BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205K21
Chromosome5 (Build37)
Map Location 72,864,780 - 72,980,373
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCorin, Nfxl1, Zar1, EG545758
Upstream gene4930503B16Rik, Gabra4, Gabrb1, LOC666545, Commd8, Atp10d
Downstream geneCnga1, LOC384275, Npal1, Txk, Tec, Slain2, Slc10a4, LOC667127, Fryl, Ociad1, Ociad2, LOC667154, LOC100042205, C130090K23Rik, LOC627733, Dcun1d4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205K21.bB6Ng01-205K21.g
ACCGA025297GA025298
length1,2241,139
definitionB6Ng01-205K21.b B6Ng01-205K21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,979,152 - 72,980,373)(72,864,780 - 72,865,923)
sequence
gaattcactccgtcttggttttgctcagctagaacagcctgggccctgac
tgtaggctagacattcccatgttggctgtcaactggctgtcactgctgta
attgctccagggacattcccacctccttaggagatgcactctgtggagag
aagtgcctttcctctgacatgtatggagtgatgggcttcacactgctgag
gctctgttcctgtaaactctgatgtgatttgtgtggggattagcctgtct
gtgggcaagcctctccacacttcatttctgtccagttctctgatcccagt
gctgagactctactcatgacacttcataaatctgtgaccatggaaatgtc
ttctccccacctgccattgactcctttaaatttctaacaacattataaac
cttgttttatatgtgtgtatgtatatatatataaatccttgcaaacaaat
aaaacttcacacaccaaaacaaaccagacccaaagtctatactacctagt
tagttagaatgggcatttgcagtgaaagctgaccacaacacccttaacat
tcattgttttcatcaagacttttctcagcccagtttcacaacaaggtgga
gatggagccaggtacttagaagcttcattggggaagtgggggtgtcctgc
ctccaactgtaagagtcaggtatgacccagaaggggaactggtaacaagt
gattgaatattttcaatacagggcctgggagaattcaagtttcctaagca
gagacaatgcaaatgtgtgccaaaggctctcatctgatcgttagcattgt
gtatgtgattaaaatgctatgccacccacaatagatatgtacaattgcaa
tgtatcgatacaaatagaatttgtagatagagtatagagcccacagtttg
ccctggctctgaaatagcaccaggctcaaaaaccatgatcagtattattg
tttttaactcttagactggacataagccttaacactttcttttgatttag
actggctccacatgagcctgtgcctctatgggtagggctgtgggtaatta
agcctattaattatattgactttaattatatacataggatagactttctt
ttcttccattcgatgaagctctggccttctaattcataccaaaaaggcca
agtcctgattgcccgcacgtctgggcagctgactaaaagaatattgtgta
ctggctaggccaatgtccttggaa
gaattctccataaaaggcactgtttgaaaggacatgtgatgctcgcttga
gaagggcttcatttattaggcttccatgcctactaacacatttccactgc
gcctggtataagacaccagccaaggtgagttcattcaatcagtctacagt
tggctctcagacagatagggtggcggcataataaaataggtctgcggcag
caccttgatcacagctctgtcattggacaggaggacacccatcaggatgg
taggcaacagccctgtttatctgatgggattgaaggccaacagagacagt
aacaggatcaattaactcaattaagtcttgaatgtctgcaataagtctaa
caatgacttcaagccagtgatctccccaaagctcataccttgtagaagat
acagtgccatggaaactcagggataggaatatggtctcctgaggaaggac
tacaaagagagtatgcttcaaccagcataattctaaggaaagtaacccta
aaaataagtatgtttgaggggaaaatagagccagagaggtaaagggtcat
gaactgcttctaactcctcccctgcaatgacagaaaccatctctttagta
agatggccatggaactattttagggatacgtgttccaggttatctacagt
ggctccttgctgtctagaatgctgtagccaagcacagaaaaacacattca
atactcacaagaaaagggtcagaaacaaggagttctaaaatcccatagaa
atgcatagccataagtgcatagccttcagaaactatactcctgattagtc
tatatactcttaccaacggctagggaaccaattcctttaccttcttttct
ttttagtaaaagaatggaaaacgctgtcttctcagtcacatgggttttct
gcacacacttttgactcctgaacactgtgcctagaaatgcttggacagtt
acaggtctgtgaggctcttctcaccaccatgcaatgtagacctgtattag
tcaggttctctaggagggataagaactgatagagcataacatgggatgta
gcactccaaagctgctgtttacaatgaaagacaagattcagtgctgattt
gcccacgagctggatattcttccatctggtcctcagtat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_72979152_72980373
seq2: B6Ng01-205K21.b_44_1267 (reverse)

seq1  TTCCAATG-CATTCGCCTAG-CAGTACACAATTATC-TTTAGTCAGGCTG  47
      |||||| | |||| |||||| |||||||||||  || |||||||| ||||
seq2  TTCCAAGGACATTGGCCTAGCCAGTACACAATATTCTTTTAGTCA-GCTG  49

seq1  CCCAGCAGCTGCG---CATCAGAACTTGGCCTCTTTGGTAATGAAATTTA  94
      ||||| |  ||||    ||||| ||||||||| |||||| |||||  |||
seq2  CCCAG-ACGTGCGGGCAATCAGGACTTGGCCTTTTTGGT-ATGAA--TTA  95

seq1  GAGGGCCAGA--CTCATCGAATGG-AGAAAAAGAAGTTTAT-CTATGTAT  140
      || |||||||   ||||||||||| ||||||  |||| ||| ||||||||
seq2  GAAGGCCAGAGCTTCATCGAATGGAAGAAAAGAAAGTCTATCCTATGTAT  145

seq1  ATA---TAAGTCATATAT-ATAAATAGCTTAAATAACCCACAGCCCTACC  186
      |||    |||||| |||| || |||||  | ||| |||||||||||||||
seq2  ATAATTAAAGTCA-ATATAATTAATAGGCTTAATTACCCACAGCCCTACC  194

seq1  CATAGAGGCACCAGGCTTCATGT-GAGCCAGTCTAAAATCAAAAGAAAGT  235
      |||||||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  CATAGAGGCA-CAGGC-TCATGTGGAGCCAGTCT-AAATCAAAAGAAAGT  241

seq1  GTTAAGGCTTTATGTCCAGTCTAAGAGTTAAAAAACAATAATACTGATCA  285
      |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGGC-TTATGTCCAGTCTAAGAGTT-AAAAACAATAATACTGATCA  289

seq1  TGGTTTTTTGAGCCTGGTGCTATTTCAGAGCCAGGGCAAACCTGTGGGCT  335
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGG-TTTTTGAGCCTGGTGCTATTTCAGAGCCAGGGCAAA-CTGTGGGCT  337

seq1  CTATACTCTATCTACAAATTCTATTTGTATCGATACATTGCAATTGTACA  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTCTATCTACAAATTCTATTTGTATCGATACATTGCAATTGTACA  387

seq1  TATCTATTGTGGGTGGCATAGCATTTTAATCACATACACAATGCTAACGA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATTGTGGGTGGCATAGCATTTTAATCACATACACAATGCTAACGA  437

seq1  TCAGATGAGAGCCTTTGGCACACATTTGCATTGTCTCTGCTTAGGAAACT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGAGAGCCTTTGGCACACATTTGCATTGTCTCTGCTTAGGAAACT  487

seq1  TGAATTCTCCCAGGCCCTGTATTGAAAATATTCAATCACTTGTTACCAGT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCTCCCAGGCCCTGTATTGAAAATATTCAATCACTTGTTACCAGT  537

seq1  TCCCCTTCTGGGTCATACCTGACTCTTACAGTTGGAGGCAGGACACCCCC  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTCTGGGTCATACCTGACTCTTACAGTTGGAGGCAGGACACCCCC  587

seq1  ACTTCCCCAATGAAGCTTCTAAGTACCTGGCTCCATCTCCACCTTGTTGT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCCAATGAAGCTTCTAAGTACCTGGCTCCATCTCCACCTTGTTGT  637

seq1  GAAACTGGGCTGAGAAAAGTCTTGATGAAAACAATGAATGTTAAGGGTGT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTGGGCTGAGAAAAGTCTTGATGAAAACAATGAATGTTAAGGGTGT  687

seq1  TGTGGTCAGCTTTCACTGCAAATGCCCATTCTAACTAACTAGGTAGTATA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCAGCTTTCACTGCAAATGCCCATTCTAACTAACTAGGTAGTATA  737

seq1  GACTTTGGGTCTGGTTTGTTTTGGTGTGTGAAGTTTTATTTGTTTGCAAG  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGGGTCTGGTTTGTTTTGGTGTGTGAAGTTTTATTTGTTTGCAAG  787

seq1  GATTTATATATATATACATACACACATATAAAACAAGGTTTATAATGTTG  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATATATATATACATACACACATATAAAACAAGGTTTATAATGTTG  837

seq1  TTAGAAATTTAAAGGAGTCAATGGCAGGTGGGGAGAAGACATTTCCATGG  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAATTTAAAGGAGTCAATGGCAGGTGGGGAGAAGACATTTCCATGG  887

seq1  TCACAGATTTATGAAGTGTCATGAGTAGAGTCTCAGCACTGGGATCAGAG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATTTATGAAGTGTCATGAGTAGAGTCTCAGCACTGGGATCAGAG  937

seq1  AACTGGACAGAAATGAAGTGTGGAGAGGCTTGCCCACAGACAGGCTAATC  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGACAGAAATGAAGTGTGGAGAGGCTTGCCCACAGACAGGCTAATC  987

seq1  CCCACACAAATCACATCAGAGTTTACAGGAACAGAGCCTCAGCAGTGTGA  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACAAATCACATCAGAGTTTACAGGAACAGAGCCTCAGCAGTGTGA  1037

seq1  AGCCCATCACTCCATACATGTCAGAGGAAAGGCACTTCTCTCCACAGAGT  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATCACTCCATACATGTCAGAGGAAAGGCACTTCTCTCCACAGAGT  1087

seq1  GCATCTCCTAAGGAGGTGGGAATGTCCCTGGAGCAATTACAGCAGTGACA  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTCCTAAGGAGGTGGGAATGTCCCTGGAGCAATTACAGCAGTGACA  1137

seq1  GCCAGTTGACAGCCAACATGGGAATGTCTAGCCTACAGTCAGGGCCCAGG  1185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTTGACAGCCAACATGGGAATGTCTAGCCTACAGTCAGGGCCCAGG  1187

seq1  CTGTTCTAGCTGAGCAAAACCAAGACGGAGTGAATTC  1222
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTAGCTGAGCAAAACCAAGACGGAGTGAATTC  1224

seq1: chr5_72864780_72865923
seq2: B6Ng01-205K21.g_68_1206

seq1  GAATTCTCCATAAAAGGCACTGTTTGAAAGGACATGTGATGCTCGCTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATAAAAGGCACTGTTTGAAAGGACATGTGATGCTCGCTTGA  50

seq1  GAAGGGCTTCATTTATTAGGCTTCCATGCCTACTAACACATTTCCACTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCTTCATTTATTAGGCTTCCATGCCTACTAACACATTTCCACTGC  100

seq1  GCCTGGTATAAGACACCAGCCAAGGTGAGTTCATTCAATCAGTCTACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTATAAGACACCAGCCAAGGTGAGTTCATTCAATCAGTCTACAGT  150

seq1  TGGCTCTCAGACAGATAGGGTGGCGGCATAATAAAATAGGTCTGCGGCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTCAGACAGATAGGGTGGCGGCATAATAAAATAGGTCTGCGGCAG  200

seq1  CACCTTGATCACAGCTCTGTCATTGGACAGGAGGACACCCATCAGGATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTGATCACAGCTCTGTCATTGGACAGGAGGACACCCATCAGGATGG  250

seq1  TAGGCAACAGCCCTGTTTATCTGATGGGATTGAAGGCCAACAGAGACAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCAACAGCCCTGTTTATCTGATGGGATTGAAGGCCAACAGAGACAGT  300

seq1  AACAGGATCAATTAACTCAATTAAGTCTTGAATGTCTGCAATAAGTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGATCAATTAACTCAATTAAGTCTTGAATGTCTGCAATAAGTCTAA  350

seq1  CAATGACTTCAAGCCAGTGATCTCCCCAAAGCTCATACCTTGTAGAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACTTCAAGCCAGTGATCTCCCCAAAGCTCATACCTTGTAGAAGAT  400

seq1  ACAGTGCCATGGAAACTCAGGGATAGGAATATGGTCTCCTGAGGAAGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCCATGGAAACTCAGGGATAGGAATATGGTCTCCTGAGGAAGGAC  450

seq1  TACAAAGAGAGTATGCTTCAACCAGCATAATTCTAAGGAAAGTAACCCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGAGAGTATGCTTCAACCAGCATAATTCTAAGGAAAGTAACCCTA  500

seq1  AAAATAAGTATGTTTGAGGGGAAAATAGAGCCAGAGAGGTAAAGGGTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAGTATGTTTGAGGGGAAAATAGAGCCAGAGAGGTAAAGGGTCAT  550

seq1  GAACTGCTTCTAACTCCTCCCCTGCAATGACAGAAACCATCTCTTTAGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCTTCTAACTCCTCCCCTGCAATGACAGAAACCATCTCTTTAGTA  600

seq1  AGATGGCCATGGAACTATTTTAGGGATACGTGTTCCAGGTTATCTACAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCCATGGAACTATTTTAGGGATACGTGTTCCAGGTTATCTACAGT  650

seq1  GGCTCCTTGCTGTCTAGAATGCTGTAGCCAAGCACAGAAAAACACATTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTTGCTGTCTAGAATGCTGTAGCCAAGCACAGAAAAACACATTCA  700

seq1  ATACTCACAAGAAAAGGGTCAGAAACAAGGAGTTCTAAAATCCCATAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCACAAGAAAAGGGTCAGAAACAAGGAGTTCTAAAATCCCATAGAA  750

seq1  ATGCATAGCCATAAGTGCATAGCCTTCAGAAACTATACTCCTGATTAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAGCCATAAGTGCATAGCCTTCAGAAACTATACTCCTGATTAGTC  800

seq1  TATATACTCTTACCAACGGCTAGGGAACCAATTCCTTTACCTTCTTTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATACTCTTACCAACGGCTAGGGAACCAATTCCTTTACCTTCTTTTCT  850

seq1  TTTTAGGTAAAAGAATGGAAAACGCTGTCTTCTCAGTCACAT-GGTTTTC  899
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTTA-GTAAAAGAATGGAAAACGCTGTCTTCTCAGTCACATGGGTTTTC  899

seq1  TGCACACACTTTTGACTCCTGAACACTGTGCCTAGAAATGCTTGGACAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACTTTTGACTCCTGAACACTGTGCCTAGAAATGCTTGGACAGT  949

seq1  TACAGGTCTGTGAGGCTCTTCTCAACACCATGCAATGTAGACCTGTATTA  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTCTGTGAGGCTCTTCTCACCACCATGCAATGTAGACCTGTATTA  999

seq1  GTCAGGGTTCTCTA-GAGGGAT-AGAACTGATAGAGCATAAACATGGGAT  1047
      |||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTCA-GGTTCTCTAGGAGGGATAAGAACTGATAGAGCAT-AACATGGGAT  1047

seq1  GTAGCCACTCCAAAGCTGGCTGTTTACAAATGGAAGGACCAAGAATCCAG  1097
      |||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||   |||| || |||
seq2  GTAG-CACTCCAAAGCT-GCTGTTTAC-AATGAAAG--ACAAG-ATTCAG  1091

seq1  TGCTGATTTGGCCCACGAGGCTGGATA-TCT--CATCTGGTCTTCAGTAT  1144
      ||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||||||||| |||||||
seq2  TGCTGATTT-GCCCACGA-GCTGGATATTCTTCCATCTGGTCCTCAGTAT  1139