BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197P01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 86,196,488 - 86,329,343
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneCenpc1, LOC100039521, AI586015, Ube1l2, Gnrhr, Tmprss11c, Tmprss11d, Tmprss11a, 9930032O22Rik, Tmprss11f, Tmprss11b, Tmprss11e, A730098D12Rik, LOC622056, Ugt2b34
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197P01.bB6Ng01-197P01.g
ACCGA019668GA019669
length7591,028
definitionB6Ng01-197P01.b B6Ng01-197P01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,196,488 - 86,197,240)(86,328,333 - 86,329,343)
sequence
gaattccacattcaatcagaggccctgtcccaacacagtggagagccttg
acaacaccaggcctgcacacacacataaacacacacacacacactcccac
actcatgcctgttcacatatacacacacacacatgctcatattcacacat
tcatgcatgatgctccctctctctctctctctctctctctcatacacaca
cacaaatgcaccttcaaaagcatgcacactcacatatgcatatatgcaca
cacacatgaactcctttggagaagtttctatttaattgcatgccagtaaa
tagcaaagcagtaccacgaacacttcacagaaggcctagctggtacaatg
acacaaaataaataaatattcaaataagtcaaaatgttatttgaaaaata
tataactgcataaaaataaaaatagattgctaaaattaagaatgtgacaa
tatatgaataaataccatcgaaaaactcaacagtctacctctaagaaact
tcacttgcatcatatatactcgtcaaacttatgtaagcttctatagagta
tgtgagctagcctattaaacccactatcaagagacatatgaacttaatgg
gatttaatagacattcaaaaataccatgtagatatagtgatatgccaaac
acagaatgaatgagtgggtacgtggaatatgtgtgtgtgtgtgtgtgttt
acagagccttttcatcctagactcttgttttggccctgtgaatgttttta
attagtgaa

gaattctaatgtctcaggtactccaattaagatatttatttgttatggca
atctttactatgagagagtgataactgggcattttgacagactggatact
cttgttgtgttgggtggtgctttttttttgtacaaatttacatgtagcta
ctctgtttcagccttgagcaagcttccttatgttttccatgatagacaat
gcactcagccctggcagacatcaaataaagctaagatgacagataacctg
tggaagaagaactgcaagattccagatggtggggatagtgcaacctaatt
acccatgtctctcctcggtcatcttctcaaagggctcagaaaagtttcct
tcttaaagaaattgagaattacaatggtgttaagatgtgcagtagcaggt
gtattagttttctgtggataccaaaacaaaattccacagaccacctggct
gaagagcaatatattttctcctagttctctagaatcttgttgatcacaag
actgttgcatgtcatttttttttttttctgtgcgcgtgcatactcagtat
ctctagagacatccagttttctcttctctagtcagattgtgttagggaac
atccttaaagttcttgtttaaattcacttctcttttaaaggatctgatct
ccaaacagggctgcaggttgatgtatttgctggttataatgggtctcaaa
agagattcttaaagagacacaattctgcctgtgaccataaaaatccactg
tagactgggaacaaggatgaaatatggctcctgtttttgttttagatctt
tgattttcaataaatgtcctatggtctgtgattgtcaataagatagttgc
tagaatccaagaagaactttccccaaacttagtgtggagctaaataaggg
ataatcatcaacatggatttggactgctgagatcttcgtacggggctacc
cggattatgggtattttgtgttaaattctaatggagccagattcattagg
ggctctttttgatcctttataccttaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_86196488_86197240
seq2: B6Ng01-197P01.b_43_801

seq1  GAATTCCACATTCAATCAGAGGCCCTGTCCCAACACAGTGGAGAGCCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACATTCAATCAGAGGCCCTGTCCCAACACAGTGGAGAGCCTTG  50

seq1  ACAACACCAGGCCTGCACACACACATAAACACACACACACACACTCCCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACACCAGGCCTGCACACACACATAAACACACACACACACACTCCCAC  100

seq1  ACTCATGCCTGTTCACATATACACACACACACATGCTCATATTCACACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGCCTGTTCACATATACACACACACACATGCTCATATTCACACAT  150

seq1  TCATGCATGATGCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATACACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCATGATGCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATACACACA  200

seq1  CACAAATGCACCTTCAAAAGCATGCACACTCACATATGCATATATGCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATGCACCTTCAAAAGCATGCACACTCACATATGCATATATGCACA  250

seq1  CACACATGAACTCCTTTGGAGAAGTTTCTATTTAATTGCATGCCAGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATGAACTCCTTTGGAGAAGTTTCTATTTAATTGCATGCCAGTAAA  300

seq1  TAGCAAAGCAGTACCACGAACACTTCACAGAAGGCCTAGCTGGTACAATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAAGCAGTACCACGAACACTTCACAGAAGGCCTAGCTGGTACAATG  350

seq1  ACACAAAATAAATAAATATTCAAATAAGTCAAAATGTTATTTGAAAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAATAAATAAATATTCAAATAAGTCAAAATGTTATTTGAAAAATA  400

seq1  TATAACTGCATAAAAATAAAAATAGATTGCTAAAATTAAGAATGTGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTGCATAAAAATAAAAATAGATTGCTAAAATTAAGAATGTGACAA  450

seq1  TATATGAATAAATACCATCGAAAAACTCAACAGTCTACCTCTAAGAAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGAATAAATACCATCGAAAAACTCAACAGTCTACCTCTAAGAAACT  500

seq1  TCACTTGCATCATATATACTCGTCAAACTTATGTAAGCTTCTATAGAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGCATCATATATACTCGTCAAACTTATGTAAGCTTCTATAGAGTA  550

seq1  TGTGAGCTAGCCTATTAAACCCACTATCAAGAGACATATGAACTTAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCTAGCCTATTAAACCCACTATCAAGAGACATATGAACTTAATGG  600

seq1  GATTTAATAGACATTCAAAAATACCATGTAGATATAGTGATATGCCAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAATAGACATTCAAAAATACCATGTAGATATAGTGATATGCCAAAC  650

seq1  ACAGAATGAATGAGTGGGTACGTGGAATATGTGTGTGTGTGTGTGTG-TT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACAGAATGAATGAGTGGGTACGTGGAATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTTT  700

seq1  ACAGAGCCTTTTCATCCTAGACTCTTGTTT--GGCCTGTG-ATGTTTT--  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||  
seq2  ACAGAGCCTTTTCATCCTAGACTCTTGTTTTGGCCCTGTGAATGTTTTTA  750

seq1  AATAGTGAA  753
      | |||||||
seq2  ATTAGTGAA  759


seq1: chr5_86328333_86329343
seq2: B6Ng01-197P01.g_65_1092 (reverse)

seq1  TTTAAGTTATAAA-GATCAAATAGAG-CCCTAATG-ATCT-GCT-CATTA  45
      |||||| |||||| ||||||| |||| |||||||| |||| ||| |||||
seq2  TTTAAGGTATAAAGGATCAAAAAGAGCCCCTAATGAATCTGGCTCCATTA  50

seq1  G-ATTTAACAC-AAATA-CCATAATC--GGTAGCCCCGTACGAAGATCTC  90
      | ||||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTAACACAAAATACCCATAATCCGGGTAGCCCCGTACGAAGATCTC  100

seq1  AGCAGT-CAAAT-CATGTTGATGATTAT-CCTTATTTTGCT-CACACTAA  136
      |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||
seq2  AGCAGTCCAAATCCATGTTGATGATTATCCCTTATTTAGCTCCACACTAA  150

seq1  GTTTGGGGAAAGTTCTTCTT-GATTCTAGCAACTATC-TATTGACAATCA  184
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTTGGGGAAAGTTCTTCTTGGATTCTAGCAACTATCTTATTGACAATCA  200

seq1  CAGACCATAGGACATTTATTG-AAATCAAAGATCTAAAACAAAAACAGGA  233
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCATAGGACATTTATTGAAAATCAAAGATCTAAAACAAAAACAGGA  250

seq1  GCCATATTTCATCCTTGTTCCCAGTCTACAGTGGATTTTTATGGTCACAG  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATATTTCATCCTTGTTCCCAGTCTACAGTGGATTTTTATGGTCACAG  300

seq1  GCAGAATTGTGTCTCTTTAAGAATCTCTTTTGAGACCCATTATAACCAGC  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATTGTGTCTCTTTAAGAATCTCTTTTGAGACCCATTATAACCAGC  350

seq1  AAATACATCAACCTGCAGCCCTGTTTGGAGATCAGATCCTTTAAAAGAGA  383
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATCAACCTGCAGCCCTGTTTGGAGATCAGATCCTTTAAAAGAGA  400

seq1  AGTGAATTTAAACAAGAACTTTAAGGATGTTCCCTAACACAATCTGACTA  433
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATTTAAACAAGAACTTTAAGGATGTTCCCTAACACAATCTGACTA  450

seq1  GAGAAGAGAAAACTGGATGTCTCTAGAGATACTGAGTATGCACGCGCACA  483
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAGAAAACTGGATGTCTCTAGAGATACTGAGTATGCACGCGCACA  500

seq1  GAAAAAAAAAAAAATGACATGCAACAGTCTTGTGATCAACAAGATTCTAG  533
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAAAAAAAATGACATGCAACAGTCTTGTGATCAACAAGATTCTAG  550

seq1  AGAACTAGGAGAAAATATATTGCTCTTCAGCCAGGTGGTCTGTGGAATTT  583
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTAGGAGAAAATATATTGCTCTTCAGCCAGGTGGTCTGTGGAATTT  600

seq1  TGTTTTGGTATCCACAGAAAACTAATACACCTGCTACTGCACATCTTAAC  633
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGGTATCCACAGAAAACTAATACACCTGCTACTGCACATCTTAAC  650

seq1  ACCATTGTAATTCTCAATTTCTTTAAGAAGGAAACTTTTCTGAGCCCTTT  683
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGTAATTCTCAATTTCTTTAAGAAGGAAACTTTTCTGAGCCCTTT  700

seq1  GAGAAGATGACCGAGGAGAGACATGGGTAATTAGGTTGCACTATCCCCAC  733
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGATGACCGAGGAGAGACATGGGTAATTAGGTTGCACTATCCCCAC  750

seq1  CATCTGGAATCTTGCAGTTCTTCTTCCACAGGTTATCTGTCATCTTAGCT  783
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGAATCTTGCAGTTCTTCTTCCACAGGTTATCTGTCATCTTAGCT  800

seq1  TTATTTGATGTCTGCCAGGGCTGAGTGCATTGTCTATCATGGAAAACATA  833
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGATGTCTGCCAGGGCTGAGTGCATTGTCTATCATGGAAAACATA  850

seq1  AGGAAGCTTGCTCAAGGCTGAAACAGAGTAGCTACATGTAAATTTGTACA  883
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCTTGCTCAAGGCTGAAACAGAGTAGCTACATGTAAATTTGTACA  900

seq1  AAAAAAAAGCACCACCCAACACAACAAGAGTATCCAGTCTGTCAAAATGC  933
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGCACCACCCAACACAACAAGAGTATCCAGTCTGTCAAAATGC  950

seq1  CCAGTTATCACTCTCTCATAGTAAAGATTGCCATAACAAATAAATATCTT  983
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTATCACTCTCTCATAGTAAAGATTGCCATAACAAATAAATATCTT  1000

seq1  AATTGGAGTACCTGAGACATTAGAATTC  1011
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGAGTACCTGAGACATTAGAATTC  1028


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |