BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196C16
Chromosome5 (Build37)
Map Location 78,635,851 - 78,830,314
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039398
Upstream geneSpink2, Rest, 2610024G14Rik, Polr2b, Igfbp7, Pea15b, LOC669227
Downstream geneMthfr-ps1, EG384187
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196C16.bB6Ng01-196C16.g
ACCGA018379GA018380
length1,1941,099
definitionB6Ng01-196C16.b B6Ng01-196C16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,829,120 - 78,830,314)(78,635,851 - 78,636,977)
sequence
gaattctgtgcacatctgtatgttctgtatgaattaggggcttgggaccc
aaactttggccttaacacttaaattccaagtgagatatatctcatactat
agaccacagaaaacaaaaatactatctttaggtgaaactgttgaaaaaca
attaggacaaagttgaagattataatgtcagttccaaaataatgatctta
cagatgtcagaagccatttgccttcttcatttcattgtggtagatgatga
tagtaaacagatcaaacatcacctgttaaataaagatttacaaaacatat
gctatatacacatcactatggattatagtaaagttgacaaagaaaaattt
cagcatattcaattggttttaagtacaccatttatcaaagaaaaagaaaa
atatccataaataccataaagtaataaaaaaggagttaatgaaaacaaaa
gaaggtgggcacgtgtttggctttaatagaaccatcaaggacacattctg
tagtcttagtttaactattcacactgtttacttctcataattcattattt
tacaatgtttgtgaccataaaaatgcacttcaaacatctcactaagttta
acttccaactggtgttctagctcccaaatatagaaagaacatcttgcgta
ctgtgtggaagcatcacctatcaataaaatgctgatggcagaattagaat
gtgaggcacctacatacacatagcaaaaatccaaatcagttttctgtctt
cataagaaatatctgagataattaatttctaaaagagtttaaacagctaa
attttttaaagtctattccaaaaatgaatggttcaatttctttggcccac
acattggaatgacaaagacagaaatcaagcatatgatagacaaatatact
tatatcatgaatcagaaagcaaaggataaaaggaagaaataggagtctca
taattctcttccaggagatttaaacaatgtagtaaaacatctcactaaat
ttaacttccaaccgggtcttctagtgcaaatatagaaagagtcttcttgt
gtactgtgtggagcatcactatcaataaaaagctgatgttcatggagcta
gcagaatagaaatgtggggcatctacccacccacaacatagcagttagga
cctctgtggaaatggcatgtaaggaagattgccaccctcgacgc
gaattctttactaaaaatagttttttataacttgagattaggaaaacagt
tttgagcaagatacaaagagaatatcagagggggaaatacagatatgttg
tcaacatcacattaaacatgacttacatggaaaagcaccataaatataaa
cgaagccataagccacatgctctatagagatattacagcacataagggac
atggaattagcatccaatgtaaaaaatttcaaaactacacatcaaagaga
aaatgacaacttgataggaaaatgtgacaacaggaaaatatgtctgagaa
ctggaaatacaagaaataccagtcatctctgttatcagtgaaggagaggc
aaattaaaaccacagtaagatgctacttagtgctcaccatagcagcatga
taaaaatgaaaatgtctgacaatgtcaatctttgacaataatgggaagca
taattaacacttctgactacatagttggtttaaattaaaatagcacatag
aggaacttttgaaattattgatagaattttccattaagtcatattaattt
aaaataagtaataaaatatgattaaaggcacacattcagttcttcaatcc
tgtctaacctagaggggaggaatttttggctgccttggtgctgatgtata
gaagtcttaagacattaatggcaagggaaatgtggtagaagtggcatgtt
tcacatccaagccatggaatggtgagttactattccagtctccactcact
gtcttgctctcctcaaaagctcttctgaagttctaggaatgagaagtcgc
ttatgtgacaaggacattctgaatgctgaggagcaggctgtccttcaggt
cctctgtactgctttatggtaagcaaatcctcaagggtgtgcattaaaac
actgtgattttagattcttagttgctactgaaaactagattatctaacca
cagtctctttatcagacgtatatttcctatgcatttatttagggacattg
tatacatgtatagagaagataggtttaattattattgacctgtaagtaaa
ctagagagcctatatcactaaacatggagaacatggctctagtcatgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_78829120_78830314
seq2: B6Ng01-196C16.b_44_1237 (reverse)

seq1  GCGTCGA-GGTGGCAAATCTTCC-TACATGCCTATCTCACAGAGGTCCTA  48
      ||||||| |||||| |||||||| ||||||||  |  |||||||||||||
seq2  GCGTCGAGGGTGGC-AATCTTCCTTACATGCCATTTCCACAGAGGTCCTA  49

seq1  ACTTGCTA---TGTGTGTGTGTAGATGCCCCACATTCTAATTCTGCCTTA  95
      || |||||   |||| ||| ||||||||||||||||   |||||||  ||
seq2  AC-TGCTATGTTGTGGGTGGGTAGATGCCCCACATTTCTATTCTGC--TA  96

seq1  GCTCATTGACCATCAGCTTTTTATTGATAGGTGATGCTTCCACACAGTAC  145
      ||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GCTCCATGAACATCAGCTTTTTATTGATA-GTGATGC-TCCACACAGTAC  144

seq1  ACAAG-AGACTCTTTCTATATTTGGCAACTAGAAGA-CCGGTTGGAAGTT  193
      ||||| ||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||
seq2  ACAAGAAGACTCTTTCTATATTTG--CACTAGAAGACCCGGTTGGAAGTT  192

seq1  AAATTTAGTGAGATGTTTTACTACATTGTTTAAATCTCCTGGAAGAGAAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAGTGAGATGTTTTACTACATTGTTTAAATCTCCTGGAAGAGAAT  242

seq1  TATGAGACTCCTATTTCTTCCTTTTATCCTTTGCTTTCTGATTCATGATA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGACTCCTATTTCTTCCTTTTATCCTTTGCTTTCTGATTCATGATA  292

seq1  TAAGTATATTTGTCTATCATATGCTTGATTTCTGTCTTTGTCATTCCAAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATATTTGTCTATCATATGCTTGATTTCTGTCTTTGTCATTCCAAT  342

seq1  GTGTGGGCCAAAGAAATTGAACCATTCATTTTTGGAATAGACTTTAAAAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGCCAAAGAAATTGAACCATTCATTTTTGGAATAGACTTTAAAAA  392

seq1  ATTTAGCTGTTTAAACTCTTTTAGAAATTAATTATCTCAGATATTTCTTA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGCTGTTTAAACTCTTTTAGAAATTAATTATCTCAGATATTTCTTA  442

seq1  TGAAGACAGAAAACTGATTTGGATTTTTGCTATGTGTATGTAGGTGCCTC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACAGAAAACTGATTTGGATTTTTGCTATGTGTATGTAGGTGCCTC  492

seq1  ACATTCTAATTCTGCCATCAGCATTTTATTGATAGGTGATGCTTCCACAC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTAATTCTGCCATCAGCATTTTATTGATAGGTGATGCTTCCACAC  542

seq1  AGTACGCAAGATGTTCTTTCTATATTTGGGAGCTAGAACACCAGTTGGAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACGCAAGATGTTCTTTCTATATTTGGGAGCTAGAACACCAGTTGGAA  592

seq1  GTTAAACTTAGTGAGATGTTTGAAGTGCATTTTTATGGTCACAAACATTG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAACTTAGTGAGATGTTTGAAGTGCATTTTTATGGTCACAAACATTG  642

seq1  TAAAATAATGAATTATGAGAAGTAAACAGTGTGAATAGTTAAACTAAGAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAATGAATTATGAGAAGTAAACAGTGTGAATAGTTAAACTAAGAC  692

seq1  TACAGAATGTGTCCTTGATGGTTCTATTAAAGCCAAACACGTGCCCACCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAATGTGTCCTTGATGGTTCTATTAAAGCCAAACACGTGCCCACCT  742

seq1  TCTTTTGTTTTCATTAACTCCTTTTTTATTACTTTATGGTATTTATGGAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGTTTTCATTAACTCCTTTTTTATTACTTTATGGTATTTATGGAT  792

seq1  ATTTTTCTTTTTCTTTGATAAATGGTGTACTTAAAACCAATTGAATATGC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTTTTTCTTTGATAAATGGTGTACTTAAAACCAATTGAATATGC  842

seq1  TGAAATTTTTCTTTGTCAACTTTACTATAATCCATAGTGATGTGTATATA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTTTTCTTTGTCAACTTTACTATAATCCATAGTGATGTGTATATA  892

seq1  GCATATGTTTTGTAAATCTTTATTTAACAGGTGATGTTTGATCTGTTTAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGTTTTGTAAATCTTTATTTAACAGGTGATGTTTGATCTGTTTAC  942

seq1  TATCATCATCTACCACAATGAAATGAAGAAGGCAAATGGCTTCTGACATC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATCATCTACCACAATGAAATGAAGAAGGCAAATGGCTTCTGACATC  992

seq1  TGTAAGATCATTATTTTGGAACTGACATTATAATCTTCAACTTTGTCCTA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGATCATTATTTTGGAACTGACATTATAATCTTCAACTTTGTCCTA  1042

seq1  ATTGTTTTTCAACAGTTTCACCTAAAGATAGTATTTTTGTTTTCTGTGGT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTTTCAACAGTTTCACCTAAAGATAGTATTTTTGTTTTCTGTGGT  1092

seq1  CTATAGTATGAGATATATCTCACTTGGAATTTAAGTGTTAAGGCCAAAGT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGTATGAGATATATCTCACTTGGAATTTAAGTGTTAAGGCCAAAGT  1142

seq1  TTGGGTCCCAAGCCCCTAATTCATACAGAACATACAGATGTGCACAGAAT  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCCCAAGCCCCTAATTCATACAGAACATACAGATGTGCACAGAAT  1192

seq1  TC  1195
      ||
seq2  TC  1194

seq1: chr5_78635851_78636977
seq2: B6Ng01-196C16.g_64_1162

seq1  GAATTCTTTACTAAAAATAGTTTTTTATAACTTGAGATTAGGAAAACAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTACTAAAAATAGTTTTTTATAACTTGAGATTAGGAAAACAGT  50

seq1  TTTGAGCAAGATACAAAGAGAATATCAGAGGGGGAAATACAGATATGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCAAGATACAAAGAGAATATCAGAGGGGGAAATACAGATATGTTG  100

seq1  TCAACATCACATTAAACATGACTTACATGGAAAAGCACCATAAATATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATCACATTAAACATGACTTACATGGAAAAGCACCATAAATATAAA  150

seq1  CGAAGCCATAAGCCACATGCTCTATAGAGATATTACAGCACATAAGGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGCCATAAGCCACATGCTCTATAGAGATATTACAGCACATAAGGGAC  200

seq1  ATGGAATTAGCATCCAATGTAAAAAATTTCAAAACTACACATCAAAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATTAGCATCCAATGTAAAAAATTTCAAAACTACACATCAAAGAGA  250

seq1  AAATGACAACTTGATAGGAAAATGTGACAACAGGAAAATATGTCTGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACAACTTGATAGGAAAATGTGACAACAGGAAAATATGTCTGAGAA  300

seq1  CTGGAAATACAAGAAATACCAGTCATCTCTGTTATCAGTGAAGGAGAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAATACAAGAAATACCAGTCATCTCTGTTATCAGTGAAGGAGAGGC  350

seq1  AAATTAAAACCACAGTAAGATGCTACTTAGTGCTCACCATAGCAGCATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAACCACAGTAAGATGCTACTTAGTGCTCACCATAGCAGCATGA  400

seq1  TAAAAATGAAAATGTCTGACAATGTCAATCTTTGACAATAATGGGAAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGAAAATGTCTGACAATGTCAATCTTTGACAATAATGGGAAGCA  450

seq1  TAATTAACACTTCTGACTACATAGTTGGTTTAAATTAAAATAGCACATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAACACTTCTGACTACATAGTTGGTTTAAATTAAAATAGCACATAG  500

seq1  AGGAACTTTTGAAATTATTGATAGAATTTTCCATTAAGTCATATTAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTTTTGAAATTATTGATAGAATTTTCCATTAAGTCATATTAATTT  550

seq1  AAAATAAGTAATAAAATATGATTAAAGGCACACATTCAGTTCTTCAATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGTAATAAAATATGATTAAAGGCACACATTCAGTTCTTCAATCC  600

seq1  TGTCTAACCTAGAGGGGAGGAATTTTTGGCTGCCTTGGTGCTGATGTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAACCTAGAGGGGAGGAATTTTTGGCTGCCTTGGTGCTGATGTATA  650

seq1  GAAGTCTTAAGACATTAATGGCAAGGGAAATGTGGTAGAAGTGGCATGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCTTAAGACATTAATGGCAAGGGAAATGTGGTAGAAGTGGCATGTT  700

seq1  TCACATCCAAGCCATGGAATGGTGAGTTACTATTCCAGTCTCCACTCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCCAAGCCATGGAATGGTGAGTTACTATTCCAGTCTCCACTCACT  750

seq1  GTCTTGCTCTCCTCAAAAGCTCTTCTGAAGTTCTAGGAATGAGAAGTCGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCTCTCCTCAAAAGCTCTTCTGAAGTTCTAGGAATGAGAAGTCGC  800

seq1  TTATGTGACAAGGACATTCTGAATGCTGAGGAGCAGGCTGTCCTTCAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTATGTGACAAGGACATTCTGAATGCTGAGGAGCAGGCTGTCCTTCA-GG  849

seq1  TCCTCTGTACTGCTTTATGGTAAGCAAATCCTCAAGGGTTGTGCATTAAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCCTCTGTACTGCTTTATGGTAAGCAAATCCTCAAGGG-TGTGCATTAAA  898

seq1  ACACTGTGATTTTAGAATTCTTAGTTGCTACTGAAAAACTAGATTATCTT  950
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  ACACTGTGATTTTAG-ATTCTTAGTTGCTACTG-AAAACTAGATTATC-T  945

seq1  AACCAACAGTCTCTTTAATCCAGAAGGTATATTTCCTATGCATTTAATTT  1000
      |||| ||||||||||||   ||| | ||||||||||||||||||| ||||
seq2  AACC-ACAGTCTCTTTA--TCAG-ACGTATATTTCCTATGCATTT-ATTT  990

seq1  AGGGACATTGTTATACATGTATAGAAGAAGATAAGTTTTAAATAATAAAT  1050
      |||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||  ||| || | |
seq2  AGGGACATTG-TATACATGTATAG-AGAAGATAGGTTT--AATTATTATT  1036

seq1  GA-CTGTAAGGTAAAAACTTAGAGAAAGCTTAATATCCACTAAAACAATA  1099
      || |||||||    |||||   ||| ||| | |||| |||| |||||   
seq2  GACCTGTAAG---TAAACT---AGAGAGCCT-ATAT-CACT-AAACA--T  1075

seq1  GGAGATACATTGTGCTCTAGTCAATGCA  1127
      ||||| ||||   ||||||||| |||||
seq2  GGAGA-ACAT--GGCTCTAGTC-ATGCA  1099