BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200G18
Chromosome5 (Build37)
Map Location 43,178,831 - 43,287,711
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneA230054D04Rik, LOC384308, LOC100040588, EG636612
Downstream geneLOC433883, EG665934, Cpeb2, C1qtnf7, 4833430A08Rik, 5730509K17Rik, Fbxl5, Bst1, Cd38
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200G18.bB6Ng01-200G18.g
ACCGA021488GA021489
length1,0961,179
definitionB6Ng01-200G18.b B6Ng01-200G18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,286,667 - 43,287,711)(43,178,831 - 43,180,005)
sequence
gaattcaaagatattaaaactgatacaaaacagacaaagatatcaagttt
atttgtaaaaataatagataaccccaaagagcatacaaataggcagatga
atccagtcttgaaccaggagaggaagcttggtgatatgaaaaaaggaaca
aataagatgaaagaactgaaaatatgtatgaaaaattatcaacatagaaa
aaattcagaaaggatttgagagtttagaaaataaatagatgaatcaatag
atgaaatttaaaaccacagtgaaaaatatcatcaatatactcagttatgc
aaaagttatcaagaattgaggacagagtttgatgtatactataataaata
ttagtgagaaaaatacaatatatgagcatgaccaaaacattcaagagctc
tcagatattattaggataaaaaggttaaaaatcatgggatgaaacaaaga
gttgaagcaaaaaattaaaggcattgataatgtattcaataaaattatag
catcaatttctcagacatagaaagaaaatagacatccaaaggctagaggc
aaatcaacatgactagatctctgatgacacagtttcaagatatctaaata
agtttaagaactgacaaattagattaaaggaaattaaaacctgtggtgat
ttgaatagattcatagattcatgtgtttgaatgttcagcccatagggagt
ggcactattagaaggtgtggccttgttggaggaagtatgtcactgtgagg
gtggactttgaggtctcacatgcttaagctatgcccagtgtggctcacag
tctcttcctgatgcctggggatacagatgtaaaattctcaacttcatttc
ccacaccatgttaggaagcccactgtcatgcttcttgccataacaataat
ggactaaacctctgaagtgtaagccagcctcaattaaatattttccttta
tgagagttgccatgatcatcgtatctcttcacagcaataaaacccaaatt
acgacacttccacatagcaaaggaaactttcagttagagtgaagagaaca
actactcaatggtaaaaatactttccactatataggtagacaggag

gaattcctcctctgctttgagtattattctgcatctttatttctcatcaa
cttaatgtagtatctgatacttccacactgcagcccttagaagtcctctg
ccaggtaagaagcaggagtacatatcattccttgaagtgcccaagctttg
taccaaggccaagaaacatctgggcacctgatgtccgaatgacaatatca
ctaggcttccagatctgtcacacttatcagtggcaggatcctctgtccca
accccactgctgtggttcatggagattctaaacaagacctgcccagtcaa
cccaaggcatccttcaagtcacagtcatttaaaatttttctaacatgctg
taattaagaatgggtaagaatatatcagtagagtggtagggtaaatggtt
cagcaggtatagcatttgatatgccagcatgaggagcagagttctggttc
cagcatccatgaataagccaggcaacatgcctgtaatcccagtgtgatgg
gggccggaggaggaaatcactgtagcaaccagactagctgaaaaggtttt
caccatgtttaggtcaaaaaaacaaaaaaacaaaaaaacaaaacaaaaaa
aacaaacaaaaaaacaaacaaacaaaaaacaggtgtttaccatgtttttt
gctctaaagcacaggtcaaaaggataggtcaagagatagggcctggatgc
tcatatgcaaattctcacacccaaattgctccactttactatatatctgt
tttctataaatataggcttgagataataatgtctatctcaaagaggaatc
gtgagggtttggtaatatttagactacagtctggcacacagcaagcactt
atttaaatattagctaatattacttacaaagactatgaaaatggtaaatt
catttcttcatattgaattatttcccaagtaagtaaaaagtagtgttccc
tgaaagacatcttggaaaagttcttttgttatttttctaaaatttttact
ttgctggtcaaattaaggagaagtattttttctttttctaacttatttgg
gaacttaagaaagggtattatttgcctcaagaatgcctctgctctgggag
tgttagaagcatgtgactctcctgtttcttaaggtcagattcaacatgaa
aatgcttggaacttcaactctcgtgaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_43286667_43287711
seq2: B6Ng01-200G18.b_98_1143 (reverse)

seq1  CTTCTGTCTA-CTATATAGTGGGAAAGTATTTTTACCATTGAGTAGGTTG  49
      || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  
seq2  CTCCTGTCTACCTATATAGT-GGAAAGTATTTTTACCATTGAGTAGTTGT  49

seq1  TCTCTTCACTCT-ACTGAAAGTTTCCTTTGCTATGTGGAAGTGTCGTAAT  98
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCACTCTAACTGAAAGTTTCCTTTGCTATGTGGAAGTGTCGTAAT  99

seq1  TTGGGTTTTATTGCTGTGAAGAGATACGATGATCATGGCAACTCTCATAA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTTTATTGCTGTGAAGAGATACGATGATCATGGCAACTCTCATAA  149

seq1  AGGAAAATATTTAATTGAGGCTGGCTTACACTTCAGAGGTTTAGTCCATT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAATATTTAATTGAGGCTGGCTTACACTTCAGAGGTTTAGTCCATT  199

seq1  ATTGTTATGGCAAGAAGCATGACAGTGGGCTTCCTAACATGGTGTGGGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTATGGCAAGAAGCATGACAGTGGGCTTCCTAACATGGTGTGGGAA  249

seq1  ATGAAGTTGAGAATTTTACATCTGTATCCCCAGGCATCAGGAAGAGACTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTTGAGAATTTTACATCTGTATCCCCAGGCATCAGGAAGAGACTG  299

seq1  TGAGCCACACTGGGCATAGCTTAAGCATGTGAGACCTCAAAGTCCACCCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCACACTGGGCATAGCTTAAGCATGTGAGACCTCAAAGTCCACCCT  349

seq1  CACAGTGACATACTTCCTCCAACAAGGCCACACCTTCTAATAGTGCCACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGACATACTTCCTCCAACAAGGCCACACCTTCTAATAGTGCCACT  399

seq1  CCCTATGGGCTGAACATTCAAACACATGAATCTATGAATCTATTCAAATC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATGGGCTGAACATTCAAACACATGAATCTATGAATCTATTCAAATC  449

seq1  ACCACAGGTTTTAATTTCCTTTAATCTAATTTGTCAGTTCTTAAACTTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGGTTTTAATTTCCTTTAATCTAATTTGTCAGTTCTTAAACTTAT  499

seq1  TTAGATATCTTGAAACTGTGTCATCAGAGATCTAGTCATGTTGATTTGCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATATCTTGAAACTGTGTCATCAGAGATCTAGTCATGTTGATTTGCC  549

seq1  TCTAGCCTTTGGATGTCTATTTTCTTTCTATGTCTGAGAAATTGATGCTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCCTTTGGATGTCTATTTTCTTTCTATGTCTGAGAAATTGATGCTA  599

seq1  TAATTTTATTGAATACATTATCAATGCCTTTAATTTTTTGCTTCAACTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTATTGAATACATTATCAATGCCTTTAATTTTTTGCTTCAACTCT  649

seq1  TTGTTTCATCCCATGATTTTTAACCTTTTTATCCTAATAATATCTGAGAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCATCCCATGATTTTTAACCTTTTTATCCTAATAATATCTGAGAG  699

seq1  CTCTTGAATGTTTTGGTCATGCTCATATATTGTATTTTTCTCACTAATAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAATGTTTTGGTCATGCTCATATATTGTATTTTTCTCACTAATAT  749

seq1  TTATTATAGTATACATCAAACTCTGTCCTCAATTCTTGATAACTTTTGCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATAGTATACATCAAACTCTGTCCTCAATTCTTGATAACTTTTGCA  799

seq1  TAACTGAGTATATTGATGATATTTTTCACTGTGGTTTTAAATTTCATCTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGAGTATATTGATGATATTTTTCACTGTGGTTTTAAATTTCATCTA  849

seq1  TTGATTCATCTATTTATTTTCTAAACTCTCAAATCCTTTCTGAATTTTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTCATCTATTTATTTTCTAAACTCTCAAATCCTTTCTGAATTTTTT  899

seq1  CTATGTTGATAATTTTTCATACATATTTTCAGTTCTTTCATCTTATTTGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTGATAATTTTTCATACATATTTTCAGTTCTTTCATCTTATTTGT  949

seq1  TCCTTTTTTCATATCACCAAGCTTCCTCTCCTGGTTCAAGACTGGATTCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTTTCATATCACCAAGCTTCCTCTCCTGGTTCAAGACTGGATTCA  999

seq1  TCTGCCTATTTGTATGCTCTTTGGGGTTATCTATTATTTTTACAAAT  1045
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTATTTGTATGCTCTTTGGGGTTATCTATTATTTTTACAAAT  1046


seq1: chr5_43178831_43180005
seq2: B6Ng01-200G18.g_69_1247

seq1  GAATTCCTCCTCTGCTTTGAGTATTATTCTGCATCTTTATTTCTCATCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTCTGCTTTGAGTATTATTCTGCATCTTTATTTCTCATCAA  50

seq1  CTTAATGTAGTATCTGATACTTCCACACTGCAGCCCTTAGAAGTCCTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGTAGTATCTGATACTTCCACACTGCAGCCCTTAGAAGTCCTCTG  100

seq1  CCAGGTAAGAAGCAGGAGTACATATCATTCCTTGAAGTGCCCAAGCTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTAAGAAGCAGGAGTACATATCATTCCTTGAAGTGCCCAAGCTTTG  150

seq1  TACCAAGGCCAAGAAACATCTGGGCACCTGATGTCCGAATGACAATATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGGCCAAGAAACATCTGGGCACCTGATGTCCGAATGACAATATCA  200

seq1  CTAGGCTTCCAGATCTGTCACACTTATCAGTGGCAGGATCCTCTGTCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTTCCAGATCTGTCACACTTATCAGTGGCAGGATCCTCTGTCCCA  250

seq1  ACCCCACTGCTGTGGTTCATGGAGATTCTAAACAAGACCTGCCCAGTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACTGCTGTGGTTCATGGAGATTCTAAACAAGACCTGCCCAGTCAA  300

seq1  CCCAAGGCATCCTTCAAGTCACAGTCATTTAAAATTTTTCTAACATGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGCATCCTTCAAGTCACAGTCATTTAAAATTTTTCTAACATGCTG  350

seq1  TAATTAAGAATGGGTAAGAATATATCAGTAGAGTGGTAGGGTAAATGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAGAATGGGTAAGAATATATCAGTAGAGTGGTAGGGTAAATGGTT  400

seq1  CAGCAGGTATAGCATTTGATATGCCAGCATGAGGAGCAGAGTTCTGGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGTATAGCATTTGATATGCCAGCATGAGGAGCAGAGTTCTGGTTC  450

seq1  CAGCATCCATGAATAAGCCAGGCAACATGCCTGTAATCCCAGTGTGATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCCATGAATAAGCCAGGCAACATGCCTGTAATCCCAGTGTGATGG  500

seq1  GGGCCGGAGGAGGAAATCACTGTAGCAACCAGACTAGCTGAAAAGGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCGGAGGAGGAAATCACTGTAGCAACCAGACTAGCTGAAAAGGTTTT  550

seq1  CACCATGTTTAGGTCAAAAAAACAAAAAAACAAAAAAACAAAACAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGTTTAGGTCAAAAAAACAAAAAAACAAAAAAACAAAACAAAAAA  600

seq1  AACAAACAAAAAAACAAACAAACAAAAAACAGGTGTTTACCATGTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAAAAAACAAACAAACAAAAAACAGGTGTTTACCATGTTTTTT  650

seq1  GCTCTAAAGCACAGGTCAAAAGGATAGGTCAAGAGATAGGGCCTGGATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAAAGCACAGGTCAAAAGGATAGGTCAAGAGATAGGGCCTGGATGC  700

seq1  TCATATGCAAATTCTCACACCCAAATTGCTCCACTTTACTATATATCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGCAAATTCTCACACCCAAATTGCTCCACTTTACTATATATCTGT  750

seq1  TTTCTATAAATATAGGCTTGAGATAATAATGTCTATCTCAAAGAGGAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATAAATATAGGCTTGAGATAATAATGTCTATCTCAAAGAGGAATC  800

seq1  GTGAGGGTTTGGTAATATTTAGACTACAGTCTGGCACACAGCAAGCACTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGGTTTGGTAATATTTAGACTACAGTCTGGCACACAGCAAGCACTT  850

seq1  ATTTAAATATTAGCTAATATTACTTACAAAGACTATGAAAATGGTAAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATATTAGCTAATATTACTTACAAAGACTATGAAAATGGTAAATT  900

seq1  CATTTCTTCATATTGAATTATTTCCCAAGTAAGTAAAAAGTAGTGTT-CC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CATTTCTTCATATTGAATTATTTCCCAAGTAAGTAAAAAGTAGTGTTCCC  950

seq1  TGAAAGACATCTTGAAAAGTTTCTTTTGTTA-TTTTCTAAAATTTTTACT  998
      |||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGACATCTTGGAAAAGTTCTTTTGTTATTTTTCTAAAATTTTTACT  1000

seq1  TTGCTGTTCAAATTAA-GAGAAGTA--TTTTCTTTTCTAAACTTATTT-G  1044
      |||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||   ||||||||| |
seq2  TTGCTGGTCAAATTAAGGAGAAGTATTTTTTCTTTTTCTAACTTATTTGG  1050

seq1  GAACTT-AGAAAGGTTA-TATTTGCCTCAAGAAATGCTCTGCTCTGGGAG  1092
      |||||| ||||||| || |||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  GAACTTAAGAAAGGGTATTATTTGCCTCAAGAATGCCTCTGCTCTGGGAG  1100

seq1  TTGTTTAGAAAGCATGTGACTCTCCTGTTCTTTATAGGTCAGATATCAAC  1142
      |   |||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||||| |||| 
seq2  T--GTTAG-AAGCATGTGACTCTCCTGTTTCTTA-AGGTCAGAT-TCAA-  1144

seq1  CATGAAAATGCCTGGGAATTTCAACTC---TGAATT  1175
      |||||||||| || |||| ||||||||   ||||||
seq2  CATGAAAATG-CTTGGAACTTCAACTCTCGTGAATT  1179


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |