BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-199I20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 99,034,075 - 99,185,035
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700007G11Rik
Upstream geneAntxr2, EG435856, LOC666315, LOC666320, LOC666326, Prdm8, Fgf5
Downstream geneBmp3, Prkg2, LOC100041680, Rasgef1b, A930011G23Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-199I20.bB6Ng01-199I20.g
ACCGA020856GA020857
length1,1881,141
definitionB6Ng01-199I20.b B6Ng01-199I20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,183,855 - 99,185,035)(99,034,075 - 99,035,196)
sequence
gaattcactgaagtcttatgaagatcaaaccaaatgcaattaattataag
taattaagcagtggggagaaacccagtttcaaccagtgagatcgatctga
attgtaatgtatgaccaatactatagatatttaagtaacagattacaggt
tttgtacttttaaacttgagagaaaagtgagatataacaaaattgcctgc
ttgtaccacataagacaaaacttcaacccaggcagagactttcccaaggc
atggtgacctaagcgccactggaccatgcaatcggtaaaactgtcgtgcg
tcagggcctttgattggcacgctcactctcgcttctctgacgcatgcagg
atttatctactacctgaaatcaagttaccatttcacagacatattgtcca
caataatacgttccctgtgcattttctaacttagtgagtgtctgggatca
tgaggagatcagcagaggaattggcaagagcagagaaattcagtctctga
agaacaggacactttagattctctgagctatgtttgaaatcacttcacat
tagcctataaatcttaagataaaagcacgatggcagacttcaagaatata
ccctttgccttaaggcataccagtgggcaccgaggggaagcagtcctccc
gagcagcaacgaggtgtgggcggaagtcctcaggcttctggccaggtcgc
tgggggagaaccctgcatttctcacagcccccttggccagggaaagtcac
agcaaaatcactgtcaggttttcttaaaacactaagaatattgttgctaa
tcatcgacagtgatgatccctagaattataattaactatttatttttcag
acggttcaaggagctggaaagaatgctaagaagtttagagtgcttgccga
acctgcaaaggacgagttcaatttcccagcccccacgtcagtggctcacg
accatctgtggcttcagcaccagaaggctctgacaacctattctggtatc
tacaggcacattacacatatgttgaacacacaacacacatgtacgtacac
acaatatacactacggtgaagaagaatgtatcagcattttaaaaggagta
agtgaaaactgtctgccagctgagtcaggaacaggaattaaggatgtccc
atggctcagcatcaaagctaaaagttttaatctctgaa
gaattcccttaaagatactgtcagacttggttccattttgactctaaagc
ccagcaacttgacaactaagactaactatcctggggctgggaaggggtgt
tcttccatcatctgaagcatggaaagcctcctcaatactagtacagtgtt
gtgtgctggacatcagggacagtggtgagcaataactgggcaggaagtca
gggaggataggagccggcatctgaaggatgtggacaccttagtccaagat
ggaatgagttgtatctcagcagagcagagacaaaagagcaaatgcatagc
aatgaaagtcctccaaacgaaccatagatgaatgggcactaatgggtctc
agtgtaaaaagaggaaaaccacctagaaagctgggccaaagcctgtacac
agggaccctggttaactagactgagtcctgtaagggccaaagaattgtgc
tcagccagagaactgcatgtggagctatggtgacagctatggtagcagtg
tgcagttttgtgaattatccgactttaaggcaagatttcaggaagaatgg
ggagggtctgaactaagctgttcttactccactgtagtccatgccacggt
gttttctgcatagggaaaaagatcctagaggaatagcaggaaaatatcac
cagtggcagtgttagtgtcaggaccagtagcaaccagaatttatggaaca
cttactctgcaccaggaatcctaccaggtcccacccatgctccagtgcaa
ccagaccatgtaatacaggtcctctgattatccatccccgtgtttagaga
aactcagagctaagcagcccatgggaaaagacagaagtttgtttcagagt
atgatttttaatcactatgctatgcaacaaagcttacttgacttataact
taacttaatttaaggatttgaagcattcacaacacaacgaagaaaatagg
ccttcgaataggatttgtatgtattttctcttctgaaagaatcaaaaggt
atgaccttttgtgactgacattgatttgccttttgctttcaaggaaggtt
tcaagcttttctaaagttttcaagctttgtagcctatttcgaatggcaag
cttcaaactaacgaggggggactggcttcacactagcagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_99183855_99185035
seq2: B6Ng01-199I20.b_48_1235 (reverse)

seq1  TTCAGA----TAAACTCTTAGC-TTGATGCTGAG-CAGGGACCATCCTTA  44
      ||||||     ||||| ||||| ||||||||||| || ||  ||||||||
seq2  TTCAGAGATTAAAACTTTTAGCTTTGATGCTGAGCCATGGGACATCCTTA  50

seq1  ATTCCTGCTCCTGACCTCAGGCTGGCAGGCCAGTTTTCAC-TACTCCTTT  93
      ||||||| |||||| |||| ||||||| | |||||||||| |||||| ||
seq2  ATTCCTGTTCCTGA-CTCA-GCTGGCA-GACAGTTTTCACTTACTCC-TT  96

seq1  TTAAAATGCTGATACATCTCTTC--AACCTTAGTTGTATATTTGTGTGTA  141
      ||||||||||||||||| |||||   ||| ||| |||||| |||||||||
seq2  TTAAAATGCTGATACAT-TCTTCTTCACCGTAG-TGTATA-TTGTGTGTA  143

seq1  CGTACATGTGTG-TGTGTGTTC-ACATATGTGT-ATGTGCCTGTAGATAC  188
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CGTACATGTGTGTTGTGTGTTCAACATATGTGTAATGTGCCTGTAGATAC  193

seq1  CAGAATAGGTTGTCAGAGCC-TCTGGTGCTGAAGCCACAGATGGTCGTGA  237
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAGGTTGTCAGAGCCTTCTGGTGCTGAAGCCACAGATGGTCGTGA  243

seq1  GCCACTGACGTGGGGGCTGGG-AATTGAACTCGTCCTTTGCAGGTTCGGC  286
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGACGTGGGGGCTGGGAAATTGAACTCGTCCTTTGCAGGTTCGGC  293

seq1  AAGCACTCTAAACTTCTTAGCATTCTTTCCAGCTCCTTGAACCGTCTGAA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTCTAAACTTCTTAGCATTCTTTCCAGCTCCTTGAACCGTCTGAA  343

seq1  AAATAAATAGTTAATTATAATTCTAGGGATCATCACTGTCGATGATTAGC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAGTTAATTATAATTCTAGGGATCATCACTGTCGATGATTAGC  393

seq1  AACAATATTCTTAGTGTTTTAAGAAAACCTGACAGTGATTTTGCTGTGAC  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATATTCTTAGTGTTTTAAGAAAACCTGACAGTGATTTTGCTGTGAC  443

seq1  TTTCCCTGGCCAAGGGGGCTGTGAGAAATGCAGGGTTCTCCCCCAGCGAC  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGGCCAAGGGGGCTGTGAGAAATGCAGGGTTCTCCCCCAGCGAC  493

seq1  CTGGCCAGAAGCCTGAGGACTTCCGCCCACACCTCGTTGCTGCTCGGGAG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCAGAAGCCTGAGGACTTCCGCCCACACCTCGTTGCTGCTCGGGAG  543

seq1  GACTGCTTCCCCTCGGTGCCCACTGGTATGCCTTAAGGCAAAGGGTATAT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTTCCCCTCGGTGCCCACTGGTATGCCTTAAGGCAAAGGGTATAT  593

seq1  TCTTGAAGTCTGCCATCGTGCTTTTATCTTAAGATTTATAGGCTAATGTG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAGTCTGCCATCGTGCTTTTATCTTAAGATTTATAGGCTAATGTG  643

seq1  AAGTGATTTCAAACATAGCTCAGAGAATCTAAAGTGTCCTGTTCTTCAGA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGATTTCAAACATAGCTCAGAGAATCTAAAGTGTCCTGTTCTTCAGA  693

seq1  GACTGAATTTCTCTGCTCTTGCCAATTCCTCTGCTGATCTCCTCATGATC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAATTTCTCTGCTCTTGCCAATTCCTCTGCTGATCTCCTCATGATC  743

seq1  CCAGACACTCACTAAGTTAGAAAATGCACAGGGAACGTATTATTGTGGAC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACACTCACTAAGTTAGAAAATGCACAGGGAACGTATTATTGTGGAC  793

seq1  AATATGTCTGTGAAATGGTAACTTGATTTCAGGTAGTAGATAAATCCTGC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTCTGTGAAATGGTAACTTGATTTCAGGTAGTAGATAAATCCTGC  843

seq1  ATGCGTCAGAGAAGCGAGAGTGAGCGTGCCAATCAAAGGCCCTGACGCAC  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGTCAGAGAAGCGAGAGTGAGCGTGCCAATCAAAGGCCCTGACGCAC  893

seq1  GACAGTTTTACCGATTGCATGGTCCAGTGGCGCTTAGGTCACCATGCCTT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTTTTACCGATTGCATGGTCCAGTGGCGCTTAGGTCACCATGCCTT  943

seq1  GGGAAAGTCTCTGCCTGGGTTGAAGTTTTGTCTTATGTGGTACAAGCAGG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGTCTCTGCCTGGGTTGAAGTTTTGTCTTATGTGGTACAAGCAGG  993

seq1  CAATTTTGTTATATCTCACTTTTCTCTCAAGTTTAAAAGTACAAAACCTG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTGTTATATCTCACTTTTCTCTCAAGTTTAAAAGTACAAAACCTG  1043

seq1  TAATCTGTTACTTAAATATCTATAGTATTGGTCATACATTACAATTCAGA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTGTTACTTAAATATCTATAGTATTGGTCATACATTACAATTCAGA  1093

seq1  TCGATCTCACTGGTTGAAACTGGGTTTCTCCCCACTGCTTAATTACTTAT  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATCTCACTGGTTGAAACTGGGTTTCTCCCCACTGCTTAATTACTTAT  1143

seq1  AATTAATTGCATTTGGTTTGATCTTCATAAGACTTCAGTGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATTGCATTTGGTTTGATCTTCATAAGACTTCAGTGAATTC  1188

seq1: chr5_99034075_99035196
seq2: B6Ng01-199I20.g_69_1209

seq1  GAATTCCCTTAAAGATACTGTCAGACTTGGTTCCATTTTGACTCTAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTAAAGATACTGTCAGACTTGGTTCCATTTTGACTCTAAAGC  50

seq1  CCAGCAACTTGACAACTAAGACTAACTATCCTGGGGCTGGGAAGGGGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACTTGACAACTAAGACTAACTATCCTGGGGCTGGGAAGGGGTGT  100

seq1  TCTTCCATCATCTGAAGCATGGAAAGCCTCCTCAATACTAGTACAGTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCATCATCTGAAGCATGGAAAGCCTCCTCAATACTAGTACAGTGTT  150

seq1  GTGTGCTGGACATCAGGGACAGTGGTGAGCAATAACTGGGCAGGAAGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTGGACATCAGGGACAGTGGTGAGCAATAACTGGGCAGGAAGTCA  200

seq1  GGGAGGATAGGAGCCGGCATCTGAAGGATGTGGACACCTTAGTCCAAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGATAGGAGCCGGCATCTGAAGGATGTGGACACCTTAGTCCAAGAT  250

seq1  GGAATGAGTTGTATCTCAGCAGAGCAGAGACAAAAGAGCAAATGCATAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGAGTTGTATCTCAGCAGAGCAGAGACAAAAGAGCAAATGCATAGC  300

seq1  AATGAAAGTCCTCCAAACGAACCATAGATGAATGGGCACTAATGGGTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAGTCCTCCAAACGAACCATAGATGAATGGGCACTAATGGGTCTC  350

seq1  AGTGTAAAAAGAGGAAAACCACCTAGAAAGCTGGGCCAAAGCCTGTACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAAAAAGAGGAAAACCACCTAGAAAGCTGGGCCAAAGCCTGTACAC  400

seq1  AGGGACCCTGGTTAACTAGACTGAGTCCTGTAAGGGCCAAAGAATTGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACCCTGGTTAACTAGACTGAGTCCTGTAAGGGCCAAAGAATTGTGC  450

seq1  TCAGCCAGAGAACTGCATGTGGAGCTATGGTGACAGCTATGGTAGCAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCAGAGAACTGCATGTGGAGCTATGGTGACAGCTATGGTAGCAGTG  500

seq1  TGCAGTTTTGTGAATTATCCGACTTTAAGGCAAGATTTCAGGAAGAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTTTGTGAATTATCCGACTTTAAGGCAAGATTTCAGGAAGAATGG  550

seq1  GGAGGGTCTGAACTAAGCTGTTCTTACTCCACTGTAGTCCATGCCACGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTCTGAACTAAGCTGTTCTTACTCCACTGTAGTCCATGCCACGGT  600

seq1  GTTTTCTGCATAGGGAAAAAGATCCTAGAGGAATAGCAGGAAAATATCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGCATAGGGAAAAAGATCCTAGAGGAATAGCAGGAAAATATCAC  650

seq1  CAGTGGCAGTGTTAGTGTCAGGACCAGTAGCAACCAGAATTTATGGAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCAGTGTTAGTGTCAGGACCAGTAGCAACCAGAATTTATGGAACA  700

seq1  CTTACTCTGCACCAGGAATCCTACCAGGTCCCACCCATGCTCCAGTGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTCTGCACCAGGAATCCTACCAGGTCCCACCCATGCTCCAGTGCAA  750

seq1  CCAGACCATGTAATACAGGTCCTCTGATTATCCATCCCCGTGTTTAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCATGTAATACAGGTCCTCTGATTATCCATCCCCGTGTTTAGAGA  800

seq1  AACTCAGAGCTAAGCAGCCCATGGGAAAAGACAGAAGTTTGTTTCAGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGAGCTAAGCAGCCCATGGGAAAAGACAGAAGTTTGTTTCAGAGT  850

seq1  ATGATTTTTAATCACTATGCTATGCAACAAAGCTTACTTGACTTATAACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTTAATCACTATGCTATGCAACAAAGCTTACTTGACTTATAACT  900

seq1  T-ACTTAATTT-AGGATTTGAAGCATTCACAACACAACGAAG-AAATA-G  946
      | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  TAACTTAATTTAAGGATTTGAAGCATTCACAACACAACGAAGAAAATAGG  950

seq1  CCTTCGAATAGGATTTGTATGTA-TTTCTCTTCTGAAAGAATC-AAAGGT  994
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCTTCGAATAGGATTTGTATGTATTTTCTCTTCTGAAAGAATCAAAAGGT  1000

seq1  ATGA-CTTTTGTGACTGACATTGA-TTGCC-TTTGCTT--CAGGGAGGTT  1039
      |||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||   ||| |||||
seq2  ATGACCTTTTGTGACTGACATTGATTTGCCTTTTGCTTTCAAGGAAGGTT  1050

seq1  TC-AGC-TTTCT-AAGTTTT-AAG-TTTGTAG-CTATTTCGA--TGCAGG  1081
      || ||| ||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||   ||| |
seq2  TCAAGCTTTTCTAAAGTTTTCAAGCTTTGTAGCCTATTTCGAATGGCAAG  1100

seq1  CTTC-AACTACAGAGGGGGGACTTGCTCACACCCTAGCAGTG  1122
      |||| |||||  ||||||||||| |||  ||| |||||||||
seq2  CTTCAAACTAACGAGGGGGGACTGGCT-TCACACTAGCAGTG  1141