BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203C07
Chromosome5 (Build37)
Map Location 47,237,299 - 47,373,617
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLcorl, EG666103
Downstream geneLOC100040865, LOC100040876
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203C07.bB6Ng01-203C07.g
ACCGA023439GA023440
length1,0301,117
definitionB6Ng01-203C07.b B6Ng01-203C07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,237,299 - 47,238,327)(47,372,505 - 47,373,617)
sequence
gaattcatacagagtatctatacactatctagcatgctgatttcttagtg
ctagtttataatgattgccagcttgatggcgtggaaagtaaccttagaga
caaacctcttggcatgtctgaaggagtatctaagttaggttaattgtagg
aaagtccaccacaggtttaggcagcaccattgtatggacttgggttccag
acatcttgaaaaagagaaagtcagctgtccacatttgcctctcagtgctg
cttgactgtgaatggcttaacctcctgtcaccactccttctgtgccacaa
gtgatgacactcttctttcctctcataagttgcttttgtagagtatttgt
cacagcaataagaagaggaaataggatacttttcatgttacatggcctaa
gacacgaatgacaaacattacagtaattgtttcaataagcatgtaccagc
gcgtaagtgctttgatgactgctcagagccatctatatattgacttttct
aaagtggaggagaaacgcttgtcagtaactgagacaacttaacctgttcc
atgacagaagcatggctggagacatgtaacatctcagtgaatagtgcaga
ttagcaaggactttgtaaagatgaaaaccttttagatttgctctggggca
aggtagattagtgtgtgctaagttacagataggcaagagggaaaggttct
gatgtgctatcacacaatacagccatagataactatgcaatgtatatttc
aaggaaaggtttagtaagtttttactacaaaaatgattacatatatgagc
tatacatgcctaacttgacgtatattacatagtgcatatatgtattgaaa
tctcacttggtaaacccctagtatgtgcacattttaggtttatatgtatc
agttactactcagttgaatagatctggaaatttattattttaagtgaaat
atcacagaaccaaagagacaaataccatatgattgtgtctagcattcatc
ttgaattttaagttttataatgtgtgtatg

gaattcaggattctcatatttagatagaatatacctttaaagttagtgtt
caaaataattcactttgtaatgttcagatttttaattcataacgtgattt
ttaaactgaaaacatgaaactcatgaagtatttttatagtctacagagac
ttcaaaccatgcatttgttgtctgggtttcagaatcacatgttatcatca
acattcaaaacactgaccttcaagggacaaacaaaaacacacagtaatac
attatgttaaatataactgtgtgcaagattttgttaataaaattggcata
ttaaatcgtcttttttaaatatatttttgtgcaatcgtggaaatcctcac
agaaaccattagacacaactaacatttttttaaaaaaaatagtataattg
attccttccttttcctttccctgaatcttatcaagcactgacttgtgaac
acaataaacatgaaatctgaactcttcgtttacaaaaagtaagttgctga
tcagttccaaaggacaaatgaatcataaaatgaatttaattttaattgac
tttctcaaactaacaaaatcaaaataatcaaatcatttctctaaatgtta
agggtccattttgggggatgtaatttgattccttttgcagataaaatcat
ttcaatgtcacatttaactttagcctgaagggattacaaggtcacaaagt
tgtatattttacagtaatcaagtaaagtctgtcgtttccataactataaa
gcaaaatggttaagatctcaatctagactcaaaagaaggtgaattttaaa
ttttaaattcaattcagttctttaaaagtgccatgaaaggtcagaagttt
ttagttactgtaaaatgtcccattctgacctcaaaagtatgacccaagtg
ggcatgtgcctttggactgcaggaagatagaatgaggtgagtacacaggg
ttttaatcaattataaagaccaacaggaacttagaacaaacatcttttat
aatattgtcctttagcagcttacctgatcatagtgctattaccactgttt
cagttcctacgtcatccaccaaggacgtcaagtaacagaattcccaggag
gggtcctgtacctcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_47237299_47238327
seq2: B6Ng01-203C07.b_41_1070

seq1  GAATTCATACAGAGTATCTATACACTATCTAGCATGCTGATTTCTTAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACAGAGTATCTATACACTATCTAGCATGCTGATTTCTTAGTG  50

seq1  CTAGTTTATAATGATTGCCAGCTTGATGGCGTGGAAAGTAACCTTAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTTATAATGATTGCCAGCTTGATGGCGTGGAAAGTAACCTTAGAGA  100

seq1  CAAACCTCTTGGCATGTCTGAAGGAGTATCTAAGTTAGGTTAATTGTAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTCTTGGCATGTCTGAAGGAGTATCTAAGTTAGGTTAATTGTAGG  150

seq1  AAAGTCCACCACAGGTTTAGGCAGCACCATTGTATGGACTTGGGTTCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCACCACAGGTTTAGGCAGCACCATTGTATGGACTTGGGTTCCAG  200

seq1  ACATCTTGAAAAAGAGAAAGTCAGCTGTCCACATTTGCCTCTCAGTGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTTGAAAAAGAGAAAGTCAGCTGTCCACATTTGCCTCTCAGTGCTG  250

seq1  CTTGACTGTGAATGGCTTAACCTCCTGTCACCACTCCTTCTGTGCCACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACTGTGAATGGCTTAACCTCCTGTCACCACTCCTTCTGTGCCACAA  300

seq1  GTGATGACACTCTTCTTTCCTCTCATAAGTTGCTTTTGTAGAGTATTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGACACTCTTCTTTCCTCTCATAAGTTGCTTTTGTAGAGTATTTGT  350

seq1  CACAGCAATAAGAAGAGGAAATAGGATACTTTTCATGTTACATGGCCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCAATAAGAAGAGGAAATAGGATACTTTTCATGTTACATGGCCTAA  400

seq1  GACACGAATGACAAACATTACAGTAATTGTTTCAATAAGCATGTACCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACGAATGACAAACATTACAGTAATTGTTTCAATAAGCATGTACCAGC  450

seq1  GCGTAAGTGCTTTGATGACTGCTCAGAGCCATCTATATATTGACTTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAAGTGCTTTGATGACTGCTCAGAGCCATCTATATATTGACTTTTCT  500

seq1  AAAGTGGAGGAGAAACGCTTGTCAGTAACTGAGACAACTTAACCTGTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGGAGGAGAAACGCTTGTCAGTAACTGAGACAACTTAACCTGTTCC  550

seq1  ATGACAGAAGCATGGCTGGAGACATGTAACATCTCAGTGAATAGTGCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGAAGCATGGCTGGAGACATGTAACATCTCAGTGAATAGTGCAGA  600

seq1  TTAGCAAGGACTTTGTAAAGATGAAAACCTTTTAGATTTGCTCTGGGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAAGGACTTTGTAAAGATGAAAACCTTTTAGATTTGCTCTGGGGCA  650

seq1  AGGTAGATTAGTGTGTGCTAAGTTACAGATAGGCAAGAGGGAAAGGTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGATTAGTGTGTGCTAAGTTACAGATAGGCAAGAGGGAAAGGTTCT  700

seq1  GATGTGCTATCACACAATACAGCCATAGATAACTATGCAATGTATATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGCTATCACACAATACAGCCATAGATAACTATGCAATGTATATTTC  750

seq1  AAGGAAAGGTTTAGTAAGTTTTTACTACAAAAATGATTACATATATGAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAGGTTTAGTAAGTTTTTACTACAAAAATGATTACATATATGAGC  800

seq1  TATACATGCCTAACTTGACGTATATTACATAGTGCATATATGTATTGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATGCCTAACTTGACGTATATTACATAGTGCATATATGTATTGAAA  850

seq1  TCTCACTTGGTAAACCCCTAGTATGTGCACATTTTAGGTTTATATGTATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTTGGTAAACCCCTAGTATGTGCACATTTTAGGTTTATATGTATC  900

seq1  AGTTACTACTCAGTTGAATAGATCTGGAAATTTATTATTTTAAGTGAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTACTCAGTTGAATAGATCTGGAAATTTATTATTTTAAGTGAAAT  950

seq1  ATCACAGAACCAAAGAGACAAATACCATATGATTGTGTCTAGCATTCATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAGAACCAAAGAGACAAATACCATATGATTGTGTCTAGCATTCATC  1000

seq1  TTGAATTTTAAGTTTTAT-ATGTGTGTATG  1029
      |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGAATTTTAAGTTTTATAATGTGTGTATG  1030


seq1: chr5_47372505_47373617
seq2: B6Ng01-203C07.g_65_1181 (reverse)

seq1  GCTGA-GTACAGGA---CTCTCTGGAATTCTG-TACTTGAACCGTCCTTG  45
      ||||| ||||||||   |||   ||||||||| |||||||  ||||||||
seq2  GCTGAGGTACAGGACCCCTCCTGGGAATTCTGTTACTTGA--CGTCCTTG  48

seq1  GTGGATGACGTAGG-ACTGAAACAGT-GTAATAGCACTAATGATCAGGTA  93
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GTGGATGACGTAGGAACTGAAACAGTGGTAATAGCACT-ATGATCAGGTA  97

seq1  AGCTTGCTAAAGGACAATATTAT-AAAGATGTTTGTTCTAAGTTCCTGTT  142
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGC-TGCTAAAGGACAATATTATAAAAGATGTTTGTTCTAAGTTCCTGTT  146

seq1  GGTCTTTATAATTGATTAAAACCCTGTGTACTCACCTCATTCTATCTTCC  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTATAATTGATTAAAACCCTGTGTACTCACCTCATTCTATCTTCC  196

seq1  TGCAGTCCAAAGGCACATGCCCACTTGGGTCATACTTTTGAGGTCAGAAT  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCCAAAGGCACATGCCCACTTGGGTCATACTTTTGAGGTCAGAAT  246

seq1  GGGACATTTTACAGTAACTAAAAACTTCTGACCTTTCATGGCACTTTTAA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACATTTTACAGTAACTAAAAACTTCTGACCTTTCATGGCACTTTTAA  296

seq1  AGAACTGAATTGAATTTAAAATTTAAAATTCACCTTCTTTTGAGTCTAGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGAATTGAATTTAAAATTTAAAATTCACCTTCTTTTGAGTCTAGA  346

seq1  TTGAGATCTTAACCATTTTGCTTTATAGTTATGGAAACGACAGACTTTAC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATCTTAACCATTTTGCTTTATAGTTATGGAAACGACAGACTTTAC  396

seq1  TTGATTACTGTAAAATATACAACTTTGTGACCTTGTAATCCCTTCAGGCT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTACTGTAAAATATACAACTTTGTGACCTTGTAATCCCTTCAGGCT  446

seq1  AAAGTTAAATGTGACATTGAAATGATTTTATCTGCAAAAGGAATCAAATT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTAAATGTGACATTGAAATGATTTTATCTGCAAAAGGAATCAAATT  496

seq1  ACATCCCCCAAAATGGACCCTTAACATTTAGAGAAATGATTTGATTATTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCCCCAAAATGGACCCTTAACATTTAGAGAAATGATTTGATTATTT  546

seq1  TGATTTTGTTAGTTTGAGAAAGTCAATTAAAATTAAATTCATTTTATGAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTGTTAGTTTGAGAAAGTCAATTAAAATTAAATTCATTTTATGAT  596

seq1  TCATTTGTCCTTTGGAACTGATCAGCAACTTACTTTTTGTAAACGAAGAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTCCTTTGGAACTGATCAGCAACTTACTTTTTGTAAACGAAGAG  646

seq1  TTCAGATTTCATGTTTATTGTGTTCACAAGTCAGTGCTTGATAAGATTCA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATTTCATGTTTATTGTGTTCACAAGTCAGTGCTTGATAAGATTCA  696

seq1  GGGAAAGGAAAAGGAAGGAATCAATTATACTATTTTTTTTAAAAAAATGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGGAAAAGGAAGGAATCAATTATACTATTTTTTTTAAAAAAATGT  746

seq1  TAGTTGTGTCTAATGGTTTCTGTGAGGATTTCCACGATTGCACAAAAATA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGTGTCTAATGGTTTCTGTGAGGATTTCCACGATTGCACAAAAATA  796

seq1  TATTTAAAAAAGACGATTTAATATGCCAATTTTATTAACAAAATCTTGCA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAAAAAGACGATTTAATATGCCAATTTTATTAACAAAATCTTGCA  846

seq1  CACAGTTATATTTAACATAATGTATTACTGTGTGTTTTTGTTTGTCCCTT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTATATTTAACATAATGTATTACTGTGTGTTTTTGTTTGTCCCTT  896

seq1  GAAGGTCAGTGTTTTGAATGTTGATGATAACATGTGATTCTGAAACCCAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTCAGTGTTTTGAATGTTGATGATAACATGTGATTCTGAAACCCAG  946

seq1  ACAACAAATGCATGGTTTGAAGTCTCTGTAGACTATAAAAATACTTCATG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAAATGCATGGTTTGAAGTCTCTGTAGACTATAAAAATACTTCATG  996

seq1  AGTTTCATGTTTTCAGTTTAAAAATCACGTTATGAATTAAAAATCTGAAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCATGTTTTCAGTTTAAAAATCACGTTATGAATTAAAAATCTGAAC  1046

seq1  ATTACAAAGTGAATTATTTTGAACACTAACTTTAAAGGTATATTCTATCT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAAAGTGAATTATTTTGAACACTAACTTTAAAGGTATATTCTATCT  1096

seq1  AAATATGAGAATCCTGAATTC  1113
      |||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAGAATCCTGAATTC  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |