BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212C20
Chromosome5 (Build37)
Map Location 65,395,176 - 65,505,443
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9130005N14Rik, Tmem156
Upstream geneLOC100041646, Pgm1, Tbc1d1, Ppia-ps22, LOC433894, LOC100042198, Klf3, Tlr1, Tlr6
Downstream geneKlhl5, Wdr19, Rfc1, Klb, Rpl9, Lias, Ugdh, 1110003E01Rik, 4930589O11Rik, Hip2, 9030416H16Rik, 1700022K14Rik, LOC384261, B3bp, LOC100041809, Rhoh, LOC626641, EG666827, Chrna9, 9130230L23Rik, BC013481
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212C20.bB6Ng01-212C20.g
ACCGA030041GA030042
length1,0951,162
definitionB6Ng01-212C20.b B6Ng01-212C20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,504,346 - 65,505,443)(65,395,176 - 65,396,349)
sequence
gaattcagagtttttaatgtcttagaggtcccacctgccctgccaacatc
ataccttacattctattcatctatctcatatttcatctataactaaaaat
aattaagcacatagatcaaatcaatgaaaacaaatactattgaatacttc
caaacgagctcatacactcactacggacatttaagttagcgaacctttcc
ccttgaacatttaaagttaagtctcttagctctgtgtcccagcaatggca
atctgtagaattaggtatattatctacattcaaggtaacattactcctag
taaagatgacttcccaggttactcagtttgcatttggattcatataaaga
aaccccagctttggggggctcttatgataattcatatcctttccacgatc
ctggaagctaagtttatggagctgtaagagacgtcatgtgttgagggaac
atggagttttaaagctagtggctttggtgcccccctagttgagcctcttt
tgagatattactcagatggtacaagctgcttgtacggacttctgtgaaga
tcacgtctaccaatcgggaacaccaacacaggcctgctgataagctgccg
tcactgtaggactgtcttctaaacaaggaagcttctggtagtttcctgca
ccgcactgtttagatgagtccacacccatcctgcttttacacagcaacaa
atgtgtaaggacatttcagagactcaagatcctgtgcagtctgcacctaa
gaccctcctttagccttcacccctgatgggtcttacctgtcatgcacagc
tagttatgcctgttcatatagatgaggtctcgctgtgagccctggctgat
ctggaacttgctacttggctcagctggctccgtcaaacttgctttgatcc
ttctgccttcagccttctaagtgcacctatgcaccaccatacctagttgc
taaacaaacacagttttcctcacctcccctcatgtttttctggtaatctg
ctctccagatatcgtatacacccactccttagctgctactgaagtgcagc
tatgggataccttttgtctgggaagagacatgctacaggaagagg
gaattctttggaggctagaaagaattaattcgagtcagattgaaagctta
taattaagtcttcggcttagcagtttgtttttttttttttttccgagtaa
ctcagtaatgagtttgagctgtgtttaattatctgcatgagtgtaggcac
atatttctattgtaattaaagctgtaaatcatgtttcctaagttttcagg
gtttgtaggtaatatatgatgacaaatagctttcgttggaagaagccagt
aaataccattgcctgtgttgctttgataaatcaggttagaactgagaaat
cggccttctgtgtgtatgtgggggtgcatgtgtgagtatgtgcagaggcc
aaaggctaacctcgaaagtcaaagggtattcctcaggattgtgtctgcct
tgccttttgaaacagcatggctcacttggcctgaaatttactgattcagt
tacaacggctggatgtcaagccccagggatgtatctgtctctatgtcccc
agctctgaggctacaaactcatgccaccacacctagatttccacagggtt
ctatgcattgatatcagatccaaaatactactcttttgagtatgtatgag
tctcatctgtgtcttcctctaactcaagagatggatgaacagtcatttga
acagtgttttgtaattctgactggttctagttgactctggtgtcttcctt
tgacttggttaccactgcctcgtgtttgaacaacccagggtcccaggatg
cgtgcttcctttctccttacatgccacggcaggtagcaggcacccagatg
gagggggcacaggctgtttttcctttctagaactccagtagccatgagga
ccgcagtggtctaccagtgctttgatcctttcctcctgtctaagaaaggc
ttaccccattctttagtgcagggtgtcaagctgttctgtggatgaaatag
aagacttctttttcttatcagttcaagggtttggtttttacccaatgagt
ggaaggtcctgcctctgttactcttaccgaatcccaactgtgcagtgtct
tggaataagacctgttccttctgcaatacaggtgctattagtctgatgga
gtccggacttcagcctactttgactgctactctcatcccacgagaccttg
attagagctgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr5_65504346_65505443
seq2: B6Ng01-212C20.b_48_1142 (reverse)

seq1  CCTCTT-CTGTAGCAATGTCTCTTCCCAGACAAAAGGTAT-CCATAGCTG  48
      |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCTCTTCCTGTAGC-ATGTCTCTTCCCAGACAAAAGGTATCCCATAGCTG  49

seq1  CACTTCAGTAGGCAGCTAAGGGGTGGGTGTATACGATATCTGGAAGAGCA  98
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACTTCAGTA-GCAGCTAAGGAGTGGGTGTATACGATATCTGG-AGAGCA  97

seq1  GATTACCAGAAAAACATGA-GGGAGGTGAGGAAAAACTGTGTTTGTTTTA  147
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GATTACCAGAAAAACATGAGGGGAGGTGAGG-AAAACTGTGTTTG-TTTA  145

seq1  GCAACTAGGTATGGTGGTGCATAGGTGCACTTAGAAGGCTGAAGGCAGAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTAGGTATGGTGGTGCATAGGTGCACTTAGAAGGCTGAAGGCAGAA  195

seq1  GGATCAAAGCAAGTTTGACGGAGCCAGCCTGAGCCAAGTAGCAAGTTCCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAAAGCAAGTTTGACGGAGCCAG-CTGAGCCAAGTAGCAAGTTCCA  244

seq1  GATCAGCCAGGGCTCACAGCGAGACCTCATCTATATGAACAGGCATAACT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCCAGGGCTCACAGCGAGACCTCATCTATATGAACAGGCATAACT  294

seq1  AGCTGTGCATGACAGGTAAGACCCATCAGGGGTGAAGGCTAAAGGAGGGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGCATGACAGGTAAGACCCATCAGGGGTGAAGGCTAAAGGAGGGT  344

seq1  CTTAGGTGCAGACTGCACAGGATCTTGAGTCTCTGAAATGTCCTTACACA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGTGCAGACTGCACAGGATCTTGAGTCTCTGAAATGTCCTTACACA  394

seq1  TTTGTTGCTGTGTAAAAGCAGGATGGGTGTGGACTCATCTAAACAGTGCG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGCTGTGTAAAAGCAGGATGGGTGTGGACTCATCTAAACAGTGCG  444

seq1  GTGCAGGAAACTACCAGAAGCTTCCTTGTTTAGAAGACAGTCCTACAGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGAAACTACCAGAAGCTTCCTTGTTTAGAAGACAGTCCTACAGTG  494

seq1  ACGGCAGCTTATCAGCAGGCCTGTGTTGGTGTTCCCGATTGGTAGACGTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCAGCTTATCAGCAGGCCTGTGTTGGTGTTCCCGATTGGTAGACGTG  544

seq1  ATCTTCACAGAAGTCCGTACAAGCAGCTTGTACCATCTGAGTAATATCTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCACAGAAGTCCGTACAAGCAGCTTGTACCATCTGAGTAATATCTC  594

seq1  AAAAGAGGCTCAACTAGGGGGGCACCAAAGCCACTAGCTTTAAAACTCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGGCTCAACTAGGGGGGCACCAAAGCCACTAGCTTTAAAACTCCA  644

seq1  TGTTCCCTCAACACATGACGTCTCTTACAGCTCCATAAACTTAGCTTCCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCTCAACACATGACGTCTCTTACAGCTCCATAAACTTAGCTTCCA  694

seq1  GGATCGTGGAAAGGATATGAATTATCATAAGAGCCCCCCAAAGCTGGGGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCGTGGAAAGGATATGAATTATCATAAGAGCCCCCCAAAGCTGGGGT  744

seq1  TTCTTTATATGAATCCAAATGCAAACTGAGTAACCTGGGAAGTCATCTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTATATGAATCCAAATGCAAACTGAGTAACCTGGGAAGTCATCTTT  794

seq1  ACTAGGAGTAATGTTACCTTGAATGTAGATAATATACCTAATTCTACAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGAGTAATGTTACCTTGAATGTAGATAATATACCTAATTCTACAGA  844

seq1  TTGCCATTGCTGGGACACAGAGCTAAGAGACTTAACTTTAAATGTTCAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATTGCTGGGACACAGAGCTAAGAGACTTAACTTTAAATGTTCAAG  894

seq1  GGGAAAGGTTCGCTAACTTAAATGTCCGTAGTGAGTGTATGAGCTCGTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGGTTCGCTAACTTAAATGTCCGTAGTGAGTGTATGAGCTCGTTT  944

seq1  GGAAGTATTCAATAGTATTTGTTTTCATTGATTTGATCTATGTGCTTAAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTATTCAATAGTATTTGTTTTCATTGATTTGATCTATGTGCTTAAT  994

seq1  TATTTTTAGTTATAGATGAAATATGAGATAGATGAATAGAATGTAAGGTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAGTTATAGATGAAATATGAGATAGATGAATAGAATGTAAGGTA  1044

seq1  TGATGTTGGCAGGGCAGGTGGGACCTCTAAGACATTAAAAACTCTGAATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTGGCAGGGCAGGTGGGACCTCTAAGACATTAAAAACTCTGAATT  1094

seq1  C  1098
      |
seq2  C  1095

seq1: chr5_65395176_65396349
seq2: B6Ng01-212C20.g_64_1225

seq1  GAATTCTTTGGAGGCTAGAAAGAATTAATTCGAGTCAGATTGAAAGCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGAGGCTAGAAAGAATTAATTCGAGTCAGATTGAAAGCTTA  50

seq1  TAATTAAGTCTTCGGCTTAGCAGTTTGTTTTTTTTTTTTTTTCCGAGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAGTCTTCGGCTTAGCAGTTTGTTTTTTTTTTTTTTTCCGAGTAA  100

seq1  CTCAGTAATGAGTTTGAGCTGTGTTTAATTATCTGCATGAGTGTAGGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAATGAGTTTGAGCTGTGTTTAATTATCTGCATGAGTGTAGGCAC  150

seq1  ATATTTCTATTGTAATTAAAGCTGTAAATCATGTTTCCTAAGTTTTCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCTATTGTAATTAAAGCTGTAAATCATGTTTCCTAAGTTTTCAGG  200

seq1  GTTTGTAGGTAATATATGATGACAAATAGCTTTCGTTGGAAGAAGCCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTAGGTAATATATGATGACAAATAGCTTTCGTTGGAAGAAGCCAGT  250

seq1  AAATACCATTGCCTGTGTTGCTTTGATAAATCAGGTTAGAACTGAGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCATTGCCTGTGTTGCTTTGATAAATCAGGTTAGAACTGAGAAAT  300

seq1  CGGCCTTCTGTGTGTATGTGGGGGTGCATGTGTGAGTATGTGCAGAGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTTCTGTGTGTATGTGGGGGTGCATGTGTGAGTATGTGCAGAGGCC  350

seq1  AAAGGCTAACCTCGAAAGTCAAAGGGTATTCCTCAGGATTGTGTCTGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTAACCTCGAAAGTCAAAGGGTATTCCTCAGGATTGTGTCTGCCT  400

seq1  TGCCTTTTGAAACAGCATGGCTCACTTGGCCTGAAATTTACTGATTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTGAAACAGCATGGCTCACTTGGCCTGAAATTTACTGATTCAGT  450

seq1  TACAACGGCTGGATGTCAAGCCCCAGGGATGTATCTGTCTCTATGTCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACGGCTGGATGTCAAGCCCCAGGGATGTATCTGTCTCTATGTCCCC  500

seq1  AGCTCTGAGGCTACAAACTCATGCCACCACACCTAGATTTCCACAGGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGAGGCTACAAACTCATGCCACCACACCTAGATTTCCACAGGGTT  550

seq1  CTATGCATTGATATCAGATCCAAAATACTACTCTTTTGAGTATGTATGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCATTGATATCAGATCCAAAATACTACTCTTTTGAGTATGTATGAG  600

seq1  TCTCATCTGTGTCTTCCTCTAACTCAAGAGATGGATGAACAGTCATTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATCTGTGTCTTCCTCTAACTCAAGAGATGGATGAACAGTCATTTGA  650

seq1  ACAGTGTTTTGTAATTCTGACTGGTTCTAGTTGACTCTGGTGTCTTCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTTTTGTAATTCTGACTGGTTCTAGTTGACTCTGGTGTCTTCCTT  700

seq1  TGACTTGGTTACCACTGCCTCGTGTTTGAACAACCCAGGGTCCCAGGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGGTTACCACTGCCTCGTGTTTGAACAACCCAGGGTCCCAGGATG  750

seq1  CGTGCTTCCTTTCTCCTTACATGCCACGGCAGGTAGCAGGCACCCAGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCTTCCTTTCTCCTTACATGCCACGGCAGGTAGCAGGCACCCAGATG  800

seq1  GAGGGGGCACAGGCTGTTTTTCC-TTCTAGAACTCCAGTAGCCATGAGGA  849
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGGCACAGGCTGTTTTTCCTTTCTAGAACTCCAGTAGCCATGAGGA  850

seq1  CCGCAGTGGTCTACCAGTGCTTTGATCCCTTCCTCCTGTCTAAGAAAGGC  899
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAGTGGTCTACCAGTGCTTTGATCCTTTCCTCCTGTCTAAGAAAGGC  900

seq1  TTACCCCAT--CTTAGTGCAGGGTGTCAAGCTG-TCTGTGGATGAAATAG  946
      |||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTACCCCATTCTTTAGTGCAGGGTGTCAAGCTGTTCTGTGGATGAAATAG  950

seq1  AAGAC-TCTTTT--CTATCAAGTCAAGGG-TTGGTTTTTACCCAATGAGT  992
      ||||| ||||||   |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTCTTTTTCTTATCAGTTCAAGGGTTTGGTTTTTACCCAATGAGT  1000

seq1  GGGAAGGT-CTG-CTCTG-TACTCCTTACCGAATCCCAACTGTGCCAGTG  1039
       ||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||
seq2  -GGAAGGTCCTGCCTCTGTTACT-CTTACCGAATCCCAACTGTG-CAGTG  1047

seq1  TCTTGGAAATAAAGACTGTCCCTTCTTGGAAATACAGGTGCTATTAGTCT  1089
      |||||| |||||   |||| ||||||  | ||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGG-AATAAGACCTGTTCCTTCT--GCAATACAGGTGCTATTAGTCT  1094

seq1  GATGGAGTCCGTGACCTTCAGCCTACTTTGGACTGCTACTCCTTCCCAAT  1139
      ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||  ||   ||
seq2  GATGGAGTCCG-GA-CTTCAGCCTACTTT-GACTGCTACTC--TC---AT  1136

seq1  TTCCCCACTGAGTGACCCTTTGATTTAGAGCTGTC  1174
         |||||   | ||||  |||| |||||||||||
seq2  ---CCCAC---GAGACC--TTGA-TTAGAGCTGTC  1162