BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197L04
Chromosome5 (Build37)
Map Location 96,226,406 - 96,382,793
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665943, LOC433921
Upstream geneLOC100041179, LOC624655, LOC100041166, LOC665469, LOC622894, EG666121, LOC666125, EG666133, LOC100041296, LOC100041253, LOC100041264, EG624049, EG666159, LOC666164, EG666169, D5Ertd577e, LOC100041354, LOC100040503, LOC666187, EG622731, LOC100041380, EG666203, EG666209
Downstream geneCxcl13, EG666231, Cnot6l, LOC100040559, Mrpl1, Fras1, Anxa3, EG666266
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197L04.bB6Ng01-197L04.g
ACCGA019494GA019495
length1,1171,118
definitionB6Ng01-197L04.b B6Ng01-197L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,226,406 - 96,227,530)(96,381,667 - 96,382,793)
sequence
gaattcactgtgcccagtttgcctttgcctccagagtgcagggattaaag
gtgtttgccacaattccttttacaaatttaattctcttaaagatttagcc
tggcagtggtggcacacgcctttattcccaactcaacacttgaaaggcaa
aggcagacagacttcttagttcaaggacagcctggtcttagcttgagttc
caggacagccagacctacacagagaaaccctgtctcaaaaaaaacaaaac
aaaagcgttttcttcactgtgttttggtgtttttcctacatgtatgaatg
ttcagcacatgcttgcctggtgtccaagaaggtcagatggagttttcagg
tttctggaaactggagttacagatcatttcaagtcaccatgtaggtgttc
agaatagagtattaataggtgctcattattggggagcaaactcttcagca
cacggctcactcctgatttcatcttgggcaagcatgctggtcagatccta
cctgacacattatctgttttctgtcagccaaaggcagcatctccctcaga
ccctccaatttctgttgctctttaggtctatttagaagtagacccaaatg
taagctcaggctgtccttctatttacaatatggctgatgatggctttgaa
tttattcccctgcttccaactcttgaactgtgagtttccaggcatagcca
ttatgtctgctgcatacagtgctggagagaggaatggctgtatgctgggt
agctccttacaaactgagtgcacacccagcacacttggacactgttaatg
gaatcagacaatgctccttcctctaacatttatgtaggtgctactgcagt
ttattgaaaaagcatccatttcaggccttgagctccagaacatactcctt
tctattaaaactctttgtcctagatccagtgacaataatatcgatgaatt
attttctgtctattatcatcatagattaaccctgatctgaggcaaatcag
actgacttttgtgcacatgaataaatgggcccaggtgtgtgtttctcaac
attaatcctagcagcagactatgctgaggcagagatgtctagaactagaa
gtttagaaacatccctg
gaattcacatgatatgcactcactgataagtggttattagcccagaagct
cggaatacccaagacacaatttgcaaaacacatgaaactcaagaataagg
aagaccaaagtgtggatactttcttcctccttagaatggggaacaaaata
cccatggaaggagttacagagacaaagtttggagctgagatggaaggaaa
aaccatccagagactgccccacccgggatccatcccataatcagccatca
aacacagacactattgcatatgccagcaagattttgttgaaaggaccctg
atatagctgtctcttgtgaggctatgccagtgcctggcaaatacagaagt
ggacgctcacagtcatctattaaatggaacacggggcccccaatggagaa
gctagagaaagaacccaaggagatgaagaggtctgtatcctataggagga
acaataatatgaaccaactagtacctccatctgcttctatacactccata
tccctccctctcttctctcacacacccctttgcctctgtcctttgctgtt
tgaaataaatggttcagtctgttgtggtcagtatccagtcccgtctcttc
ctcctgtctacttaagctgcctcagaaatctaacagtttgattaaaaaag
ccaccagggctgaggggtgattccagagaactcctgagtttgagttttag
tcccttcatactcagaattctgtttttatgctatcctttctgcttcaaga
cgggattgggggtcgggcagttctgatagccagattgcctcagaatcaga
ttctctaataccatttagagtagatgtatgcattctaaaatcttagaagc
ccaggaacaagaaaatttgagcagataggaccaaatcaatacgttttatt
tttaaatttttaatttgtagtatgtgtttgtgtgtgcatgcacacatgtg
ctcatgaatatgtgtagtatttgtgtaccctgcagatgtttgtagtcaga
gacaattgcagaaacggttcctcttcctacagtgtgggtccaggactgac
tcaagtggcagcttgcagcagcagcctgtaacttgctgagcaattcagcg
acctaaagtcctttattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_96226406_96227530
seq2: B6Ng01-197L04.b_47_1163

seq1  GAATTCACTGTGCCCAGTTTGCCTTTGCCTCCAGAGTGCAGGGATTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGCCCAGTTTGCCTTTGCCTCCAGAGTGCAGGGATTAAAG  50

seq1  GTGTTTGCCACAATTCCTTTTACAAATTTAATTCTCTTAAAGATTTAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGCCACAATTCCTTTTACAAATTTAATTCTCTTAAAGATTTAGCC  100

seq1  TGGCAGTGGTGGCACACGCCTTTATTCCCAACTCAACACTTGAAAGGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGTGGTGGCACACGCCTTTATTCCCAACTCAACACTTGAAAGGCAA  150

seq1  AGGCAGACAGACTTCTTAGTTCAAGGACAGCCTGGTCTTAGCTTGAGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGACAGACTTCTTAGTTCAAGGACAGCCTGGTCTTAGCTTGAGTTC  200

seq1  CAGGACAGCCAGACCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAACAAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACAGCCAGACCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAACAAAAC  250

seq1  AAAAGCGTTTTCTTCACTGTGTTTTGGTGTTTTTCCTACATGTATGAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCGTTTTCTTCACTGTGTTTTGGTGTTTTTCCTACATGTATGAATG  300

seq1  TTCAGCACATGCTTGCCTGGTGTCCAAGAAGGTCAGATGGAGTTTTCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCACATGCTTGCCTGGTGTCCAAGAAGGTCAGATGGAGTTTTCAGG  350

seq1  TTTCTGGAAACTGGAGTTACAGATCATTTCAAGTCACCATGTAGGTGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGAAACTGGAGTTACAGATCATTTCAAGTCACCATGTAGGTGTTC  400

seq1  AGAATAGAGTATTAATAGGTGCTCATTATTGGGGAGCAAACTCTTCAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGAGTATTAATAGGTGCTCATTATTGGGGAGCAAACTCTTCAGCA  450

seq1  CACGGCTCACTCCTGATTTCATCTTGGGCAAGCATGCTGGTCAGATCCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGCTCACTCCTGATTTCATCTTGGGCAAGCATGCTGGTCAGATCCTA  500

seq1  CCTGACACATTATCTGTTTTCTGTCAGCCAAAGGCAGCATCTCCCTCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACACATTATCTGTTTTCTGTCAGCCAAAGGCAGCATCTCCCTCAGA  550

seq1  CCCTCCAATTTCTGTTGCTCTTTAGGTCTATTTAGAAGTAGACCCAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCAATTTCTGTTGCTCTTTAGGTCTATTTAGAAGTAGACCCAAATG  600

seq1  TAAGCTCAGGCTGTCCTTCTATTTACAATATGGCTGATGATGGCTTTGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTCAGGCTGTCCTTCTATTTACAATATGGCTGATGATGGCTTTGAA  650

seq1  TTTATTCCCCTGCTTCCAACTCTTGAACTGTGAGTTTCCAGGCATAGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCCCCTGCTTCCAACTCTTGAACTGTGAGTTTCCAGGCATAGCCA  700

seq1  TTATGTCTGCTGCATACAGTGCTGGAGAGAGGAATGGCTGTATGCTGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTCTGCTGCATACAGTGCTGGAGAGAGGAATGGCTGTATGCTGGGT  750

seq1  AGCTCCTTACAAACTGAGTGCACACCCAGCACACTTGGACACTGTTAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCTTACAAACTGAGTGCACACCCAGCACACTTGGACACTGTTAATG  800

seq1  GAATCAGACAATGCTCCTTCCTCTAACATTTATGTAGGTGCTACTGCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGACAATGCTCCTTCCTCTAACATTTATGTAGGTGCTACTGCAGT  850

seq1  TTATTGAAAAAGCATCCAATTCAGGCCTTGAGCTCCAGAACATACTCCTT  900
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAAAAAGCATCCATTTCAGGCCTTGAGCTCCAGAACATACTCCTT  900

seq1  TCTATTAAAAACTCTTTGTCCTAGATCCAGTGACAATAATATCGATGAAT  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATT-AAAACTCTTTGTCCTAGATCCAGTGACAATAATATCGATGAAT  949

seq1  TATTTTCTGTCTATTATCATCAATAGATTAAACCCTGATCTGAGGCAAAT  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTGTCTATTATCATC-ATAGATT-AACCCTGATCTGAGGCAAAT  997

seq1  CAGACTGAC-TTTGTGCACATGAATAAAATTGGCCCAGGTGTGGTGTTTC  1049
      ||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||
seq2  CAGACTGACTTTTGTGCACATGAAT-AAATGGGCCCAGGTGT-GTGTTTC  1045

seq1  TCAACATTAATCCTAGCAGCAAGAACTATGCTGAGGCAGGAGGATTGCTA  1099
      |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||   |||  |||
seq2  TCAACATTAATCCTAGCAGCA--GACTATGCTGAGGCAG--AGATGTCTA  1091

seq1  GAACTTAGAGTTTAGAAACAACCCTG  1125
      |||||   |||||||||||| |||||
seq2  GAACTAGAAGTTTAGAAACATCCCTG  1117

seq1: chr5_96381667_96382793
seq2: B6Ng01-197L04.g_69_1186 (reverse)

seq1  AAATAAAGACCTTTAGGCTGCTGAAATGGCTCAGCAAG-TACAGGCTGCT  49
      ||||||||  |||||||  |||| ||| |||||||||| |||||||||||
seq2  AAATAAAGGACTTTAGGTCGCTG-AATTGCTCAGCAAGTTACAGGCTGCT  49

seq1  GCTGCCAAGCCTGGCCACCTGAGTTCAGTTCCTGGAACCCACACTGTAGG  99
      |||| |||||   ||||| |||| |||| |||||| ||||||||||||||
seq2  GCTG-CAAGC--TGCCACTTGAG-TCAG-TCCTGG-ACCCACACTGTAGG  93

seq1  AAGAGAACCCGTTTCTGCAATTGTCTTCTGACCTACAAACATCTGCCAGG  149
      ||||| | ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||
seq2  AAGAGGAACCGTTTCTGCAATTGTC-TCTGA-CTACAAACATCTG-CAGG  140

seq1  GTACACAAATACCTACACATATTCATGAGCACATGTGTGCATGCACACAC  199
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACAAATA-CTACACATATTCATGAGCACATGTGTGCATGCACACAC  189

seq1  AAACACATACTACAAATTAAAAATTTAAAAATAAAACGTATTGATTTGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACATACTACAAATTAAAAATTTAAAAATAAAACGTATTGATTTGGT  239

seq1  CCTATCTGCTCAAA-TTTCTTGTTCCTGGGCTTCTAAGATTTTAGAATGC  298
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTGCTCAAATTTTCTTGTTCCTGGGCTTCTAAGATTTTAGAATGC  289

seq1  ATACATCTACTCTAAATGGTATTAGAGAATCTGATTCTGAGGCAATCTGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCTACTCTAAATGGTATTAGAGAATCTGATTCTGAGGCAATCTGG  339

seq1  CTATCAGAACTGCCCGACCCCCAATCCCGTCTTGAAGCAGAAAGGATAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAGAACTGCCCGACCCCCAATCCCGTCTTGAAGCAGAAAGGATAGC  389

seq1  ATAAAAACAGAATTCTGAGTATGAAGGGACTAAAACTCAAACTCAGGAGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAACAGAATTCTGAGTATGAAGGGACTAAAACTCAAACTCAGGAGT  439

seq1  TCTCTGGAATCACCCCTCAGCCCTGGTGGCTTTTTTAATCAAACTGTTAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGAATCACCCCTCAGCCCTGGTGGCTTTTTTAATCAAACTGTTAG  489

seq1  ATTTCTGAGGCAGCTTAAGTAGACAGGAGGAAGAGACGGGACTGGATACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGAGGCAGCTTAAGTAGACAGGAGGAAGAGACGGGACTGGATACT  539

seq1  GACCACAACAGACTGAACCATTTATTTCAAACAGCAAAGGACAGAGGCAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACAACAGACTGAACCATTTATTTCAAACAGCAAAGGACAGAGGCAA  589

seq1  AGGGGTGTGTGAGAGAAGAGAGGGAGGGATATGGAGTGTATAGAAGCAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGTGTGAGAGAAGAGAGGGAGGGATATGGAGTGTATAGAAGCAGA  639

seq1  TGGAGGTACTAGTTGGTTCATATTATTGTTCCTCCTATAGGATACAGACC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTACTAGTTGGTTCATATTATTGTTCCTCCTATAGGATACAGACC  689

seq1  TCTTCATCTCCTTGGGTTCTTTCTCTAGCTTCTCCATTGGGGGCCCCGTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATCTCCTTGGGTTCTTTCTCTAGCTTCTCCATTGGGGGCCCCGTG  739

seq1  TTCCATTTAATAGATGACTGTGAGCGTCCACTTCTGTATTTGCCAGGCAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTAATAGATGACTGTGAGCGTCCACTTCTGTATTTGCCAGGCAC  789

seq1  TGGCATAGCCTCACAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCAACAAAATC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATAGCCTCACAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCAACAAAATC  839

seq1  TTGCTGGCATATGCAATAGTGTCTGTGTTTGATGGCTGATTATGGGATGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGCATATGCAATAGTGTCTGTGTTTGATGGCTGATTATGGGATGG  889

seq1  ATCCCGGGTGGGGCAGTCTCTGGATGGTTTTTCCTTCCATCTCAGCTCCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGGGTGGGGCAGTCTCTGGATGGTTTTTCCTTCCATCTCAGCTCCA  939

seq1  AACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGGTATTTTGTTCCCCATTCTAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCATGGGTATTTTGTTCCCCATTCTAAG  989

seq1  GAGGAAGAAAGTATCCACACTTTGGTCTTCCTTATTCTTGAGTTTCATGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGAAAGTATCCACACTTTGGTCTTCCTTATTCTTGAGTTTCATGT  1039

seq1  GTTTTGCAAATTGTGTCTTGGGTATTCCGAGCTTCTGGGCTAATAACCAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCAAATTGTGTCTTGGGTATTCCGAGCTTCTGGGCTAATAACCAC  1089

seq1  TTATCAGTGAGTGCATATCATGTGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGTGAGTGCATATCATGTGAATTC  1118