BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-195F21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 10,637,665 - 10,782,423
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041395
Upstream geneGrm3, LOC100042768, LOC625446, LOC435832, LOC381612, EG625586, LOC242809
Downstream geneLOC623849, LOC100041408, LOC667880, EG667888, EG667901, EG667907, LOC667916, LOC100041472, EG545728, LOC100042819, LOC667942, LOC667948, EG667949, Speer1-ps1, EG667956, LOC667961, EG667967, LOC100042858, LOC667974, EG667986, EG623898, EG668001, LOC668008, EG668011, LOC668017, EG668021
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-195F21.bB6Ng01-195F21.g
ACCGA017809GA017810
length986941
definitionB6Ng01-195F21.b B6Ng01-195F21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,637,665 - 10,638,631)(10,781,485 - 10,782,423)
sequence
gaattctcaagatttaaggaattccattgatgtgaagaccataatacttt
taacatttacaacattaactaaccagtaacaatatattgtacacatattt
attttgtcatttcattctttatctggttcagtgttcctgtaaaaatggct
ttagttttggaaatgcattttgttttcccctttgtcgtcaggagggagca
agttatataaagctgtttggaaataaggattcttcttggtttaagatagg
gaatttcattccaatggaaagtatctaacagtaaaattcattgaatacac
ttagcatactaaacaaggctgcacactggacctgtcatgtttgcttaaca
gcaaagtacatggatgagtggcgtctgtagcttattctcaaaaaccagta
atcaggcgattaaaatatcttaatttagggcaggctatatctaaatatat
tgagctatggtttttaattttacagttggaaaacatttttctcaaaatta
gttgaattaaaaacaatttattcagaaaaattagtagctcttctatatcc
aaatgacattctgggaaagaaatcagggaaacaaaaattttgactgtagc
ctcaaataatgcaaatatcctgggtaactgtaaccttagaagtagaagac
tcatataataaaaacttccagaatttgaagaaacaaactggagaagattt
cagaagatataaagatcgtctatgttcatggatatgtaggatcaacatag
taaaaatgggtattttactaaaagcaatctagatattgggtgtaactcca
ttaaaacgacaacacaattcttcacagatcttgaaagaacaattctcagc
ttgatctgtaaaatgcaaactccaaagataactaaaaatatacttcataa
taaaagaactgctagaggtatcaccacttccaataccaagtttttccaca
gagatgtagtataaaaagtagtgttggtcacataaa
gaattccagccagatgtattgaaggtgtgtactaagggcatgtttatatt
ccagccagatcacacagatctagaaggtctttggacgttatcacatcagc
cacattgctagaataaaattcctctacactaacatttcacagtacttctg
ccttttacttctttatctatgaattatacacagtgatacattaccatgga
tcatacatttttaagactcgataaacatgctaaataaacataaactttaa
tcaccatttattcaatgttttgttgtaagtcatattctaatctataacaa
ggagtctactgtattagtttataaatatatgcaagcactaagaaggaaga
agattctcagctttgttatgtgatcatctttccctattaagtttacaatt
gaaaaaataatggaaaaaatcaagctttattgtgcatttgctatgacaaa
gattagcattttctaaatttctaccctaacaatagttgaatatgtagcat
cattccatcccagtttaattttgattacagattgaataagaactatagtt
acatacttcaaaatgatactgcttgaagttgtaatttctagaagctgata
tttaaagttattaagagttataacttaatcaggaaaattttaggattgtg
gttaactttatgtaagtttctgcttgaatgattgctattcatgttaacat
attatcctgcatttctaataatctgtgtataatcaattgctaaaatttgg
cttactaaagtacgaatttgtcttacaatatttttcattaaaaagctctt
gactctagctgcatatgtatcaaaagatggcctagtcggccatcattgga
aagagaggcccattgaacaggcaaactttatatgccccagtacaggggaa
tgccagggccaaaaaatgggaatggggtggggtaggggagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_10637665_10638631
seq2: B6Ng01-195F21.b_47_1012

seq1  GAATTCTCAAGATTTAAGGAATTCCATTGATGTGAAGACCATAATACTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAGATTTAAGGAATTCCATTGATGTGAAGACCATAATACTTT  50

seq1  TAACATTTACAACATTAACTAACCAGTAACAATATATTGTACACATATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTTACAACATTAACTAACCAGTAACAATATATTGTACACATATTT  100

seq1  ATTTTGTCATTTCATTCTTTATCTGGTTCAGTGTTCCTGTAAAAATGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGTCATTTCATTCTTTATCTGGTTCAGTGTTCCTGTAAAAATGGCT  150

seq1  TTAGTTTTGGAAATGCATTTTGTTTTCCCCTTTGTCGTCAGGAGGGAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTTGGAAATGCATTTTGTTTTCCCCTTTGTCGTCAGGAGGGAGCA  200

seq1  AGTTATATAAAGCTGTTTGGAAATAAGGATTCTTCTTGGTTTAAGATAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATATAAAGCTGTTTGGAAATAAGGATTCTTCTTGGTTTAAGATAGG  250

seq1  GAATTTCATTCCAATGGAAAGTATCTAACAGTAAAATTCATTGAATACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCATTCCAATGGAAAGTATCTAACAGTAAAATTCATTGAATACAC  300

seq1  TTAGCATACTAAACAAGGCTGCACACTGGACCTGTCATGTTTGCTTAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATACTAAACAAGGCTGCACACTGGACCTGTCATGTTTGCTTAACA  350

seq1  GCAAAGTACATGGATGAGTGGCGTCTGTAGCTTATTCTCAAAAACCAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTACATGGATGAGTGGCGTCTGTAGCTTATTCTCAAAAACCAGTA  400

seq1  ATCAGGCGATTAAAATATCTTAATTTAGGGCAGGCTATATCTAAATATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGCGATTAAAATATCTTAATTTAGGGCAGGCTATATCTAAATATAT  450

seq1  TGAGCTATGGTTTTTAATTTTACAGTTGGAAAACATTTTTCTCAAAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTATGGTTTTTAATTTTACAGTTGGAAAACATTTTTCTCAAAATTA  500

seq1  GTTGAATTAAAAACAATTTATTCAGAAAAATTAGTAGCTCTTCTATATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAATTAAAAACAATTTATTCAGAAAAATTAGTAGCTCTTCTATATCC  550

seq1  AAATGACATTCTGGGAAAGAAATCAGGGAAACAAAAATTTTGACTGTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACATTCTGGGAAAGAAATCAGGGAAACAAAAATTTTGACTGTAGC  600

seq1  CTCAAATAATGCAAATATCCTGGGTAACTGTAACCTTAGAAGTAGAAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAATAATGCAAATATCCTGGGTAACTGTAACCTTAGAAGTAGAAGAC  650

seq1  TCATATAATAAAAACTTCCAGAATTTGAAGAAACAAACTGGAGAAGATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATAATAAAAACTTCCAGAATTTGAAGAAACAAACTGGAGAAGATTT  700

seq1  CAGAAGATATAAAGATCGTCTATGTTCATGGATATGTAGGATCAACATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGATATAAAGATCGTCTATGTTCATGGATATGTAGGATCAACATAG  750

seq1  TAAAAATGGGTATTTTACTAAAAGCAATCTAGATATTGGGTGTAACTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGGGTATTTTACTAAAAGCAATCTAGATATTGGGTGTAACTCCA  800

seq1  TTAAAACGACAACACAATTCTTCACAGATCTTGAAAGAACAATTCTCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACGACAACACAATTCTTCACAGATCTTGAAAGAACAATTCTCAGC  850

seq1  TTGATCTGTAAAATGCAAACTCCAAAGATAACTAAAAATATACTTCATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTGTAAAATGCAAACTCCAAAGATAACTAAAAATATACTTCATAA  900

seq1  TAAAAGAACTGCTAGAGGTATCACCACTTCCAATACCAAGTTTTTCCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAACTGCTAGAGGTATCACCACTTCCAATACCAAGTTTTTCCACA  950

seq1  GAGATGTAGTAATAAAA  967
      |||||||||| ||||||
seq2  GAGATGTAGT-ATAAAA  966

seq1: chr5_10781485_10782423
seq2: B6Ng01-195F21.g_69_1009 (reverse)

seq1  ACTCCCCTACCC--ACCCATTCCCATTTTTTGGCCCTGGCATTCCCCTGT  48
      ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCCTACCCCACCCCATTCCCATTTTTTGGCCCTGGCATTCCCCTGT  50

seq1  ACTGGGGCATATAAAGTTTGCCTGTTCAATGGGCCTCTCTTTCCAATGAT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGCATATAAAGTTTGCCTGTTCAATGGGCCTCTCTTTCCAATGAT  100

seq1  GGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTTT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTTT  150

seq1  TTAATGAAAAATATTGTAAGACAAATTCGTACTTTAGTAAGCCAAATTTT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAAAAATATTGTAAGACAAATTCGTACTTTAGTAAGCCAAATTTT  200

seq1  AGCAATTGATTATACACAGATTATTAGAAATGCAGGATAATATGTTAACA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTGATTATACACAGATTATTAGAAATGCAGGATAATATGTTAACA  250

seq1  TGAATAGCAATCATTCAAGCAGAAACTTACATAAAGTTAACCACAATCCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGCAATCATTCAAGCAGAAACTTACATAAAGTTAACCACAATCCT  300

seq1  AAAATTTTCCTGATTAAGTTATAACTCTTAATAACTTTAAATATCAGCTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTCCTGATTAAGTTATAACTCTTAATAACTTTAAATATCAGCTT  350

seq1  CTAGAAATTACAACTTCAAGCAGTATCATTTTGAAGTATGTAACTATAGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAATTACAACTTCAAGCAGTATCATTTTGAAGTATGTAACTATAGT  400

seq1  TCTTATTCAATCTGTAATCAAAATTAAACTGGGATGGAATGATGCTACAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTCAATCTGTAATCAAAATTAAACTGGGATGGAATGATGCTACAT  450

seq1  ATTCAACTATTGTTAGGGTAGAAATTTAGAAAATGCTAATCTTTGTCATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACTATTGTTAGGGTAGAAATTTAGAAAATGCTAATCTTTGTCATA  500

seq1  GCAAATGCACAATAAAGCTTGATTTTTTCCATTATTTTTTCAATTGTAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGCACAATAAAGCTTGATTTTTTCCATTATTTTTTCAATTGTAAA  550

seq1  CTTAATAGGGAAAGATGATCACATAACAAAGCTGAGAATCTTCTTCCTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATAGGGAAAGATGATCACATAACAAAGCTGAGAATCTTCTTCCTTC  600

seq1  TTAGTGCTTGCATATATTTATAAACTAATACAGTAGACTCCTTGTTATAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGCTTGCATATATTTATAAACTAATACAGTAGACTCCTTGTTATAG  650

seq1  ATTAGAATATGACTTACAACAAAACATTGAATAAATGGTGATTAAAGTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAATATGACTTACAACAAAACATTGAATAAATGGTGATTAAAGTTT  700

seq1  ATGTTTATTTAGCATGTTTATCGAGTCTTAAAAATGTATGATCCATGGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTATTTAGCATGTTTATCGAGTCTTAAAAATGTATGATCCATGGTA  750

seq1  ATGTATCACTGTGTATAATTCATAGATAAAGAAGTAAAAGGCAGAAGTAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCACTGTGTATAATTCATAGATAAAGAAGTAAAAGGCAGAAGTAC  800

seq1  TGTGAAATGTTAGTGTAGAGGAATTTTATTCTAGCAATGTGGCTGATGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAATGTTAGTGTAGAGGAATTTTATTCTAGCAATGTGGCTGATGTG  850

seq1  ATAACGTCCAAAGACCTTCTAGATCTGTGTGATCTGGCTGGAATATAAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACGTCCAAAGACCTTCTAGATCTGTGTGATCTGGCTGGAATATAAAC  900

seq1  ATGCCCTTAGTACACACCTTCAATACATCTGGCTGGAATTC  939
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTTAGTACACACCTTCAATACATCTGGCTGGAATTC  941