BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203N01
Chromosome5 (Build37)
Map Location 81,103,984 - 81,244,579
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039506, LOC100039384, Lphn3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203N01.bB6Ng01-203N01.g
ACCGA023928GA023929
length1,1451,111
definitionB6Ng01-203N01.b B6Ng01-203N01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,103,984 - 81,105,146)(81,243,467 - 81,244,579)
sequence
gaattcagtttatttaatgtaaactgaaaccctgctatataaatccagga
ctgttatagttaggatacatgaagctgtatgtatggttaaaaggagagtg
tcctgaagctcaggttctagacgaaaactggcagtaagaatgcactgtac
aacaccatgatacaaagttttgaggcaaaagtctctgctcaaccaacata
aaatgatatattgtgatggaaagtacaaaaagatagagaagtacttggca
tgaggaccaaaacaagacccctaagtgattgacattgaaggtgaaacttg
catgatatcaggaccgaatatgcaagtttttattttcagatgaacagata
gtaaactaatataaaaaatgaaaggcagactgggcaaagctttcgaatga
gcaaccaaacagccttttgcctgcaacaaaaggagaccaacaaagaagaa
agtttcaataaaactgggaggatagacaaacatctattcctacagagctc
ataataaaagtatgggacctcatgtatccttcaagtcaggtgaatctgaa
agcatagatgagtactacaatttgattgatgtttataaagatcctatctg
gagagggaatgatagaatataattatttacataacaatgtcctgttatta
taataatgtctgcaattttaaccacttagaagattagttacatagcaatt
gaaaaacacaaaagacaaaaacatctattttcaatactattctaacatgt
ttaagtcctcagatatggacctgttttgaaagaatgccatttattaacat
accagcaacttccaaatgacaaacaaactctgtctggctattttctatat
caattgttcatttttgcatataagaaagaatgaagggctgggtgtggtgg
cacacaccttcaatcccagcatttgggaggcagaggcagatggatctctg
agttcgaggccagccctgatctacagagtgagttccaggacagccaaggc
tacacagagaaaccctatcttaaggaaaaaaaaggattagtgctgtgtta
tttatttaaactatatatctcgttctctgaggtaatggtttccttccatt
gtcatatgggatcacttaaattcaaggcagttaggtacttgtgga

gaattcccagatgcggccccatttgcatctatagctctagttctatgggt
gacaaagacaaagattcattgaaatttctagccaccaacctaggtttaga
atcaacaagactccatgaaaagaatgaggcatagagttaaagataagtgc
atctgatattatctagcttctctgtgtgtatatgttagtacacccagtta
aatacacgtcctgtcacacatgcactcatataaaacacacagacacaccc
acactcacacatgcatatacagacatgctccattgaaatggctacttctc
tgagaagatgccagataattaaagaacaagtgttaatacatgctcaagaa
gaaaatttataaaggtaaggtacatggtttccagtatattttttttggaa
ataatattggtataaattctgaagtttatgacaagaaagacatattttcc
aaggtattttgctaaatcaattttgcacagtatattttatttaatttctc
taatatcctttgaatgagtaagcataaaatacatttaatcatgatccaag
acacagaccagaaaaaaaaatatattccaccattaagtgacatgtattta
tctaaagttttatgtatcccacctcacaccaatcagaatggctaagataa
aaaattcaggtgacagcagatgctggcaaggatgtggagaaagaggaaca
ctcctccattgttggtgggattgcaagcttgtacaaccactctggaaatc
agtctggcggttccttagaaaattggacatagtactactggaggatccag
caatacctctcctgggcatatatccagaagatgtcccaacaagtaagaaa
ggacacatgctccactatgttcatagcagcctttatttataaaagccaga
agctggaaagaacccagatgcccctcaacagaggaatggatacagaaaat
gtggtacatttacacaatgagtactactcaggctattaaaagaatgaatt
tatgaaattcctaggcaaatggatggacctggagggcatcatcctgagtg
agtacacaattcacaagactcacacatattgtactccatggagcttgata
ttgtacaggtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_81103984_81105146
seq2: B6Ng01-203N01.b_42_1186

seq1  GAATTCAGTTTATTTAATGTAAACTGAAACCCTGCTATATAAATCCAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTATTTAATGTAAACTGAAACCCTGCTATATAAATCCAGGA  50

seq1  CTGTTATAGTTAGGATACATGAAGCTGTATGTATGGTTAAAAGGAGAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTATAGTTAGGATACATGAAGCTGTATGTATGGTTAAAAGGAGAGTG  100

seq1  TCCTGAAGCTCAGGTTCTAGACGAAAACTGGCAGTAAGAATGCACTGTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAAGCTCAGGTTCTAGACGAAAACTGGCAGTAAGAATGCACTGTAC  150

seq1  AACACCATGATACAAAGTTTTGAGGCAAAAGTCTCTGCTCAACCAACATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCATGATACAAAGTTTTGAGGCAAAAGTCTCTGCTCAACCAACATA  200

seq1  AAATGATATATTGTGATGGAAAGTACAAAAAGATAGAGAAGTACTTGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATATATTGTGATGGAAAGTACAAAAAGATAGAGAAGTACTTGGCA  250

seq1  TGAGGACCAAAACAAGACCCCTAAGTGATTGACATTGAAGGTGAAACTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACCAAAACAAGACCCCTAAGTGATTGACATTGAAGGTGAAACTTG  300

seq1  CATGATATCAGGACCGAATATGCAAGTTTTTATTTTCAGATGAACAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATATCAGGACCGAATATGCAAGTTTTTATTTTCAGATGAACAGATA  350

seq1  GTAAACTAATATAAAAAATGAAAGGCAGACTGGGCAAAGCTTTCGAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACTAATATAAAAAATGAAAGGCAGACTGGGCAAAGCTTTCGAATGA  400

seq1  GCAACCAAACAGCCTTTTGCCTGCAACAAAAGGAGACCAACAAAGAAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCAAACAGCCTTTTGCCTGCAACAAAAGGAGACCAACAAAGAAGAA  450

seq1  AGTTTCAATAAAACTGGGAGGATAGACAAACATCTATTCCTACAGAGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAATAAAACTGGGAGGATAGACAAACATCTATTCCTACAGAGCTC  500

seq1  ATAATAAAAGTATGGGACCTCATGTATCCTTCAAGTCAGGTGAATCTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAAGTATGGGACCTCATGTATCCTTCAAGTCAGGTGAATCTGAA  550

seq1  AGCATAGATGAGTACTACAATTTGATTGATGTTTATAAAGATCCTATCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATAGATGAGTACTACAATTTGATTGATGTTTATAAAGATCCTATCTG  600

seq1  GAGAGGGAATGATAGAATATAATTATTTACATAACAATGTCCTGTTATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGAATGATAGAATATAATTATTTACATAACAATGTCCTGTTATTA  650

seq1  TAATAATGTCTGCAATTTTAACCACTTAGAAGATTAGTTACATAGCAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATGTCTGCAATTTTAACCACTTAGAAGATTAGTTACATAGCAATT  700

seq1  GAAAAACACAAAAGACAAAAACATCTATTTTCAATACTATTCTAACATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACACAAAAGACAAAAACATCTATTTTCAATACTATTCTAACATGT  750

seq1  TTAAGTCCTCAGATATGGACCTGTTTTGAAAGAATGCCATTTATTAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCCTCAGATATGGACCTGTTTTGAAAGAATGCCATTTATTAACAT  800

seq1  ACCAGCAACTTCCAAATGACAAACAAACTCTGTCTGGCTATTTTCTATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAACTTCCAAATGACAAACAAACTCTGTCTGGCTATTTTCTATAT  850

seq1  CAATTGTTCATTTTTGCATATAAGAAAGAATGAAGGGCTGGGTGTGGTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTTCATTTTTGCATATAAGAAAGAATGAAGGGCTGGGTGTGGTGG  900

seq1  CACACACCTTCAATCCCAGCATTTGGGAGGCAGAGGCAGATGGATCTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACCTTCAATCCCAGCATTTGGGAGGCAGAGGCAGATGGATCTCTG  950

seq1  AGTTCGAGGCCAG-CCTGATCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGC  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCGAGGCCAGCCCTGATCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGC  1000

seq1  TACACAGAGAAACCCTATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGATTAGT  1049
      |||||||||||||||||||||         ||  ||||||||||||||||
seq2  TACACAGAGAAACCCTATCTT---------AAGGAAAAAAAAGGATTAGT  1041

seq1  GCTGTGTTAATTTAATTTTAAAACTATAATAATCTTCCTTTCTCTGAGGT  1099
      |||||||| |||||   || ||||||||   ||||  | |||||||||||
seq2  GCTGTGTT-ATTTA---TTTAAACTATA--TATCT--CGTTCTCTGAGGT  1083

seq1  AAATGGTTTTCCCTTTCATTGTCATATGGAATCACTTAAATTACAAGCAA  1149
       ||||||||  |||| ||||||||||||| ||||||||||||  | ||| 
seq2  -AATGGTTT--CCTTCCATTGTCATATGGGATCACTTAAATTCAAGGCAG  1130

seq1  GTAGGTAC-TGTGGA  1163
       ||||||| ||||||
seq2  TTAGGTACTTGTGGA  1145


seq1: chr5_81243467_81244579
seq2: B6Ng01-203N01.g_66_1176 (reverse)

seq1  GACCTGGTAC-ATATCCAGCTCCAT-GAGTACATATTGTGTGAGTTCCTT  48
      ||||| |||| ||||| |||||||| |||||||   |||||||||    |
seq2  GACCT-GTACAATATCAAGCTCCATGGAGTACAATATGTGTGAGT---CT  46

seq1  TGTG-ATTGTGTTACCTCACTCAGGATGATGCCCTCCAGGTCCATCCATT  97
      |||| |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATTGTGT--ACTCACTCAGGATGATGCCCTCCAGGTCCATCCATT  94

seq1  TGCCTAGGAATTTCATAAATTCATTCTTTTTAATAG-CTGAGTAGTACTC  146
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| 
seq2  TGCCTAGGAATTTCATAAATTCATTC-TTTTAATAGCCTGAGTAGTACT-  142

seq1  CATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAGGGGC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGTAAATGTACCACATTTTCTGTATCCATTCCTCTGTTGAGGGGC  192

seq1  ATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTTTTATAAAT-AAGGCTGCTATGAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATCTGGGTTCTTTCCAGCTTCTGGCTTTTATAAATAAAGGCTGCTATGAA  242

seq1  CATAGTGGAGCATGTGTCC-TTCTTACTTGTTGGGACATCTTCTGGATAT  294
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTGGAGCATGTGTCCTTTCTTACTTGTTGGGACATCTTCTGGATAT  292

seq1  ATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGGATCCTCCAGTAGTACTATGTCCAATTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCAGGAGAGGTATTGCTGGATCCTCCAGTAGTACTATGTCCAATTT  342

seq1  TCTAAGGAACCGCCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGAACCGCCAGACTGATTTCCAGAGTGGTTGTACAAGCTTGCAAT  392

seq1  CCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTTGCCAGCAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCAACAATGGAGGAGTGTTCCTCTTTCTCCACATCCTTGCCAGCAT  442

seq1  CTGCTGTCACCTGAATTTTTTATCTTAGCCATTCTGATTGGTGTGAGGTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTCACCTGAATTTTTTATCTTAGCCATTCTGATTGGTGTGAGGTG  492

seq1  GGATACATAAAACTTTAGATAAATACATGTCACTTAATGGTGGAATATAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACATAAAACTTTAGATAAATACATGTCACTTAATGGTGGAATATAT  542

seq1  TTTTTTTTCTGGTCTGTGTCTTGGATCATGATTAAATGTATTTTATGCTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTCTGGTCTGTGTCTTGGATCATGATTAAATGTATTTTATGCTT  592

seq1  ACTCATTCAAAGGATATTAGAGAAATTAAATAAAATATACTGTGCAAAAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTCAAAGGATATTAGAGAAATTAAATAAAATATACTGTGCAAAAT  642

seq1  TGATTTAGCAAAATACCTTGGAAAATATGTCTTTCTTGTCATAAACTTCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTAGCAAAATACCTTGGAAAATATGTCTTTCTTGTCATAAACTTCA  692

seq1  GAATTTATACCAATATTATTTCCAAAAAAAATATACTGGAAACCATGTAC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTATACCAATATTATTTCCAAAAAAAATATACTGGAAACCATGTAC  742

seq1  CTTACCTTTATAAATTTTCTTCTTGAGCATGTATTAACACTTGTTCTTTA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTTTATAAATTTTCTTCTTGAGCATGTATTAACACTTGTTCTTTA  792

seq1  ATTATCTGGCATCTTCTCAGAGAAGTAGCCATTTCAATGGAGCATGTCTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTGGCATCTTCTCAGAGAAGTAGCCATTTCAATGGAGCATGTCTG  842

seq1  TATATGCATGTGTGAGTGTGGGTGTGTCTGTGTGTTTTATATGAGTGCAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGCATGTGTGAGTGTGGGTGTGTCTGTGTGTTTTATATGAGTGCAT  892

seq1  GTGTGACAGGACGTGTATTTAACTGGGTGTACTAACATATACACACAGAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGACAGGACGTGTATTTAACTGGGTGTACTAACATATACACACAGAG  942

seq1  AAGCTAGATAATATCAGATGCACTTATCTTTAACTCTATGCCTCATTCTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGATAATATCAGATGCACTTATCTTTAACTCTATGCCTCATTCTT  992

seq1  TTCATGGAGTCTTGTTGATTCTAAACCTAGGTTGGTGGCTAGAAATTTCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGAGTCTTGTTGATTCTAAACCTAGGTTGGTGGCTAGAAATTTCA  1042

seq1  ATGAATCTTTGTCTTTGTCACCCATAGAACTAGAGCTATAGATGCAAATG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATCTTTGTCTTTGTCACCCATAGAACTAGAGCTATAGATGCAAATG  1092

seq1  GGGCCGCATCTGGGAATTC  1113
      |||||||||||||||||||
seq2  GGGCCGCATCTGGGAATTC  1111


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |