BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203M20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 18,876,183 - 19,093,872
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi2
Upstream geneLOC668167, 4921504A21Rik
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203M20.bB6Ng01-203M20.g
ACCGA023918GA023919
length1,1121,157
definitionB6Ng01-203M20.b B6Ng01-203M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,876,183 - 18,877,301)(19,092,730 - 19,093,872)
sequence
gaattcaaggcttgtgtgggctatatggtaaattaaaggccaacctagaa
aacttggtaagaacctgtctctaaatggtggggataaatgtccatgaagc
acttgtttactgtgtgctaagctctggattcaatttccaacagggacaat
aaaatttaaatgaaggcctgagactgtacctaaagcaatgaactgtgata
agagggcagtatattctgttgtattgcagctgtagtggcagaacacaaat
ctcctattgagcctaaaatcacttcatttgtatttttcctagcaaaatat
tataatggggatatgtttcataagttgacctgtttgtgtgtatcaaacca
tgaagaatgtgttttattttctaatacttactctataaagttaggatttc
aaaggataaaggctgagataattttcgcaaaaattttgctaagtgataaa
aataaattgaaaaaggttttagaaagtaatcataaaaaaaagaataatca
ctttacagatgtgaaggaatatcggacttataaagagctggaatgtaaaa
taattggaacttaaatatttacaattatagtgcaaatatgtaacttatgt
ctctacttccagtatgtctgtttgaaataaagcaatatttcttatgcact
ctgtacctgttaaacactctccagagcctagtggttcccttcactctaca
tttaaaggaaatctccagtctattccaaaaaggactgtgggaatggcagt
caacaaatcttgtgctattaaattactcaagaaacagagagatgtttgcc
cagacaggcaagtaaatatgatcaccaccaagtacttgaagcatgaagag
gaagaaaatagataaactatgttattaaaattgtataatgattcaatatg
tctgtctttttatgttattgggcttttctactagtggattttagtatctt
ctttgtctgtacatttagtgtttgatatatgtaccaagaattttttctat
ctgatcaatctattgatgttctgtaagcttcctaatatgtttatagacat
tctctttcatgatggtagaaaaaaaaatagtctatgaaatatttttaagg
gtctttgactgg

gaattctcttgcaaaactgactttactgtttatatctcaaattctctggt
acaaaatagcaagcaaacagataaactaatatgttataaactatatatac
atgtattatgagaatatatacataattcattggagagattaagtactgcc
tattgtaatatatttgcatatatacactatcatgttatatattataatat
ataatatatacaacatatagcatatatacatattatatgtatatgtaatt
cattggacatattaagtggtgcctatcataaactccacatgttttcttgt
ttgtgcctaaactgaataagagatgctgagtgatctgccactagcagctg
tcacaggaagtgctgtgattagccacttatcaagatgtacatctcctaac
tcttgatttgtgaaatgaagagctattaagaatttgtatttcatataatc
agtgacaattcatacattgtggtcacaggaatttgaatgtattgttgatg
ctaattctatttaactagagcatgtttaatgaatgtgtatacaatggaat
tgtatatgcccatgctttccagtgaagggctactactgtctggacacttt
attttcacctaatgcaggatgtggtatgcatcaagaatgaatttacagaa
agtggtaaacctctcccctttagataaagaccaaggccaattctcatttt
agatataataagtgaattgaggatgtatgcctattgtataaattgagata
ttggatcaatccaaatcaaattatttggggaaatttgtctctagtgaatt
tgtgatcagaatagaatcatttcatttaaaaatgatttttgtcatgcata
tataaaatatatacatttaaattgctgacaactcaccttaagcttactgc
catctttcaaagttctaccatttgatgcttttgctcatttctgtcctctc
tgatggcaggctttcttaggctcctcccagcagaccactgaaaggctttc
ggcaacgactctcactttcttactctttctaagtagcattctattgttat
tgttccactacactgggtcatggaaatgatcaaaacaattatatgggacc
ttttaaactattgaaaatctggcacaaagtgaaaggtgttaacgtgtttt
ctagcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_18876183_18877301
seq2: B6Ng01-203M20.b_45_1156

seq1  GAATTCAAGGCTTGTGTGGGCTATATGGTAAATTAAAGGCCAACCTAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCTTGTGTGGGCTATATGGTAAATTAAAGGCCAACCTAGAA  50

seq1  AACTTGGTAAGAACCTGTCTCTAAATGGTGGGGATAAATGTCCATGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGTAAGAACCTGTCTCTAAATGGTGGGGATAAATGTCCATGAAGC  100

seq1  ACTTGTTTACTGTGTGCTAAGCTCTGGATTCAATTTCCAACAGGGACAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTTACTGTGTGCTAAGCTCTGGATTCAATTTCCAACAGGGACAAT  150

seq1  AAAATTTAAATGAAGGCCTGAGACTGTACCTAAAGCAATGAACTGTGATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTAAATGAAGGCCTGAGACTGTACCTAAAGCAATGAACTGTGATA  200

seq1  AGAGGGCAGTATATTCTGTTGTATTGCAGCTGTAGTGGCAGAACACAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGCAGTATATTCTGTTGTATTGCAGCTGTAGTGGCAGAACACAAAT  250

seq1  CTCCTATTGAGCCTAAAATCACTTCATTTGTATTTTTCCTAGCAAAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTATTGAGCCTAAAATCACTTCATTTGTATTTTTCCTAGCAAAATAT  300

seq1  TATAATGGGGATATGTTTCATAAGTTGACCTGTTTGTGTGTATCAAACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGGGGATATGTTTCATAAGTTGACCTGTTTGTGTGTATCAAACCA  350

seq1  TGAAGAATGTGTTTTATTTTCTAATACTTACTCTATAAAGTTAGGATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAATGTGTTTTATTTTCTAATACTTACTCTATAAAGTTAGGATTTC  400

seq1  AAAGGATAAAGGCTGAGATAATTTTCGCAAAAATTTTGCTAAGTGATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATAAAGGCTGAGATAATTTTCGCAAAAATTTTGCTAAGTGATAAA  450

seq1  AATAAATTGAAAAAGGTTTTAGAAAGTAATCATAAAAAAAAGAATAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATTGAAAAAGGTTTTAGAAAGTAATCATAAAAAAAAGAATAATCA  500

seq1  CTTTACAGATGTGAAGGAATATCGGACTTATAAAGAGCTGGAATGTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACAGATGTGAAGGAATATCGGACTTATAAAGAGCTGGAATGTAAAA  550

seq1  TAATTGGAACTTAAATATTTACAATTATAGTGCAAATATGTAACTTATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGAACTTAAATATTTACAATTATAGTGCAAATATGTAACTTATGT  600

seq1  CTCTACTTCCAGTATGTCTGTTTGAAATAAAGCAATATTTCTTATGCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTTCCAGTATGTCTGTTTGAAATAAAGCAATATTTCTTATGCACT  650

seq1  CTGTACCTGTTAAACACTCTCCAGAGCCTAGTGGTTCCCTTCACTCTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACCTGTTAAACACTCTCCAGAGCCTAGTGGTTCCCTTCACTCTACA  700

seq1  TTTAAAGGAAATCTCCAGTCTATTCCAAAAAGGACTGTGGGAATGGCAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGGAAATCTCCAGTCTATTCCAAAAAGGACTGTGGGAATGGCAGT  750

seq1  CAACAAATCTTGTGCTATTAAATTACTCAAGAAACAGAGAGATGTTTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAATCTTGTGCTATTAAATTACTCAAGAAACAGAGAGATGTTTGCC  800

seq1  CAGACAGGCAAGTAAATATGATCACCACCAAGTACTTGAAGCATGAAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGGCAAGTAAATATGATCACCACCAAGTACTTGAAGCATGAAGAG  850

seq1  GAAGAAAATAGATAAACTATGTTATTAAAATTGTATAATGATTCAATATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAAATAGATAAACTATGTTATTAAAATTGTATAATGATTCAATATG  900

seq1  TCTGTCTTTTTATGTTATTTGGCTTTTCTACTAGTGGATTTTAGTATTCT  950
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   
seq2  TCTGTCTTTTTATGTTATTGGGCTTTTCTACTAGTGGATTTTAGTAT--C  948

seq1  TTCTTTGTTCTGTACATTTAGTGTTTTGATTATTATGTACCAAGAATTTT  1000
      ||||||| ||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||
seq2  TTCTTTG-TCTGTACATTTAGTG-TTTGAT--ATATGTACCAAGAATTTT  994

seq1  TTCTTATCTGATCCAATCTATTGAATGTTCTGTAAGGCTTCCT-ATATGT  1049
      ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TTC-TATCTGAT-CAATCTATTG-ATGTTCTGTAA-GCTTCCTAATATGT  1040

seq1  TTATAGACA-TCTCTTTCATGATGGTAG-AAAAAAATTAGTCTATGAAAT  1097
      ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  TTATAGACATTCTCTTTCATGATGGTAGAAAAAAAAATAGTCTATGAAAT  1090

seq1  ATTTTT-AGGGTCTTTGAACTGG  1119
      |||||| |||||||||| |||||
seq2  ATTTTTAAGGGTCTTTG-ACTGG  1112


seq1: chr5_19092730_19093872
seq2: B6Ng01-203M20.g_67_1223 (reverse)

seq1  AGGCTAGAACA---GTT-ACACC-TTCACTTTGTG-CAGTATTTC-ATAG  43
      ||||||||| |   ||| ||||| ||||||||||| |||  |||| ||||
seq2  AGGCTAGAAAACACGTTAACACCTTTCACTTTGTGCCAGATTTTCAATAG  50

seq1  TTTTAAAG--TCCATATA--TGTTTTGATCATTTCAATGAACCAGTGTAG  89
      ||| ||||   |||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  TTTAAAAGGTCCCATATAATTGTTTTGATCATTTCCATGACCCAGTGTAG  100

seq1  TGGAAC-ATA--CATAGAATGCTACTTAG-AAGAGTAAGAAAGTGAAGAG  135
      |||||| |||   |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TGGAACAATAACAATAGAATGCTACTTAGAAAGAGTAAGAAAGTG-AGAG  149

seq1  TCGGTGCCGAAGCCCTTTCAGTGTCTTGCTGGGAGGAGCCTAAGAAAGCC  185
      ||| |||||||  ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTGCCGAAAGCCTTTCAGTGGTCTGCTGGGAGGAGCCTAAGAAAGCC  199

seq1  TGCCATCAGAGAGGACAGAAATGAGCAAAAGCATCAAATGGTAGAACTTT  235
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATCAGAGAGGACAGAAATGAGCAAAAGCATCAAATGGTAGAACTTT  249

seq1  GAAAGATGGCAGTAAGCTTAAGGTGAGTTGTCAGCAATTTAAATGTATAT  285
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATGGCAGTAAGCTTAAGGTGAGTTGTCAGCAATTTAAATGTATAT  299

seq1  ATTTTATATATGCATGACAAAAATCATTTTTAAATGAAATGATTCTATTC  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATATATGCATGACAAAAATCATTTTTAAATGAAATGATTCTATTC  349

seq1  TGATCACAAATTCACTAGAGACAAATTTCCCCAAATAATTTGATTTGGAT  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCACAAATTCACTAGAGACAAATTTCCCCAAATAATTTGATTTGGAT  399

seq1  TGATCCAATATCTCAATTTATACAATAGGCATACATCCTCAATTCACTTA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCAATATCTCAATTTATACAATAGGCATACATCCTCAATTCACTTA  449

seq1  TTATATCTAAAATGAGAATTGGCCTTGGTCTTTATCTAAAGGGGAGAGGT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCTAAAATGAGAATTGGCCTTGGTCTTTATCTAAAGGGGAGAGGT  499

seq1  TTACCACTTTCTGTAAATTCATTCTTGATGCATACCACATCCTGCATTAG  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCACTTTCTGTAAATTCATTCTTGATGCATACCACATCCTGCATTAG  549

seq1  GTGAAAATAAAGTGTCCAGACAGTAGTAGCCCTTCACTGGAAAGCATGGG  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAATAAAGTGTCCAGACAGTAGTAGCCCTTCACTGGAAAGCATGGG  599

seq1  CATATACAATTCCATTGTATACACATTCATTAAACATGCTCTAGTTAAAT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACAATTCCATTGTATACACATTCATTAAACATGCTCTAGTTAAAT  649

seq1  AGAATTAGCATCAACAATACATTCAAATTCCTGTGACCACAATGTATGAA  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAGCATCAACAATACATTCAAATTCCTGTGACCACAATGTATGAA  699

seq1  TTGTCACTGATTATATGAAATACAAATTCTTAATAGCTCTTCATTTCACA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACTGATTATATGAAATACAAATTCTTAATAGCTCTTCATTTCACA  749

seq1  AATCAAGAGTTAGGAGATGTACATCTTGATAAGTGGCTAATCACAGCACT  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGAGTTAGGAGATGTACATCTTGATAAGTGGCTAATCACAGCACT  799

seq1  TCCTGTGACAGCTGCTAGTGGCAGATCACTCAGCATCTCTTATTCAGTTT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGACAGCTGCTAGTGGCAGATCACTCAGCATCTCTTATTCAGTTT  849

seq1  AGGCACAAACAAGAAAACATGTGGAGTTTATGATAGGCACCACTTAATAT  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACAAACAAGAAAACATGTGGAGTTTATGATAGGCACCACTTAATAT  899

seq1  GTCCAATGAATTACATATACATATAATATGTATATATGCTATATGTTGTA  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAATGAATTACATATACATATAATATGTATATATGCTATATGTTGTA  949

seq1  TATATTATATATTATAATATATAACATGATAGTGTATATATGCAAATATA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTATATATTATAATATATAACATGATAGTGTATATATGCAAATATA  999

seq1  TTACAATAGGCAGTACTTAATCTCTCCAATGAATTATGTATATATTCTCA  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATAGGCAGTACTTAATCTCTCCAATGAATTATGTATATATTCTCA  1049

seq1  TAATACATGTATATATAGTTTATAACATATTAGTTTATCTGTTTGCTTGC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACATGTATATATAGTTTATAACATATTAGTTTATCTGTTTGCTTGC  1099

seq1  TATTTTGTACCAGAGAATTTGAGATATAAACAGTAAAGTCAGTTTTGCAA  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTACCAGAGAATTTGAGATATAAACAGTAAAGTCAGTTTTGCAA  1149

seq1  GAGAATTC  1143
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1157


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |