BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203K15
Chromosome5 (Build37)
Map Location 118,835,620 - 118,956,006
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665162
Upstream geneRfc5, Ksr2, Nos1, Fbxo21, Tesc, Fbxw8, Hrk, Tmem118, 2410131K14Rik
Downstream geneThrap2, LOC100039488, EG665194
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203K15.bB6Ng01-203K15.g
ACCGA023817GA023818
length1,161599
definitionB6Ng01-203K15.b B6Ng01-203K15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,954,847 - 118,956,006)(118,835,620 - 118,836,218)
sequence
gaattcactctgtagcccaggctagcctcggactcagagatctgcctgcc
tctgcctcctgagttctggggttaaaggtatgagacaccactgcccagct
cactggccctgattttgaactaaaagagaagttgaactgacctttcttgt
ccatagctcccagatgccagtatcacaggtgtgccgggctggagagcaag
cccatgactttctgcataccaggcaaggacttttccaaccgagctacatt
tccaacctgtaaaccaggctagtagcattgggtgtcattgaatgacagga
catctgaattgggggtcgactttagaatgtcatcctctgtcatctcccca
gcatatttgtcgctgatggaaagaaggtatgagacaaaaagtagccaaca
taggaagacaggaagcaggtggctctcctctgctgctatcaaaagcaaag
caggcatggtaggtcctatcccaaaagatttaaattcaaacatatagaca
tttatgaacagcccagttcctgacatgcctcatgccgaggttctccctaa
acccagggataataggatacagtctgatagcgtggtgtccctggggacac
ctggggactccacagtgactacagagcaggacttcccaactccacaggat
tggcacttggggctgggcaacgctctgtcgatgggtctgcaatgagctgt
aggaggctcagcggtgtgtcagtcagccgcctgttaccgtggcagaattc
ctgagagattaagtaggagcagttaacttttaatcagtttcagcctttca
gccagtccgctccatggctctgggcctgaggtaagagacagagggctggt
ggatgcaggatggtaagatgggagaggctgctcacactatgacggctgga
ggctgaaagattaagacagggaagagctggggacaagatagatcttcaaa
gggctcattcttagggggcctatctctcctgtcagatcctgcctgtcact
gttcccttgaccctcccccatcggcctgttcaattgtgagctgtcaatgg
atacagccatgatgagccatcgactcctccagaatccagttcactcctca
ggagggagtaggatccaccagccaaggtacaagccttaagacacgggagc
cttacaggtga

gaattctgggagagcagctgccttagaagagctggctccccagtactggg
aaataagtggagttttgtatccaactacacagtaggctacatgagatgga
cacctggaggccatgtaggctcttgtttgttttagacagggtctctggta
gcccaggctgtccttaaactcaccatgtagtcaagaggggcctcaggctc
ctgatcctcttgttctatgggggtgtggaaagccatgttcttcagtccca
gagagacattcaacagagccacacagagaaagtcaaaccccagattttct
tgtagagagttccattttccttgactctctaggatggaaaaaggggaggg
aggccatgggcaagaccctgagaagatggatggcctgtttttcctttgca
atgaagctggtctgggagggagggccaggcatgagctgcaggggaccaaa
tgcacatcagcccagccctctatccttccctttggggtgactctgccatt
tccaatggccactgccaaatgatcttagatccaggggccatcgtcttcag
ttacagaacttggcactgcttggagggagggtatgtggggaagaagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_118954847_118956006
seq2: B6Ng01-203K15.b_43_1203 (reverse)

seq1  TCACCTGTAAGGCTCCCGTG-CTAAAGGCTTTGTCCCTGGCTGGTGGAT-  48
      |||||||||||||||||||| || |||||||   || |||||||||||| 
seq2  TCACCTGTAAGGCTCCCGTGTCTTAAGGCTTGTACCTTGGCTGGTGGATC  50

seq1  CTACTCCCTCCCTGAGAAGTG-ACTGGA-TCTTGA-GAGTCGATGGCTCA  95
      ||||||||| |||||| |||| |||||| ||| || ||||||||||||| 
seq2  CTACTCCCT-CCTGAGGAGTGAACTGGATTCTGGAGGAGTCGATGGCTC-  98

seq1  ATCAATGGCTGTATCCATTGACAGCTCCACAATTGAACAGGCCGATGGGG  145
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATC-ATGGCTGTATCCATTGACAGCT-CACAATTGAACAGGCCGATGGGG  146

seq1  GAGGGGTCAAGGGAACAGTGACAGGCAGGATCTGACAGGAGAGATAGG-C  194
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GA-GGGTCAAGGGAACAGTGACAGGCAGGATCTGACAGGAGAGATAGGCC  195

seq1  CCCTGGGAATGGGCCTTTTGAAGATCTATCTTGTCCCCAGCTCTTCCCTG  244
      ||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGAATGAGCCCTTTGAAGATCTATCTTGTCCCCAGCTCTTCCCTG  245

seq1  TCTTAATCTTTCAGCCTCCAGCCGTCATAGTGTGAGCAGCCTCTCCCATC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATCTTTCAGCCTCCAGCCGTCATAGTGTGAGCAGCCTCTCCCATC  295

seq1  TTACCATCCTGCATCCACCAGCCCTCTGTCTCTTACCTCAGGCCCAGAGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATCCTGCATCCACCAGCCCTCTGTCTCTTACCTCAGGCCCAGAGC  345

seq1  CATGGAGCGGACTGGCTGAAAGGCTGAAACTGATTAAAAGTTAACTGCTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGCGGACTGGCTGAAAGGCTGAAACTGATTAAAAGTTAACTGCTC  395

seq1  CTACTTAATCTCTCAGGAATTCTGCCACGGTAACAGGCGGCTGACTGACA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTAATCTCTCAGGAATTCTGCCACGGTAACAGGCGGCTGACTGACA  445

seq1  CACCGCTGAGCCTCCTACAGCTCATTGCAGACCCATCGACAGAGCGTTGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCTGAGCCTCCTACAGCTCATTGCAGACCCATCGACAGAGCGTTGC  495

seq1  CCAGCCCCAAGTGCCAATCCTGTGGAGTTGGGAAGTCCTGCTCTGTAGTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCAAGTGCCAATCCTGTGGAGTTGGGAAGTCCTGCTCTGTAGTC  545

seq1  ACTGTGGAGTCCCCAGGTGTCCCCAGGGACACCACGCTATCAGACTGTAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGAGTCCCCAGGTGTCCCCAGGGACACCACGCTATCAGACTGTAT  595

seq1  CCTATTATCCCTGGGTTTAGGGAGAACCTCGGCATGAGGCATGTCAGGAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTATCCCTGGGTTTAGGGAGAACCTCGGCATGAGGCATGTCAGGAA  645

seq1  CTGGGCTGTTCATAAATGTCTATATGTTTGAATTTAAATCTTTTGGGATA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTGTTCATAAATGTCTATATGTTTGAATTTAAATCTTTTGGGATA  695

seq1  GGACCTACCATGCCTGCTTTGCTTTTGATAGCAGCAGAGGAGAGCCACCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTACCATGCCTGCTTTGCTTTTGATAGCAGCAGAGGAGAGCCACCT  745

seq1  GCTTCCTGTCTTCCTATGTTGGCTACTTTTTGTCTCATACCTTCTTTCCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGTCTTCCTATGTTGGCTACTTTTTGTCTCATACCTTCTTTCCA  795

seq1  TCAGCGACAAATATGCTGGGGAGATGACAGAGGATGACATTCTAAAGTCG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCGACAAATATGCTGGGGAGATGACAGAGGATGACATTCTAAAGTCG  845

seq1  ACCCCCAATTCAGATGTCCTGTCATTCAATGACACCCAATGCTACTAGCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCAATTCAGATGTCCTGTCATTCAATGACACCCAATGCTACTAGCC  895

seq1  TGGTTTACAGGTTGGAAATGTAGCTCGGTTGGAAAAGTCCTTGCCTGGTA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTACAGGTTGGAAATGTAGCTCGGTTGGAAAAGTCCTTGCCTGGTA  945

seq1  TGCAGAAAGTCATGGGCTTGCTCTCCAGCCCGGCACACCTGTGATACTGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAAAGTCATGGGCTTGCTCTCCAGCCCGGCACACCTGTGATACTGG  995

seq1  CATCTGGGAGCTATGGACAAGAAAGGTCAGTTCAACTTCTCTTTTAGTTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGGGAGCTATGGACAAGAAAGGTCAGTTCAACTTCTCTTTTAGTTC  1045

seq1  AAAATCAGGGCCAGTGAGCTGGGCAGTGGTGTCTCATACCTTTAACCCCA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAGGGCCAGTGAGCTGGGCAGTGGTGTCTCATACCTTTAACCCCA  1095

seq1  GAACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGAGTCCGAGGCTAGCCTGG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGAGTCCGAGGCTAGCCTGG  1145

seq1  GCTACAGAGTGAATTC  1160
      ||||||||||||||||
seq2  GCTACAGAGTGAATTC  1161


seq1: chr5_118835620_118836218
seq2: B6Ng01-203K15.g_65_663

seq1  GAATTCTGGGAGAGCAGCTGCCTTAGAAGAGCTGGCTCCCCAGTACTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGGAGAGCAGCTGCCTTAGAAGAGCTGGCTCCCCAGTACTGGG  50

seq1  AAATAAGTGGAGTTTTGTATCCAACTACACAGTAGGCTACATGAGATGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGTGGAGTTTTGTATCCAACTACACAGTAGGCTACATGAGATGGA  100

seq1  CACCTGGAGGCCATGTAGGCTCTTGTTTGTTTTAGACAGGGTCTCTGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGAGGCCATGTAGGCTCTTGTTTGTTTTAGACAGGGTCTCTGGTA  150

seq1  GCCCAGGCTGTCCTTAAACTCACCATGTAGTCAAGAGGGGCCTCAGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGGCTGTCCTTAAACTCACCATGTAGTCAAGAGGGGCCTCAGGCTC  200

seq1  CTGATCCTCTTGTTCTATGGGGGTGTGGAAAGCCATGTTCTTCAGTCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCCTCTTGTTCTATGGGGGTGTGGAAAGCCATGTTCTTCAGTCCCA  250

seq1  GAGAGACATTCAACAGAGCCACACAGAGAAAGTCAAACCCCAGATTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGACATTCAACAGAGCCACACAGAGAAAGTCAAACCCCAGATTTTCT  300

seq1  TGTAGAGAGTTCCATTTTCCTTGACTCTCTAGGATGGAAAAAGGGGAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGAGTTCCATTTTCCTTGACTCTCTAGGATGGAAAAAGGGGAGGG  350

seq1  AGGCCATGGGCAAGACCCTGAGAAGATGGATGGCCTGTTTTTCCTTTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATGGGCAAGACCCTGAGAAGATGGATGGCCTGTTTTTCCTTTGCA  400

seq1  ATGAAGCTGGTCTGGGAGGGAGGGCCAGGCATGAGCTGCAGGGGACCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCTGGTCTGGGAGGGAGGGCCAGGCATGAGCTGCAGGGGACCAAA  450

seq1  TGCACATCAGCCCAGCCCTCTATCCTTCCCTTTGGGGTGACTCTGCCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATCAGCCCAGCCCTCTATCCTTCCCTTTGGGGTGACTCTGCCATT  500

seq1  TCCAATGGCCACTGCCAAATGATCTTAGATCCAGGGGCCATCGTCTTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGGCCACTGCCAAATGATCTTAGATCCAGGGGCCATCGTCTTCAG  550

seq1  TTACAGAACTTGGCACTGCTTGGAGGGAGGGTATGTGGGGAAGAAGAGG  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGAACTTGGCACTGCTTGGAGGGAGGGTATGTGGGGAAGAAGAGG  599


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |