCCTCAGGAATTC  1160


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |