BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197M12
Chromosome5 (Build37)
Map Location 37,413,741 - 37,588,640
singlet/doubletdoublet
Overlap geneJakmip1, EG330070, Gm1043
Upstream geneSorcs2, 2310020A21Rik, Grpel1, Ccdc96, Tbc1d14, D5Ertd579e, LOC100040278, LOC100040825, Cno, Mrfap1, Man2b2, Ppp2r2c, Wfs1
Downstream geneLOC100040936, Crmp1, Evc, Evc2, LOC100040355, LOC100040988, Stk32b, Cytl1, Msx1, Stx18, Nsg1, LOC100040397
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197M12.bB6Ng01-197M12.g
ACCGA019558GA019559
length1,1401,141
definitionB6Ng01-197M12.b B6Ng01-197M12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,587,494 - 37,588,640)(37,413,741 - 37,414,863)
sequence
gaattccctgtctgttctcaaactgaaaaccaacacatattaagaccaag
cccacaggctctggctacgtactgacatacctcggtttctcgtcattgtc
cctgtgcaaccttccaggagagaacagagcagggcagggacctctgacct
tcctttcaagaggggaaaaggcacctgaggaagagcctgggacgggagct
ggaaggtgaggtctaaggacctcagtgtggccttgccatgtgtcaccctg
tgcagggtgactatgaagctgtcacagtggaccggtccttcttagagctg
cacacaggaaatccttctatcactgcctttgtaccaaagtgggtctgcaa
ggcacacggcacctttccagctaaaaccgcaaccgcaagcccttttaaag
acaaagacgaaagcactccccactcactgagggctgagagcaagcccgat
ttcttaaagtgctctcagaagactctgcttcaaatatttatggaggctgt
gaagtggccccggagagtgagtggccctgtcaactccacgcctgctgcag
tgatttattggcttgggaattgcttcagacactctctgagtgcttggtgg
aaagccagcatcctccaggagttgcagaatggcaagaggctgctggctag
gaagagagggtgggatattttgcctccaccccttagacacgatggggaaa
gctgtttccccactgctgggcactacccagaatccaggctgagcccgaag
acagagacagctggagaagggaaagcagaagtctctgtgtcccttgatgg
tggtttctgtgatcacacctcttagcccaggaagatatagcaatgacaag
tattgcttacccagcacttttctgtgctggcatcaactgtgaccgttcta
aaagggccatcgtcaccgagccacagcccaaggacatggagatggcgacc
agttgggctgtcatacccttgccattggagcagtgctggcgtacaggcat
tgggctgtggcagaagtgaagtgaaggcttttgttctcaatgacagagaa
cacacccttcaacggtagtcgtgtctcctgcatgtaatcctcatgcgctg
tcccatgtcactaatgtgcacccacccctggtctggatcc
gaattctttacagaaatctttaacagggttttacaaagcaagaagtaact
tggttaactcagttaaccctgagaagaactcagaactgcaaacagatatt
atcaacctgtatctaaacatttgtgggacattggttaaggttgctttcaa
tgtattggctgcttcccgaaaacgatgaccacaacacacaagtaacacat
atacattgttctggggatggaagagtatgtaagataaaattaaagctatg
attggtttagcttgtagaagggatagtcagtttggttacattgttccctt
caagggaggttaatcttaacatctaagcacacaatagcagagcaggttaa
gtcttgagccatctcaaggcataacattaatttggatgcaaggtccagtg
aaagttcagtctcttttaaggcaaaagatagttttagaaaatgtgtcact
acagactgcacagtaagtttaaagccagcctggaatacgcaaggcactat
ttcaaaataacttacagggacagacaaccctttcctggtgacactgcagc
acacagtgacatgggttgatggtgggaactaggaaagcaagagggacatg
gtacagggtcctaggaacagctattaagaacaaacttcgccgggcagtgg
tggcgcatgcctttaatgccagcactcgggaggcagaggcaggcggattt
ctgaatttgaggccagcctggtctacaaagtgagttccaggacagccagg
gctataccctgtctcaaaacaaaacaaaacaaaacaaacaaaacaaaaca
aaaccaaagaacaaaatctctacctagaagctgacagctgtctctaggaa
gacgttcccctgaaacagaaattctggcatgtatggaagagtgtttcctg
tcattgaccctggctggcagcagtgaagatgctggcgtccaagaggaagt
gcttcagtagtgcggagcacagcccatcggaagatgaattaagagaccct
acagcactggagggaatttcctaaggtgctgatgttgtgtcagaagggag
acccgaaacaatacggcttaatgtctcaacattagaggaacttacttggc
tattctgacattccaagtttccccataatcgtgacaacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_37587494_37588640
seq2: B6Ng01-197M12.b_47_1186 (reverse)

seq1  GGATCCAGGACAGGGGGTGGGGTGCACATTTAGTGGCCATGGGGACAGCG  50
      ||||||||  ||||||   ||||||||| ||||| | ||| |||||||| 
seq2  GGATCCAGACCAGGGG--TGGGTGCACA-TTAGT-GACAT-GGGACAGC-  44

seq1  GCATGA-GATTACCATGCAGGAGACACCGACTACCCGTGTGAAGGGTGTG  99
      |||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||
seq2  GCATGAGGATTA-CATGCAGGAGACA-CGACTA-CCGT-TGAAGGGTGTG  90

seq1  TTCTCCTGTCATTGAGAACAAAAGCCTTCACTTCCACTCTGCCACCAGCC  149
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||
seq2  TTCT-CTGTCATTGAGAACAAAAGCCTTCACTTCACTTCTGCCA-CAGCC  138

seq1  CAATGCCTGTACGCCAGCACTTGCT-CAATGGC-AGGGTATGACAGCCCA  197
      |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAATGCCTGTACGCCAGCAC-TGCTCCAATGGCAAGGGTATGACAGCCCA  187

seq1  ACTGGTCGCCATCTCCATGTCCTT-GGCTGTGGCTCGGTGACGATGG-CC  245
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTGGTCGCCATCTCCATGTCCTTGGGCTGTGGCTCGGTGACGATGGCCC  237

seq1  TTTTAGAACGGTCACAGTTGATGCCAGCACAG-AAAGTGCTGGGTAAGCA  294
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAACGGTCACAGTTGATGCCAGCACAGAAAAGTGCTGGGTAAGCA  287

seq1  ATACTTGTCATTGCTATATCTTCCTGGGCTAAGAGGTGTGATCACAGAAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGTCATTGCTATATCTTCCTGGGCTAAGAGGTGTGATCACAGAAA  337

seq1  CCACCATCAAGGGACACAGAGACTTCTGCTTTCCCTTCTCCAGCTGTCTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATCAAGGGACACAGAGACTTCTGCTTTCCCTTCTCCAGCTGTCTC  387

seq1  TGTCTTCGGGCTCAGCCTGGATTCTGGGTAGTGCCCAGCAGTGGGGAAAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCGGGCTCAGCCTGGATTCTGGGTAGTGCCCAGCAGTGGGGAAAC  437

seq1  AGCTTTCCCCATCGTGTCTAAGGGGTGGAGGCAAAATATCCCACCCTCTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCCCCATCGTGTCTAAGGGGTGGAGGCAAAATATCCCACCCTCTC  487

seq1  TTCCTAGCCAGCAGCCTCTTGCCATTCTGCAACTCCTGGAGGATGCTGGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGCCAGCAGCCTCTTGCCATTCTGCAACTCCTGGAGGATGCTGGC  537

seq1  TTTCCACCAAGCACTCAGAGAGTGTCTGAAGCAATTCCCAAGCCAATAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACCAAGCACTCAGAGAGTGTCTGAAGCAATTCCCAAGCCAATAAA  587

seq1  TCACTGCAGCAGGCGTGGAGTTGACAGGGCCACTCACTCTCCGGGGCCAC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCAGCAGGCGTGGAGTTGACAGGGCCACTCACTCTCCGGGGCCAC  637

seq1  TTCACAGCCTCCATAAATATTTGAAGCAGAGTCTTCTGAGAGCACTTTAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGCCTCCATAAATATTTGAAGCAGAGTCTTCTGAGAGCACTTTAA  687

seq1  GAAATCGGGCTTGCTCTCAGCCCTCAGTGAGTGGGGAGTGCTTTCGTCTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCGGGCTTGCTCTCAGCCCTCAGTGAGTGGGGAGTGCTTTCGTCTT  737

seq1  TGTCTTTAAAAGGGCTTGCGGTTGCGGTTTTAGCTGGAAAGGTGCCGTGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTAAAAGGGCTTGCGGTTGCGGTTTTAGCTGGAAAGGTGCCGTGT  787

seq1  GCCTTGCAGACCCACTTTGGTACAAAGGCAGTGATAGAAGGATTTCCTGT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCAGACCCACTTTGGTACAAAGGCAGTGATAGAAGGATTTCCTGT  837

seq1  GTGCAGCTCTAAGAAGGACCGGTCCACTGTGACAGCTTCATAGTCACCCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCTCTAAGAAGGACCGGTCCACTGTGACAGCTTCATAGTCACCCT  887

seq1  GCACAGGGTGACACATGGCAAGGCCACACTGAGGTCCTTAGACCTCACCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGGGTGACACATGGCAAGGCCACACTGAGGTCCTTAGACCTCACCT  937

seq1  TCCAGCTCCCGTCCCAGGCTCTTCCTCAGGTGCCTTTTCCCCTCTTGAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTCCCGTCCCAGGCTCTTCCTCAGGTGCCTTTTCCCCTCTTGAAA  987

seq1  GGAAGGTCAGAGGTCCCTGCCCTGCTCTGTTCTCTCCTGGAAGGTTGCAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTCAGAGGTCCCTGCCCTGCTCTGTTCTCTCCTGGAAGGTTGCAC  1037

seq1  AGGGACAATGACGAGAAACCGAGGTATGTCAGTACGTAGCCAGAGCCTGT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACAATGACGAGAAACCGAGGTATGTCAGTACGTAGCCAGAGCCTGT  1087

seq1  GGGCTTGGTCTTAATATGTGTTGGTTTTCAGTTTGAGAACAGACAGGGAA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTGGTCTTAATATGTGTTGGTTTTCAGTTTGAGAACAGACAGGGAA  1137

seq1  TTC  1147
      |||
seq2  TTC  1140

seq1: chr5_37413741_37414863
seq2: B6Ng01-197M12.g_77_1206

seq1  AGAAATCTTTAACAGGGTTTTACAAAGCAAGAAGTAACTTGGTTAACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCTTTAACAGGGTTTTACAAAGCAAGAAGTAACTTGGTTAACTCA  50

seq1  GTTAACCCTGAGAAGAACTCAGAACTGCAAACAGATATTATCAACCTGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACCCTGAGAAGAACTCAGAACTGCAAACAGATATTATCAACCTGTA  100

seq1  TCTAAACATTTGTGGGACATTGGTTAAGGTTGCTTTCAATGTATTGGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAACATTTGTGGGACATTGGTTAAGGTTGCTTTCAATGTATTGGCTG  150

seq1  CTTCCCGAAAACGATGACCACAACACACAAGTAACACATATACATTGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCGAAAACGATGACCACAACACACAAGTAACACATATACATTGTTC  200

seq1  TGGGGATGGAAGAGTATGTAAGATAAAATTAAAGCTATGATTGGTTTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATGGAAGAGTATGTAAGATAAAATTAAAGCTATGATTGGTTTAGC  250

seq1  TTGTAGAAGGGATAGTCAGTTTGGTTACATTGTTCCCTTCAAGGGAGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGAAGGGATAGTCAGTTTGGTTACATTGTTCCCTTCAAGGGAGGTT  300

seq1  AATCTTAACATCTAAGCACACAATAGCAGAGCAGGTTAAGTCTTGAGCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTAACATCTAAGCACACAATAGCAGAGCAGGTTAAGTCTTGAGCCA  350

seq1  TCTCAAGGCATAACATTAATTTGGATGCAAGGTCCAGTGAAAGTTCAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGGCATAACATTAATTTGGATGCAAGGTCCAGTGAAAGTTCAGTC  400

seq1  TCTTTTAAGGCAAAAGATAGTTTTAGAAAATGTGTCACTACAGACTGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTAAGGCAAAAGATAGTTTTAGAAAATGTGTCACTACAGACTGCAC  450

seq1  AGTAAGTTTAAAGCCAGCCTGGAATACGCAAGGCACTATTTCAAAATAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTTTAAAGCCAGCCTGGAATACGCAAGGCACTATTTCAAAATAAC  500

seq1  TTACAGGGACAGACAACCCTTTCCTGGTGACACTGCAGCACACAGTGACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGGACAGACAACCCTTTCCTGGTGACACTGCAGCACACAGTGACA  550

seq1  TGGGTTGATGGTGGGAACTAGGAAAGCAAGAGGGACATGGTACAGGGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGATGGTGGGAACTAGGAAAGCAAGAGGGACATGGTACAGGGTCC  600

seq1  TAGGAACAGCTATTAAGAACAAACTTCGCCGGGCAGTGGTGGCGCATGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACAGCTATTAAGAACAAACTTCGCCGGGCAGTGGTGGCGCATGCC  650

seq1  TTTAATGCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAATTTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAATTTGAG  700

seq1  GCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACCCTG  750

seq1  TCTCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACCAAAGA  800
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAACAAAACAAAACAAAAC-AAACAAAACAAAACAAAACCAAAGA  799

seq1  ACAAAATCTCTACCTAGAAGCTGACAGCTGTCTCTAGGAAGACGTTCCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATCTCTACCTAGAAGCTGACAGCTGTCTCTAGGAAGACGTTCCCC  849

seq1  TGAAACAGAAATTCTGGCATGTATGGAAGAGTGTTTCCTGTCATTGACCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACAGAAATTCTGGCATGTATGGAAGAGTGTTTCCTGTCATTGACCC  899

seq1  TGGCTGGCAGCAGTGAAGATGCTGGCGTCCAAGAGGAAGTGC-TCAGTAG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TGGCTGGCAGCAGTGAAGATGCTGGCGTCCAAGAGGAAGTGCTTCAGTAG  949

seq1  TGCGGAGCACAGCCCATCGGAAGATGAATT-AGAGACCCTACAGCACTGG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGCGGAGCACAGCCCATCGGAAGATGAATTAAGAGACCCTACAGCACTGG  999

seq1  AGGGAATTTCCTAAGGTGCTGATGTGTGTG-CAG-AGGGAGAACCAGAAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||  |||
seq2  AGGGAATTTCCTAAGGTGCTGATGT-TGTGTCAGAAGGGAGACCCGAAAC  1048

seq1  AATACGGC-TAATGTCTCAGCATTAGAGG-ACTTACCTGGCCTATCTGAC  1094
      |||||||| |||||||||| ||||||||| |||||| ||||   ||||||
seq2  AATACGGCTTAATGTCTCAACATTAGAGGAACTTACTTGGCTATTCTGAC  1098

seq1  ATT-CAAGTTCCCCC--AGTACTGACAACAAA  1123
      ||| |||||| ||||  | |  ||||||||||
seq2  ATTCCAAGTTTCCCCATAATCGTGACAACAAA  1130