BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196G21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 127,920,803 - 128,050,267
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem132c
Upstream geneLOC100040327
Downstream geneSlc15a4, Glt1d1, Tmem132d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196G21.bB6Ng01-196G21.g
ACCGA018575GA018576
length1,1881,064
definitionB6Ng01-196G21.b B6Ng01-196G21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,920,803 - 127,921,986)(128,049,142 - 128,050,267)
sequence
gaattcagaggggcgggtgccaggatagaatgatacagaggagagtggga
tgatacagaggagagcaggaagcagtttgatcctctaggggaagggcagt
catacagacctactatagggaggttgtgtctgggaggggcgctgacacaa
acaattctctgctcccccacccaagcacagagaggtcaggagacacatgg
aagtggggaatggctcagcagtgaagaaggcttgcagctctttcagggga
ccttggtttgggtcccagaatccatgttaggtagcttagaaccacctgta
ataccggctccgggggatctgataacctcttctggccttcatgggcaccc
acattcatgcatgtgtgcagatacacatgtgtaggcacacatacgtgaat
ataaaaattaaaaaggaaaccacattgattaagacaaaacctcatgccaa
aatccacctcagaagtcgcattgtgctccctctccctgcatcgtgctccc
tctccctgcactggggacactctttccagaattccttactcgactcccaa
ggaggagtcctgcagggagactcagccccttagacaggggttcacacaca
gtgcgagggagtctggccttgctctgtcaggagctactatgacatgtcca
attaccttgagaactctttccttgcaaggaaggaaaagatgattggggag
agatgacagctacaaaatgagatgtaagccctggggagacttcttctcac
caaggactcatccagacactgggaggacgattcacttaaaggaacaaatg
cctttcaccatgaccaggctcccttcatttgaacccgttccatgcctcct
ttggtgattagccaagacttctccacacacacaattgctcaggctgcctc
cttgcagagacccatgggcaatggagcaggggtaaggccgcttacagggc
acacagtccataccaagccctggccttgcctcagaaagacctgtgtggag
ggagaaggtcctggggtgactgctttcaacttgccacaccagctctggac
tcaaatgcttacaagttcaagtgaaaggtggaatggtgcaaccatgccta
tcaactcacacaaacaggcagttgtcatctggtgtagaacaaagtgttga
tcctatgaatattggcaagtgggcataggccaagtttg
gaattcagctgtcagagcctcaagttccccaggtttgcttaagttttcgc
tgtccggaagtaactaataagcctcttgtagcaaacccattggaagctca
gtgtagcatcttcagactcaagacaggatggctgaagccaaatggctggg
cactgtgcaagctggggcaaatgtgcccactttacaagctgatctgtggg
tgccatctggcctctgctctcttagagcatggtcttccaaggttgcccag
ggagggaaaaaatgggtggtgtgtgtgactcagctgtttttactgtacac
aggagacttatctttgcattgtgtttattatgtccagcgtgtcctggcca
tagccctttctattggtcttcacacccagacttcccgctgcattttatgt
ggggtggactctatctcagatgcacctagaggctcaagttaaatggtgtt
cccctgagtggcctccgttgaccttcttgatgggctctcagcctcattaa
aacttcactgagttttaataataaataataaaatttataaatataaaata
taaatattacataactatttacatataaaatataaataaatttaaaataa
tacataataaaaggtatttattttatttacctatgtgtacactgtagctg
tcttcagacataccagaagagggcatcagatcctactaaagatggttgtg
agccaccatgtggttgctgggaattgaactcagatctctggaagagcagt
cagtgttcctaacaaccaagccatctctccagctcctccttaatatatat
tttttaaacattaattctcaaaccctttgaaaatttcagacacctataca
cctatcttgatcatattcacccctcactctccatttcaactcttcccagg
attgcccataatatctcctctctaactccatgcctttctgtctgtttaaa
cccatggggtcaatcagtgctcctcatatgctcatgggtgtacaggtcat
tcactgggaacacggggaacctaccagtggccgtagttcctaaaaggaag
tgaccttccccctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_127920803_127921986
seq2: B6Ng01-196G21.b_48_1235

seq1  GAATTCAGAGGGGCGGGTGCCAGGATAGAATGATACAGAGGAGAGTGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGGGGCGGGTGCCAGGATAGAATGATACAGAGGAGAGTGGGA  50

seq1  TGATACAGAGGAGAGCAGGAAGCAGTTTGATCCTCTAGGGGAAGGGCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACAGAGGAGAGCAGGAAGCAGTTTGATCCTCTAGGGGAAGGGCAGT  100

seq1  CATACAGACCTACTATAGGGAGGTTGTGTCTGGGAGGGGCGCTGACACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAGACCTACTATAGGGAGGTTGTGTCTGGGAGGGGCGCTGACACAA  150

seq1  ACAATTCTCTGCTCCCCCACCCAAGCACAGAGAGGTCAGGAGACACATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTCTCTGCTCCCCCACCCAAGCACAGAGAGGTCAGGAGACACATGG  200

seq1  AAGTGGGGAATGGCTCAGCAGTGAAGAAGGCTTGCAGCTCTTTCAGGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGGAATGGCTCAGCAGTGAAGAAGGCTTGCAGCTCTTTCAGGGGA  250

seq1  CCTTGGTTTGGGTCCCAGAATCCATGTTAGGTAGCTTAGAACCACCTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGTTTGGGTCCCAGAATCCATGTTAGGTAGCTTAGAACCACCTGTA  300

seq1  ATACCGGCTCCGGGGGATCTGATAACCTCTTCTGGCCTTCATGGGCACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCGGCTCCGGGGGATCTGATAACCTCTTCTGGCCTTCATGGGCACCC  350

seq1  ACATTCATGCATGTGTGCAGATACACATGTGTAGGCACACATACGTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCATGCATGTGTGCAGATACACATGTGTAGGCACACATACGTGAAT  400

seq1  ATAAAAATTAAAAAGGAAACCACATTGATTAAGACAAAACCTCATGCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATTAAAAAGGAAACCACATTGATTAAGACAAAACCTCATGCCAA  450

seq1  AATCCACCTCAGAAGTCGCATTGTGCTCCCTCTCCCTGCATCGTGCTCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACCTCAGAAGTCGCATTGTGCTCCCTCTCCCTGCATCGTGCTCCC  500

seq1  TCTCCCTGCACTGGGGACACTCTTTCCAGAATTCCTTACTCGACTCCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTGCACTGGGGACACTCTTTCCAGAATTCCTTACTCGACTCCCAA  550

seq1  GGAGGAGTCCTGCAGGGAGACTCAGCCCCTTAGACAGGGGTTCACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGTCCTGCAGGGAGACTCAGCCCCTTAGACAGGGGTTCACACACA  600

seq1  GTGCGAGGGAGTCTGGCCTTGCTCTGTCAGGAGCTACTATGACATGTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCGAGGGAGTCTGGCCTTGCTCTGTCAGGAGCTACTATGACATGTCCA  650

seq1  ATTACCTTGAGAACTCTTTCCTTGCAAGGAAGGAAAAGATGATTGGGGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCTTGAGAACTCTTTCCTTGCAAGGAAGGAAAAGATGATTGGGGAG  700

seq1  AGATGACAGCTACAAAATGAGATGTAAGCCCTGGGGAGACTTCTTCTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACAGCTACAAAATGAGATGTAAGCCCTGGGGAGACTTCTTCTCAC  750

seq1  CAAGGACTCATCCAGACACTGGGAGGACGATTCACTTAAAGGAACAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACTCATCCAGACACTGGGAGGACGATTCACTTAAAGGAACAAATG  800

seq1  CC-TTCACCATGACCAGGCTCCCTTCATTTGAACCCGTCCCATGCCTCCT  849
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCTTTCACCATGACCAGGCTCCCTTCATTTGAACCCGTTCCATGCCTCCT  850

seq1  TTGGTGATTAGCCAAGACTTCTCCACACACACAATTGCTCAGGCTGCCTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGATTAGCCAAGACTTCTCCACACACACAATTGCTCAGGCTGCCTC  900

seq1  CTTGCAGAGACCCATGGGCAATGGAGCAGGGGTAAGGCCGCTTACAAGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTGCAGAGACCCATGGGCAATGGAGCAGGGGTAAGGCCGCTTAC-AGGG  949

seq1  CACACAGCCCATACCAAG-CCTGGCC-TGCCTCAGAAAGACCTGTGTGGA  997
      ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGTCCATACCAAGCCCTGGCCTTGCCTCAGAAAGACCTGTGTGGA  999

seq1  GGGAGAAGGTCCTGGGGTGACTGGCTTCAACTTGCCACACCAGCTCCGGG  1047
      |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || 
seq2  GGGAGAAGGTCCTGGGGTGACTGCTTTCAACTTGCCACACCAGCTCTGGA  1049

seq1  CTCAAATGCTTACCAGTTCAAGTGAAAGGTGGA--TGTGCCACC-TGCCT  1094
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||| ||| |||||
seq2  CTCAAATGCTTACAAGTTCAAGTGAAAGGTGGAATGGTGCAACCATGCCT  1099

seq1  ATCCAACCCACA-AAACAGGCAGGTGTCTTTCCTGTG-AGACAAAAGTGT  1142
      || |||| |||| |||||||||| ||||  ||  ||| |||  |||||||
seq2  AT-CAACTCACACAAACAGGCAGTTGTC-ATCTGGTGTAGAACAAAGTGT  1147

seq1  TGAACCCCATGAATATAAGGGAAAGTGGGC-TAGGCC-AGTTTG  1184
      || | || ||||||||   || |||||||| |||||| ||||||
seq2  TG-ATCCTATGAATAT--TGGCAAGTGGGCATAGGCCAAGTTTG  1188

seq1: chr5_128049142_128050267
seq2: B6Ng01-196G21.g_66_1129 (reverse)

seq1  GAGGGGGAAGGGGCTCCTGGGGCCATGGCCCTAGCTGAGGAGCTGGTGAC  50
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  0

seq1  AGTTGAGTGCTTGGGGGGGGGGGGGAGGTCACTTTCCTTTAGG-ACTACG  99
                       | ||||| ||||||||| | |||||| ||||||
seq2  -----------------GAGGGGGAAGGTCACTTCCTTTTAGGAACTACG  33

seq1  GCCACTGGTAGGTTCCCCGTG-TCCCAGTGAATGA-CTGTACACCCATGA  147
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCCACTGGTAGGTTCCCCGTGTTCCCAGTGAATGACCTGTACACCCATGA  83

seq1  GCATATGAGGAGCACTGATTGACCCCATGGG-TTAAACAGACAG-AAGGC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  GCATATGAGGAGCACTGATTGACCCCATGGGTTTAAACAGACAGAAAGGC  133

seq1  ATGGAGTTAGAGAGGAGATATTATGGGCAATCCTGGGAAGAGTTGAAATG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTTAGAGAGGAGATATTATGGGCAATCCTGGGAAGAGTTGAAATG  183

seq1  GAGAGTGAGGGGTGAATATGATCAAGATAGGTGTATAGGTGTCTGAAATT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTGAGGGGTGAATATGATCAAGATAGGTGTATAGGTGTCTGAAATT  233

seq1  TTCAAAGGGTTTGAGAATTAATGTTTAAAAAATATATATTAAGGAGGAGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGGGTTTGAGAATTAATGTTTAAAAAATATATATTAAGGAGGAGC  283

seq1  TGGAGAGATGGCTTGGTTGTTAGGAACACTGACTGCTCTTCCAGAGATCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGATGGCTTGGTTGTTAGGAACACTGACTGCTCTTCCAGAGATCT  333

seq1  GAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTTTAGTAGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTTTAGTAGG  383

seq1  ATCTGATGCCCTCTTCTGGTATGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACACATA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGATGCCCTCTTCTGGTATGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACACATA  433

seq1  GGTAAATAAAATAAATACCTTTTATTATGTATTATTTTAAATTTATTTAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAATAAAATAAATACCTTTTATTATGTATTATTTTAAATTTATTTAT  483

seq1  ATTTTATATGTAAATAGTTATGTAATATTTATATTTTATATTTATAAATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATATGTAAATAGTTATGTAATATTTATATTTTATATTTATAAATT  533

seq1  TTATTATTTATTATTAAAACTCAGTGAAGTTTTAATGAGGCTGAGAGCCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTTATTATTAAAACTCAGTGAAGTTTTAATGAGGCTGAGAGCCC  583

seq1  ATCAAGAAGGTCAACGGAGGCCACTCAGGGGAACACCATTTAACTTGAGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAAGGTCAACGGAGGCCACTCAGGGGAACACCATTTAACTTGAGC  633

seq1  CTCTAGGTGCATCTGAGATAGAGTCCACCCCACATAAAATGCAGCGGGAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGGTGCATCTGAGATAGAGTCCACCCCACATAAAATGCAGCGGGAA  683

seq1  GTCTGGGTGTGAAGACCAATAGAAAGGGCTATGGCCAGGACACGCTGGAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGGTGTGAAGACCAATAGAAAGGGCTATGGCCAGGACACGCTGGAC  733

seq1  ATAATAAACACAATGCAAAGATAAGTCTCCTGTGTACAGTAAAAACAGCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAACACAATGCAAAGATAAGTCTCCTGTGTACAGTAAAAACAGCT  783

seq1  GAGTCACACACACCACCCATTTTTTCCCTCCCTGGGCAACCTTGGAAGAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCACACACACCACCCATTTTTTCCCTCCCTGGGCAACCTTGGAAGAC  833

seq1  CATGCTCTAAGAGAGCAGAGGCCAGATGGCACCCACAGATCAGCTTGTAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCTAAGAGAGCAGAGGCCAGATGGCACCCACAGATCAGCTTGTAA  883

seq1  AGTGGGCACATTTGCCCCAGCTTGCACAGTGCCCAGCCATTTGGCTTCAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGCACATTTGCCCCAGCTTGCACAGTGCCCAGCCATTTGGCTTCAG  933

seq1  CCATCCTGTCTTGAGTCTGAAGATGCTACACTGAGCTTCCAATGGGTTTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGTCTTGAGTCTGAAGATGCTACACTGAGCTTCCAATGGGTTTG  983

seq1  CTACAAGAGGCTTATTAGTTACTTCCGGACAGCGAAAACTTAAGCAAACC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGAGGCTTATTAGTTACTTCCGGACAGCGAAAACTTAAGCAAACC  1033

seq1  TGGGGAACTTGAGGCTCTGACAGCTGAATTC  1126
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAACTTGAGGCTCTGACAGCTGAATTC  1064