BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196G15
Chromosome5 (Build37)
Map Location 18,003,619 - 18,134,393
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSema3c, Cd36, Gnat3, Gnai1, LOC100041818, LOC668167
Downstream gene4921504A21Rik, Magi2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196G15.bB6Ng01-196G15.g
ACCGA018565GA018566
length1,0481,008
definitionB6Ng01-196G15.b B6Ng01-196G15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,133,329 - 18,134,393)(18,003,619 - 18,004,648)
sequence
gaattcttcatcacatttgtcatgtacattatgaaaagatgttgtaattt
ctgactgtggctcatttttctaagttctactgaatggaagaacttggtat
ccttaggacaggtgcttgcatgacctcaccatggtcagacaaggttcatg
gcatcaacaggagctccttggatgggaaatagagaatgtgtttgttacct
ggactgaggagcctcaccactgttgctcagacttttcaatgtccattcca
cttcactttgtacctgcagaaaattccattgtgtgcttgtgagcttaatt
ctagacccacaaaggccaggacacagtgctagtttcctacccctcagtta
tgctggattttccattgatatactcacataaatacattactgtcacctca
tttatgatactgctcacctcttattgaaagaagcagttgcttaactacac
caaattcttggataaatatggatcctggtgaatgaaatatgccaagatac
tcatctgggtgcatgaacaccaccctatattgaactctgaaaggtgggac
tgggattatgaggtgtggttaaatagcccacaagattcacaatgggtgtg
gtagtttaaatatgcttgaccctgagagtggcactatttgaaggtgtggt
cttggaggaagtgtgtcactgagactatggtctttaagaccctcattcta
gctgcctggaaagccagtcttctgtctgcatttggaacaagatgttgaac
tctaagccccacctgagccatgcctgcctggatgctgccacactcccacc
ttgatgacatggactgaaactctgaacctgtaagccagcttgttttaatc
tcaggacagaagtggagtgtttcagatgacttctgtctagcaatttgaag
gatcatagggtttggcctcagcactgatactctctggacaatatcagtca
gaaagcacagtgcatgctagcagcagtgatgttacctcatagtcagatgg
tgaaaacacttcatttgtctcagtgtgaccttaggaaggacaagagta
gaattcaatacatgcagattgagagccagtgagctacctgaaagttatcc
ccacttctcccccagtccagcagtgcttttgcaggactctgctgttgcac
tgtttcctgttttacatctcctagtactgccttctggacagtgcacatgt
ctgcacctctcttgtctaatacaggagtttcaaatctggtttacccagaa
ctatactaatgagtaatttcagccattaagctgattaagcatggtctcta
taacagtttctactggatacaagtctttcagtgttaccaatgttgtgtaa
attcatgcttttccttagattttgttaagatgtctttacaactttccatt
agagaacactctatggcacagagttgcctgttatgcataaggcatagaat
cactaatacaatatatgggactatgtgtttacatatttttgtgatgctag
ctgctagatctctctctatagggtaataaacaatatatcttacaatcctg
gaagcaatatgtttttactattaaaaatgtattacccaacatgataaata
aatcattcattataaattcaactattgataataagtattgtttcagtgtt
gtagcatttatgctctgaagtagctagatggagtatagattgcatcaata
aaatacagaaaatggggccctgtttttcaaattctctctagcacaaagtg
aagagcagcagcttgctgagtggagctgctgtgcacaggactgtctgtaa
ggcctggagtactggactcccagggatcgggggcctttgtcctgagaagc
ctgtctacacgagaagaagttcaagtttagcacattatctcatagcctga
acaggaatttcatttaaaattcattactatgaatagtgatggtggcaaac
ctctggctgcatactgaagtttcatacatgcagagtggactttaaaacag
agctcatgagtttgcagcctttatagaatataagccatatcttgtcataa
tatacatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_18133329_18134393
seq2: B6Ng01-196G15.b_46_1093 (reverse)

seq1  TACTCTTGTCTTTCTTTAGGTCCACACTGAGACCAAATGAAAGTGGTTTT  50
      |||||||||| ||| | |||| |||||||||| |||||| |||| |||||
seq2  TACTCTTGTCCTTCCTAAGGT-CACACTGAGA-CAAATG-AAGT-GTTTT  46

seq1  CACCATCTGAACTATTGAGTAACATCCACTGCTGCTAGCATTGGCACTGT  100
      ||||||||| |||||   ||||||| |||||||||||||||  |||||||
seq2  CACCATCTG-ACTATGAGGTAACAT-CACTGCTGCTAGCAT--GCACTGT  92

seq1  GCTTTTCTGACTGATATTGTCCCAGGAGGAAGTATCAGGTGCTGAGGCCA  150
      || |||||||||||||||||||    ||  ||||||| ||||||||||||
seq2  GC-TTTCTGACTGATATTGTCC----AGAGAGTATCA-GTGCTGAGGCCA  136

seq1  AACCCTATTGATCCCTTCAAATTGCTAGACAGAAGTCATCTGAAACACTC  200
      ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTA-TGAT-CCTTCAAATTGCTAGACAGAAGTCATCTGAAACACTC  184

seq1  CACTTCTTGTCCTGAGATTAAAACAAGCTGGCTTACAGGTTCAGAGTTTC  250
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTC-TGTCCTGAGATTAAAACAAGCTGGCTTACAGGTTCAGAGTTTC  233

seq1  AGTCCATTGTCATCAAGGTGGGAGTGTGGCAGCATCCAGGCAGGCATGGC  300
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCA-TGTCATCAAGGTGGGAGTGTGGCAGCATCCAGGCAGGCATGGC  282

seq1  TCAGGTGGGGCTTAGAGTTCAACATCTTGTTCCAAATGCAGACAGAAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGGGGCTTAGAGTTCAACATCTTGTTCCAAATGCAGACAGAAGAC  332

seq1  TGGC-TTCCAGGCAGCTAGAATGAGGGTCTTAAAGACCATAGTCTCAGTG  399
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTCCAGGCAGCTAGAATGAGGGTCTTAAAGACCATAGTCTCAGTG  382

seq1  ACACACTTCCTCCAAGACCACACCTTCAAATAGTGCCACTCTCAGGGTCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTTCCTCCAAGACCACACCTTCAAATAGTGCCACTCTCAGGGTCA  432

seq1  AGCATATTTAAACTACCACACCCATTGTGAATCTTGTGGGCTATTTAACC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATATTTAAACTACCACACCCATTGTGAATCTTGTGGGCTATTTAACC  482

seq1  ACACCTCATAATCCCAGTCCCACCTTTCAGAGTTCAATATAGGGTGGTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTCATAATCCCAGTCCCACCTTTCAGAGTTCAATATAGGGTGGTGT  532

seq1  TCATGCACCCAGATGAGTATCTTGGCATATTTCATTCACCAGGATCCATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCACCCAGATGAGTATCTTGGCATATTTCATTCACCAGGATCCATA  582

seq1  TTTATCCAAGAATTTGGTGTAGTTAAGCAACTGCTTCTTTCAATAAGAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCAAGAATTTGGTGTAGTTAAGCAACTGCTTCTTTCAATAAGAGG  632

seq1  TGAGCAGTATCATAAATGAGGTGACAGTAATGTATTTATGTGAGTATATC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGTATCATAAATGAGGTGACAGTAATGTATTTATGTGAGTATATC  682

seq1  AATGGAAAATCCAGCATAACTGAGGGGTAGGAAACTAGCACTGTGTCCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAAAATCCAGCATAACTGAGGGGTAGGAAACTAGCACTGTGTCCTG  732

seq1  GCCTTTGTGGGTCTAGAATTAAGCTCACAAGCACACAATGGAATTTTCTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGTGGGTCTAGAATTAAGCTCACAAGCACACAATGGAATTTTCTG  782

seq1  CAGGTACAAAGTGAAGTGGAATGGACATTGAAAAGTCTGAGCAACAGTGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACAAAGTGAAGTGGAATGGACATTGAAAAGTCTGAGCAACAGTGG  832

seq1  TGAGGCTCCTCAGTCCAGGTAACAAACACATTCTCTATTTCCCATCCAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTCCTCAGTCCAGGTAACAAACACATTCTCTATTTCCCATCCAAG  882

seq1  GAGCTCCTGTTGATGCCATGAACCTTGTCTGACCATGGTGAGGTCATGCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCTGTTGATGCCATGAACCTTGTCTGACCATGGTGAGGTCATGCA  932

seq1  AGCACCTGTCCTAAGGATACCAAGTTCTTCCATTCAGTAGAACTTAGAAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCTGTCCTAAGGATACCAAGTTCTTCCATTCAGTAGAACTTAGAAA  982

seq1  AATGAGCCACAGTCAGAAATTACAACATCTTTTCATAATGTACATGACAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCCACAGTCAGAAATTACAACATCTTTTCATAATGTACATGACAA  1032

seq1  ATGTGATGAAGAATTC  1065
      ||||||||||||||||
seq2  ATGTGATGAAGAATTC  1048

seq1: chr5_18003619_18004648
seq2: B6Ng01-196G15.g_67_1074

seq1  GAATTCAATACATGCAGATTGAGAGCCAGTGAGCTACCTGAAAGTTATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATACATGCAGATTGAGAGCCAGTGAGCTACCTGAAAGTTATCC  50

seq1  CCACTTCTCCCCCAGTCCAGCAGTGCTTTTGCAGGACTCTGCTGTTGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCTCCCCCAGTCCAGCAGTGCTTTTGCAGGACTCTGCTGTTGCAC  100

seq1  TGTTTCCTGTTTTACATCTCCTAGTACTGCCTTCTGGACAGTGCACATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCTGTTTTACATCTCCTAGTACTGCCTTCTGGACAGTGCACATGT  150

seq1  CTGCACCTCTCTTGTCTAATACAGGAGTTTCAAATCTGGTTTACCCAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCTCTCTTGTCTAATACAGGAGTTTCAAATCTGGTTTACCCAGAA  200

seq1  CTATACTAATGAGTAATTTCAGCCATTAAGCTGATTAAGCATGGTCTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTAATGAGTAATTTCAGCCATTAAGCTGATTAAGCATGGTCTCTA  250

seq1  TAACAGTTTCTACTGGATACAAGTCTTTCAGTGTTACCAATGTTGTGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTTTCTACTGGATACAAGTCTTTCAGTGTTACCAATGTTGTGTAA  300

seq1  ATTCATGCTTTTCCTTAGATTTTGTTAAGATGTCTTTACAACTTTCCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGCTTTTCCTTAGATTTTGTTAAGATGTCTTTACAACTTTCCATT  350

seq1  AGAGAACACTCTATGGCACAGAGTTGCCTGTTATGCATAAGGCATAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAACACTCTATGGCACAGAGTTGCCTGTTATGCATAAGGCATAGAAT  400

seq1  CACTAATACAATATATGGGACTATGTGTTTACATATTTTTGTGATGCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAATACAATATATGGGACTATGTGTTTACATATTTTTGTGATGCTAG  450

seq1  CTGCTAGATCTCTCTCTATAGGGTAATAAACAATATATCTTACAATCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGATCTCTCTCTATAGGGTAATAAACAATATATCTTACAATCCTG  500

seq1  GAAGCAATATGTTTTTACTATTAAAAATGTATTACCCAACATGATAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAATATGTTTTTACTATTAAAAATGTATTACCCAACATGATAAATA  550

seq1  AATCATTCATTATAAATTCAACTATTGATAATAAGTATTGTTTCAGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATTCATTATAAATTCAACTATTGATAATAAGTATTGTTTCAGTGTT  600

seq1  GTAGCATTTATGCTCTGAAGTAGCTAGATGGAGTATAGATTGCATCAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCATTTATGCTCTGAAGTAGCTAGATGGAGTATAGATTGCATCAATA  650

seq1  AAATACAGAAAATGGGGCCCTGTTTTTCAAATTCTCTCTAGCACAAAGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAGAAAATGGGGCCCTGTTTTTCAAATTCTCTCTAGCACAAAGTG  700

seq1  AAGAGCAGCAGCTTGCTGAGTGGAGCTGCTGTGCACAGGACTGTCTGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAGCAGCTTGCTGAGTGGAGCTGCTGTGCACAGGACTGTCTGTAA  750

seq1  GGCCTGGAGTACTGGACTCCCAGGGATCGGGGGCCTTTGTCCTGAGAAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGAGTACTGGACTCCCAGGGATCGGGGGCCTTTGTCCTGAGAAGC  800

seq1  CTGTCTACACGAGAAGAAGTTCAAAGTTTTAGCACATTATTCTCATTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||| ||||
seq2  CTGTCTACACGAGAAGAAGTTCAA--GTTTAGCACATTA-TCTCA-TAGC  846

seq1  CTGAACAGGAATTTCCATTTAAAAATTCAATTACTATGAATAGTTGATTG  900
      |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||| ||| ||
seq2  CTGAACAGGAATTT-CATTT-AAAATTC-ATTACTATGAATAG-TGA-TG  891

seq1  GTGGCAAAACCTCTGGCTGCCATACTGAAAGTTTTCAATTACATTGCAGA  950
      ||||| ||||||||||||| |||||||||   |||||  |||| ||||||
seq2  GTGGC-AAACCTCTGGCTG-CATACTGAA--GTTTCA--TACA-TGCAGA  934

seq1  GTGGAACTTTTAAAACAGAGCTCATGAGTTTGCAGCCCTCTATAAGATTA  1000
      |||||   ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||
seq2  GTGGA--CTTTAAAACAGAGCTCATGAGTTTGCAG-CCTTTAT-AGAATA  980

seq1  TAAAGCCATATCTTGTCATTAATATACATG  1030
      | |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  T-AAGCCATATCTTGTCA-TAATATACATG  1008