BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206I05
Chromosome5 (Build37)
Map Location 132,218,070 - 132,351,587
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAuts2
Upstream geneCaln1, Wbscr17
Downstream gene4930563F08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206I05.bB6Ng01-206I05.g
ACCGA025909GA025910
length1,1231,139
definitionB6Ng01-206I05.b B6Ng01-206I05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(132,350,448 - 132,351,587)(132,218,070 - 132,219,205)
sequence
gaattcacggggttctctacacaaaagagatgaacactaggagcagccct
gtaggagtgatttgggctggctagaagaaaatacaggcccaggcatgctt
tgtgcccatctttgacctactgagatacaaagcccatagtcacttctaag
agaggagatctgttgcatgtaagtcatttctttaagcaaggttggaattt
tcaactccattttttgtttatggtgcaggattccatatagcttaggttat
actcaaatcctctttgtagcccaggttgttcttgaactcttaaatcatcc
tgcctctaccctctgaatgctggaattacgggtgtgcttgtgggctcctt
ctttgaccaaaagcgagtgtgcgtattggagtggcagtggggagatgtgg
agtcttcaggagccattagttagctgattgacacctttaaattcaccaga
gtactagatcataactgtatacgcacaatcagataatggcgggcagaaag
caggctgcacagtctatgatcagggtaatgggacaggcatggattccagc
ttaggacctgtattccaccactcctatccctccactcctttagtaaggac
aaccctgcccctttatccagtgggcactgccttctgatcatccccaggag
ctcttgctggactcacagtgcctatctgtcaggctcttgcatgagtttgt
ggggagctagtcattgtggggaaaaaatgaagaacatccgtcatatatgg
cactgtacgaattcgttctttcagagaaaattgccttgggagcagttctt
ctcccatggaaggggcacctgggtatttagaggatggcagaagataattt
gtgaattttccccccaaaaatgttttgcatcttcagaactttcatctgat
tattttccattctgagtaaatatgaggctagtttgactgtacccagagat
atgtgcagttgtagttcagggtactaccctgtgtcctttatattcagaag
gtgagtttgcctaagctgctttactgaagatctcagtttttctctgtctg
ttttttgctattatgcatactacgtatagctggcatgaatcttcaatctc
ctatttccggatctttctcttct

gaattccaacactgtgtacataacagggattcaagacttgggaaagagag
ggctgttttggtaaaataacaagcctggggggggggtgtctcagttaaga
ctcttggaacccacataaaaagctggatatggggctggagagatggctca
gtggttgcagaggacctgagcagatcccagttctatgctaggcagctttc
agctgctgtgattgtggctccaggctatcaggtgtcctccatcctctttt
ggcctctgagtgcacccatgctcacatgcagaaacccacacacacacaca
tatacatatacagaaataaaaataaaatcatcaaaagacctgcatgtagt
ggctcggatctgtaatcccagccactgctatatgtcatgtgaagagggag
atagaagtgcccagaaactcaggggtcagctagcctaatgtatgcagctc
agtagcaacaggggagatatggcctcaaagcaaaagtggatggtgagaaa
ttattgcagaaggctgtcctctgaccccatgtgcaccaaacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgagtaca
tgcatatgcacacacacattggcacacacagaccaagaaccccacccacc
caaacagggatttacagcttcagaaacatcactgagtaccagctaagtac
tagtcgatatgattaccaattctgaggaagtaagaaagtgtctctaaagg
ggatgcttaggggctgtaggaatacacaaggatgcatgttttctgggcac
caggtcctcgtacaggctgggtggcccacttacatctacagtgaacagag
ctgcagatctgttgaacatcggattttgattgaaaattaatagctgcttt
tgacccgtgtggattaacttcacttgctttaaggtgtcctccttaattga
caaactactatcaggtgaaagagccaattgaggagcggccgacctccctc
cacacgtctctgtcctctgctcccccttcgtgtgtctggccgaagtgttt
taatagacgattccggtccttgcacaagaaagatttattcactaacaatg
ccaaaaagaagagtgcagcttgctctgtgtgggtgcaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_132350448_132351587
seq2: B6Ng01-206I05.b_43_1165 (reverse)

seq1  AGAAGAGAAAAGATTCGGAGATAGGAGAATTGAAGGAATTCATGCCAGCT  50
      ||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||  |||||||||||||
seq2  AGAAGAG-AAAGATCCGGAAATAGGAG-ATTGAAG--ATTCATGCCAGCT  46

seq1  ATACGTAGTATGGCATACATAGCAAAAAACAAGAACAGAGAGATACTGGA  100
      ||||||||||| ||||| |||||||||||||   ||||||| | ||| ||
seq2  ATACGTAGTAT-GCATA-ATAGCAAAAAACA--GACAGAGAAAAACT-GA  91

seq1  GATTCTTTCAGTAAAGCAGCTTAGGCAAACTCACCTTTCCTGAATATTAA  150
      |||   |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||
seq2  GAT--CTTCAGTAAAGCAGCTTAGGCAAACTCACCTT--CTGAATA-TAA  136

seq1  AGGACACAGGGTAGTACCCTGGAACTACAACTGCACATATCTCTGGGTAC  200
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACAGGGTAGTACCCT-GAACTACAACTGCACATATCTCTGGGTAC  185

seq1  AGTCAAACTAGCCTCATATTTTACTCAGAATGGAAAATAATCAGATGAAA  250
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAACTAGCCTCATA-TTTACTCAGAATGGAAAATAATCAGATGAAA  234

seq1  GTTCTGAAGATGCAAAACATTTTTTGGGGGGAAAATTCACAAATTATCTT  300
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAAGATGCAAAACA-TTTTTGGGGGGAAAATTCACAAATTATCTT  283

seq1  CTGCCATCCTCTAAATACCCAGGTGCCCCTTCCATGGGAGAAGAACTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATCCTCTAAATACCCAGGTGCCCCTTCCATGGGAGAAGAACTGCT  333

seq1  CCCAAGGCAATTTTCTCTGAAAGAACGAATTCGTACAGTGCCATATATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGCAATTTTCTCTGAAAGAACGAATTCGTACAGTGCCATATATGA  383

seq1  CGGATGTTCTTCATTTTTTCCCCACAATGACTAGCTCCCCACAAACTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATGTTCTTCATTTTTTCCCCACAATGACTAGCTCCCCACAAACTCAT  433

seq1  GCAAGAGCCTGACAGATAGGCACTGTGAGTCCAGCAAGAGCTCCTGGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGCCTGACAGATAGGCACTGTGAGTCCAGCAAGAGCTCCTGGGGA  483

seq1  TGATCAGAAGGCAGTGCCCACTGGATAAAGGGGCAGGGTTGTCCTTACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAGAAGGCAGTGCCCACTGGATAAAGGGGCAGGGTTGTCCTTACTA  533

seq1  AAGGAGTGGAGGGATAGGAGTGGTGGAATACAGGTCCTAAGCTGGAATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTGGAGGGATAGGAGTGGTGGAATACAGGTCCTAAGCTGGAATCC  583

seq1  ATGCCTGTCCCATTACCCTGATCATAGACTGTGCAGCCTGCTTTCTGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGTCCCATTACCCTGATCATAGACTGTGCAGCCTGCTTTCTGCCC  633

seq1  GCCATTATCTGATTGTGCGTATACAGTTATGATCTAGTACTCTGGTGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTATCTGATTGTGCGTATACAGTTATGATCTAGTACTCTGGTGAAT  683

seq1  TTAAAGGTGTCAATCAGCTAACTAATGGCTCCTGAAGACTCCACATCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGTGTCAATCAGCTAACTAATGGCTCCTGAAGACTCCACATCTCC  733

seq1  CCACTGCCACTCCAATACGCACACTCGCTTTTGGTCAAAGAAGGAGCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCCACTCCAATACGCACACTCGCTTTTGGTCAAAGAAGGAGCCCA  783

seq1  CAAGCACACCCGTAATTCCAGCATTCAGAGGGTAGAGGCAGGATGATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACACCCGTAATTCCAGCATTCAGAGGGTAGAGGCAGGATGATTTA  833

seq1  AGAGTTCAAGAACAACCTGGGCTACAAAGAGGATTTGAGTATAACCTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCAAGAACAACCTGGGCTACAAAGAGGATTTGAGTATAACCTAAG  883

seq1  CTATATGGAATCCTGCACCATAAACAAAAAATGGAGTTGAAAATTCCAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATGGAATCCTGCACCATAAACAAAAAATGGAGTTGAAAATTCCAAC  933

seq1  CTTGCTTAAAGAAATGACTTACATGCAACAGATCTCCTCTCTTAGAAGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTAAAGAAATGACTTACATGCAACAGATCTCCTCTCTTAGAAGTG  983

seq1  ACTATGGGCTTTGTATCTCAGTAGGTCAAAGATGGGCACAAAGCATGCCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGGCTTTGTATCTCAGTAGGTCAAAGATGGGCACAAAGCATGCCT  1033

seq1  GGGCCTGTATTTTCTTCTAGCCAGCCCAAATCACTCCTACAGGGCTGCTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGTATTTTCTTCTAGCCAGCCCAAATCACTCCTACAGGGCTGCTC  1083

seq1  CTAGTGTTCATCTCTTTTGTGTAGAGAACCCCGTGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTTCATCTCTTTTGTGTAGAGAACCCCGTGAATTC  1123


seq1: chr5_132218070_132219205
seq2: B6Ng01-206I05.g_67_1205

seq1  GAATTCCAACACTGTGTACATAACAGGGATTCAAGACTTGGGAAAGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACACTGTGTACATAACAGGGATTCAAGACTTGGGAAAGAGAG  50

seq1  GGCTGTTTTGGTAAAATAACAAGCCTGGGGGGGGGGTGTCTCAGTTAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTTTTGGTAAAATAACAAGCCTGGGGGGGGGGTGTCTCAGTTAAGA  100

seq1  CTCTTGGAACCCACATAAAAAGCTGGATATGGGGCTGGAGAGATGGCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGAACCCACATAAAAAGCTGGATATGGGGCTGGAGAGATGGCTCA  150

seq1  GTGGTTGCAGAGGACCTGAGCAGATCCCAGTTCTATGCTAGGCAGCTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTGCAGAGGACCTGAGCAGATCCCAGTTCTATGCTAGGCAGCTTTC  200

seq1  AGCTGCTGTGATTGTGGCTCCAGGCTATCAGGTGTCCTCCATCCTCTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTGTGATTGTGGCTCCAGGCTATCAGGTGTCCTCCATCCTCTTTT  250

seq1  GGCCTCTGAGTGCACCCATGCTCACATGCAGAAACCCACACACACACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGAGTGCACCCATGCTCACATGCAGAAACCCACACACACACACA  300

seq1  TATACATATACAGAAATAAAAATAAAATCATCAAAAGACCTGCATGTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATATACAGAAATAAAAATAAAATCATCAAAAGACCTGCATGTAGT  350

seq1  GGCTCGGATCTGTAATCCCAGCCACTGCTATATGTCATGTGAAGAGGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCGGATCTGTAATCCCAGCCACTGCTATATGTCATGTGAAGAGGGAG  400

seq1  ATAGAAGTGCCCAGAAACTCAGGGGTCAGCTAGCCTAATGTATGCAGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAGTGCCCAGAAACTCAGGGGTCAGCTAGCCTAATGTATGCAGCTC  450

seq1  AGTAGCAACAGGGGAGATATGGCCTCAAAGCAAAAGTGGATGGTGAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAACAGGGGAGATATGGCCTCAAAGCAAAAGTGGATGGTGAGAAA  500

seq1  TTATTGCAGAAGGCTGTCCTCTGACCCCATGTGCACCAAACACACACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCAGAAGGCTGTCCTCTGACCCCATGTGCACCAAACACACACACA  550

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGAGTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACGAGTACA  600

seq1  TGCATATGCACACACACATTGGCACACACAGACCAAGAACCCCACCCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGCACACACACATTGGCACACACAGACCAAGAACCCCACCCACC  650

seq1  CAAACAGGGATTTACAGCTTCAGAAACATCACTGAGTACCAGCTAAGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGGGATTTACAGCTTCAGAAACATCACTGAGTACCAGCTAAGTAC  700

seq1  TAGTCGATATGATTACCAATTCTGAGGAAGTAAGAAAGTGTCTCTAAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCGATATGATTACCAATTCTGAGGAAGTAAGAAAGTGTCTCTAAAGG  750

seq1  GGATGCTTAGGGGCTGTAGGAATACACAAGGATGCATGTTTTCT-GGCAC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGATGCTTAGGGGCTGTAGGAATACACAAGGATGCATGTTTTCTGGGCAC  800

seq1  CAGGTCCTCGTACAGGCTGGGTGGCCCACTTACATCTACAGTGAACAGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCCTCGTACAGGCTGGGTGGCCCACTTACATCTACAGTGAACAGAG  850

seq1  CTGCAGATCTGTTGAACATCGGATTTTGATTGAAAATTAATAGCTGCTTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGATCTGTTGAACATCGGATTTTGATTGAAAATTAATAGCTGCTTT  900

seq1  TGACCCGTGTGGATTAACTTCACTTGCTTTAA-GTGTCCT-CTTAATTGA  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TGACCCGTGTGGATTAACTTCACTTGCTTTAAGGTGTCCTCCTTAATTGA  950

seq1  CAAACTACTATCAGGTGAAAGAGCCAATTAAGGAGC-GCCGA-CTCCCTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||
seq2  CAAACTACTATCAGGTGAAAGAGCCAATTGAGGAGCGGCCGACCTCCCTC  1000

seq1  CACACGTCTCTGTCCTCCTGCTCCCCCTCCGTGTTGTCTTGCCAGAGTGT  1045
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||  |||||
seq2  CACACGTCTCTGTCCT-CTGCTCCCCCTTCGTG-TGTCTGGCCGAAGTGT  1048

seq1  TTTAATAGACGATTTCCGTCCTTGCACAAG-AAGA-TTAATCACTTAGCA  1093
      |||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||| |||| || ||
seq2  TTTAATAGACGATTCCGGTCCTTGCACAAGAAAGATTTATTCAC-TAACA  1097

seq1  GATGCAGAAGAGAGGTG-GCAGCTGGGCTCTGTGTGGGTGCAAG  1136
       ||||  || ||| | | ||||||  ||||||||||||||||||
seq2  -ATGCCAAAAAGAAGAGTGCAGCT-TGCTCTGTGTGGGTGCAAG  1139


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |