BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-199A19
Chromosome5 (Build37)
Map Location 49,701,739 - 49,799,732
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4933428G09Rik, Kcnip4, LOC100041668
Downstream geneLOC100041659, EG433885, LOC666223, Gpr125, EG637307
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-199A19.bB6Ng01-199A19.g
ACCGA020485GA020486
length1,137875
definitionB6Ng01-199A19.b B6Ng01-199A19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,798,599 - 49,799,732)(49,701,739 - 49,702,526)
sequence
gaattcctgtcctgacttcccttaatgatggattgggatctgggagtgta
agccatgtaaaccttttccttccctatataacatccagtcacaatagtta
tcacatcatcagaataaaactaggactgtatttcataatttaactgttaa
aatatgattgtgagatgtgggataaaaagaaatgactttaaggcaccctc
cagcccctgctggtgtgtgaagcatgatgctgctttaaacatctaaatat
tagacattgagttaactgcaaattttctaacctccatgtttcattttttt
ttctcaagatatgtctctttattctggaaatgtatggtgaagtagaataa
aatccagggattgtaaataccattctcctgggctaaaacttggcgaaatc
agacaccccttggcatcactgaacacttgggttttcccagtgggctgtat
cacttcccgtccacagattgtggggaagcaattatcttctttcttctctt
tctacttttgggagaaagttgctgatgtttaataattgagttttcctgag
gtgtctaaaggaaagagcacatgccatcaagaagtatagtaagagcctct
gtatttgtttttcactgtaatttaaaaattgttatgggctatataagaca
caaataatatactatttaaattgaattagcattcaaatcatgcactatct
tctcatctataacagtgaaagctacagatgattttgagaactttaggagc
ctgttaactagtttcataaccaaaggtcaccaaaccctaaagttttatca
attgtgtcagtaccactaataaatacttagtatcctttatagttgaacta
taaagaatgggctatacaagaagcatactagatactgctttgtaatcata
ttatttcctatttttgatgtcaatccatataaagctaattccttggctta
ttaattttcaatgatacaattctactgagtggtgtgaatacacctcattt
catgtttccattatatttttgatcaatgttgattcttgtcttttcttttt
tatttaaactaaaaaacttgaattaaaacattattacagcatttcttccc
ttgcctcccttctgaaatgaatgaagtccttttgttt

gaattctgtcgtctgcttactactaaactgcatttcaagcagctacaaag
tgcagcatatgaagcactatatgtgaaagtgtctaagcataagcatgagt
atgggacggcagaggagaaacctgactattgctgagcctggaccactagt
tcagacactcatctgaagacctagacctaactcagaagcaaagaacacat
tcaaatcctcatgagaaatattgaaatctagtgttaaggtcagatgcctg
actctgggatatatttggtaaggtcttaaaattagagtctgtggagttgc
atgtaagacgggcccaagagtatgagtgtgggagagttggccctcccatt
catctcccatgcagtagcatgaaaaaagagagcgaaatagagatcctctt
ccctctccccttttacccacagtggctagtggaaaacttggccatggaga
catgagagcagaaaggctgtgtctgcccctcaccaactgtagcactcagg
agagcatgtcctgtgccttgcctgggcatcccagtagagctgactctggt
ggcaggcatgcaggtgaggcagccaggagagtgtaagcttgggaaatctg
gccctgccacttgtctgccatcttgtgacatgggcaagggagatatgctc
ccctcatgtttagtcccttgccagaaatggtaggcaggagtgctggccct
gccccttacctcctgtaacactctggagagcgggctctgtaccttgccta
agcagcacagtaaagctggccctaagagcaggggagaaggatagctggct
ctgtccccttgcttgcacatgcattggatgggccagccaggccagagaag
gagagttttgctccagtgggtgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_49798599_49799732
seq2: B6Ng01-199A19.b_46_1182 (reverse)

seq1  AAACAAAA-GACATCA-TCATTTCAAGAGGGA-GCAA-GGAAGAAATGCT  46
      |||||||| ||| ||| ||||||||  ||||| |||| ||||||||||||
seq2  AAACAAAAGGACTTCATTCATTTCAGAAGGGAGGCAAGGGAAGAAATGCT  50

seq1  GTAATTATGTTTTAATTCAAGTTTTTTAGTTTTAAATAAAAAAG-AAAGA  95
      ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  GTAATAATGTTTTAATTCAAGTTTTTTAG-TTTAAATAAAAAAGAAAAGA  99

seq1  CAAGAATCAACATTGATCAAAAATATAATGGAAACATGAAATGAGGTGTA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATCAACATTGATCAAAAATATAATGGAAACATGAAATGAGGTGTA  149

seq1  TTCACACCACTCAGTAGAATTGTATCATTGAAAATTAATAAGCCAAGGAA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACCACTCAGTAGAATTGTATCATTGAAAATTAATAAGCCAAGGAA  199

seq1  TTAGCTTTTATATGGATTGACATCAAAAATAGGAAATAATATGATTACAA  245
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGC-TTTATATGGATTGACATCAAAAATAGGAAATAATATGATTACAA  248

seq1  AGCAGTATCTAGTATGCTTCTTGTATAGCCCATTCTTTATAGTTCAACTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTATCTAGTATGCTTCTTGTATAGCCCATTCTTTATAGTTCAACTA  298

seq1  TAAAGGATACTAAGTATTTATTAGTGGTACTGACACAATTGATAAAACTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGATACTAAGTATTTATTAGTGGTACTGACACAATTGATAAAACTT  348

seq1  TAGGGTTTGGTGACCTTTGGTTATGAAACTAGTTAACAGGCTCCTAAAGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTTGGTGACCTTTGGTTATGAAACTAGTTAACAGGCTCCTAAAGT  398

seq1  TCTCAAAATCATCTGTAGCTTTCACTGTTATAGATGAGAAGATAGTGCAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAATCATCTGTAGCTTTCACTGTTATAGATGAGAAGATAGTGCAT  448

seq1  GATTTGAATGCTAATTCAATTTAAATAGTATATTATTTGTGTCTTATATA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGAATGCTAATTCAATTTAAATAGTATATTATTTGTGTCTTATATA  498

seq1  GCCCATAACAATTTTTAAATTACAGTGAAAAACAAATACAGAGGCTCTTA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATAACAATTTTTAAATTACAGTGAAAAACAAATACAGAGGCTCTTA  548

seq1  CTATACTTCTTGATGGCATGTGCTCTTTCCTTTAGACACCTCAGGAAAAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTTCTTGATGGCATGTGCTCTTTCCTTTAGACACCTCAGGAAAAC  598

seq1  TCAATTATTAAACATCAGCAACTTTCTCCCAAAAGTAGAAAGAGAAGAAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTATTAAACATCAGCAACTTTCTCCCAAAAGTAGAAAGAGAAGAAA  648

seq1  GAAGATAATTGCTTCCCCACAATCTGTGGACGGGAAGTGATACAGCCCAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATAATTGCTTCCCCACAATCTGTGGACGGGAAGTGATACAGCCCAC  698

seq1  TGGGAAAACCCAAGTGTTCAGTGATGCCAAGGGGTGTCTGATTTCGCCAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAACCCAAGTGTTCAGTGATGCCAAGGGGTGTCTGATTTCGCCAA  748

seq1  GTTTTAGCCCAGGAGAATGGTATTTACAATCCCTGGATTTTATTCTACTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGCCCAGGAGAATGGTATTTACAATCCCTGGATTTTATTCTACTT  798

seq1  CACCATACATTTCCAGAATAAAGAGACATATCTTGAGAAAAAAAAATGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATACATTTCCAGAATAAAGAGACATATCTTGAGAAAAAAAAATGAA  848

seq1  ACATGGAGGTTAGAAAATTTGCAGTTAACTCAATGTCTAATATTTAGATG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAGGTTAGAAAATTTGCAGTTAACTCAATGTCTAATATTTAGATG  898

seq1  TTTAAAGCAGCATCATGCTTCACACACCAGCAGGGGCTGGAGGGTGCCTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGCAGCATCATGCTTCACACACCAGCAGGGGCTGGAGGGTGCCTT  948

seq1  AAAGTCATTTCTTTTTATCCCACATCTCACAATCATATTTTAACAGTTAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCATTTCTTTTTATCCCACATCTCACAATCATATTTTAACAGTTAA  998

seq1  ATTATGAAATACAGTCCTAGTTTTATTCTGATGATGTGATAACTATTGTG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAAATACAGTCCTAGTTTTATTCTGATGATGTGATAACTATTGTG  1048

seq1  ACTGGATGTTATATAGGGAAGGAAAAGGTTTACATGGCTTACACTCCCAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATGTTATATAGGGAAGGAAAAGGTTTACATGGCTTACACTCCCAG  1098

seq1  ATCCCAATCCATCATTAAGGGAAGTCAGGACAGGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAATCCATCATTAAGGGAAGTCAGGACAGGAATTC  1137


seq1: chr5_49701739_49702526
seq2: B6Ng01-199A19.g_66_853

seq1  GAATTCTGTCGTCTGCTTACTACTAAACTGCATTTCAAGCAGCTACAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCGTCTGCTTACTACTAAACTGCATTTCAAGCAGCTACAAAG  50

seq1  TGCAGCATATGAAGCACTATATGTGAAAGTGTCTAAGCATAAGCATGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCATATGAAGCACTATATGTGAAAGTGTCTAAGCATAAGCATGAGT  100

seq1  ATGGGACGGCAGAGGAGAAACCTGACTATTGCTGAGCCTGGACCACTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGACGGCAGAGGAGAAACCTGACTATTGCTGAGCCTGGACCACTAGT  150

seq1  TCAGACACTCATCTGAAGACCTAGACCTAACTCAGAAGCAAAGAACACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACACTCATCTGAAGACCTAGACCTAACTCAGAAGCAAAGAACACAT  200

seq1  TCAAATCCTCATGAGAAATATTGAAATCTAGTGTTAAGGTCAGATGCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCCTCATGAGAAATATTGAAATCTAGTGTTAAGGTCAGATGCCTG  250

seq1  ACTCTGGGATATATTTGGTAAGGTCTTAAAATTAGAGTCTGTGGAGTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGGATATATTTGGTAAGGTCTTAAAATTAGAGTCTGTGGAGTTGC  300

seq1  ATGTAAGACGGGCCCAAGAGTATGAGTGTGGGAGAGTTGGCCCTCCCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAGACGGGCCCAAGAGTATGAGTGTGGGAGAGTTGGCCCTCCCATT  350

seq1  CATCTCCCATGCAGTAGCATGAAAAAAGAGAGCGAAATAGAGATCCTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCATGCAGTAGCATGAAAAAAGAGAGCGAAATAGAGATCCTCTT  400

seq1  CCCTCTCCCCTTTTACCCACAGTGGCTAGTGGAAAACTTGGCCATGGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCCCCTTTTACCCACAGTGGCTAGTGGAAAACTTGGCCATGGAGA  450

seq1  CATGAGAGCAGAAAGGCTGTGTCTGCCCCTCACCAACTGTAGCACTCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGAGCAGAAAGGCTGTGTCTGCCCCTCACCAACTGTAGCACTCAGG  500

seq1  AGAGCATGTCCTGTGCCTTGCCTGGGCATCCCAGTAGAGCTGACTCTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATGTCCTGTGCCTTGCCTGGGCATCCCAGTAGAGCTGACTCTGGT  550

seq1  GGCAGGCATGCAGGTGAGGCAGCCAGGAGAGTGTAAGCTTGGGAAATCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGCATGCAGGTGAGGCAGCCAGGAGAGTGTAAGCTTGGGAAATCTG  600

seq1  GCCCTGCCACTTGTCTGCCATCTTGTGACATGGGCAAGGGAGATATGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCACTTGTCTGCCATCTTGTGACATGGGCAAGGGAGATATGCTC  650

seq1  CCCTCATGTTTAGTCCCTTGCCAGAAATGGTAGGCAGGAGTGCTGGCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATGTTTAGTCCCTTGCCAGAAATGGTAGGCAGGAGTGCTGGCCCT  700

seq1  GCCCCTTACCTCCTGTAACACTCTGGAGAGCGGGCTCTGTACCTTGCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTACCTCCTGTAACACTCTGGAGAGCGGGCTCTGTACCTTGCCTA  750

seq1  AGCAGCACAGTAAAGCTGGCCCTAAGAGCAGGGGAGAA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCACAGTAAAGCTGGCCCTAAGAGCAGGGGAGAA  788


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |