BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202H23
Chromosome5 (Build37)
Map Location 91,947,246 - 92,172,205
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9130213B05Rik, EG665860
Upstream geneAfm, LOC100040105, LOC622307, Rassf6, Cxcl5, Ppbp, Cxcl4, Gm1960, Cxcl15, Cxcl1, Cxcl2, 1110019K23Rik, Epgn, Ereg, Areg, Btc
Downstream geneLOC665864, LOC100040506, Ppia-ps5_892.1, Rchy1, Thap6, Gm1045, Cdkl2, LOC100040574, G3bp2, Vdp, LOC100040605, U90926, Ppef2, Asahl, Sdad1, Cxcl9, Cxcl10, Cxcl11, LOC100040228, Art3, Nup54, Scarb2, Gm1381, D5Ertd593e, 4932413O14Rik, Shroom3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202H23.bB6Ng01-202H23.g
ACCGA022975GA022976
length1,1301,038
definitionB6Ng01-202H23.b B6Ng01-202H23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,171,104 - 92,172,205)(91,947,246 - 91,948,266)
sequence
gaattccacaaagagggagatatatcttttatatgacacattgaagggaa
ggggtgttatgaacaaatgtccactcaccccaaatagagaaatcacgata
gatcaaagcaatgataccaccacagtcaaactcagtgaaccaataagttt
gttggtgttacgtttacccagggacatagacagttgaaatagagctgcat
tctgaaacttcataccagcatgggtggcaactcatgacagctggtagtca
ggatcaccctgcaggatttgtaggcagctccgcaggatccgagagtcttc
tctcctctgccattttatttgcttacataatgttgcagatggagaggcct
atgactttgttaagtttcagggaattcctgagacttgtgagtagtttatt
ccccgagtcttaataagcttctctttatgacttgctgagtcttaatgaac
aatcctactataagagagaatgttttaactaggaagaaattgctgcatgg
cattatctattttggaaagaatggcatgttgatttttctttaatggtgta
ttccaaatataagttgaataaaggtgtacaattttggttttctttaaagt
tagtaaaatagaacataataatgaaattaactcatgtttttaggattaaa
tgtgctctcattaaacatgtaacatggctcttcctctctctatacacact
tgtggaaatgtttcctaggttatcttgcccagtccttgctcatggacatt
ctcattacaaatgtaaaggttgacactactctggaggagaaagtgttggg
gagcagtccagacctgtggtacaggaaggagaggggaagcgcttgctcct
aaaataaagacccatgccaaggataggcatcatatttgcacagctccctt
cccaagatttcacacagaaaggtagaataattgtggggcctttctggacc
cctcggtgacactgggggacagcaggcagtagggatttgtgacaaggaat
gagaaggggcagagaggaattttttgagggagagcagactttggttggaa
cccaggaagactgcatgcatttctctcctttttttagcaggggttcagga
ctttaaggtaaagggttaagaaaaacacta
gaattccgcacggagaggaaaggtttctgtggtttctcctttgctggggt
ctccggggagcacctgctacagccccagacatcacttcttgccagtggtt
tgtccggacgtgggatacagaggccaggcaggggtccgacaaagctgctg
ctaggagggcttcatcatggagtgcgctcaacccgactggttagcgctct
gggacttagaggtctctggaactccgggcgtcccttttacttaggctcag
ggatgatgcggcacaaacaagtcacaggggcagcggcccaggttagggtc
aagcttatgatcattgtttgaagattgcaggtctactgtggccaagagcc
ttccaaaactgtggccctctgtatgaaactagtaacttgggtaaaagtag
gatacacacccccttttgccccatccgggtctgtctatctatctcacccg
ggtctagggactacttgcaaccacgaccttgggcattcaagccaagccga
cccgcgggctgcagagatgaaaccaggcaccaccttctggagttgggtac
ctaggtttttgtccaggaagaacgtagcccaataaggactatggattcgg
gactatactcggggtctgagggtgggcgggggagagtaacccaagagagt
agtccggtctgtttatccaagaatgccccgaagcctcctagtacaagctg
attggagattcaagctttagtccgtgtgtttcccctcttgaattgcctgg
gttcctgtaaatgtgcctccccacccccactcaaggaaagtcacaactcc
ttgaaaagaagctagaagccttccctggggctctcagaggataagacagt
tttatgggaaagtttcccagctgagccaatagcctgatggtgtttttccc
ctacatgctaatgttcttgagagaacctttctgcctccgggatcctgcaa
aggtctggagacctgccctgcggatcttttctgggaacatttcggctttc
gttggcggcagctcttctttgaagagaggagccttaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_92171104_92172205
seq2: B6Ng01-202H23.b_47_1176 (reverse)

seq1  TAGTGTTT---CTAACCCTTTACCT--AAGT-CTG-ACCCCTGCTAAAAA  43
      ||||||||    |||||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||
seq2  TAGTGTTTTTCTTAACCCTTTACCTTAAAGTCCTGAACCCCTGCTAAAAA  50

seq1  ---GAGAG-AATGCATGCAGTCTTC--TGGTTCCA---CAAGTCTGCTCT  84
         ||||| ||||||||||||||||   |||||||    |||||||||||
seq2  AAGGAGAGAAATGCATGCAGTCTTCCTGGGTTCCAACCAAAGTCTGCTCT  100

seq1  -CCTCAAAAATTCTCTCT-TGCCCCTTCTCATT-CTTGTCAC-AATCCCT  130
       ||||||||| |  |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||
seq2  CCCTCAAAAAATTCCTCTCTGCCCCTTCTCATTCCTTGTCACAAATCCCT  150

seq1  ACTGCCTGCTGT-CCCCAGTGTCACCGA-GGGTCCAGAA--GGCCCACAA  176
      |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||
seq2  ACTGCCTGCTGTCCCCCAGTGTCACCGAGGGGTCCAGAAAGGCCCCACAA  200

seq1  -TATTCTACC-TTCTGTGTGAAATCTTGGG-AGGGAGCTGTGCAAATATG  223
       ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTACCTTTCTGTGTGAAATCTTGGGAAGGGAGCTGTGCAAATATG  250

seq1  ATGCCTAT-CTTGGCATGGGTCTTTATTTTAGGAGCAAGCGCTTCCCCTC  272
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTATCCTTGGCATGGGTCTTTATTTTAGGAGCAAGCGCTTCCCCTC  300

seq1  TCCTTCCTGTACCACAGGTCTGGACTGCTCCCCAACACTTTCTCCTCCAG  322
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTGTACCACAGGTCTGGACTGCTCCCCAACACTTTCTCCTCCAG  350

seq1  AGTAGTGTCAACCTTTACATTTGTAATGAGAATGTCCATGAGCAAGGACT  372
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTGTCAACCTTTACATTTGTAATGAGAATGTCCATGAGCAAGGACT  400

seq1  GGGCAAGATAACCTAGGAAACATTTCCACAAGTGTGTATAGAGAGAGGAA  422
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAGATAACCTAGGAAACATTTCCACAAGTGTGTATAGAGAGAGGAA  450

seq1  GAGCCATGTTACATGTTTAATGAGAGCACATTTAATCCTAAAAACATGAG  472
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATGTTACATGTTTAATGAGAGCACATTTAATCCTAAAAACATGAG  500

seq1  TTAATTTCATTATTATGTTCTATTTTACTAACTTTAAAGAAAACCAAAAT  522
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTCATTATTATGTTCTATTTTACTAACTTTAAAGAAAACCAAAAT  550

seq1  TGTACACCTTTATTCAACTTATATTTGGAATACACCATTAAAGAAAAATC  572
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACCTTTATTCAACTTATATTTGGAATACACCATTAAAGAAAAATC  600

seq1  AACATGCCATTCTTTCCAAAATAGATAATGCCATGCAGCAATTTCTTCCT  622
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCCATTCTTTCCAAAATAGATAATGCCATGCAGCAATTTCTTCCT  650

seq1  AGTTAAAACATTCTCTCTTATAGTAGGATTGTTCATTAAGACTCAGCAAG  672
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAACATTCTCTCTTATAGTAGGATTGTTCATTAAGACTCAGCAAG  700

seq1  TCATAAAGAGAAGCTTATTAAGACTCGGGGAATAAACTACTCACAAGTCT  722
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAGAGAAGCTTATTAAGACTCGGGGAATAAACTACTCACAAGTCT  750

seq1  CAGGAATTCCCTGAAACTTAACAAAGTCATAGGCCTCTCCATCTGCAACA  772
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATTCCCTGAAACTTAACAAAGTCATAGGCCTCTCCATCTGCAACA  800

seq1  TTATGTAAGCAAATAAAATGGCAGAGGAGAGAAGACTCTCGGATCCTGCG  822
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAAGCAAATAAAATGGCAGAGGAGAGAAGACTCTCGGATCCTGCG  850

seq1  GAGCTGCCTACAAATCCTGCAGGGTGATCCTGACTACCAGCTGTCATGAG  872
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCCTACAAATCCTGCAGGGTGATCCTGACTACCAGCTGTCATGAG  900

seq1  TTGCCACCCATGCTGGTATGAAGTTTCAGAATGCAGCTCTATTTCAACTG  922
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACCCATGCTGGTATGAAGTTTCAGAATGCAGCTCTATTTCAACTG  950

seq1  TCTATGTCCCTGGGTAAACGTAACACCAACAAACTTATTGGTTCACTGAG  972
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTCCCTGGGTAAACGTAACACCAACAAACTTATTGGTTCACTGAG  1000

seq1  TTTGACTGTGGTGGTATCATTGCTTTGATCTATCGTGATTTCTCTATTTG  1022
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTGTGGTGGTATCATTGCTTTGATCTATCGTGATTTCTCTATTTG  1050

seq1  GGGTGAGTGGACATTTGTTCATAACACCCCTTCCCTTCAATGTGTCATAT  1072
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGTGGACATTTGTTCATAACACCCCTTCCCTTCAATGTGTCATAT  1100

seq1  AAAAGATATATCTCCCTCTTTGTGGAATTC  1102
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATATATCTCCCTCTTTGTGGAATTC  1130

seq1: chr5_91947246_91948266
seq2: B6Ng01-202H23.g_69_1106

seq1  GAATTCCGCACGGAGAGGAAAGGTTTCTGTGGTTTCTCCTTTGCTGGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGCACGGAGAGGAAAGGTTTCTGTGGTTTCTCCTTTGCTGGGGT  50

seq1  CTCCGGGGAGCACCTGCTACAGCCCCAGACATCACTTCTTGCCAGTGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGGGGAGCACCTGCTACAGCCCCAGACATCACTTCTTGCCAGTGGTT  100

seq1  TGTCCGGACGTGGGATACAGAGGCCAGGCAGGGGTCCGACAAAGCTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCGGACGTGGGATACAGAGGCCAGGCAGGGGTCCGACAAAGCTGCTG  150

seq1  CTAGGAGGGCTTCATCATGGAGTGCGCTCAACCCGACTGGTTAGCGCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGAGGGCTTCATCATGGAGTGCGCTCAACCCGACTGGTTAGCGCTCT  200

seq1  GGGACTTAGAGGTCTCTGGAACTCCGGGCGTCCCTTTTACTTAGGCTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTAGAGGTCTCTGGAACTCCGGGCGTCCCTTTTACTTAGGCTCAG  250

seq1  GGATGATGCGGCACAAACAAGTCACAGGGGCAGCGGCCCAGGTTAGGGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATGCGGCACAAACAAGTCACAGGGGCAGCGGCCCAGGTTAGGGTC  300

seq1  AAGCTTATGATCATTGTTTGAAGATTGCAGGTCTACTGTGGCCAAGAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTATGATCATTGTTTGAAGATTGCAGGTCTACTGTGGCCAAGAGCC  350

seq1  TTCCAAAACTGTGGCCCTCTGTATGAAACTAGTAACTTGGGTAAAAGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAACTGTGGCCCTCTGTATGAAACTAGTAACTTGGGTAAAAGTAG  400

seq1  GATACACACCCCCTTTTGCCCCATCCGGGTCTGTCTATCTATCTCACCCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACACCCCCTTTTGCCCCATCCGGGTCTGTCTATCTATCTCACCCG  450

seq1  GGTCTAGGGACTACTTGCAACCACGACCTTGGGCATTCAAGCCAAGCCGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAGGGACTACTTGCAACCACGACCTTGGGCATTCAAGCCAAGCCGA  500

seq1  CCCGCGGGCTGCAGAGATGAAACCAGGCACCACCTTCTGGAGTTGGGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCGGGCTGCAGAGATGAAACCAGGCACCACCTTCTGGAGTTGGGTAC  550

seq1  CTAGGTTTTTGTCCAGGAAGAACGTAGCCCAATAAGGACTATGGATTCGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTTTTTGTCCAGGAAGAACGTAGCCCAATAAGGACTATGGATTCGG  600

seq1  GACTATACTCGGGGTCTGAGGGTGGGCGGGGGAGAGTAACCCAAGAGAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATACTCGGGGTCTGAGGGTGGGCGGGGGAGAGTAACCCAAGAGAGT  650

seq1  AGTCCGGTCTGTTTATCCAAGAATGCCCCGAAGCCTCCTAGTACAAGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCGGTCTGTTTATCCAAGAATGCCCCGAAGCCTCCTAGTACAAGCTG  700

seq1  ATTGGAGATTCAAGCTTTAGTCCGTGTGTTTCCCCTCTTGAATTGCCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAGATTCAAGCTTTAGTCCGTGTGTTTCCCCTCTTGAATTGCCTGG  750

seq1  GTTCCTGTAAATGTGCCTCCCCACCCCCACTCAAGGAAAGTCACAACTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGTAAATGTGCCTCCCCACCCCCACTCAAGGAAAGTCACAACTCC  800

seq1  TTGAAAAGAAGCTAGAAG-CTTCCCTGGGGCTCTCAGAGGATAAGACAG-  848
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTGAAAAGAAGCTAGAAGCCTTCCCTGGGGCTCTCAGAGGATAAGACAGT  850

seq1  TTTATGGGAAAGTTTCCCAGCTGAGCCAATAGCCTGATGGTGTTTT--CC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  TTTATGGGAAAGTTTCCCAGCTGAGCCAATAGCCTGATGGTGTTTTTCCC  900

seq1  CTACATGCTAATGT--CTGAGAGAACCTTTCTG-CTCCGGGAT-CTGC-A  941
      ||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||| |||| |
seq2  CTACATGCTAATGTTCTTGAGAGAACCTTTCTGCCTCCGGGATCCTGCAA  950

seq1  AGGTCTGGAGACCTG-CCTGCGGATC-TTTCT-GGAACA-TTCGGCTTCC  987
      ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||| |
seq2  AGGTCTGGAGACCTGCCCTGCGGATCTTTTCTGGGAACATTTCGGCTTTC  1000

seq1  G-TGGC-GCAGC-CCTCTT--GAGAGAGGAGCCCTTAGA  1021
      | |||| ||||| | ||||   ||||||||| |||||||
seq2  GTTGGCGGCAGCTCTTCTTTGAAGAGAGGAG-CCTTAGA  1038