BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203H14
Chromosome5 (Build37)
Map Location 27,334,703 - 27,469,416
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpp6, B930011P16Rik
Upstream geneEG272714, EG545739, Speer4a, EG664804, LOC619645, LOC100039045, 5031410I06Rik, LOC434689, LOC664837, 4930584F24Rik
Downstream geneSpeer4b, Paxip1, Htr5a, EG433862, LOC231069, Insig1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203H14.bB6Ng01-203H14.g
ACCGA023675GA023676
length1,0301,131
definitionB6Ng01-203H14.b B6Ng01-203H14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,468,390 - 27,469,416)(27,334,703 - 27,335,832)
sequence
gaattcaatggcatttcatgtggatttttaatctcatttttgctttgttt
gggatttttaattttttttgtcatattgaccctttgcatgtttattttga
ctttttgtgatattttgtgtgtgtgtttcctggtttcatgcttttgttgt
tttgtttttgtcttttctgagagagagagtgaggggaaggaaggagcaag
agcctaaagttggataagtagggatataaggagatctgggagaaattgaa
gaaaggaaaaaacatggtcaaaatatattgtatgatttttaaaaataaaa
gttaaagaaaaaagcaaattcacacacagacacacatactgtaattccat
ttacataatatggtgggaagagataagtctacagagacagcagcagatga
aaggctgctggaagcaagcacagactggatggaaatggctagaggatttc
tctttgagatgacagaacacactgtgttgctatttgcacaattatgaata
tactaaaaaaattgttgaattggaagccataaagtgaagaatcttatagt
gtgcaaagtttatgtaaataaagctctaaaatgaatgggatggtagagtt
gccatcccatgttcagttgggcgttattatgacgtactaagcaggtgggg
agatcgctgtggttcctgtaacccttcacggaaatgcacatatacaagac
aaggcacaaatacagatgtgggggacacatcccaggacaaggtacacctg
agccagggagcacacagtggtggcagctctcacagggaacctggtgagat
tccctttggaattccctagagcagagcctcagttgtgtcacacagggtcc
ttggcaaagagaagagtctgagctggcctgaaggagctagcaggaagaag
gtggccttcatgaaagagagctctagcagggacagatagagaggtggatg
aatcctaccacgtcacctgcttcctgccttccataagcagcagctttcct
cctcgaacccagacaacactgtcaggagcc

gaattcagatataacatgccatgtgacctgggttattccttctccccata
tattcgaaaaacatctagatttctaagcttatgccaacatctctttcatt
gataaaaacttcaaagcactgagaggtaacagtgttttgtcttctcagtc
tttgagttttctctggtgttttctcctaatactggtgactccgtggtgag
gccattttcaatctcatttcacaagaatgggaaagccagaattagagagt
ttaggtgacttccaaaggacattcctttcatggggacttgagccacctct
cgtataagtcaggagccatggtgccagtccgtccttacccagctgccact
tcaaaacctagggaggaagaaagcaggaaggagccttctcagtggttatg
ctgatgctgtgttctcagaaccaacatgttctctctctcaaccaacatgt
tgaccatattctgtgaccacggatatattaggcatatgtgagggttactc
tgactgtcaacttgttaagacctagaatcacttaagataggcttctggat
gtgtgccttaggaactttgtagatggagatggaaatacccaccctaagta
tggctggcatcattccataagtcggggtcctagactgattaaaagggtaa
gtgtcctgagcaccagcatctatctctctctgcttcttccctgaggatac
aaagtgaccaggtccctcacactctcaccaccatgtgttaccttccaggg
tatgaccttgaactgtgacataaaagaaaccatttcctttcttaagtttc
ttcttgtcaggtattttgtcttaccaagcaggaacataatgaatccaata
ggtctttcttgactggaagaaggaaataaggtagtgaaagttgcgagaag
gttttcctgctatacagggaaattgtttctctgcttacttaaaccagcct
atccttacccctaggaccttctacacatagcttcatcccctgtctcctgg
caaatgaatctatcctctctcatatttttcaagcaacagctgcttgcctc
agaaaagctcattcctggcctgggtgttattttctgctgcactagctcct
ctcccttactgtaagtatggactcagcatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_27468390_27469416
seq2: B6Ng01-203H14.b_47_1076 (reverse)

seq1  GGCTCCTGACAGTGTTGTCTGGG-TCGAGGAGGAAAGCTGCTGC-TATGG  48
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGCTCCTGACAGTGTTGTCTGGGTTCGAGGAGGAAAGCTGCTGCTTATGG  50

seq1  -AGGCAGG-AGCAGGTGACGTGGGTAGGATTCATCCACCTCTCTATCTGT  96
       ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGGAAGCAGGTGACGT-GGTAGGATTCATCCACCTCTCTATCTGT  99

seq1  CCCTGCTAGAGCTCTCTTTCATGAAGGCCACCTTCTTCCTGCTAGCTCCT  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGCTAGAGCTCTCTTTCATGAAGGCCACCTTCTTCCTGCTAGCTCCT  149

seq1  TCAGGCCAGCTCAGACTCTTCTCTTTGCCAAGGACCCTGTGTGACACAAC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCAGCTCAGACTCTTCTCTTTGCCAAGGACCCTGTGTGACACAAC  199

seq1  TGAGGCTCTGCTCTAGGGAATTCCAAAGGGAATCTCACCAGGTTCCCTGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTCTGCTCTAGGGAATTCCAAAGGGAATCTCACCAGGTTCCCTGT  249

seq1  GAGAGCTGCCACCACTGTGTGCTCCCTGGCTCAGGTGTACCTTGTCCTGG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTGCCACCACTGTGTGCTCCCTGGCTCAGGTGTACCTTGTCCTGG  299

seq1  GATGTGTCCCCCACATCTGTATTTGTGCCTTGTCTTGTATATGTGCATTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTCCCCCACATCTGTATTTGTGCCTTGTCTTGTATATGTGCATTT  349

seq1  CCGTGAAGGGTTACAGGAACCACAGCGATCTCCCCACCTGCTTAGTACGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGAAGGGTTACAGGAACCACAGCGATCTCCCCACCTGCTTAGTACGT  399

seq1  CATAATAACGCCCAACTGAACATGGGATGGCAACTCTACCATCCCATTCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATAACGCCCAACTGAACATGGGATGGCAACTCTACCATCCCATTCA  449

seq1  TTTTAGAGCTTTATTTACATAAACTTTGCACACTATAAGATTCTTCACTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAGCTTTATTTACATAAACTTTGCACACTATAAGATTCTTCACTT  499

seq1  TATGGCTTCCAATTCAACAATTTTTTTAGTATATTCATAATTGTGCAAAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTTCCAATTCAACAATTTTTTTAGTATATTCATAATTGTGCAAAT  549

seq1  AGCAACACAGTGTGTTCTGTCATCTCAAAGAGAAATCCTCTAGCCATTTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACACAGTGTGTTCTGTCATCTCAAAGAGAAATCCTCTAGCCATTTC  599

seq1  CATCCAGTCTGTGCTTGCTTCCAGCAGCCTTTCATCTGCTGCTGTCTCTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGTCTGTGCTTGCTTCCAGCAGCCTTTCATCTGCTGCTGTCTCTG  649

seq1  TAGACTTATCTCTTCCCACCATATTATGTAAATGGAATTACAGTATGTGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTTATCTCTTCCCACCATATTATGTAAATGGAATTACAGTATGTGT  699

seq1  GTCTGTGTGTGAATTTGCTTTTTTCTTTAACTTTTATTTTTAAAAATCAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGTGTGAATTTGCTTTTTTCTTTAACTTTTATTTTTAAAAATCAT  749

seq1  ACAATATATTTTGACCATGTTTTTTCCTTTCTTCAATTTCTCCCAGATCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATATTTTGACCATGTTTTTTCCTTTCTTCAATTTCTCCCAGATCT  799

seq1  CCTTATATCCCTACTTATCCAACTTTAGGCTCTTGCTCCTTCCTTCCCCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATATCCCTACTTATCCAACTTTAGGCTCTTGCTCCTTCCTTCCCCT  849

seq1  CACTCTCTCTCTCAGAAAAGACAAAAACAAAACAACAAAAGCATGAAACC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTCTCTCTCAGAAAAGACAAAAACAAAACAACAAAAGCATGAAACC  899

seq1  AGGAAACACACACACAAAATATCACAAAAAGTCAAAATAAACATGCAAAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACACACACACAAAATATCACAAAAAGTCAAAATAAACATGCAAAG  949

seq1  GGTCAATATGACAAAAAAAATTAAAAATCCCAAACAAAGCAAAAATGAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAATATGACAAAAAAAATTAAAAATCCCAAACAAAGCAAAAATGAGA  999

seq1  TTAAAAATCCACATGAAATGCCATTGAATTC  1027
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATCCACATGAAATGCCATTGAATTC  1030


seq1: chr5_27334703_27335832
seq2: B6Ng01-203H14.g_65_1195

seq1  GAATTCAGATATAACATGCCATGTGACCTGGGTTATTCCTTCTCCCCATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATATAACATGCCATGTGACCTGGGTTATTCCTTCTCCCCATA  50

seq1  TATTCGAAAAACATCTAGATTTCTAAGCTTATGCCAACATCTCTTTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCGAAAAACATCTAGATTTCTAAGCTTATGCCAACATCTCTTTCATT  100

seq1  GATAAAAACTTCAAAGCACTGAGAGGTAACAGTGTTTTGTCTTCTCAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAACTTCAAAGCACTGAGAGGTAACAGTGTTTTGTCTTCTCAGTC  150

seq1  TTTGAGTTTTCTCTGGTGTTTTCTCCTAATACTGGTGACTCCGTGGTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTTTCTCTGGTGTTTTCTCCTAATACTGGTGACTCCGTGGTGAG  200

seq1  GCCATTTTCAATCTCATTTCACAAGAATGGGAAAGCCAGAATTAGAGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTTCAATCTCATTTCACAAGAATGGGAAAGCCAGAATTAGAGAGT  250

seq1  TTAGGTGACTTCCAAAGGACATTCCTTTCATGGGGACTTGAGCCACCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGACTTCCAAAGGACATTCCTTTCATGGGGACTTGAGCCACCTCT  300

seq1  CGTATAAGTCAGGAGCCATGGTGCCAGTCCGTCCTTACCCAGCTGCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATAAGTCAGGAGCCATGGTGCCAGTCCGTCCTTACCCAGCTGCCACT  350

seq1  TCAAAACCTAGGGAGGAAGAAAGCAGGAAGGAGCCTTCTCAGTGGTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACCTAGGGAGGAAGAAAGCAGGAAGGAGCCTTCTCAGTGGTTATG  400

seq1  CTGATGCTGTGTTCTCAGAACCAACATGTTCTCTCTCTCAACCAACATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTGTGTTCTCAGAACCAACATGTTCTCTCTCTCAACCAACATGT  450

seq1  TGACCATATTCTGTGACCACGGATATATTAGGCATATGTGAGGGTTACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATATTCTGTGACCACGGATATATTAGGCATATGTGAGGGTTACTC  500

seq1  TGACTGTCAACTTGTTAAGACCTAGAATCACTTAAGATAGGCTTCTGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTCAACTTGTTAAGACCTAGAATCACTTAAGATAGGCTTCTGGAT  550

seq1  GTGTGCCTTAGGAACTTTGTAGATGGAGATGGAAATACCCACCCTAAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCCTTAGGAACTTTGTAGATGGAGATGGAAATACCCACCCTAAGTA  600

seq1  TGGCTGGCATCATTCCATAAGTCGGGGTCCTAGACTGATTAAAAGGGTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGCATCATTCCATAAGTCGGGGTCCTAGACTGATTAAAAGGGTAA  650

seq1  GTGTCCTGAGCACCAGCATCTATCTCTCTCTGCTTCTTCCCTGAGGATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCTGAGCACCAGCATCTATCTCTCTCTGCTTCTTCCCTGAGGATAC  700

seq1  AAAGTGACCAGGTCCCTCACACTCTCACCACCATGTGTTACCTTCCAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGACCAGGTCCCTCACACTCTCACCACCATGTGTTACCTTCCAGGG  750

seq1  TATGACCTTGAACTGTGACATAAAAGAAACCATTTCCTTTCTTAAGTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCTTGAACTGTGACATAAAAGAAACCATTTCCTTTCTTAAGTTTC  800

seq1  TTCTTGTCAGGTATTTTGTCTTACCAAGCAGGAACATAATGAATCCAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTCAGGTATTTTGTCTTACCAAGCAGGAACATAATGAATCCAATA  850

seq1  GGTCTTTCTTGACTGGAAGAAGGAAAT-AGGTAGTGAAAGTTGCGAGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTCTTGACTGGAAGAAGGAAATAAGGTAGTGAAAGTTGCGAGAAG  900

seq1  GTTTTCCTGCTATACAGGGAAATTGTTTCTCTGCTTACTTAAACCAGCCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCTGCTATACAGGGAAATTGTTTCTCTGCTTACTTAAACCAGCCT  950

seq1  ATCCTTACCCCTAGGACCTTCTACACATAGCTTCATCCCCCTGTCTCCTG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATCCTTACCCCTAGGACCTTCTACACATAGCTTCAT-CCCCTGTCTCCTG  999

seq1  GCAAAATGAATCTATCCTCTCTCATA-TTTTCAAGCAACAGCTGCTTGCC  1048
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GC-AAATGAATCTATCCTCTCTCATATTTTTCAAGCAACAGCTGCTTGCC  1048

seq1  TCAGAAAAGCTCA-TCCTGG-CTGGGTGT--ATTTCTGCTGCCACTAGCT  1094
      ||||||||||||| |||||| ||||||||   ||||||||| ||||||| 
seq2  TCAGAAAAGCTCATTCCTGGCCTGGGTGTTATTTTCTGCTG-CACTAGC-  1096

seq1  TCCTCTCCC-TACTGTAAGGTAATGAGCTCAGCATAG  1130
      ||||||||| |||||||||   |||  ||||||||||
seq2  TCCTCTCCCTTACTGTAAG--TATGGACTCAGCATAG  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |